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Etats-Unis : Un changement dans les méthodes d’analyses peut ralentir la détection des éclosions d’origine alimentaire, selon le CDC

15
avr
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« CDC : Un changement dans les méthodes d’analyses peut ralentir la détection des éclosions d’origine alimentaire », source CIDRAP News du 14 avril 2016.

bacteriacultureL’utilisation croissante de méthodes indépendantes de la culture aide les médecins à diagnostiquer des maladies d’origine alimentaire plus rapidement, mais cela peut rendre la détection des éclosions de maladies d’origine alimentaire plus difficiles, a dit dans son rapport annuel sur les maladies d’origine alimentaire le Centers for Disease Control and Prevention (CDC).

Les méthodes indépendantes de la culture fournissent des résultats en quelques heures, alors que la croissance des bactéries en culture dans un laboratoire généralement prend des jours, a noté le CDC. Mais la culture obtient des isolats qui peuvent être utilisés pour identifier les sérotypes et sous-types et recueillir d’autres informations qui sont essentielles pour détecter des cas groupés de maladie et surveiller les tendances, a indiqué l’agence.

Dans le rapport*, le CDC a dit que les données 2015 de son Foodborne Diseases Active Surveillance Network (FoodNet) montrent des progrès limités dans la réduction des taux de maladies d’origine alimentaire, par rapport à la moyenne de 2012 à 2014. Une diminution d’un sérotype de Salmonella commun peut être liée à des changements dans l’industrie de la volaille, alors que l’augmentation des cas d’infection à Cryptosporidium et à Escherichia coli producteurs de shigatoxines non-O157 (STEC) peut être principalement due à une augmentation du dépistage, selon le rapport.

Implications des changements dans les méthodes d’analyses

Les méthodes indépendantes de la culture sont conçues pour détecter des antigènes (la partie d’un pathogène reconnu par le système immunitaire) ou des séquences d’acides nucléiques d’un pathogène, a dit le rapport du CDC. Pour les STEC, les méthodes indépendantes de la culture détectent les shigatoxines ou les gènes codant pour la toxine.

En 2015, FoodNet a reçu 3112 rapports positifs de méthodes indépendantes de la culture, ce qui signifie que les résultats ne sont pas confirmées par la culture, pour Campylobacter (2021), Shigella (454), Salmonella (361), et les STEC (254). Les chiffres marquent une augmentation de 122% par rapport à la moyenne de 2012 à 2014, a rapporté le CDC.

Dans FoodNet, les méthodes actuelles pour évaluer les tendances des maladies bactériennes sont basées uniquement sur les infections confirmées par culture, a noté le rapport : « Les isolements sont encore nécessaires pour des tests de sensibilité aux antibiotiques, le sérotypage, le typage, et le séquençage du génome entier ; ces données sont essentielles pour suivre les tendances, la détection des cas groupés de maladie et d’enquêter sur les éclosions. »

Pour Salmonella, en particulier, avec ses nombreuses souches, une incapacité à identifier les sérotypes vont « limiter nettement la détection et l’investigation des éclosions » a dit le CDC.

Des limites dans la compréhension des méthodes indépendantes de la culture et des variations dans leur manipulation entravent la capacité d’évaluer et d’interpréter les tendances des maladies d’origine alimentaire, la CDC. Par exemple, la sensibilité de l’essai et la probabilité de résultats faussement positifs varient entre les méthodes indépendantes de la culture, et la disponibilité des tests peuvent augmenter l’analyse de pathogènes.

Pour résoudre ce problème à court terme, le CDC a déclaré dans un communiqué de presse, « Les laboratoires cliniques devraient travailler avec leurs laboratoires de santé publique pour s’assurer qu’une culture se fait chaque fois qu’une méthode indépendante de la culture indique que quelqu’un avec une maladie diarrhéique a une infection bactérienne. »

Pour une solution à long terme, le CDC appelle au développement de « méthodes pour détecter les séquences génétiques des pathogènes directement et rapidement à partir d’échantillons de selles, ce qui a le pouvoir d’être bénéfique à la fois en pratique clinique et publique, parce que le sous-type, le profil de résistance, et d’autres caractéristiques peuvent être obtenues à partir de la séquence génétique. »

Les tendances 2015 des maladies d’origine alimentaire

En 2015, FoodNet détecté 20 107 cas infections confirmées par culture ou, dans le cas de parasites, par d’autres tests de laboratoire. Les cas comprenaient 4 531 hospitalisations et 77 décès. Comme ces dernières années, Salmonella et Campylobacter étaient les pathogènes les plus courants, provoquant respectivement 7 728 et 6 309 cas de maladies, qui se traduisent par des taux de 15,89 et 12,97 pour 100 000 personnes. FoodNet couvre 10 États et d’autres juridictions, avec une population totale d’environ 49 millions.

