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Articles de la catégorie 'Microbiologie'

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Les microbes qui font le saké

26
juil
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

En français, le mot saké désigne une boisson alcoolisée japonaise à base de riz. Il s’agit d’un alcool de riz, produit comme la bière par fermentation répétée, titrant de 14 à 17°.

Les microbes qui font le saké, source ASM News.

Une brasserie de saké a son propre terroir microbien, ce qui signifie que les populations microbiennes retrouvées sur les surfaces de l’établissement ressemblent à celles retrouvées dans le produit fini, créant ainsi la saveur finale selon une étude publiée en ligne et avant impression dans la revue Applied and Environmental Microbiology. C’est la première fois que des chercheurs ont entrepris un recensement microbien d’une brasserie de saké.

Beaucoup de fabricants de saké ensemencent avec des bactéries et des levures, explique l’auteur correspondant, David A. Mills de l’université de Californie à Davis, mais ses collègues et lui ont étudié une brasserie de saké où l’inoculation est limitée à une seule espèce, Aspergillus oryzae, lors du premier des trois stades de fermentation.

images« Le but était d’être en mesure de poser la question, est-ce que les surfaces de l’environnement ont un microbiote qui est semblable à celui qui est normalement ajouté pour fermenter le produit ? » dit Mills.

Et en dépit de la seule étape d’inoculation, les populations microbiennes changent radicalement à chaque étape de fermentation, koji, moto, et moromi.

« La fermentation kojii est dominer par un champignon qui est inoculé, Aspergillus oryzae, ce qui permet de transformer le riz en sucres plus petits, plus disponibles », dit Mills. « Le koji est ensuite diluée avec du riz cuit à la vapeur et de l’eau pour former une purée de graines ou moto. A ce stade, la fermentation alcoolique commence avec la levure et diverses populations bactériennes productrices d’acide lactique en croissance. »

Cela, dit Mills, est suivi par la principale fermentation du saké. « Les levures effectuent la fermentation alcoolique, tandis que toute une gamme d’autres bactéries Bacillus, Staphylococcus, Lactobacillus consomment les nutriments disponibles et stabilisent le produit. »

« A chaque stade, la plupart de ces organismes, à l’exception de A. oryzae ajouté, pourrait également être retrouvée sur les surfaces de l’équipement, ce qui suggère qu’un microbiome maison fournit les microbes nécessaires pour réaliser la fermentation », dit Mills. « Ainsi, les conditions environnementales sont importantes pour la maîtrise de ces fermentations. »

Les résultats font écho à d’autres études de  Mills et de ses collaborateurs dans d’autres entreprises alimentaires : un fromager artisanal, et des installations de production de vin, dit-il. Il ajoute que cette ligne de recherche est actuellement au stade de l’histoire naturelle où un recensement est entrepris et que la compréhension écologique, le genre d’entente qui permettra l’amélioration prédictive des produits, viendra plus tard. Mais il s’attend à ce que cette sorte de surveillance des installations devienne la norme.

« Comprendre l’interface microbienne entre les entreprises alimentaires et les produits alimentaires d’une manière globale sera important pour la maîtrise de la sécurité et de la qualité de nombreux et différents aliments et boissons », dit Mills.

Le manuscrit peut être consultée en ligne sur http://bit.ly/asmtip0714h. La version finale de l’article est prévu pour le numéro de septembre 2014 de la revue Applied and Environmental Microbiology.

France : Rappels de plusieurs fromages pour soit présence de E. coli ou soit présence de Listeria monocytogenes

26
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Lait, Listeria, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

Selon le journal Libération du 26 juillet reprenant une dépêche de l’AFP, « La société L’Etoile du Vercors a précisé dans un communiqué avoir procédé au retrait des fromages Saint-Marcellin IGP, Saint-Félicien, Séchon de vache et Tommes du Dauphiné, vendus sous différentes marques commerciales dans toute la France, après la mise en évidence de la présence d’escherichia coli (E. coli) dans ces produits, dont la date limite d’utilisation optimale est située entre le 4 août et le 3 septembre 2014.

« Les magasins concernés par la distribution du lot contaminé ont procédé à son retrait et informé les consommateurs grâce à des affichettes mises sur les lieux de vente concernés », a-t-elle précisé.

