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Articles de la catégorie 'Microbiologie'

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Des chercheurs canadiens décrivent la première éclosion du parasite Cryptosporidium dans le nord du Québec

29
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Des chercheurs canadiens décrivent la première éclosion du parasite Cryptosporidium au Nunavik », source Centre universitaire de santé McGill.

Image1-286L’éclosion d’infections à Cryptosporidium, un parasite intestinal commun dans les zones tropicales, a été identifiée pour la première fois dans l’Arctique. La découverte a été faite au Nunavik dans le nord du Québec, par une équipe de l’Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM) en collaboration avec le département de santé publique du Nunavik, l’Institut national de santé publique du Québec, et Santé Canada. Cette recherche fait l’objet d’un article publié récemment dans la revue PLoS Neglected Tropical Diseases et pourrait potentiellement avoir des implications à plus long terme sur la santé des enfants au sein des communautés du Nunavik et du Nunavut.

« Nous avons été très surpris de découvrir cette souche de Cryptosporidium dans l’Arctique, car on la retrouve habituellement dans des pays en développement plutôt qu’en Amérique du Nord », affirme l’auteur principal de l’étude Dr Cédric Yansouni, qui est directeur adjoint du Centre des maladies tropicales J.D. MacLean au CUSM et professeur au sein de la division des maladies infectieuses du Département de microbiologie médicale de l’Université McGill.

Cryptosporidium est un parasite microscopique qui peut vivre dans l’intestin des mammifères dont celui de l’humain. Il se transmet par voie fécale-orale au contact d’une personne ou d’un animal infecté, ou encore par ingestion de nourriture ou d’eau contaminée. Ce parasite cause une maladie du nom de cryptosporidiose qui se manifeste par des diarrhées, des crampes, et vomissements. La maladie peut durer plusieurs semaines et peut s’avérer fatale pour les enfants en bas âge et les personnes avec un système immunitaire faible, comme les personnes avec le VIH, les personnes transplantées, ou celles qui sont traitées pour un cancer.

Les chercheurs se sont penchés sur une éclosion de Cryptosporidium survenue entre avril 2013 et avril 2014 dans une dizaine de villages au Nunavik. Le groupe de chercheurs, en collaboration étroite avec les équipes cliniques sur place, ont confirmé la présence de la souche Cryptosporidium hominis, qui est transmise d’homme à homme et que l’on trouve habituellement dans des pays tropicaux.

« Nous sommes particulièrement vigilants car nous savons que les infections répétées de Cryptosporidium dans les pays en développement peuvent causer un ralentissement de la croissance et potentiellement affecter le développement cognitif chez l’enfant », explique le Dr Yansouni.

Il existe un traitement de la cryptosporidiose aux États-Unis et dans d’autres pays où la maladie sévit, mais actuellement le traitement n’est disponible au Canada que dans des cas exceptionnels via un programme d’accès spécial.

« Ce que nous observons dans l’Arctique, comme dans toute autre région éloignée, nous rappelle les limites du système de santé en ce qui concerne l’accès aux infrastructures diagnostiques », dit Dr Yansouni qui suspecte beaucoup de cas d’infection non rapportés.

Une question à 60 milliards de dollars : Pouvons-nous prévenir norovirus ?

29
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Virus.

« Les études sur norovirus mettent en avant le fardeau mondial, il faut réaliser un vaccin », source CIDRAP News.

Le fardeau économique mondial de norovirus est énorme, 60 milliards de dollars par an, avec un taux de mortalité annuel de 200 000, selon les nouvelles estimations provenant d’une collection d’études sur la maladie et son impact.

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Norovirus, CDC.

Les études, publiés dans la revue Public Library of Science (PLoS), provenaient d’un symposium parrainé en février 2015 par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et la Bill and Melinda Gates Foundation. Le but de la réunion était de construire une base de connaissances pluridisciplinaires sur la maladie afin d’aider à soutenir le développement d’un vaccin ciblé sur l’un des groupes les plus touchés : les enfants des pays en développement.

Les études présentées à la réunion abordent plusieurs sujets sur norovirus, dont le fardeau mondial et national, l’épidémiologie moléculaire, les interactions hôte-pathogène, et les défis biologiques dans le développement d’un vaccin, a dit PLoS dans un communiqué de presse.

