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Articles de la catégorie 'Microbiologie'

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Savez-vous quels sont les microbes présents dans la dernière toilette publique que vous avez utilisé ?

24
nov
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Nettoyage-Désinfection, Santé, Virus.

Tout ou presque ce que vous avez toujours voulu savoir sur les communautés microbiennes présentes dans les toilettes, sans jamais oser le demander !

Eh oui, le marketing de la propreté peut nous proposer des produits surpuissants qui éliminent 99,9% des bactéries, qui « nettoient et désinfectent parfaitement vos surfaces, et les laissent propres et brillantes comme au premier jour » (belle formule !), mais selon des scientifiques, même le nettoyage de toilettes quotidiennement n’a pas beaucoup d’influence sur la composition de la communauté de microbes qui y vit. » Source npr.

Le but de l’étude, publiée dans le numéro de décembre de la revue de l’ASM, Applied and Environmental Microbiology, était de mieux comprendre comment les communautés de bactéries et de virus peuvent se déplacer dans ces lieux très publics pendant deux mois.

Pour ce faire, les chercheurs ont sélectionné quatre toilettes à la San Diego State University.

nprbathroom_wide-b891ec9cceb999888de29d0b110dfe57e6180369-s900-c85Ils ont étudié deux toilettes femmes et deux toilettes hommes (une toilette avec un trafic élevé et une toilette avec un faible trafic pour chaque sexe). Les toilettes ont été très soigneusement nettoyées au début de l’étude avec une solution d’eau de Javel, qui a tué les communautés microbiennes existantes.

Puis, au cours des heures, des jours, des semaines et des mois d’une utilisation humaine, les chercheurs ont écouvillonnés périodiquement les distributeurs de savon, les sols et les sièges des toilettes dans les quatre toilettes afin de recueillir des prélèvements de microbes. Parce que certains micro-organismes microscopiques ne se cultivent pas dans des boîtes de Petri (en particulier ceux qui sont présents dans l’intestin humain), les chercheurs ont utilisé la méthode du séquençage génétique pour obtenir une identification plus complète.

Dans l’heure qui a suivi la stérilisation, les toilettes ont été complètement colonisées par des microbes. Les bactéries fécales étaient dominantes, y compris sur les sièges des toilettes et les distributeurs de savon, environ 45% des bactéries avaient une origine fécale.

En tout, les scientifiques ont trouvé des traces génétiques de plus de 77 000 types distincts de bactéries et de virus. (Certaines de ces espèces étaient susceptibles d’être mortes ou dormantes, ajoutent les scientifiques ; les tests génétiques les détectent toutes, quel que soit leur statut.)

Les profils de recroissance et de succession, car certaines espèces, déclinaient, et d’autres les ont remplacées, étaient étonnamment semblables d’une toilette à l’autre ; en seulement cinq heures, la composition de la population dans chaque toilette s’est stabilisée.

Lorsque l’équipe a essayé de cultiver les microbes de surfaces différentes dans chaque pièce, ils ont trouvé un ensemble de bactéries vivantes avec une abondance écrasante : Staphylococcus.

« Ce sont de vrais survivants », a dit Jack Gilbert, écologiste microbien au Argonne National Laboratory, et co-auteur de la nouvelle étude. Même après que quelques toilettes aient été fermées, ces communautés de microbes générées par l’homme ont continué à prospérer.

Dans le résumé, les auteurs indiquent que « Des gènes de virulence associés au SARM ont été retrouvés sur les sols, mais n’étaient pas présents dans le pangénome des Staphylococcus. L’abondance des virus, principalement des entérophages, des virus du papillome humain et des virus de l’herpes humain, était significativement corrélée avec une abondance de bactéries, et ont montré un ratio faible inattendu des virus aux bactéries dans les prélèvements de surface, ce qui suggère que les hôtes bactériens sont pour la plupart en sommeil sur les surfaces des environnements de ces lieux. »

Référence.  Sean M. Gibbons, Tara Schwartz, Jennifer Fouquier, Michelle Mitchell, Naseer Sangwan, Jack A. Gilbert, and Scott T. Kelley. Ecological succession and viability of human-associated microbiota on restroom surfaces. Applied and Environmental Microbiology Published ahead of print 14 November 2014, doi: 10.1128/AEM.03117-14.

