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Évaluation du taux d’erreurs lié à la coloration de Gram

30
avr
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Classé dans Curiosité, Microbiologie, Normalisation, Santé.

« Évaluation du taux d’erreurs lié à la coloration de Gram », mBiosphere.

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Seuls un petit nombre de réactifs sont nécessaires pour la coloration.

La coloration de Gram, aussi connue comme la coloration de Gram de Hans Christian Gram, est l’une des premières techniques des étudiants en microbiologie en herbe qui l’apprennent dans leurs premiers cours de laboratoire. C’est même un bon exercice pour des étudiants plus jeunes (avec une supervision adéquate, bien sûr), en raison de sa simplicité et les cellules sont colorées, joliment colorées résultant de la procédure. Le protocole est souvent enseigné en tandem avec des leçons sur la structure bactérienne, puisque la coloration différentielle permet de déterminer si un isolat est une bactérie à Gram positif ou Gram négatif.

En raison de sa simplicité et du résultat rapide, la coloration de Gram joue également un rôle important dans la microbiologie clinique. L’apprentissage de la structure cellulaire aide à éliminer des étiologies pathologiques potentiels : Un isolat qui est une bâtonnet Gram négatif ne vous dit pas ce c’est, mais cela aide à éliminer ce qu’il n’est pas. Cette information peut également informer les cliniciens sur le meilleur choix du médicament antimicrobien, au moins jusqu’à ce que l’isolat puisse être cultivé et son profil de résistance aux antibiotiques caractérisée. Bien que relativement simple techniquement, la coloration de Gram a joué un grand rôle dans le diagnostic pendant des décennies.

Mais que se passe-t-il si un technicien dit que la coloration est Gram positif et qu’un autre dise Gram négatif ? Voilà la situation décrite dans le Journal of Clinical Microbiology, disponible en ligne. L’interprétation d’une coloration de Gram sur une lame est intrinsèquement subjective, et de nombreux facteurs peuvent jouer un rôle dans un échantillon correctement coloré, dont la fixation de l’échantillon, le protocole de coloration et l’analyse de la lame. L’étude a comparé les techniques de coloration de Gram et les résultats dans quatre grands centres cliniques américains de microbiologie.

Des critères normalisés ont été utilisés pour comparer les capacités des techniciens dans différents laboratoires à identifier correctement des cultures respiratoires, des fluides, des biopsies de tissu et des plaies. Chaque site avait des centaines de spécimens sélectionnés pour ceux qui étaient « discordants » – si une analyse de la culture correspondante a permis la culture de bactéries ne correspondant pas la coloration de Gram désignée, la coloration d’origine était examiné par un membre expérimenté du laboratoire pour déterminer si le résultat de la coloration était une erreur. L’erreur pouvait être soit une coloration incorrecte ou une évaluation inexacte de la présence bactérienne.

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Cocci Gram positif et Bacillus Gram négatif

Tous les laboratoires cliniques avaient environ 5% de leurs spécimens examinés notés comme discordants, et le premier obstacle a été d’identifié en essayant de trouver les lames originales : seules 87% ont pu être trouvé en raison de la désorganisation. En examinant les lames disponibles, les chercheurs ont constaté que près d’un quart des écarts étaient dus à une lecture erronée de la coloration (Gram positif décrit de façon erronée comme Gram négatif ou vice-versa). La plupart des résultats discordants ont été soit un frottis fixé négatif/une culture positive ou un frottis fixé positif/une culture négative – ce qui signifie que l’erreur la plus commune était de déterminer s’il y avait vraiment une infection bactérienne.