Estimation des coûts probablement sous-estimés

Bruce Y. Lee, co-auteur de l’étude sur le fardeau économique et professeur agrégé de santé internationale à Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, a écrit dans sur le blog de PLoS, que pour mettre le fardeau annuel en perspective, cela représente 15 milliards de dollars de plus que le paiement par les assurances des dégâts liés à l’ouragan Katrina. Il a dit que, selon le pays, 85% à 99% du coût est due à des pertes de productivité.

Et ce total est probablement une estimation prudente, puisque beaucoup d’infections à norovirus ne sont pas signalés. « Pensez à combien de fois vous n’allez pas chez le médecin quand vous avez une diarrhée, et si vous faites cela, la cause est rarement diagnostiquée. Donc, les coûts réels sont très probablement plus élevés. »

Il a ajouté, cependant, que le nombre élevé sur l’impact économique est utile pour attirer l’attention sur l’impact important de la maladie, en particulier sur les enfants dans les pays en voie de développement.

Benjamin Lopman, auteur principal de la PLoS Collection, The Global Burden of Norovirus & Prospects for Vaccine Development, et épidémiologiste à la division des maladies virales du CDC, a dit sur un blog que la quasi-totalité des décès liés à norovirus surviennent dans les pays en voie de développement, où la maladie est une cause importante de la mortalité infantile.

Il a dit que deux obstacles principaux empêchent les experts mondiaux de la santé de faire des progrès contre la maladie. L’un est une question technique, en particulier les difficultés croissantes à cultiver efficacement le virus en culture cellulaire, une étape clé pour le développement de tests de diagnostic et de vaccins. Le second obstacle est l’omniprésence de la maladie.

« Norovirus est-il une question de survie pour un enfant, un problème de sécurité des aliments, une infection associée aux soins en santé ? » a-t-il écrit. « Eh bien, c’est tout cela qui a pu avoir nui à notre communauté de chercheurs et de travailleurs de la santé publique à partir de la coalition autour d’un problème central. »

D’autres nouveaux résultats d’études dans la PLoS Collection ont révélé :

  • La diversité génétique du virus, mais des profils mondiaux similaires, avec de nouvelles souches GII.4 remplaçant une autre tous les 2 à 4 ans par échange de gènes.
  • De nouvelles connaissances sur l’immunité, dont la possibilité d’augmenter les anticorps neutralisants sans utiliser des systèmes de culture cellulaire.
  • Les profils épidémiologiques régionaux, tels que ceux des États-Unis, où les taux sont plus élevés chez les enfants de moins de 5 ans et le personnel militaire et leurs familles.
  • La prévalence et les lacunes dans les données en Afrique, comme les taux au Kenya qui est le double de celui des pays développés et le manque d’informations sur norovirus chez les adolescents et les adultes plus âgés en Afrique.
  • Le développement de vaccins mettant l’accent sur les jeunes enfants offrirait le plus grand impact mondial, bien que jusqu’à présent les premiers essais aient ciblé les adultes dans les milieux à revenu élevé.

Estimer la menace des bactéries résistantes aux antibiotiques liées à l’agriculture pose un énorme défi

29
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

« Estimer la menace des bactéries résistantes aux antibiotiques liées à l’agriculture pose un énorme défi », source CIDRAP News.

Le rôle de l’agriculture en tant que source de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs) qui peuvent constituer une menace pour les humains est si complexe et si mal compris qu’une analyse fiable des risques est presque impossible à l’heure actuelle, selon un article récent paru dans mBio*. Mais les auteurs suggèrent qu’un programme de suivi normalisé se concentrant sur un petit nombre d’espèces bactériennes et de gènes de résistance pourrait commencer à combler les lacunes.

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USDA / Scott Bauer

L’article réalisé par des chercheurs suisses et irlandais, publié le 19 avril, souligne que l’aliment n’est pas le seul véhicule par lequel les bactéries résistantes issues de sources agricoles peuvent atteindre les personnes. Il dit aussi que le partage fréquent des gènes de résistance entre les différentes espèces bactériennes pose un grand défi dans la compréhension de la propagation des BRAs dans l’agriculture, et le problème est aggravé par l’utilisation de méthodes de recherche « non comparables ».

Les auteurs ont utilisé les données disponibles en Suisse, avec des laboratoires ayant une longue surveillance établie, afin d’évaluer les connaissances actuelles sur les pathogènes résistants aux antibiotiques dans l’agriculture et la contribution de l’industrie à la menace globale de la résistance.

Utilisation préventive autorisée

En Suisse, les antibiotiques peuvent être utilisés dans l’alimentation animale et l’eau potable par prescription à des fins préventives, bien que l’utilisation de médicaments pour promouvoir la croissance soit interdite depuis 1999, indique l’article. En 2014, 49 250 kilogrammes d’antibiotiques ont été vendus pour un usage vétérinaire dans le pays.

