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Articles de la catégorie 'Microbiologie'

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Les données sur les cas d’infections d’origine alimentaire aux Etats-Unis sont assez déprimantes

18
avr
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Curiosité, E. coli, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

« Hausse de Campylobacter et Vibrio, stabilité pour E. coli, Listeria, Salmonella, Shigella, Cryptoporidium, Cyclospora et Yersinia. » Source Bill Marler dans Food Poison Journal du 17 avril 2014.

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MMWR a rapporté les données 2013 de FoodNet (du CDC) et c'était un peu déprimant, selon Bill Marler.

FoodNet a conduit une surveillance active de la population pour les infections confirmées en laboratoire causées par Campylobacter, Cryptosporidium, Cyclospora, Listeria, Salmonella, Escherichia coli (STEC) producteurs de shigatoxines O157 et non O157, Shigella, Vibrio et Yersinia dans 10 sites couvrant environ 15% de la population américaine. Pour plus d'informations sur ces microbes, voir www.foodborneillness.com.

En 2013, FoodNet a identifié 19 056 cas d'infection, 4 200 hospitalisations et 80 décès. Le nombre et l'incidence par 100 000 habitants étaient Salmonella (7 277 [15,19 ]), Campylobacter (6 621 [13,82]), Shigella (2 309 [4,82] ), Cryptosporidium (1 186 [2,48]) , STEC non O157 (561 [1,17] ), STEC O157 (552 [1,15] ), Vibrio (242 [0,51]), Yersinia (171 [0,36] ), Listeria (123 [0,26] ) et Cyclospora (14 [0,03]). L’incidence était la plus élevée chez les personnes âgées de ≥ 65 ans pour Cyclospora, Listeria et Vibrio et chez les enfants de < 5 ans pour tous les autres pathogènes.

Par rapport à 2010-2012, l'incidence 2013 était significativement plus faible pour Salmonella (baisse de 9%, IC = 3%-15%), plus élevée pour Vibrio (augmentation de 32%, IC = 8%-61%) et pas beaucoup de changement pour les autres pathogènes. Par rapport à 2006-2008, l'incidence 2013 a été significativement plus élevée pour Campylobacter et Vibrio. L'incidence globale des infections par six agents pathogènes clés d'origine alimentaire n'était pas significativement différente en 2013 par rapport à 2010-2012 ou 2006-2008.

L'incidence des infections à Salmonella confirmés en laboratoire a été plus faible en 2013 que de 2010 à 2012, tandis que l'incidence des infections à Vibrio a augmenté. Aucun changement n'a été observé pour les infections à Campylobacter, Listeria, STEC O157 ou Yersinia.

Commentaires. Si l’on osait une comparaison avec la France, sachant que les systèmes de santé et de recueil de données ne sont pas les mêmes entre les eux pays, et que bien évidemment, une comparaison des cas d’infections par des pathogènes d’origine alimentaire entre la France et les Etats-Unis n’est pas raison, du fait des limites de ce genre d'exercice, cela donnerait ceci, selon The European Union Summary Report on Trends and Sources of Zoonoses, Zoonotic Agents and Food-borne Outbreaks in 2012, EFSA :

  • Augmentation des cas d’infections à Salmonella : 8 705 cas en 2012 (8 685 cas en 2011), soit 13,3 cas pour 100 000 habitants
  • Augmentation des cas d’infections à Campylobacter : 5 079 cas en 2012 (5 538 cas en 2011), soit 38,89 cas pour 100 000 habitants. A noter que le taux de déclaration de 2012 a été calculé sur une couverture d'environ 20%.
  • Augmentation des cas d’infections à Listeria : 348 cas en 2012 (282 cas en 2011), soit 0,53 cas pour 100 000 habitants
  • Stabilité des cas infections à E. coli (STEC ou VTEC) : 208 cas (221 cas en 2011), soit 0,32 cas pour 100 000 habitants

Enrichissement et détection optique simultanée de faibles taux de E. coli O157:H7 stressés sur des matrices alimentaires

18
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

4046075_image001(4)Cette étude scientifique française propose une nouvelle technique très utile d'enrichissement et détection optique simultanée de faibles taux de E. coli O157:H7 stressés sur des matrices alimentaires.

Résumé.

Objectif. Détection rapide des E. coli entérohémorragiques O157:H7 dans une large gamme de conditions de stress qui se produisent lors de la transformation des aliments.

Méthodes & Résultats. La détection de E. coli O157:H7 dans diverses conditions de stress lors de la transformation des aliments à l'aide de la technique d’imagerie en résonance des plasmons de surface (ou Surface Plasmon Resonance imaging ou SPRi) sur une microsérie (microarray) d’anticorps a été évaluée. La méthode de détection directe fondée sur le procédé culture-capture-mesure (CCM) consiste à détecter des bactéries au cours d'une étape d'enrichissement, ce qui diminue considérablement la durée globale de l’essai. Dans des conditions de culture optimisées, cette méthode permet la détection spécifique de faible taux d’ufc/ml en moins de sept heures. La détection de bactéries directement dans les prélèvements alimentaires contaminés ont également été effectuées.

