Le Blog d'Albert Amgar

« L’exactitude des laboratoires alimentaires demeure une préoccupation », source Doug Powell du barfblog du 20 mai 2013.

Les laboratoires de microbiologie alimentaire continuent à présenter des résultats de faux négatifs et de faux positifs de façon régulière. Une étude rétrospective de près de 40 000 résultats d’analyses lors de tests d’intercomparaison (inter laboratoires) au cours de ces 14 dernières années, présentée au 113^e General Meeting de l'American Society for Microbiology, a examiné la capacité des laboratoires alimentaires à détecter ou à exclure la présence de Escherichia coli O157:H7, Salmonella, Listeria monocytogenes et Campylobacter.

« Il est inquiétant si des laboratoires rapportent que des pathogènes ne sont pas retrouvés dans un prélèvement d’aliment, alors qu'en fait ils sont là », a expliqué Christopher Snabes, auteur principal de l'étude. « Ceci est connu comme étant un ‘faux négatif’ ». Des problèmes semblables se posent quand un laboratoire rapporte un ‘faux positif’ suggérant ainsi que des pathogènes sont présents dans le prélèvement d’aliment, alors qu’ils ne le sont pas. »

L'étude a montré qu’en moyenne, les laboratoires alimentaires rapportent 9,1% de faux négatifs pour Campylobacter, une bactérie d'origine alimentaire qui peut causer une maladie entraînant une diarrhée sanglante, des crampes et de la fièvre, et 4,9% pour Salmonella, une bactérie qui peut causer de la diarrhée, de la fièvre et des crampes abdominales conduisant parfois à l'hospitalisation ou la mort. Le taux de faux positifs, en moyenne, est de 3,9% pour Salmonella, et 2,5% pour E. coli et L. monocytogenes.

Cette étude a été menée par l'American Proficiency Institute (API) situé à Traverse City, Michigan. L’API est un institut privé qui fournit des programmes d'essais d'aptitude pour les laboratoires alimentaires et les laboratoires cliniques.

API offre des essais d'aptitude (EA) par intercomparaison en tant que méthode objective pour mesurer la précision d'un laboratoire. Les participants utilisent les EA de l'API jusqu'à trois fois par an pour examiner l'exactitude de leur personnel de laboratoire et leurs méthodes d'essai. Le but de l’EA est de déterminer si le professionnel de laboratoire peut répondre adéquatement à l'API avec les bonnes réponses sur ce que API met dans un échantillon alimentaire. L’EA peut tester la présence ou l'absence d'une substance dans un test qualitatif, et parfois l’EA peut exiger une réponse de dénombrement ou un test quantitatif.

Actuellement (aux Etats-Unis –aa), les laboratoires alimentaires ne sont pas tenus d'évaluer l'aptitude ou la qualité de leurs essais. Les laboratoires qui utilisent des EA de l’API le font volontairement. Certains laboratoires utilisent les services de l’API pour obtenir et conserver l'accréditation.

Les programmes d’EA de l’API en microbiologie alimentaire sont utilisés par plus de 700 laboratoires alimentaires dans 43 pays. L’essai d'aptitude est un moyen objectif de mesurer la précision du laboratoire.

« L’amélioration de l’exactitude des laboratoires alimentaires dans notre pays doit conduire à un approvisionnement alimentaire plus sûr », a noté Snabes. La Loi sur la modernisation de la sécurité des aliments, adoptée en 2011, comprenait des changements radicaux dans les exigences de la sécurité des aliments du pays. Les normes de laboratoire et l'accréditation des laboratoires sont abordées comme des éléments importants de la loi. Une fois que les règles seront promulguées, il est prévu que tous les laboratoires alimentaires devront veiller à ce que leur personnel, ainsi que les méthodes d’essais qu'ils utilisent, soient en conformité avec la loi. Pourtant, des laboratoires alimentaires peuvent commencer désormais à utiliser des tests d'aptitude pour aider à assurer un produit alimentaire plus sûr.

NB : Ce que l’on peut dire rapidement sur la situation en France, c’est que la plupart, si ce n’est la totalité des laboratoires privés alimentaires sont accrédités par le Cofrac pour un ou plusieurs programmes.

Malheureusement, il n’en est pas de même pour les laboratoires publics dont certains (ou beaucoup trop) continuent d'avoir un agrément … public ! Drôle de pays !

En microbiologie, il a sans doute des chapelles mais pas de lieux saints. En revanche, il existe quelques grandes messes comme celle qui a lieu chaque année aux Etats-unis avec l'Annual Meeting de l'american Society for Microbiology. Voici quelques nouvelles discutées à cette réunion à propos du microbiome intestinal …

« Certains ne le sont pas, mais parmi mes meilleurs amis, il y a des microbes. » Source Doug Powell du barfblog du 20 mai 2013.