Depuis 2006, les laboratoires de l’État ont analysé des bactéries « indicatrices » chez le poulet, le porc et les bovins pour la résistance. Le suivi a montré qu’en 2014, 6,9% des prélèvements réalisés de viande de poulets de chair avaient des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline, et 73,3% avaient des Escherichia coli des bêta-lactamases à spectre étendu ou bêta-lactamases AmpC.

Alors que les prélèvements de viande en Suisse sont testés pour les antibiotiques et les bactéries résistantes aux antibiotiques, le fumier ne l’est pas. Ceci est une préoccupation, disent les chercheurs, parce qu’une grande partie des antibiotiques sont encore actifs après qu’ils soient excrétés. Par conséquent, le fumier est un « hot spot » pour les bactéries qui hébergent des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs) qui résident sur des éléments génétiques mobiles (EGMs). Lorsque le fumier est utilisé pour traiter le sol, les antibiotiques et les GRAs suivent, et ils peuvent être transmis à aux bactéries du sol.

« La pollution de l’environnement » par des antimicrobiens et les GRAs augmente probablement le risque que des bactéries inoffensives et des pathogènes humains acquièrent une résistance par des EGMs qui facilitent le transfert de gènes entre les espèces bactériennes lointainement connexes, selon les chercheurs.

Ils ont dit que l’introduction d’agents antimicrobiens et des GRAs dans le sol signifie qu’ils peuvent être absorbés par les plantes par l’eau et par absorption passive. Plusieurs études ont détecté des bactéries résistantes sur des légumes ou des fruits, mais trop peu de données sont disponibles pour établir une relation entre l’eau d’irrigation ou le fumier contenant des bactéries résistantes ou des GRAs et leur présence sur les produits.

L’article constate en outre qu’il n’y a pas de système de surveillance des voies de transmission complexes des agents antimicrobiens (AAM), des GRAs et des BRAs du fumier au sol, à l’eau, aux végétaux et chez l’homme. « Cette situation est particulièrement préoccupante, car le fumier et les stations d’épuration sont des réservoirs de résistance aux antibiotiques et pourraient être utilisés comme points critiques pour la maîtrise, où la libération de mélanges complexes d’AAM, de GRAs, et de BRAs de la ferme et des alentours urbains à l’environnement pourrait être maîtrisé ».

Les échanges de gènes sont insaisissables

La réalité est que les gens sont exposés aux bactéries résistantes aux antibiotiques d’origine animale, non seulement à travers les aliments, mais aussi grâce à la libération de GRAs dans l’environnement et cela fait que c’est un défi scientifique difficile, selon les chercheurs. « Les multiples voies d’échange des gènes ont jusqu’à présent défait les tentatives de suivre les mouvements de façon qualitative ou quantitative de ces gènes in vivo. »

Mis à part les bactéries zoonotiques, de tels transferts de gènes rendent moins probable que les mêmes hôtes bactériens soient retrouvés chez les animaux et les humains et plus probablement que seuls les gènes résistants seront identifiables chez les pathogènes qui infectent les humains, selon les chercheurs. Et les gènes peuvent être modifiés quand ils sautent entre les hôtes. « Ainsi, il est important que les programmes de surveillance se concentrent non seulement sur les bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques mais aussi déterminer les bactéries résistantes aux antibiotiques ainsi que les GRAs qu’elles hébergent. »

D’un autre côté, certains outils de recherche les plus récents devraient aider les scientifiques à relever le défi du suivi des GRAs dans l’environnement, notent les auteurs. Ceux-ci comprennent des puces de détection des gènes, qui ont réduit le coût du dépistage des prélèvements pour des centaines de gènes de résistance, ainsi que la métagénomique et le séquençage de nouvelle génération, qui permettent de détecter des millions de gènes dans un échantillon d’ADN, selon les auteurs.

Trop d’inconnues pour une analyse des risques

Mais les auteurs ont présenté une longue liste de lacunes dans les connaissances concernant la résistance aux antibiotiques dans l’agriculture. « Avec les lacunes de nos données et l’utilisation de méthodologies non comparables, actuellement, il est presque impossible de développer une analyse des risques fondée sur une situation réelle », écrivent-ils.

