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Articles de la catégorie 'Microbiologie'

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Éclosions en cours de listériose invasive due à Listeria monocytogenes sérotype 1/2a dans la province d’Ancône, Italie, janvier 2015 à février 2016

1
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

ListeriaRésumé.

Au cours des sept premières semaines de 2016, cinq isolats de Listeria monocytogenes de sérotype 1/2a ont été prélevés sur des patients atteints de listériose invasive dans les provinces d’Ancône en Italie. Ces souches et six isolats 1/2a identifiés en 2015 dans la même zone ont été typés par ERIC-PCR et PFGE. Une relation clonale, documentée entre les deux ensembles d’isolats, a suggéré une éclosion de listériose à Ancône qui a commencé très probablement en 2015. L’enquête sur la source de l’infection est toujours en cours.

Dans la discussion et la conclusion, les auteurs indiquent :

L’incidence de la listériose a augmenté depuis le début des années 2000 dans plusieurs pays européens, principalement chez les patients immunodéprimés âgés de plus de 65 ans. En particulier, une augmentation statistiquement significative a été rapportée en Autriche, Danemark, Hongrie, Italie, France, Espagne et Suède de 2005 à 2009. Au cours des 30 dernières années, les éclosions de listériose ont principalement liées au sérotype 1/2a et 4b. Un changement du sérotype 1/2a a été observé en Europe et en Amérique du Nord durant la dernière décennie. En Italie, la surveillance de la listériose invasive a constaté une augmentation des isolats avec le sérotype 1/2a sur la même période, principalement dans les régions du centre et du nord (environ 80% des cas).

La listériose est une infection avec une grande préoccupation pour la santé publique en raison de la sévérité clinique et son taux de létalité élevé, en dépit de sa faible incidence comparée aux autres maladies d’origine alimentaire telles que la salmonellose ou la campylobactériose. Les données actuelles suggèrent une éclosion en cours de listériose due à L. monocytogenes de sérotype 1/2a dans l’area vasta 2 (AV2) qui a très probablement commencée en 2015, étant donné que la souche était déjà présente dans la région en 2015. Comme dans d’autres pays européens, la plupart des cas ont été associés à une condition sous-jacente et ont concerné des personnes âgées. Les autorités locales travaillent avec l’Institut national italien de la santé publique (Istituto Superiore di Sanità, Rome) et l’Istituto Zooprofilattico des régions d’Ombrie et des Marches pour identifier les sources de contamination des aliments. Un récent communiqué de presse souligne qu’il y a des constatations qui suggèrent la contamination d’un produit de porc comme probable véhicule de l’infection sur au moins un cas humain. À l’heure actuelle, toutefois, aucun lien clair peut être établi entre un produit contaminé de charcuterie et les infections. L’enquête sur la source de l’infection dans l’AV2 est toujours en cours.

Référence. Marini E, Magi G, Vincenzi C, Manso E, Facinelli B. Ongoing outbreak of invasive listeriosis due to serotype 1/2a Listeria monocytogenes, Ancona province, Italy, January 2015 to February 2016. Euro Surveill. 2016;21(17):pii=30217.

Évaluation du taux d’erreurs lié à la coloration de Gram

30
avr
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Classé dans Curiosité, Microbiologie, Normalisation, Santé.

« Évaluation du taux d’erreurs lié à la coloration de Gram », mBiosphere.

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Seuls un petit nombre de réactifs sont nécessaires pour la coloration.

La coloration de Gram, aussi connue comme la coloration de Gram de Hans Christian Gram, est l’une des premières techniques des étudiants en microbiologie en herbe qui l’apprennent dans leurs premiers cours de laboratoire. C’est même un bon exercice pour des étudiants plus jeunes (avec une supervision adéquate, bien sûr), en raison de sa simplicité et les cellules sont colorées, joliment colorées résultant de la procédure. Le protocole est souvent enseigné en tandem avec des leçons sur la structure bactérienne, puisque la coloration différentielle permet de déterminer si un isolat est une bactérie à Gram positif ou Gram négatif.

En raison de sa simplicité et du résultat rapide, la coloration de Gram joue également un rôle important dans la microbiologie clinique. L’apprentissage de la structure cellulaire aide à éliminer des étiologies pathologiques potentiels : Un isolat qui est une bâtonnet Gram négatif ne vous dit pas ce c’est, mais cela aide à éliminer ce qu’il n’est pas. Cette information peut également informer les cliniciens sur le meilleur choix du médicament antimicrobien, au moins jusqu’à ce que l’isolat puisse être cultivé et son profil de résistance aux antibiotiques caractérisée. Bien que relativement simple techniquement, la coloration de Gram a joué un grand rôle dans le diagnostic pendant des décennies.