Des différences dans les interprétations de la coloration de Gram ont été retrouvées dans des études précédentes, mais la plupart des études se sont concentrées sur la variabilité de personne à personne dans un seul laboratoire. Cette étude dans plusieurs centres a été conçu pour mettre l’accent sur la nécessité de normes plus strictes dans tous les laboratoires de microbiologie, car ces erreurs peuvent avoir un impact majeur sur la guérison des patients. Une petite taille de l’échantillon, des cellules bactériennes en petit nombre à cultiver ou une fixation inadéquate peut tous conduire à des faux négatifs, ce qui pourrait retarder le traitement. Le type de fixation (méthanol par rapport au chauffage) n’a pas joué un impact majeur, car un seul site qui a utilisé la fixation au méthanol avait des taux d’erreur comparables aux trois sites utilisant la fixation à la chaleur. Une coloration de Gram automatisée peut normaliser le protocole, mais cela n’a pas empêché le seul site avec cette machine d’erreurs sur la base de l’interprétation.

Pour corriger ces erreurs, l’équipe de chercheurs recommande l’éducation : à la fois une éducation des médecins, pour commander les bons tests (des tests de croissance anaérobies désordonnées conduisent à coloration de Gram positif/une culture avec des résultats négatifs) et une éducation des techniciens, afin de mieux préparer et analyser les lames des spécimens. Prenant exemple sur les anatomo-pathologistes, les chercheurs recommandent également de tracer l’erreur par type et individu, qui peut révéler des profils d’erreurs accessibles à traiter. La normalisation de cette procédure de diagnostic important permettra de minimiser des erreurs médicales évitables.

L’auteur de l’article s’adresse aux lecteurs :

Avez-vous une expérience en microbiologie clinique ? Quels changements proposeriez-vous pour éliminer les erreurs de lecture dues aux colorations de Gram ? La procédure doit-elle être automatisée ? Laissez vos réflexions et vos expériences dans la rubrique commentaires de l’article paru dans mBiosphere ici.

L’ISO 22000 nouvelle , vers une révision de fond en comble ?

28
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, HACCP, Hygiène, Normalisation, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

La norme ISO 22000, si mis en exergue ici et là, va, selon l’ISO, connaître une révision de fond en comble, source communiqué de l’ISO du 27 avril 2016, « Management de la sécurité des denrées alimentaires : la révision de fond en comble d’ISO 22000 se poursuit ».

iso_inquiet1Le texte parle aussi de modification complète et de révision approfondie afin de clarifier et de communiquer des concepts fondamentaux dans des termes aussi simples et concis que possible pour élaborer une norme compréhensible et facile à mettre en œuvre par les entreprises, quelle que soit leur taille, du premier au dernier maillon de la chaîne alimentaire. Plus facile à dire qu’à faire …

La norme en est désormais au stade comité (CD) et les experts ont travaillé sans relâche pour dépouiller pas moins de 1 000 observations sur le texte du projet de comité, rassemblées par Danish Standard (qui assure le secrétariat –aa). L’ordre du jour de la réunion de Buenos Aires prévoyait l’examen des différentes observations en vue de leur intégration dans le document. En parallèle, le groupe de travail WG 8 devait clarifier certains concepts essentiels, notamment :

  • Appliquer la nouvelle structure de niveau supérieur de l’ISO (HLS) à ISO 22000. Celle-ci est désormais obligatoire pour l’élaboration ou la révision des normes de systèmes de management (NSM). Cette nouvelle structure établit un cadre qui facilite l’intégration de plusieurs NSM au sein d’une même entreprise.
  • Apporter aux utilisateurs d’ISO 22000 un nouvel éclairage sur les différentes approches fondées sur le risque. Le concept de risque intervient à différents niveaux et il est important que les entreprises agro-alimentaires distinguent bien l’évaluation des dangers effectuée au niveau opérationnel à l’aide de la méthode HACCP (système d’analyse des dangers et des points critiques pour leur maîtrise), du risque commercial qui intègre également la notion d’opportunités.
  • Donner des éclaircissements supplémentaires quant au fonctionnement du cycle PDCA (Planifier-Réaliser-Vérifier-Agir) qui intègre deux cycles PDCA distincts dans la norme, opérant l’un dans l’autre. Le premier cycle s’appliquera au système de management tandis que le second, imbriqué dans le premier, s’appliquera aux opérations décrites à l’Article 8, couvrant simultanément les principes HACCP tels que définis par la Commission du Codex Alimentarius.
  • Clairement décrire aux utilisateurs les différences entre les points critiques pour la maîtrise (CCP), les programmes prérequis opérationnels (PRP opérationnels) et les programmes prérequis (PRP).