Lorsque les résultats de méthodes indépendantes de la culture positifs sont ajoutés au total des cultures confirmées pour Campylobacter, l’incidence a augmenté à 17,12 pour 100 000 personnes. Pour Shigella, Salmonella et les STEC, en ajoutant les résultats positifs des méthodes indépendantes de la culture au total, cela n’a augmenté que légèrement l’incidence.

Parmi les autres résultats mis en évidence par le CDC, l’incidence de Salmonella Typhimurium en 2015 était de 15% inférieur à la moyenne des trois années précédentes. Cela a poursuit une tendance précédente qui peut se refléter dans la vaccination accrue des volailles et de règles de performance fédérales plus strictes pour prévenir la contamination par Salmonella dans la viande de volaille, selon le rapport. Typhimurium était le troisième sérotype de Salmonella le plus fréquent, après Enteritidis et Newport.

FoodNet a également constaté que les cas à Cryptosporidium ont augmenté de 57% par rapport à la moyenne précédente de trois ans, mais cela était probablement dû à une augmentation du dépistage. De même, l’augmentation des tests explique probablement aussi, au moins en partie, l’augmentation de 40% des infections à STEC non-O157 identifiées en 2015, indique le rapport. L’an dernier, 74% des laboratoires ont analysé ces agents pathogènes, en hausse de 55% par rapport à 2012.

* CDC. Infection with pathogens transmitted commonly through food and the effect of increasing use of culture-independent diagnostic tests on surveillance-Foodborne Diseases Active Surveillance Network, 10 U.S. sites, 2012-2015. MMWR 2016 Apr 15;65(14):368-71.

Évaluation rapide et conjointe par l’ECDC et l’EFSA du foyer épidémique transnational d’infection à la bactérie Escherichia coli productrice de Shiga-toxine associée au syndrome hémolytique et urémique en Roumanie et en Italie

8
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Lait, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

nhsggc_news_Ecoli_large« Évaluation rapide et conjointe par l’ECDC et l’EFSA du foyer épidémique transnational d’infection à la bactérie Escherichia coli productrice de Shiga-toxine associée au syndrome hémolytique et urémique en Roumanie et en Italie ». Source communiqué du 6 avril de l’EFSA.

Il s’agit d’un communiqué tout en nuances de l’EFSA et de l’ECDC afin de ne pas froisser la susceptibilité de la Roumanie et son piètre niveau de santé publique.

ooOOoo

Un foyer épidémique à Escherichia coli producteurs de Shiga-toxine (STEC) associé à un syndrome hémolytique et urémique (SHU) affectant principalement de jeunes enfants a été signalé en février et en mars en Roumanie. L’Italie a signalé un cas de SHU présentant un lien épidémiologique avec la Roumanie le 21 mars 2016. En tout, 25 cas ont été identifiés comme étant associés à ce foyer épidémique survenu dans plusieurs pays, dont 19 ont développé un SHU, parmi lesquels 3 sont décédés.

Les informations recueillies auprès des patients pointent vers une exploitation de transformation du lait en Roumanie comme source possible de l’infection. Plusieurs souches de STEC  ont été identifiées à ce jour, et il est possible que des sources différentes de contamination aient contribué à l’éclosion de ce foyer épidémique.

Le rappel des produits alimentaires suspectés a été entrepris par les autorités de sécurité alimentaire en Roumanie, en Italie et par d’autres pays qui ont importé des aliments suspects. Toutefois, les produits potentiellement contaminés pourraient encore être présents chez les consommateurs. Puisque la source précise de la contamination n’a pas encore été identifiée, des cas éventuellement liés à ce foyer épidémique sont susceptibles de se présenter en Roumanie et dans les pays de l’UE où les produits alimentaires impliqués ont été distribués.

Afin de minimiser la propagation ultérieure de l’infection et d’enquêter sans délai sur d’éventuels nouveaux cas, l’ECDC et l’EFSA recommandent aux États membres de l’UE d’envisager de renforcer la surveillance des cas de SHU et de STEC. En outre, si de nouveaux cas potentiellement liés à ce foyer épidémique étaient identifiés, ils devraient être signalés au système d’information et de renseignement sur les épidémies pour les maladies d’origine alimentaire et hydrique (EPIS-FWD).

Le document intégral est : Multi-country outbreak of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection associated with haemolytic uraemic syndrome.