Mais que se passe-t-il si un technicien dit que la coloration est Gram positif et qu’un autre dise Gram négatif ? Voilà la situation décrite dans le Journal of Clinical Microbiology, disponible en ligne. L’interprétation d’une coloration de Gram sur une lame est intrinsèquement subjective, et de nombreux facteurs peuvent jouer un rôle dans un échantillon correctement coloré, dont la fixation de l’échantillon, le protocole de coloration et l’analyse de la lame. L’étude a comparé les techniques de coloration de Gram et les résultats dans quatre grands centres cliniques américains de microbiologie.

Des critères normalisés ont été utilisés pour comparer les capacités des techniciens dans différents laboratoires à identifier correctement des cultures respiratoires, des fluides, des biopsies de tissu et des plaies. Chaque site avait des centaines de spécimens sélectionnés pour ceux qui étaient « discordants » – si une analyse de la culture correspondante a permis la culture de bactéries ne correspondant pas la coloration de Gram désignée, la coloration d’origine était examiné par un membre expérimenté du laboratoire pour déterminer si le résultat de la coloration était une erreur. L’erreur pouvait être soit une coloration incorrecte ou une évaluation inexacte de la présence bactérienne.

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Cocci Gram positif et Bacillus Gram négatif

Tous les laboratoires cliniques avaient environ 5% de leurs spécimens examinés notés comme discordants, et le premier obstacle a été d’identifié en essayant de trouver les lames originales : seules 87% ont pu être trouvé en raison de la désorganisation. En examinant les lames disponibles, les chercheurs ont constaté que près d’un quart des écarts étaient dus à une lecture erronée de la coloration (Gram positif décrit de façon erronée comme Gram négatif ou vice-versa). La plupart des résultats discordants ont été soit un frottis fixé négatif/une culture positive ou un frottis fixé positif/une culture négative – ce qui signifie que l’erreur la plus commune était de déterminer s’il y avait vraiment une infection bactérienne.

Des différences dans les interprétations de la coloration de Gram ont été retrouvées dans des études précédentes, mais la plupart des études se sont concentrées sur la variabilité de personne à personne dans un seul laboratoire. Cette étude dans plusieurs centres a été conçu pour mettre l’accent sur la nécessité de normes plus strictes dans tous les laboratoires de microbiologie, car ces erreurs peuvent avoir un impact majeur sur la guérison des patients. Une petite taille de l’échantillon, des cellules bactériennes en petit nombre à cultiver ou une fixation inadéquate peut tous conduire à des faux négatifs, ce qui pourrait retarder le traitement. Le type de fixation (méthanol par rapport au chauffage) n’a pas joué un impact majeur, car un seul site qui a utilisé la fixation au méthanol avait des taux d’erreur comparables aux trois sites utilisant la fixation à la chaleur. Une coloration de Gram automatisée peut normaliser le protocole, mais cela n’a pas empêché le seul site avec cette machine d’erreurs sur la base de l’interprétation.

Pour corriger ces erreurs, l’équipe de chercheurs recommande l’éducation : à la fois une éducation des médecins, pour commander les bons tests (des tests de croissance anaérobies désordonnées conduisent à coloration de Gram positif/une culture avec des résultats négatifs) et une éducation des techniciens, afin de mieux préparer et analyser les lames des spécimens. Prenant exemple sur les anatomo-pathologistes, les chercheurs recommandent également de tracer l’erreur par type et individu, qui peut révéler des profils d’erreurs accessibles à traiter. La normalisation de cette procédure de diagnostic important permettra de minimiser des erreurs médicales évitables.

L’auteur de l’article s’adresse aux lecteurs :

Avez-vous une expérience en microbiologie clinique ? Quels changements proposeriez-vous pour éliminer les erreurs de lecture dues aux colorations de Gram ? La procédure doit-elle être automatisée ? Laissez vos réflexions et vos expériences dans la rubrique commentaires de l’article paru dans mBiosphere ici.

A propos du ou des lavages des salades, ici et là …

30
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

man-eating-lettuce-400x400La question du titre résume à elle seule l’article, « Les salades prêtes à consommer en l’état sont-ils prêtes à consommer ? »

Il s’agit d’un article sur une éclosion à Salmonella Coeln ln en Norvège en novembre 2013 liée à l’importation de salades mélangées, prélavées et ensachées dans laquelle « La salade est probablement la source de l’éclosion », selon les autorités norvégiennes (Folkehelseinstituttet).