NB : Cela étant dit, continuez à nettoyer très régulièrement vos toilettes …

Les souches de E. coli entérotoxinogéniques sont étroitement liées

21
nov
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Les souches de E. coli entérotoxinogéniques sont étroitement liées », source ASM News.

Les souches de Escherichia coli entérotoxigénique (ETEC) qui infectent les adultes et les enfants en Asie, en Afrique et aux Amériques, ont notamment des toxines et des facteurs de virulence semblables, selon une étude publiée dans le Journal of Bacteriology. Cela augure bien pour le développement d’un vaccin, explique l’auteur correspondant Åsa Sjöling, du Karolinska Institutet, Stockholm, Suède. Les ETEC infectent 400 millions de personnes par an, soit 5,3% de la population mondiale, et tuant 400 000 personnes.

enterotoxigenicDans l’étude, Sjöling et al. ont cherché à déterminer si la toxine thermolabile (TL) est devenue plus toxique au cours du temps, et si la bactérie a évolué pour sécréter plus de cette toxine. La TL provoque la « diarrhée du voyageur » qui afflige si souvent les Américains à l’étranger, et qui empoisonne les résidents de nombreux pays à faible et moyen revenu. Mais ils ont constaté que sur une période de 30 ans à partir de laquelle ils avaient des isolats, les deux types de toxines les plus puissantes, les TL1 et TL2, avaient peu changé, mais s’étaient propagées dans le monde.

« Lorsque de nouvelles souches ETEC acquièrent soit la TL1 ou la TL2 ils semblent y avoir plus de chance de persister et de se propager », dit Sjöling. Les facteurs de colonisation, les composés que la bactérie utilise pour adhérer à la paroi intestinale sont, également restés conservés au fil du temps, et les facteurs de colonisation les plus communs identifiés à l’échelle mondiale ont été souvent associés aux TL1 et TL2.

Les résultats de la recherche d’une collaboration entre l’université de Göteborg (où Sjöling a fait cette recherche), qui possède la plus grande collection au monde de souches ETEC, et des experts du séquençage du Sanger Institute, Cambridge, au Royaume-Uni. « Nous avons vite vu que les souches avec des variants des toxines similaires et un profil de facteurs de colonisation restent souvent étroitement liées, malgré le fait d’avoir été isolées sur des continents différents, avec un temps espacé entre ces isolements allant jusqu’à 30 ans », dit Sjöling.

Le document est publié en même temps dans Nature Genetics par un grand nombre des mêmes auteurs. Dans ce document, les investigateurs ont développé des données de séquence du génome entier de 362 souches ETEC de plus de 30 ans, dans 20 pays. « Cette recherche renforce notre conviction qu’il est possible de cibler un large éventail de groupes ETEC avec un vaccin », dit Gordon Dougan du Sanger Institute, co-auteur de deux documents.

« Nous croyons que le vaccin mis au point à l’université de Göteborg sera protecteur et utile à l’échelle mondiale car ce vaccin est basé sur des types de toxines et des facteurs de colonisation que nous avons retrouvé pour être les plus présents dans le monde entier », explique Sjöling.

Alors qu’on croyait que les ETEC variaient considérablement d’un endroit à l’autre, les investigateurs de Nature Genetics ont suivi la plupart des 21 lignées à une bactérie individuelle qui a acquis l’information génétique nécessaire pour infecter l’homme, entre 51 et 174 ans auparavant, puis se propager. Cela suggère, à son tour, que la bactérie est stable, et qu’il est improbable que le vaccin devienne résistant, et qu’il sera efficace dans le monde entier chez les enfants et les adultes, dit Sjöling.