L’article décrit six étapes nécessaires pour comprendre l’épidémiologie de la sélection et la transmission de la résistance. Les exemples incluent la définition des points critiques pour leur maîtrise où les interventions peuvent faire une différence, développant et mesurant les effets des stratégies de prévention, et l’étude de la prévalence de la résistance chez les bactéries commensales du bétail qui consomment des aliments contaminés par les BRAs.

Pour commencer à traiter les énormes lacunes dans les données, les auteurs suggèrent un programme de surveillance volontaire qui mettrait l’accent sur deux espèces, E coli et Pseudomonas aeruginosa, et trois gènes de résistance spécifiques (tet[M], aph et blaCTX-M) qui couvrent trois importantes classes d’antibiotiques et qui ont été détectés dans l’environnement, et les microbiomes des animaux et des humains.

« Un programme simple de surveillance mondial des sols, des plantes, des animaux, de l’eau, et [des usines de traitement des eaux usées] en utilisant les mêmes méthodes pourraient créer la plus grande base de données de connaissances sur la résistance aux antibiotiques et pourrait être utilisé pour générer des analyses de risques des différents compartiments écologiques », écrivent les chercheurs.

En attendant, les efforts pour lutter contre la résistance liée à l’agriculture devraient inclure la prévention de flux génique vers et à partir des réservoirs environnementaux de résistance, car il existe des preuves que les GRAs environnementaux peuvent être transférées à des pathogènes, selon les chercheurs. Cela signifie qu’en limitant les sources agricoles de résistance et en trouvant des méthodes efficaces pour gérer le fumier, les foyers domestiques, les hôpitaux et les eaux usées industrielles contenant des antibiotiques et des GRAs.

* L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Belgique : Campylobacter, les bons conseils d’hygiène et surtout cuisez vos volailles à cœur !

29
avr
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne, Volaille.

chicken_campy_vaccineLe service public fédéral de Belgique, santé publique, sécurité alimentaire et environnement, propose une information sur Campylobacter, « Protégez-vous contre l’infection intestinale par Campylobacter : cuisez vos volailles à cœur ».

Soyez très attentif aux règles d’hygiène lorsque vous manipulez la viande de volaille crue et cuisez-la suffisamment: vous réduirez ainsi les risques de contamination par la bactérie Campylobacter, qui provoque une infection intestinale (gastro-entérite).

Triez vos achats

La bactérie Campylobacter peut être présente sur la face extérieure des emballages. Séparez donc les emballages de viande de volaille des autres aliments que vous consommerez crus, comme les fruits et légumes.

campy_freeAppliquez de bonnes pratiques d’hygiène dans la cuisine

  • Utilisez toujours des ustensiles de cuisine distincts (couteaux, planches à découper, plats, assiettes…) pour la viande de volaille crue et lavez-les toujours soigneusement  avec du détergent.
  • Lavez-vous toujours les mains avec du savon après avoir manipulé de la viande crue.
  • Veillez à la propreté des essuies de vaisselle et remplacez-les régulièrement.
  • N’utilisez plus votre essuie de vaisselle si vous avez essuyé  du jus de viande .
  • Déposez toujours la viande de volaille cuite et les autres aliments préparés sur des planches ou assiettes propres. N’utilisez surtout pas l’assiette qui a contenu la viande crue.

Préparez et conservez la viande de volaille

  • Conservez la viande de volaille à une température suffisamment fraîche (2-7°C).
  • Cuisez la viande à cœur pour détruire la bactérie. Ceci est surtout vrai pour les produits de viande hachée car les bactéries y sont plus répandues.
  • Si vous voulez conserver la viande de volaille pendant plus de quelques jours, entreposez-la de préférence au congélateur (la bactérie Campylobacter présente la particularité de mourir après une semaine de congélation) .

campy.grocer.dec_.14Évitez les autres sources de contamination par Campylobacter

Vous pouvez également être contaminé par Campylobacter en buvant de l’eau souillée ou du lait cru. La transmission est également possible par contact direct avec un animal infecté (bovin p. ex.) ou un milieu contaminé (en allant nager dans un lac contaminé p. ex.).

Campylobacter est la principale source d’infections bactériennes en Belgique. Elle provoque généralement des symptômes bénins tels que des crampes et une diarrhée. Ces symptômes disparaissent d’eux-mêmes, mais vous pouvez rester porteur de l’infection pendant plus longtemps et ainsi contaminer d’autres personnes. Ces dernières années, le SPF Santé publique a investi dans différents projets de recherche sur Campylobacter et mène une politique active afin de diminuer le degré de contamination dans les élevages et les abattoirs. Le SPF a ainsi organisé fin janvier 2016 un workshop sur les projets qui investiguaient les facteurs de risque dans les abattoirs, les ateliers de découpe, les entreprises qui fabriquent des préparations à base de viande de volaille et chez le consommateur. D’autres nouvelles seront publiées concernant ce sujet lorsque ces projets  seront complètement terminés.