Certains fromages ayant été commercialisés avant la mesure de retrait, il est demandé aux personnes qui détiendraient ces produits de ne pas les consommer et de les rapporter à leur point de vente. »

Je ne sais pas si l’on saura de quel type de E. coli il s’agit. Pas encore de nouvelles en ce 26 juillet, ni des distributeurs, ni des autorités …

Par ailleurs toujours selon le journal Libération, « Le grossiste Desailly, à Rungis, a indiqué dans un communiqué distinct avait pris les mêmes mesures pour un gorgonzola de marque «Lago Monate», vendu à la coupe depuis le 1er juillet dans des centres Leclerc en France ainsi que sur des marchés de tout le territoire national.

La présence de la bactérie Listeria monocytogenes a été mise en évidence dans ce produit, dont la date préférable de consommation se situe avant le 9 août 2014.

Ceux qui en auraient déjà consommé et qui présenteraient de la fièvre, accompagnée ou non de maux de tête – les symptômes de la listériose – sont invités à consulter leur médecin traitant, le délai d’incubation pouvant aller jusqu’à 8 semaines en cas d’infection. Le risque est plus particulièrement élevé pour les femmes enceintes, les personnes âgées et/ou immuno-déprimées.

La société Desailly peut être jointe au numéro de téléphone 01 46 87 24 45. »

Pas encore de nouvelles en ce 26 juillet, ni des distributeurs, ni des autorités …

Ce denier rappel me semble être tout aussi distinct d’un rappel récent de gorgonzola du 22 juillet 2014 dans un centre Leclerc pour cause de présence de Listeria monocytogenes. Il avait été question de « Gorgonzola Bassi ».

Etats-Unis : Des audits tierce partie favorables dans des exploitation agricole liées plus tard à des foyers de cas d’infections d’origine alimentaire

25
juil
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Classé dans Audit, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Des audits tierce partie ont réalisé des revues de la sécurité des aliments favorables dans des exploitations agricoles liées plus tard à des foyers de cas d’infections d’origine alimentaire », source Food Safety News du 25 juillet 2014.

L’audit tierce partie, qui a passé en revue Jensen Farms, quelques semaines avant que ses melons cantaloups ne provoquent une éclosion mortelle de listériose en 2011, a également donné un audit positif à une exploitation qui a livré de la laitue romaine impliquée dans une plus récente éclosion à E. coli dans les salades de marque Trader Joe’s, selon des documents obtenus par Food Safety News.

?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????PrimusLabs basé en Californie a donné un score de plus de 95% à Ratto Bros. à Modesto, en Californie, le 8 août 2013. Deux mois plus tard, en octobre 2013, au moins 33 personnes sont tombées malades à cause de E. coli O157:H7 dans un foyer de cas d’infection qui impliquait comme source la plus probable de la contamination, de laitues romaine distribuées par Ratto Bros., cultivées par Lake Bottom Farms et vendues par Trader Joe’s et Walgreen.

Après l’éclosion à E. coli,des agents du California Department of Health ont visité Ratto Bros. et ont prélevé des échantillons environnementaux. Cinq prélèvements sur 44 ont été testés positifs pour E. coli, bien que les prélèvements ne soient en conformité génétique avec la souche de l’éclosion et n’ont pas été prises à la ferme.

PrimusLabs a au départ donné à Ratto Bros. un score de 95,91 sur 100 pour le management de la sécurité des aliments et les bonnes pratiques agricoles. La ferme a perdu des points pour avoir une présence d’animaux sur un ranch en l’occurrence des oiseaux, ainsi que des chiens sur un terrain adjacent et une source d’eau, un canal, qui était accessible aux animaux.

A la suite de cela, Ratto Bros. a eu la possibilité d’une action corrective et PrimusLabs a amélioré leur score à 99,32, le seul problème restant étant que les animaux avaient encore techniquement l’accès au canal, malgré le fait que la ferme ait pris un certain nombre d’autres mesures pour prévenir la contamination de l’eau du canal .

PrimusLabs avait donné un score aussi élevé à Jensen Farms à l’été 2011, quelques semaines avant que des consommateurs ne commencent à tomber malade en août 2011 avec des infections à Listeria liées aux melons cantaloups cultivés dans l’exploitation agricole. Au moins 146 personnes avaient été malades et 33 sont décédés de leur infection.