NB : Photo issue de ce site.

Royaume-Uni : Faire cuire le poulet ne réglera pas le problème de Campylobacter

20
nov
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Hygiène, Microbiologie, Non classé, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Royaume-Uni : Faire cuire le poulet ne réglera pas le problème de Campylobacter », source Doug Powell du barfblog du 19 novembre 2014.

Le British Poultry Council (BPC) a dit The Grocer que les articles dans les médias selon lesquels les supermarchés vendent sciemment des poulets contaminés par Campylobacter peut induire en erreur les consommateurs, et qu’« une cuisson correcte et l’observation d’une bonne hygiène en cuisine » régleront le problème. Il est facile de tancer les consommateurs mais que font les producteurs pour réduire le risque ? dit Doug Powell.

campy_freeUn article paru (le 19 novembre) dans The Times a cité des données du BPC qui ont montré que 24% des prélèvements testés au hasard parmi une série de 5 000 poulets étaient positifs avec les taux les plus élevés de contamination par Campylobacter.

Les résultats étaient similaires à ceux révélés en août dans la première série de résultats trimestriels d’une enquête sur 12 mois actuellement entreprise par la FSA sur la prévalence et le taux de contamination par Campylobacter sur des poulets entiers réfrigérés et de leur emballage. L’enquête de la FSA a montré que 16% des poulets avaient les taux les plus élevés de contamination avec plus de 1000 unités formant colonie par gramme (ufc) et 26% entre 100 et 1000 ufc/g.

Le directeur général du BPC, Andrew Large, a dit que l’article du Times est basé sur un petit échantillon d’analyses, conçu pour aider les membres du groupe de travail mixte sur Campylobacter dans leurs opérations.

« Comme les données ne sont ni complètes, ni statistiquement robustes, elles ne seront pas utiles aux consommateurs et risquent de les induire en erreur », a-t-il averti, ajoutant : « Les consommateurs ont un rôle clé à jouer car une bonne hygiène en cuisine restera la pierre angulaire de la prévention des maladies d’origine alimentaire. »

Un porte-parole du British Retail Consortium a dit : « Aussi longtemps que Campylobacter est présent dans la chaîne alimentaire, et nous ne disposons pas encore de solution malgré nos meilleurs efforts, nous devons maintenir le message très fort que le poulet cru doit être manipulé avec une attention appropriée et la diffusion de données incomplètes pourrait diluer ce message aux consommateurs et conduire à la confusion. »

La FSA doit publier la semaine prochaine la deuxième série de résultats trimestriels de son enquête sur Campylobacter, et qui aussi citera et blâmera (name-and-shame) les noms des distributeurs ayant les pires résultats sur les poulets contaminés par Campylobacter.

NB : La question subsidiaire est de savoir si le British Retail Consortium défend les intérêts des entreprises alimentaires ou les consommateurs et la sécurité des aliments est-elle soluble dans les certificats privés ?

Etats-Unis : L’étiquetage bio ou sans antibiotiques des poulets n’a pas d’incidence sur la présence de pathogènes entériques et de Escherichia coli résistants aux antibiotiques

19
nov
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

05CHIC-tmagArticleRésumé.