Résumé.

Nous avons investigué une éclosion nationale à Salmonella Coeln en Norvège, comprenant 26 cas identifiés entre le 20 octobre 2013 et le 4 janvier 2014. Nous avons effectué une étude cas-témoins appariés, une enquête environnementale et une traçabilité détaillée des achats alimentaires pour identifier la source de l’éclosion.

Dans l’étude cas-témoins, les cas se sont avérés plus susceptibles que les témoins d’avoir consommé un mélange prêt à être consommé de de salades (odds ratio apparié 20, intervalle de confiance à 95% 2,7-∞). Avec la traçabilité des achats, une marque de mélange de salades prêt à être consommé a été retrouvée, mais tous les prélèvements environnementaux ont été négatifs pour Salmonella.

Cette éclosion souligne que les salades prélavées et ensachées comportent un risque d’infection malgré des procédures de nettoyage approfondi par l’importateur. Pour réduire davantage le risque d’infection par la consommation de salades prêtes à être consommées, la qualité du produit doit être assurée par les importateurs.

L’éclosion liée aux salades renforce l’importance de la mise en œuvre de systèmes appropriés de management de la sécurité des aliments, comprenant des bonnes pratiques de la production de laitue.

Référence. F. Vestrheim, H. Lange, K. Nygård, K. Borgen, A. L. Wester, M. L. Kvarme and L. Vold. Are ready-to-eat salads ready to eat? An outbreak of Salmonella Coeln linked to imported, mixed, pre-washed and bagged salad, Norway, November 2013. Epidemiology and Infection, Volume 144, Issue 8, June 2016, pages 1756-1760.

USC1009846_026-300x200Par ailleurs, Ben Chapman du barfblog relate cette information en provenance des Etats-Unis où il est à la mode proposer des salades lavées trois fois et il indique que « relaver à la maison des salades lavées trois fois peut seulement augmenter le risque de maladies d’origine alimentaire. »

Dans un article de Stephen Kearse of Slate dont le titre est : « Why Are Salad Greens Always Labeled ‘Triple-Washed’? » ou « Pourquoi les salades vertes sont-elles étiquetées ‘triple lavage’ ? », il est dit :

L’étiquetage triple lavage (et son homologue moins spécifique, « lavé très soigneusement ») est un mélange copieux de faits et d’offuscation (ou obscurcissement). Le triple lavage est le point final d’une longue chaîne de pratiques de management des risques qui sont conçues pour assurer la sécurité des aliments. Mais, ironiquement, le triple lavage aide les entreprises à éviter d’être transparent au sujet de leurs pratiques en matière de sécurité sanitaire des aliments. « Lavage triple » implique que tout ce que vous devez savoir sur la sécurité sanitaire de la salade est le lavage – alors qu’en fait c’est beaucoup plus compliqué que cela.

Ben Chapman, un spécialiste de la sécurité des aliments et chercheur à l’Université d’État de Caroline du Nord, a expliqué que le triple lavage est au moins partiellement une préparation esthétique. Triple lavage n’est pas une étape de la sécurité des aliments », a-t-il dit. « C’est une étape qualité. »

Je serais tenté de dire que c’est une étape ou une démarche marketing … car rien ne vaut la maîtrise du champ à l’assiette …

Une étude canadienne montre que le soja peut être utilisé comme antibactérien

30
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« Le soja montre une action prometteuse comme agent naturel antimicrobien, selon une étude », source communiqué de l’Université de Guelph du 25 avril 2016.

Des isoflavones et des peptides de soja peuvent inhiber la croissance de micro-organismes pathogènes qui causent des maladies d’origine alimentaire, selon une nouvelle étude de l’Université de Guelph.

Soybeans-legumes-300x142Les dérivés de soja sont déjà un pilier des produits alimentaires, tels que les huiles de cuisson, les fromages, la crème glacée, la margarine, les pâtes à tartiner, les conserves et les produits de boulangerie.

L’utilisation d’isoflavones et de peptides de soja pour réduire la contamination microbienne pourrait profiter à l’industrie alimentaire, qui utilise actuellement des additifs synthétiques pour protéger les aliments, explique le professeur Suresh Neethirajan, directeur du BioNano Laboratory.

Les chercheurs ont utilisé un secreening microfluidique à haut débit pour réaliser des millions de tests pendant une courte période.