On nous dit aussi que :

La norme révisée intégrera des éléments reconnus comme essentiels qui permettent d’assurer la sécurité des denrées alimentaires à tous les niveaux de la chaîne alimentaire, jusqu’à l’étape finale de consommation :

  • La communication interactive à tous les niveaux de la chaîne alimentaire
  • L’approche systématique du management
  • Les programmes prérequis
  • Les principes HACCP

NB : J’espère que vous avez compris tous ces changements de fond en comble … et, si vous êtes un utilisateur de l’ISO 22000, les principaux dangers n’auront plus qu’à bien se tenir …

Mise à jour du 30 avril 2016. Un article fait état de difficultés dans la révision  de la norme ISO 22000 :

Le processus de révision a débuté voici un an. Un groupe de travail devait produire un texte-projet cette semaine à Buenos-Aires (Argentine), mais n’y est pas parvenu. Il n’est apparemment pas simple d’aligner les positions de toutes les parties concernées, des producteurs aux commerçants en passant par les entreprises de transformation, de transport et de stockage, sans oublier leur sous-contractants. Il est apparu que leurs intérêts parfois contradictoires compliquent la recherche d’un consensus. Une nouvelle réunion est prévue en juin à Copenhague. L’objectif reste bel et bien de publier une nouvelle norme ISO 22000 dans le courant de l’année 2017.

Produit hydro-alcoolique et norovirus, quelle efficacité ?

10
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Normalisation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Virus.

hand_sanitizer_slideshow_alcoholDans le Bulletin épidémiologique gastro-entérite aiguë. Point au 9 mars 2016 de l’InVS, il est noté en « Rappel sur les mesures de prévention » :

Les mains constituent le vecteur le plus important de la transmission des virus entériques et, de ce fait, l’hygiène des mains est primordiale (eau et savon, ou produit hydro-alcoolique). De même, certains virus (rotavirus et norovirus) étant très résistants dans l’environnement et présents sur les surfaces, celles-ci doivent être nettoyées soigneusement et régulièrement dans les lieux à risque élevé de transmission (services de pédiatrie, institutions accueillant les personnes âgées).

Selon ce lien de la préfecture de la Meuse, il y aurait « Une certaine inefficacité contre Norovirus ».

Selon le New York Times, si les désinfectants à base d’alcool préviennent la présence sur les mains de certaines souches du virus de la grippe, ils sont par contre « inutiles » contre les virus dépourvus d’enveloppe lipidique, notamment les norovirus. Ainsi, au cours de l’hiver 2006-07, des chercheurs ont déterminé que les établissements dans lesquels le personnel a utilisé un désinfectant à base d’alcool étaient six fois plus susceptibles d’avoir une épidémie à norovirus par rapport à ceux dans lesquels le personnel s’est nettoyé les mains avec du savon et de l’eau.

L’utilisation préférentielle d’un désinfectant à base d’alcool pour les mains au lieu du savon et de l’eau pour la décontamination des mains en routine aurait pour conséquence un risque accru de maladies infectieuses à norovirus ».

Nota : norovirus est la principale cause de gastro-entérite épidémique et la principale cause de maladies infectieuse d’origine alimentaire dans le monde, responsable d’au moins 50% de toutes les épidémies de gastro-entérites aux États-Unis. Les signes cliniques les plus courants sont: crampes, diarrhées, nausées, vomissements.