Pour des conseils supplémentaires :

NB : Chez nous en France, le document le plus complet et le plus récent sur le sujet, à ma connaissance, n’est pas destiné aux consommateurs, il s’agit de l’« Appréciation des risques alimentaires liés aux Campylobacters. Application au couple poulet/Campylobacter jejuni » réalisée par l’Afssa en 2004, autant dire il y a très longtemps …

Rappelons qu’en France, en 2014, « selon les travaux menés par l’InVS en 2014 à partir de toutes les sources disponibles ont permis de reconstituer l’incidence réelle des salmonelloses (environ 192 000 cas et 4 300 hospitalisations par an) et des gastro-entérites à Campylobacter (528 000 cas et 5 200 hospitalisations). »

Cela mériterait un spécial Campylobacter par l’Anses ?

Mise à jour. Un lecteur membre de l’Anses, que je remerice me fait remarquer qu’il existe un document d’octobre 2015, Information des consommateurs en matière de prévention des risques biologiques liés aux aliments. Tome 2 – Évaluation de l’efficacité des stratégies de communication. Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective.

Cela étant, comme déjà dit, ce rapport n’est pas à l’usage du consommateur lambda et des recommandations spécifiquement dédiées à Campylobacter pour le consommateur seraient à entreprendre …

Ronde des rappels, semaine 17 de 2016

29
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Lait, Listeria, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

RASFF-LogoCommencées avec la « Ronde des rappels : semaine 49 » de 2009, les notifications des produits cités ne prétendent pas à l’exhaustivité dans la mesure il n’est pas possible d’avoir accès à toutes les sources permettant d’identifier le retrait/rappel d’un produit. Les informations recueillies ci-après concernent les denrées alimentaires ou les aliments pour animaux de France ou distribués en France. Elles sont issues du portail RASFF (Rapid Alert System for Food and Feed ou Réseau d’alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux). Pour des raisons inconnues, la plupart des informations diffusées ne sont pas relayées par les autorités françaises auprès des consommateurs …

  • Référence RASFF 2016.0544, norovirus (présence) dans un coulis de framboises de Belgique. Alerte notifiée par la France. Pas de distribution en France. Ce n’est pas exact car il y a eu un rappel chez Auchan en France.
  • Référence RASFF 2016.0537, Escherichia coli producteurs de shigatoxines (stx1+ dans 25g) dans du Roquefort de France. Alerte notifiée par l’Allemagne. Distribution Allemagne et Suisse. En Allemagne, communiqué de rappel du produit fabriqué par Vernières Frères. Marque : Grand Maitre Roquefort AOP 100g ; EAN: 4002156042084 ; MHD 25/06/2016 ; Lot: 151 032.
  • Référence RASFF 2016.0536, Salmonella Typhimurium (4,[5],12:i dans 25g) dans des filets de dinde congelés d’Espagne. Alerte notifiée par la France. Pas de distribution en France.
  • Référence RASFF 2016.0534, suspicion de Listeria monocytogenes dans du fromage au lait cru de France. Alerte notifiée par le Royaume-Uni. Pas de distribution au Royaume-Uni.
  • Référence RASFF 2016.0514, Listeria monocytogenes (< 10 UFC/g) dans du tarama de cabillaud de Roumanie. Alerte notifiée par la France. Produit présumé ne plus être sur le marché.
  • Référence RASFF 2016.0512, Listeria monocytogenes (11000 UFC/g) dans du fromage au lait cru « Camembert de Normandie ». Alerte notifiée par la France. Distribution France, Japon, Monaco, Pays-Bas, Belgique.
  • Référence RASFF 2016.0509, mercure (2,9 mg/kg) dans des steaks d’espadon surgelés d’Espagne. Alerte notifiée par la France. Pas de distribution en France.
  • Référence RASFF 2016.0507, Salmonella enteritidis (présence dans 25g) dans des filets surgelés de poulets de Lituanie. Alerte notifiée par la France. Pas de distribution en France.
  • Référence RASFF 2016.0500, cadmium (3,94 mg/kg) dans du crabe (Cancer pagurus) cuit réfrigéré d’Irlande. Notification pour attention de la France. Produit présumé ne plus être sur le marché.