NB : Cela fait suite à une éclosion en Roumanie et en Italie, le blog en avait parlé, 1 et 2. Rappelons aussi qu’une alerte a été notifiée au RASFF par l’Italie le 16 mars 206, référence 2016.0312, pour la présence de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (présomption de O26 vtx1+, vtx2+, eae+) dans du fromage de vache de Roumanie. Distribution Belgique, Espagne, Italie, France, Allemagne, Roumanie. On n’a pas eu d’informations sur l’éventualité d’une distribution en France, mais c’est souvent comme cela. Une étude préliminaire a été publiée dans la revue en ligne Eurosurveillance, dont j’extrais la conclusion tout en subtilités, car un agent causal, un fromage, n’est pas cité dans le résumé ci-dessus.

Ceci est un rappel brutal que STEC peut causer des infections avec des complications graves, en particulier chez les jeunes enfants. La détection des épidémies en l’absence de systèmes de surveillance sensibles et en temps opportun peut être difficile, en particulier si les capacités des laboratoires locaux ne sont pas optimales. Améliorer les capacités de diagnostic des laboratoires locaux et effectuer une surveillance des SHU non spécifiques chez les enfants doit être considérée comme une priorité de santé publique pour éviter que cela ne se reproduise. On ne sait pas encore quand cette épidémie a commencé, et ni les véhicules et ni la source de contamination n’ont été identifiés. Cependant, après la suspicion initiale, les enquêtes ont confirmé l’épidémie et son agent causal. Ceci est un exemple de bonne collaboration entre les pays de l’UE en termes de fourniture d’un soutien de services de laboratoire et de conseils d’experts et l’ECDC, en fournissant le déploiement d’experts et de soutien.

L’affaire a eu aussi des relents politiques en Roumanie, car l’actuel président de Roumanie est l’ancien commissaire européen à l’agriculture, mais là, on s’écarte du sujet …

Tragique : Une jeune femme japonaise décède des séquelles d’une intoxication alimentaire à E. coli 20 ans après l’infection

31
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Tragique : Une jeune femme japonaise décède des séquelles d’une intoxication alimentaire à E. coli 20 ans après l’infection », source Doug Powell du barfblog.

En juin 1996, des rapports préliminaires d’une épidémie à E. coli O157:H7 au Japon sont apparus dans les médias nationaux. Voir aussi ce lien.

En juillet 1996, l’investigation avait été orientée vers des cantines scolaires et deux fournisseurs de boîtes de déjeuner, alors que le nombre de cas de maladie approchait les 4 000. Des sushis d’anguille de mer et de la soupe distribués le 5 juillet après le dépôt de repas à l’école centrale de Sakai ont été identifiés par les autorités sanitaires comme une source possible de l’épidémie. Le lendemain, le nombre de cas de maladies a augmenté à 7 400, alors même que des rapports précis se sont intensifiés. Le 23 juillet 1996, 8 500 cas étaient répertoriés.

sproutsMême si des germes de radis ont finalement été impliqués – et ensuite effacés publiquement lors d’une cérémonie, mais pas par les Etats-Unis – le ministère de la santé et des affaires sociales a annoncé que 333 abattoirs du Japon devaient adopter un programme de maîtrise de la qualité sur le modèle des procédures de sécurité sanitaire des États-Unis, ce qui nécessite que les entreprises tiennent des registres de sorte que la l’origine de tout aliment contaminé pourra être rapidement identifié.

Kunio Morita, chef de division hygiène vétérinaire au ministère a été cité comme disant : « Il est grand temps pour le Japon de suivre la tendance internationale des normes de management de l’hygiène. »

Les autorités sanitaires japonaises ont été tragiquement lentes à réagir à l’épidémie à E. coli O157:H7, une règle facilitée par une culture journalistique de l’aversion plutôt que de la contradiction. En tout, plus de 9 500 Japonais, en grande partie des écoliers (le chiffre de plus de 6 000 écoliers est avancé –aa), ont été atteints par E. coli O157:H7 et 12 sont décédés au cours de l’été 1996, soulevant des questions sur la responsabilité politique.

radish.sprouts.2-300x201Le journal national Mainichi a demandé dans un éditorial du 31 juillet, 1996, « Pourquoi le gouvernement ne peut-il pas tirer les leçons de l’expérience passée ? Pourquoi ont-ils tardé à réagir à l’épidémie ? Pourquoi ne peuvent-ils pas prendre des mesures plus importantes ? » La réponse était une « maladie chronique », l’absence de personne au sein du gouvernement capable de prendre en charge quoi que ce soit en cas de crise et d’assurer une réponse coordonnée. Une caricature parue dans le quotidien Asahi Evening News montrait un agent de la santé avec une mention, « réponse urgente du gouvernement » venant à la rescousse d’un escargot. Certaines des victimes ont déposé des plaintes contre les autorités japonaises, un mouvement inconnu auparavant dans la culture japonaise de déférence.