Conclusion. La technique de CCM utilisant une microsérie d'anticorps est une immuno-détection sans traceur qui permet la détection rapide des E. coli O157:H7 à la fois dans les conditions de stress liées à la transformation des aliments et avec des matrices alimentaires complexes.

Importance et Impact de l'étude. L'essai est prometteur pour la détection de E. coli O157:H7 aux différentes étapes de la transformation des aliments et des boissons et pendant le stockage. La SPRi semble être une méthode de détection appropriée et puissante pour les contrôles de qualité de routine dans l'industrie alimentaire ayant un impact économique et social important.

L. Mondani, Y. Roupioz, S. Delannoy, P. Fach and T. Livache. Simultaneous enrichment and optical detection of low levels of stressed E. coli O157:H7 in food matrices. Journal of Applied Microbiology Accepted manuscript online: 16 APR 2014.

Prédire la présence de Escherichia coli producteurs de vérotoxines dans les viandes fermentées

16
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Viande.

e coli-thumb-200x153-943Voici un résumé d’un article digne d’intérêt sélectionné à partir dans le numéro de mai de la revue Applied and Environmental Microbiology par les éditeurs de la revue : « Prédire la présence de Escherichia coli producteurs de vérotoxines dans les viandes fermentées ».

Les Escherichia coli producteurs de vérotoxines (VTEC) sont des bactéries pathogènes d'origine alimentaire causant des maladies graves chez l'homme, comprenant le syndrome hémolytique et urémique, qui a un taux de mortalité élevé et qui entraîne des complications à vie. Plusieurs foyers de VTEC d’origine alimentaire ont été causés par la consommation de viandes fermentées. Quinto et ses collègues ont développé un modèle mathématique afin de quantifier l'impact sur la survie des VTEC deq conditions de fabrication et de stockage, ainsi que des modifications ou des événements imprévus, au cours de la production de viandes fermentées. Les prédictions ont été validées dans des viandes fermentées contaminées par des VTEC fabriqués dans une usine pilote. Le modèle est mis en œuvre dans un outil informatique, E. coli SafeFerment (ECSF), disponible gratuitement sur http://www.ifr.ac.uk/safety/EcoliSafeFerment.

Les emplois de demain sont dans la bioéconomie. Merci qui ? Merci les microbes !

16
avr
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie.

Eh oui, le gouvernement, comme nous ne savons que trop, souhaite créer des emplois, mais il n’avait pas pensé à la microbiologie, mais heureusement que le blog est là, plus précisément heureusement que les microbes sont là, car demain sera le temps de la bioéconomie …

En effet, des emplois sont à créer dans la bioéconomie et on aura besoin de microbiologistes, qu’on se le dise !

« Des emploi créés grâce aux microbes : Comment les microbiologistes peut aider à bâtir une bioéconomie ? ». Source American Academy of Microbiology.

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Les microbes peuvent être très efficaces, polyvalents, ce sont des outils sophistiqués de fabrication (de plus, ils ne font pas grève ! –aa), et ils ont le potentiel de former la base d'un secteur économique dynamique. Afin de profiter pleinement de l’occasion qu’une industrie basée sur les microbes peut offrir, les éducateurs doivent repenser la façon dont les futurs microbiologistes sont formés, selon un rapport de l’American Academy of Microbiology. Le rapport, « Microbe-Powered Jobs: How Microbiologists Can Help Build the Bioeconomy » (Des emplois créés grâce aux microbes : Comment microbiologistes peut aider à bâtir une bioéconomie ?), a été basé sur un colloque organisé par l'American Academy of Microbiology en février 2013 à Dallas, Texas.

Voir l’infographie où l’on peut voir comment les microbes peuvent aider à la création d’emplois.

Résumé.

« La microbiologie industrielle connaît une Renaissance. Les micro-organismes fabriquent des produits allant de l'industrie pharmaceutique strictement réglementée à la production à grande échelle de produits chimiques de base et des biocarburants. L'éducation et la formation de la prochaine génération d'employés de ces industries en expansion rapide est essentielle à leur survie », explique Joy Doran-Peterson de l'université de Géorgie, qui a présidé le comité de pilotage du rapport.

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Pendant des milliers d'années, l’home a exploité la puissance de microbes pour fabriquer des produits tels que le pain, le fromage, la bière et le vin. Au début du 20e siècle, les scientifiques ont découvert comment utiliser des moisissures pour produire des antibiotiques. C’est seulement au cours des dernières décennies, avec l'avènement des technologies basées sur l'ADN, que notre compréhension de la grande diversité des capacités microbiennes a explosé.

« S'il y a un produit chimique que vous voulez décomposer, il y a probablement un microbe qui peut le faire. S’il s’agit d’un composé que vous souhaitez synthétiser, un microbe peut probablement vous aider », dit le rapport. Le rapport fournit une litanie d'exemples de produits biologiques potentiels, y compris la bioénergie, les biocarburants, les produits chimiques industriels respectueux de l'environnement et les bioenzymes (la production de combustibles a déjà atteint un marché de près de 4 milliards de dollars).