Réservoir : contamination fécale de l’eau. Contact direct (mains, nourriture, environnement) ou par inhalation de gouttelettes infectées (vomissements, selles).

Ces virus sont généralement très stables et supportent des conditions de réfrigération et des températures négatives pendant plusieurs années. La dose infectieuse est généralement peu élevée. Norovirus est très contagieux et il ne faut que quelques particules virales pour infecter les humains ».

Notons qu’en France, selon le bulletin des GEA précité,

Depuis le début de la semaine 45 (02/11/2015), des échantillons ont été reçus au Centre National de Référence (CNR) des virus entériques pour 134 foyers de gastro-entérites, survenus majoritairement en maison de retraite (65%). Un norovirus a été identifié dans la majorité (79%) des foyers pour lesquels des résultats virologiques définitifs sont disponibles au CNR (N=109).

Selon un avis de l’Ansm de 2010, il est estimé « qu’un produit hydro-alcoolique est considéré actif vis-à-vis du Norovirus humain s’il répond totalement à la norme européenne EN 14 476 (actif sur adénovirus et sur poliovirus) pour la durée de friction revendiquée. »

handwashingPas clair tout cela, préférons donc un lavage des mains avec de l’eau et du savon !

D’autant que selon Les Solutions Hydro-Alcooliques en 43 questions, 2ème Version, mai 2011Les SHA sont-elles actives sur les virus ?

Cela dépend des SHA ! L’activité virucide n’est pas actuellement exigée des produits utilisés pour l’hygiène des mains. Si une activité virucide est revendiquée, elle doit l’être selon la norme NF EN 14 476 en un temps compatible avec la friction. Une SHA qui inactive les virus nus les plus résistants (ex : entérovirus, adénovirus) peut être qualifiée de « virucide à large spectre ». Par exemple, une SHA sera considéré comme active sur les norovirus si elle répond totalement à cette norme (Avis Afssaps du 10 juin 2010).

Il faut également ajouter que selon le CDC aux Etats-Unis, les désinfectants pour les mains à base d’alcool peuvent être utilisés en complément du lavage des mains, mais ils ne doivent pas être utilisés comme un substitut du lavage des mains avec du savon et de l’eau.

Nouvelle version de la norme ISO 22000 : Saurez-vous attendre fin 2017 ?

16
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, HACCP, Hygiène, Normalisation, Santé, Sécurité des aliments.

iso_inquietL’Afnor annonce le 12 février 2016, « Sécurité des aliments : les grandes lignes de la future norme ISO 22000 ».

De quoi s’agit-il ?

Mise à jour et clarification de concepts clés, alignement avec la nouvelle structure des normes de systèmes de management… Une nouvelle version de la norme internationale sur le management de la sécurité des aliments verra le jour fin 2017.

On apprend ainsi que « Clarifier certains concepts-clés tels que les programmes prérequis opérationnels, l’approche fondée sur les dangers, les retraits et rappels de produits sont maintenant des objectifs clairement affichés. »

Pour les retraits et les rappels, de la transparence, c’est tout ce qu’on demande …

 « Cette norme reste centrée sur la prévention de contaminations involontaires des denrées alimentaires pouvant avoir un impact sur la santé du consommateur. La définition de ‘niveau acceptable de danger’ devrait faire son apparition, ainsi que la notion de critère d’action (ou limite d’action) pour la surveillance d’un PRPo. Cela devrait permettre de clarifier les différences avec la notion de ‘limite critique’ pour un CCP, qui distingue un produit sûr d’un produit potentiellement dangereux ».

Le PrPO serait-il en train de devenir un CCP light ?

On nous dit aussi,

« Deux nouveaux articles sont prévus, concernant la planification des changements et la maîtrise des produits et services fournis par un prestataire extérieur. La norme ISO 22000 restera l’approche la plus prescriptive et la plus complète en matière d’HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point), en comparaison avec l’IFS, le BRC ou le Codex Alimentarius. »

La bataille des référentiels privés versus Iso 22000 va donc continuer de plus belle, à moins que les autorités en décident autrement, mais Ça bouge dans la reconnaissance de la certification privée au Canada.