Récemment est paru dans le New York Times un article de Michael Pollan sur le microbiome, les microbes, leur génome et leur environnement particulier présent dans le tractus digestif de l'homme.

De nouvelles recherches ont montré un potentiel de l'alimentation afin de réduire risque d’infection à E. coli O157:H7, au moins chez la souris.

Des études sur le microbiome ont été entreprises depuis un certain temps, mais en tant qu'être humain, nous sommes limités pour comprendre comment cette activité stratégique intestinale sert de levier afin de réduire le risque de maladie d'origine alimentaire.

Un cocktail de bactéries non pathogènes, naturellement présentes dans le tube digestif de l'homme sain peut-il protéger contre une infection à E. coli potentiellement mortelle dans un modèle animal ? C’est l’objet d’une étude présentée au 113e General Meeting de l'American Society for Microbiology. La recherche, menée par des scientifiques de l'Université du Michigan Medical School à Ann Arbor, pourrait avoir des implications importantes pour la prévention, voire le traitement de cette maladie.

Escherichia coli entérohémorragique (EHEC) O157:H7 est un pathogène d'origine alimentaire qui a été responsable de plusieurs foyers récents de maladies potentiellement mortelles. Des manifestations graves de cette maladie comprennent à la fois une colite hémorragique (CH) et un syndrome hémolytique et urémique (SHU), une forme de maladie rénale aiguë qui peut entraîner la mort ou une invalidité permanente.

« EHEC est une préoccupation majeure car le SHU, résultat le plus sévère, cible préférentiellement les jeunes enfants », dit Kathryn Eaton, une chercheuse de l'étude. « Malheureusement, le SHU survient tardivement dans l'évolution de la maladie, souvent après que l'enfant ait récupéré de la forme entérique. Ainsi, les enfants qui semblent avoir récupéré peuvent rechuter et même décéder ». 

Le SHU est causée par l'absorption de shigatoxines (Stx) qui sont produites par des bactéries présentes dans l'intestin. La production de Stx survient quelques jours après la colonisation bactérienne et une fois présentes dans l’intestin,  elles peuvent être absorbées dans la circulation sanguine où elles peuvent causer une maladie systémique et même la mort. Il n'existe aucun traitement spécifique ou une mesure préventive qui empêche la progression de la CH vers le SHU.

L'objectif global de la recherche au laboratoire d’Eaton a été d'identifier le potentiel des thérapies pour prévenir la production ou l'absorption de Stx avant qu'elles ne puissent causer de maladie.

« En bref, les résultats de notre étude montrent que, dans un modèle chez la souris, des bactéries non pathogènes qui sont des hôtes normaux de l'intestin humain peuvent éliminer Stx du contenu intestinal et prévenir  complètement le SHU », explique Eaton.

Dans l'étude, les chercheurs ont donné EHEC à deux groupes de souris : un groupe qui avait été pré-colonisé par un mélange d'espèces bactériennes provenant de l’intestin humain normal et un autre groupe qui n'en ont pas reçu. Chez les souris pré-colonisées, le taux de Stx est resté indétectable et toutes les souris sont restées en parfaite santé. En revanche, le groupe témoin avaient un taux élevé de Stx, toutes les souris ont développé une maladie rénale dans la semaine suivant l'infection.

« La découverte que les bactéries intestinales normales peuvent empêcher l'accumulation de Stx intestinales et de la maladie dans le modèle animal peut avoir des implications importantes dans la prévention du SHU chez les personnes infectées par EHEC », explique Eaton.

Premièrement, cela pourrait aider à expliquer pourquoi tout ceux qui sont infectés par EHEC ne développent pas un SHU. Deuxièmement, et plus important encore, dit Eaton, cela identifie des bactéries probiotiques spécifiques, non pathogènes, qui pourraient être utilisées pour prévenir ou traiter des maladies dues à Stx.

Zumbrun et al., du département de microbiologie et d'immunologie, Uniformed Services University of the Health Sciences à Bethesda, a écrit dans PNAS  que « le contenu en fibres alimentaires affecte la sensibilité à l’infection à Escherichia coli (STEC) producteurs de shigatoxines (Stx) chez la souris. Nous avons montré que chez des souris nourries avec un régime alimentaire riche en fibres (RARF) avaient des taux élevés de butyrate, un métabolite bénéfique de intestin qui améliore paradoxalement la capacité de destruction de Stx par les cellules. Nous avons également constaté que la quantité de bactéries intestinales chez les souris nourries avec un RARF a augmenté tandis que le pourcentage de Escherichia spp. commensales a diminué par rapport aux animaux nourris avec un régime alimentaire  en fibres (RAPF). Ces changements ont entraîné une hausse du taux de colonisation par E. coli O157:H7, une perte de poids plus grande et un taux plus élevé de décès parmi les animaux nourris avec un RARF que parmi les animaux infectés par STEC nourris avec un RAPF. »