On lira aussi l’article très instructif de Bill Marler, Primus Linked Again to a Great Audit and a Foodborne Illness Outbreak (Primus lié de nouveau à un super audit et à une éclosion de maladies d’origine alimentaire).

Les virus tout au long de la vie et du temps

24
juil
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Classé dans Environnement, Microbiologie, Non classé, Santé, Virus.

VirusesThroughoutLifeL’Américan Academy of Microbiology publie « Les virus tout au long de la vie & du temps : amis, ennemis, agents du changement (Viruses Throughout Life & Time: Friends, Foes, Change Agents) ».

Résumé.

Contrairement à leur réputation négative comme agents causal de maladies, certains virus peuvent exercer des fonctions biologiques et évolutives essentielles qui aident à façonner le monde dans lequel nous vivons aujourd’hui, selon un nouveau rapport de l’American Academy of Microbiology.

« Les virus participent aux processus essentiels de la Terre et influencent toutes les formes de vie sur la planète, de la contribution aux cycles biogéochimiques, façonnant la composition atmosphérique, et conduisant aux grands événements de la spéciation », déclare Marilyn Roossinck de l’université d’État de Pennsylvanie, une membre du comité de pilotage qui a contribué à l’organisation du colloque.

Le rapport, Viruses Throughout Life & Time: Friends, Foes, Change Agents, est basé sur la délibération d’un groupe d’experts scientifiques qui se sont réunis pendant deux jours à San Francisco, Californie en juillet 2013 pour répondre à une série de questions concernant la diversité des rôles que les virus jouent dans le monde naturel.

« L’inspiration de la tenue du colloque était que les études de métagénomique récentes sur les virus ont indiqué que nous savons très peu de choses sur le monde réel des virus. La quasi-totalité de la recherche publiée porte sur les virus qui causent des maladies chez l’homme et les plantes et les animaux domestiques. Cela ne représente certainement qu’une très petite fraction des virus qui existent vraiment », dit Roossinck. « Il est très important de comprendre le monde réel des virus, car cela peut éclairer notre compréhension de base de la vie et de ses origines, ainsi que les grands phénomènes de la terre comme le cycle du carbone. »

Au-delà de leur impact pathogène, le rapport examine en profondeur la taille de la virosphère, l’origine des virus, le rôle biologique et écologique des virus, et comment ces formes vivantes ont contribué à l’évolution. D’autres faits saillants du rapport expliquent comment certains virus sont des organismes commensaux ou symbiotes, leur fonctionnement dans les communautés microbiennes et leur rôle dans le maintien de la biosphère. L’éventail des responsabilités assumées par les virus est dû à leur diversité de séquence et leur plasticité génomique incroyables, dénommée « matière noire virale ».

Le rapport conclut en stimulant les lecteurs à réfléchir sur ces questions clés : « Que se passerait-t-il si les virus n’avaient jamais existé sur Terre ? La vie aurait-elle évolué très différemment ? »

La recherche continue sur les virus aidera à répondre à ces questions passionnantes.

Le microbiome inexploité des plantes pourrait aider à nourrir des milliard d’habitants

23
juil
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie.

B90087C4-D124-4634-83263CD381252516_article« Le microbiome inexploité des plantes pourrait aider à nourrir des milliard d’habitants ». Source Scientific American.

Le projet sur le microbiome humain a révélé des dizaines de milliers de milliards de microbes vivants dans et sur les êtres humains. Les scientifiques sont en train de faire un recensement des microbes des plantes – et pas seulement les centaines de milliards retrouvés dans le sol. Des communautés microbiennes distinctes vivent à l’intérieur des racines, des feuilles et des fleurs, et dans l’ensemble, elles ont une diversité génétique estimée être de trois à six ordres plus grande que les plantes hôtes. Ce deuxième génome, tout comme le microbiome humain, fournit à la plante les éléments nutritifs et l’aide à supprimer la maladie. Les scientifiques et les agriculteurs aussi pensent qu’elle représente la prochaine grande chose dans l’agriculture.

Les travaux ont été publiés dans le numéro de juin 2014 de la revue Ecology Letters.