On peut aussi « participer à la révision de la norme ISO 22000 en rejoignant la commission AFNOR… », mais pourra-t-on attendre fin 2017, le suspense est à son comble … et l’Afnor l’entretient !

Du nouveau dans les salles propres

21
jan
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Normalisation, Santé, Sécurité des aliments.

nettoyage_3Un communiqué de l’ISO annonce que Les normes révisées relatives aux salles propres intègrent les meilleures pratiques pour la maîtrise de la contamination.

La maîtrise de la contamination est indispensable dans de nombreuses activités de production et de recherche. Celle-ci est rendue possible grâce à l’utilisation de salles propres et à l’observation de processus rigoureux. Les normes de l’ISO récemment révisées relatives aux salles propres peuvent jouer un rôle dans ce domaine.

L’industrie agroalimentaire, la production pharmaceutique, la construction aéronautique et automobile sont quelques-uns des nombreux domaines où le recours aux salles propres, dont la concentration des particules dans l’air est maîtrisée et classée, s’avère essentiel. Les salles propres sont des espaces dans lesquels les particules en suspension dans l’air sont hautement maîtrisées. En l’absence d’une maîtrise efficace, une contamination peut compromettre les produits et les processus.

  • ISO 14644-1:2015. Salles propres et environnements maîtrisés apparentés — Partie 1: Classification de la propreté particulaire de l’air.

ISO 14644-1:2015 spécifie la classification de la propreté de l’air des salles propres, des zones propres et des dispositifs séparatifs tels que définis dans l’ISO 14644‑7 en termes de concentration des particules en suspension dans l’air.

Seules sont prises en compte les populations de particules présentant une distribution granulométrique cumulée dont le seuil inférieur se situe dans l’étendue de 0,1 µm à 5 µm.

La méthode de référence pour déterminer la concentration de particules dans l’air d’une taille supérieure ou égale aux tailles spécifiées aux points de prélèvement désignés est l’utilisation de compteurs utilisant les propriétés de diffusion de la lumière (light scattering airborne particle counters – LSAPC).

La présente partie de l’ISO 14644 ne donne pas de classification pour des populations de particules dont le seuil inférieur se situe en dehors de l’étendue granulométrique de référence de 0,1 µm à 5 µm. Les concentrations de particules ultrafines (plus petites que 0,1 µm) seront traitées dans une norme séparée laquelle spécifiera la propreté particulaire de l’air à l’échelle nanométrique. Un descripteur M (voir l’Annexe C) pouvant être utilisé pour quantifier les populations de macroparticules (particules plus grandes que 5 µm).

ISO 14644-1:2015 ne peut pas être utilisée pour caractériser la nature physique, chimique, radiologique ou viable des particules en suspension dans l’air.

  • ISO 14644-2:2015. Salles propres et environnements maîtrisés apparentés — Partie 2: Surveillance du maintien des performances de la salle propre pour la propreté particulaire de l’air.

ISO 14644-2:2015 spécifie les exigences minimales d’un plan de surveillance des performances d’une salle propre ou d’une zone propre en lien avec la propreté particulaire de l’air, d’après des paramètres qui mesurent ou modifient la concentration de particules en suspension dans l’air.

ISO 14644-2:2015 ne traite pas de la surveillance de l’état dans lequel se trouvent d’autres aspects tels que les vibrations ni de la maintenance générale des systèmes techniques. Elle ne traite pas de la surveillance des populations de particules dont le seuil inférieur se situe en dehors de l’étendue granulométrique de référence de 0,1 µm à 5 µm. Les concentrations de particules ultrafines (plus petites que 0,1 µm) seront traitées dans une norme séparée.