Pour profiter pleinement du potentiel des offres de la bioéconomie, les universités doivent repenser et adopter une approche plus large de l'enseignement de la microbiologie au niveau du baccalauréat. Selon le rapport, la croissance future d'un secteur de l'industrie basée sur les microbes dépend de deux éléments essentiels : l'expansion de la compréhension fondamentale de la microbiologie et de la traduction de cette compréhension en produits viables.

L'éducation actuelle à la microbiologie forme principalement des scientifiques avec un œil vers la recherche universitaire, ce qui est nécessaire pour poursuivre l'expansion des connaissances. La plupart des étudiants qui choisissent la microbiologie, cependant, ont un œil  sur une carrière médicale, car beaucoup de programmes de premier cycle en microbiologie se concentrent sur les aspects biomédicaux de la microbiologie, selon le rapport.

« On peut imaginer qu’à la place de la situation actuelle où la pré-médecine est pratiquement le seul programme de premier cycle avec une composante de microbiologie, il pourrait y avoir une série de grandes écoles avec de la microbiologie dans leurs matières », dit le rapport.

L'un des aspects spécifiques, dont le rapport fait état, pourrait être la piste de la microbiologie industrielle, en ciblant vers la traduction en produits viables. Non seulement cela permettrait de mettre l'accent sur la microbiologie, mais cela devrait également comprendre des compétences quantitatives importantes pour le succès de l'industrie. Ce type de programme pourrait également être mis à la disposition des étudiants en ingénierie sous la forme de bioingénierie.

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En plus des programmes d'études traditionnels, le rapport recommande également d'autres formats qui sont utilisés pour enseigner des compétences spécialisées ou offrir une introduction intensive à de nouveaux champs d'étude.

Le rapport est basé sur les délibérations des experts qui ont été réunis par l'American Academy of Microbiology pour discuter des contributions potentielles d'une industrie propulsée par les microbes et les éléments humains nécessaires à ce secteur émergent pour prospérer. Le contenu reflète les discussions du colloque et n’est pas destiné à refléter les positions officielles de l’American Academy of Microbiology ou l'American Society for Microbiology.

Le foyer d’infection d’hépatite A en Europe s’étend bien au-delà de l’Italie

14
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne, Virus.

HepatitisAMain« Le foyer d’infection d’hépatite A en Europe s’étend bien au-delà de l'Italie », source Food Safety News du 14 avril 2014.

On a d'abord pensé qu’un foyer d’infections d'hépatite A d'au moins 240 cas serait limiter à l'Italie mais il y a désormais une plus grande présence en Europe.

Il y a eu 240 cas de personnes qui n'ont pas visité l'Italie et qui sont associés au foyer d’infection en France, Allemagne, Irlande, Norvège, Pays-Bas, Suède et Royaume-Uni. Dans l'ensemble, il y a eu 1 315 cas d'hépatite A depuis le 1er janvier 2013 dans 11 pays de l'Union européenne.

On a initialement pensé que la source probable du foyer d’infection d’hépatite A était due à des petits fruits surgelés, selon l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Plus récemment, cependant, l'attention s'est portée sur une contamination croisée potentielle dans des équipements de production alimentaire ou même la possibilité que la souche soit désormais répandue alors qu’elle n’avait pas été précédemment détectée.

L’EFSA mène l'investigation de traçabilité en coopération avec les pays de l'Union européenne, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, la Commission européenne et l'Institut fédéral pour l'évaluation des risques (BfR).

Tous les 1 315 cas d'hépatite A pourraient faire partie de l'épidémie. Les 240 cas confirmés partagent la même séquence de jonction du génome de la souche virale.

Le pathogène a besoin d’une longue période d'incubation, temps entre l'exposition et l'apparition de la maladie, et l'EFSA dit que quelque qu’il soit le véhicule alimentaire impliqué, il a une longue durée de vie et une chaîne de transformation et de distribution complexe. Cette combinaison rend probable que d'autres cas seront signalés et que le nombre de pays ayant des cas peut également se développer.

L'enquête utilise le système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) de l’UE. Le risque pour la santé humaine et l'étendue géographique de la transmission en cours sont tous deux perçus comme en augmentation.

Le traitement thermique de petits fruits congelés et la vaccination contre le virus de l’hépatite A pour ceux qui travaillent au contact sont parmi les recommandations que les responsables de la santé de l'UE sont en train de faire en ce moment.

« Une approche du séquençage du génome entier doit être considérée pour examiner les isolats viraux provenant de différents points dans le temps lors du foyer d’infection d’hépatite A afin de confirmer l'hypothèse d'un seul foyer », rapporte l'EFSA.

On s'attend bientôt à ce qu’une nouvelle évaluation des risques arrive.

NB : Voir aussi Mise à jour des informations sur les cas d’hépatite A dans l’UE.