Aujourd’hui, une triste nouvelle est venue indiquant qu’une jeune femme de 25 ans à Sakai, Préfecture d’Osaka, est décédée en octobre dernier d’une séquelle de son infection par E. coli O157 en 1996.

La jeune femme souffrait d’hypertension vasculaire rénale, une séquelle du syndrome hémolytique et urémique, qu’elle a développé suite à son infection par E. coli O157 quand elle était un étudiante de première année, a déclaré le conseil municipal de la ville, ajoutant que la cause directe de sa mort était une hémorragie cérébrale due à l’hypertension.

Osami Takeyama, maire de Sakai, a dit dans un commentaire que la ville va redoubler d’efforts pour la maîtrise de la sécurité sanitaire et la gestion des crises. Le conseil municipal envisage maintenant de fournir une compensation à la famille de la jeune femme.

Food Safety Roundup ou Liste bibliographique en sécurité des aliments, 27

31
mar
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

Message de CIDRAP, Center for Infectious Disease Research & Policy de l’Université du Minnesota, du 30 mars 2016, relatif aux nouveaux documents ci-dessous sur les maladies infectieuses d’origine alimentaire qui ont été ajoutés au site depuis les dernières semaines.

Foodborne Disease

E. coli

Campylobacter

Listeria

Norovirus

Salmonella

A propos de la formation de biofilm par des STEC non-O157

30
mar
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Résumé.

Industry-and-governments-blast-US-plans-to-ban-non-0157-E.coli_medium_vgaLes objectifs de cette étude étaient de caractériser le phénotype et le génotype de 36 souches de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) non-O157 isolées de l’homme, d’ovins ou de bovins, dont les 6 sérotypes les plus connus (O26, O45, O103, O111, O121 et O145) et trois autres sérotypes impliqués dans des maladies graves (O91, O113 et O128). Les biofilms ont été formés par toutes les souches allant de biofilms intermédiaires à des biofilms forts (n = 24) plus facilement à 22°C qu’à 37°C (p < 0,001) et à 48 et 72 heures (p < 0,001) plutôt qu’au bout de 24 heures de temps d’incubation. Le potentiel de formation du biofilm différait par le sérotype et l’origine avec O113 et des souches humaines présentant le potentiel le plus élevé (p < 0,001). Les gènes associés à la formation du biofilm, csgA/csgD/crl/fimH (100%), flu (94%), rpoS (92%), ehaAα (89%), et cah (72%), ont été les plus répandus, tandis que mlrA (22 %) et ehaAβ (14%) étaient moins fréquents, mais il n’y avait pas de relation claire des gènes associés à des souches présentant la plus grande capacité de formation du biofilm. Parmi les 12 gènes de virulence ciblés, iha et ehxA étaient présents chez 92% des souches. La présence de stx1 dans les 6 sérotypes les plus connus (8/12, 67%) ne différait pas (p = 0,8) d’autres sérotypes (17/24, 71%), mais stx2 était moins probable (intervalle de confiance [IC] = 0,14 -1,12; p = 0,04) dans les premiers (9/24, 38%) que dans les derniers (9/12, 75%). En dehors des sérotypes, O91 et O121, au moins une souche par sérotype était résistante entre trois et six antibiotiques. Streptomycine (31%), sulfisoxazole (31%) et aux tétracyclines (25%) la résistance était plus courante et était de 35-50% moins susceptibles (p < 0,05) chez les souches humaines que les souches animales. Toutes les souches STEC non-O157 ont pu former des biofilms sur une surface abiotique, avec une certaine résistance à plusieurs antimicrobiens. Le potentiel de réservoir de gènes de résistance aux antimicrobiens peut être un autre danger des biofilms dans les usines de transformation des aliments. En conséquence, les futures stratégies de lutte contre ces pathogènes peuvent comprendre des mesures pour prévenir les biofilms.

Référence. Wang Jiaying, Stanford Kim, McAllister Tim A., Johnson Roger P., Chen Jinding, Hou Hongman, Zhang Gongliang, and Niu Yan D. Biofilm Formation, Virulence Gene Profiles, and Antimicrobial Resistance of Nine Serogroups of Non-O157 Shiga Toxin-Producing Escherichia coli. Foodborne Pathogens and Disease. March 2016.