Ils ont constaté que le soja peut être un agent antimicrobien plus efficace que les produits actuels parmi les produits chimiques synthétiques.

L’étude est publiée dans la revue Biochemistry and Biophysics Reports.

« L’utilisation intensive des agents antimicrobiens chimiques a fait que certaines souches de bactéries deviennent très résistantes à ces produits, ce qui les rend inefficaces pour la plupart », a déclaré Neethirajan.

« Des peptides et des isoflavones de soja sont biodégradables, respectueux de l’environnement et non toxiques. La demande de nouveaux moyens de lutte contre les microbes est énorme, et notre étude suggère que des isoflavones et des peptides de soja pourraient faire partie de la solution. »

Neethirajan et son équipe ont trouvé que des peptides et des isoflavones de soja limitaient la croissance de bactéries, dont des pathogènes comme Listeria et Pseudomonas.

« La chose vraiment excitante à propos de cette étude est qu’elle montre la promesse de surmonter la question des antibiotiques actuels à tuer les bactéries sans distinction, qu’ils soient pathogènes ou bénéfiques. Vous avez besoin de bactéries bénéfiques dans l’intestin pour être en mesure de transformer correctement les aliments », a-t-il dit.

Les peptides font partie des protéines, et peuvent agir comme des hormones, des producteurs d’hormones ou des neurotransmetteurs. Les isoflavones agissent comme des hormones et contrôlent une grande partie de l’activité biologique au niveau cellulaire.

Des chercheurs canadiens décrivent la première éclosion du parasite Cryptosporidium dans le nord du Québec

29
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Des chercheurs canadiens décrivent la première éclosion du parasite Cryptosporidium au Nunavik », source Centre universitaire de santé McGill.

Image1-286L’éclosion d’infections à Cryptosporidium, un parasite intestinal commun dans les zones tropicales, a été identifiée pour la première fois dans l’Arctique. La découverte a été faite au Nunavik dans le nord du Québec, par une équipe de l’Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM) en collaboration avec le département de santé publique du Nunavik, l’Institut national de santé publique du Québec, et Santé Canada. Cette recherche fait l’objet d’un article publié récemment dans la revue PLoS Neglected Tropical Diseases et pourrait potentiellement avoir des implications à plus long terme sur la santé des enfants au sein des communautés du Nunavik et du Nunavut.

« Nous avons été très surpris de découvrir cette souche de Cryptosporidium dans l’Arctique, car on la retrouve habituellement dans des pays en développement plutôt qu’en Amérique du Nord », affirme l’auteur principal de l’étude Dr Cédric Yansouni, qui est directeur adjoint du Centre des maladies tropicales J.D. MacLean au CUSM et professeur au sein de la division des maladies infectieuses du Département de microbiologie médicale de l’Université McGill.

Cryptosporidium est un parasite microscopique qui peut vivre dans l’intestin des mammifères dont celui de l’humain. Il se transmet par voie fécale-orale au contact d’une personne ou d’un animal infecté, ou encore par ingestion de nourriture ou d’eau contaminée. Ce parasite cause une maladie du nom de cryptosporidiose qui se manifeste par des diarrhées, des crampes, et vomissements. La maladie peut durer plusieurs semaines et peut s’avérer fatale pour les enfants en bas âge et les personnes avec un système immunitaire faible, comme les personnes avec le VIH, les personnes transplantées, ou celles qui sont traitées pour un cancer.

Les chercheurs se sont penchés sur une éclosion de Cryptosporidium survenue entre avril 2013 et avril 2014 dans une dizaine de villages au Nunavik. Le groupe de chercheurs, en collaboration étroite avec les équipes cliniques sur place, ont confirmé la présence de la souche Cryptosporidium hominis, qui est transmise d’homme à homme et que l’on trouve habituellement dans des pays tropicaux.

« Nous sommes particulièrement vigilants car nous savons que les infections répétées de Cryptosporidium dans les pays en développement peuvent causer un ralentissement de la croissance et potentiellement affecter le développement cognitif chez l’enfant », explique le Dr Yansouni.

Il existe un traitement de la cryptosporidiose aux États-Unis et dans d’autres pays où la maladie sévit, mais actuellement le traitement n’est disponible au Canada que dans des cas exceptionnels via un programme d’accès spécial.

« Ce que nous observons dans l’Arctique, comme dans toute autre région éloignée, nous rappelle les limites du système de santé en ce qui concerne l’accès aux infrastructures diagnostiques », dit Dr Yansouni qui suspecte beaucoup de cas d’infection non rapportés.