Nous avons étudié les bienfaits implicites pour la santé de poitrines de poulet vendu chez les distributeurs étiquetés comme « bio » ou « sans antibiotiques » par rapport aux produits conventionnels basés sur la fréquence de la contamination par Salmonella spp., Campylobacter spp. et les coliformes résistants aux fluoroquinolones, aux céphalosporines à spectre étendu ou aux carbapénèmes. Nous avons acheté 231 poitrines de poulet préemballées de 99 magasins représentant 17 chaînes de vente dans l’Ohio, le Michigan et la Pennsylvanie de juin à septembre 2012. Quatre-vingt-six produits (41,5%) étaient étiquetés « sans antibiotiques » et 40 produits (17,3%) étaient étiquetés « bio », avec les 95 restants (41,1%) n’avaient aucune allégation sur l’étiquetage. Salmonella a été rétrouvé dans 56 produits (24,2%) et le taux de récupération n’a pas été différent entre les différents types de produits. Cinq pour cent des produits contenaient Salmonella hébergeant le gène blaCMY-2 de résistance aux céphalosporines à spectre étendu, représentant 21,4% des isolats de Salmonella. Campylobacter spp. a été retrouvé chez 10,8% des produits, avec des taux observés de récupération semblables pour les trois types de produits. En utilisant des milieux sélectifs, nous avons récupéré Escherichia coli hébergeant blaCMY-2 dans plus de la moitié des produits (53,7%) avec des taux de récupération semblables pour tous les types de produits. En outre, nous avons récupéré E. coli hébergeant blaCTX-M (gène de résistance aux beta-lactamines) de 6,9% des produits, et E. coli avec des mutations QRDR (pour Quinlone Resistance-Determining Region ou régions déterminant la résistance aux quinolones) dans 8,2% des produits. Les E. coli résistants aux fluoroquinolones obtenus en utilisant des milieux sélectifs ont été plus fréquents (p < 0,05) chez les produits conventionnel (18,9%) par rapport aux produits bio (0) et aux produits sans antibiotiques (2,1%). Nos résultats indiquent que, indépendamment du type de produit, les poitrines de poulet réfrigérées vendus en distribution sont souvent contaminées par des pathogènes entériques associés à des maladies d’origine alimentaire et des bactéries commensales hébergeant des gènes conférant une résistance aux antimicrobiens d’importance critique.

Mollenkopf Dixie F., Cenera Johana K., Bryant Erin M., King Christy A., Kashoma Isaac, Kumar Anand, Funk Julie A., Rajashekara Gireesh, and Wittum Thomas E. Organic or Antibiotic-Free Labeling Does Not Impact the Recovery of Enteric Pathogens and Antimicrobial-Resistant Escherichia coli from Fresh Retail Chicken. Foodborne Pathogens and Disease. ahead of print. doi:10.1089/fpd.2014.1808.

NB : On lira aussi Etats-Unis : Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez des poulets cashers, des poulets bio et des poulets élevés sans antibiotiques !, Des pathogènes résistants aux antibiotiques persistent chez le porc élevé sans antibiotiques et Le porc sans antibiotique, marketing ou sécurité des aliments ?

Grande-Bretagne : Investigation sur une éclosion nationale à E. coli

19
nov
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

Ecoliarrows_320x175« Grande-Bretagne : Investigation sur une éclosion nationale à E. coli », source Food Safety Watch.

La Public Health England (PHE) enquête actuellement sur une éclosion nationale de cas d’infection à Escherichia coli qui a touché jusqu’à présent plus de 80 personnes en Angleterre et au Pays de Galles et en Ecosse. La source de l’éclosion n’a pas encore été identifiée.

À ce jour, 75 cas primaires d’infection avec la même souche de E. coli de l’éclosion ont été identifiés (67 en Angleterre, 3 au Pays de Galles et 5 en Ecosse). Au moins 10 cas secondaires causés par contact avec un cas primaire ont également été signalés et 25 personnes ont dû être hospitalisées.

Le communiqué du PHE ne permet pas d’identifier le type de E. coli en cause, mais 58 personnes ont signalé une diarrhée sanglante, et il semble probable que ce soit une souche productrice de vérocytotoxines (VTEC) comme O157. Toutefois, aucun cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) n’a encore été signalé.

L’origine de l’éclosion est actuellement à l’étude et l’enquête se concentre sur des aliments consommés par les personnes concernées pour tenter d’identifier les liens. La distribution à grande échelle du nombre de cas suggère une source unique d’origine alimentaire.