Résumé

La probabilité qu'un individu infecté par Escherichia coli O157:H7 producteurs de shigatoxines (Stx) d'origine alimentaire pathogène a de développer une séquelle mortelle appelée syndrome hémolytique et urémique est imprévisible. Nous avons pensé que les conditions qui améliorent la liaison et l'absorption de Stx dans l'intestin après une infection à E. coli O157:H7 devraient se traduire par une plus grande gravité de la maladie. Parce que le récepteur de Stx, le globotriaosylcéramide, est régulé à la hausse en présence de butyrate in vitro, nous nous sommes demandé si une alimentation riche en fibres (RAFR) qui a été rapportée comme augmentant la production de butyrate par la flore intestinale normale peut influencer le résultat d'une infection à E. coli O157 chez la souris. Pour répondre à cette question, des groupes de souris BALB/c ont été nourris avec un régime alimentaire riche (10%) ou pauvre (2%) en fibres et infectées par la souche de E. coli O157:H7 86-24 (Stx2+). Les souris nourries avec un régime riche en fibres ont montré une augmentation de 10 à 100 fois plus de la colonisation, ont perdu plus de 15% du poids corporel, ont présenté des signes de morbidité et une mortalité supérieure de 25% par rapport au groupe de souris nourries avec un régime pauvre en fibres. De plus, des sections du tissu intestinal de souris nourries avec un régime riche en fibres avaient plus de Stx1 fixées et ont exprimé plus de globotriaosylcéramide que ne le faisait celles des souris nourries avec un régime pauvre en fibres. En outre, le microbiote intestinal de souris nourries avec un régime riche en fibres par rapport aux souris nourries avec un régime pauvre en fibres contenait un taux réduit d'espèces de Escherichia autochtones, des organismes qui pourraient protéger l'intestin de la colonisation par E. coli O157:H7. Pris dans leur ensemble, ces résultats suggèrent que la susceptibilité à l'infection et à la maladie suite à l'ingestion de E. coli O157:H7 peut dépendre, au moins en partie, de l'alimentation individuelle et/ou de la capacité de la flore commensale à produire du butyrate.

Source Steven D. Zumbrun, Angela R. Melton-Celsa, Mark A. Smith, Jeremy J. Gilbreath, D. Scott Merrell, and Alison D. O’Brien. Dietary choice affects Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) O157:H7 colonization and disease. PNAS.

« Assurer la salubrité de viande de boeuf attendrie mécaniquement ». Il s’agit d’un article de James Marsden qui est paru le 20 mai 2013 sur son blog Safety Zone.

​Le numéro de juin du magazine Consumer Reports contient un article avertissant les consommateurs des risques liés à la sécurité des aliments associés à la viande attendrie mécaniquement.

L'article traite de la possibilité que les lames ou les aiguilles utilisées dans le processus d'attendrissement mécanique puissent transférer des bactéries dangereuses de la surface de morceaux de viande vers l’intérieur du muscle. Quand des morceaux habituels de viande non attendris sont cuits, les bactéries à la surface sont immédiatement détruits, même si le morceau est cuit de façon saignante. Dans le cas des morceaux attendris mécaniquement, des bactéries peuvent être présentes dans le centre du muscle, ils sont donc plus difficiles à détruire, et nécessitent donc une cuisson plus intense.

L’article de Consumer Reports souligne que la viande de bœuf attendrie mécaniquement a provoqué au moins cinq éclosions à E. coli O157:H7 entre 2003 et 2009. Selon le Centers for Disease Control and Prevention, les foyers ont abouti à 174 cas de maladies, dont quatre cas de décès.

Ce n'est pas la première fois que la question est soulevée dans la presse populaire, et jusqu'à ce que le problème soit résolu, cela ne va pas disparaître.

Une solution possible serait une réglementation USDA-FSIS établissant des exigences en matière d'étiquetage pour les produits carnés attendris mécaniquement, avec des températures recommandées de cuisson (similaires aux exigences de cuisson de la viande hachée crue). Sauf si vous voulez voir une recommandation disant que les steaks et les rôtis doivent être cuits à une température interne de 71°C, ce qui n'est pas la solution la plus souhaitable.

Depuis l'origine du problème en raison de la contamination microbienne à la surface de coupes sous-primaires de viande, pourquoi ne pas inclure une méthode validée dans la fabrication qui réduit les taux de bactéries à la surface au point où le transfert cesse de poser un risque grave ?

Il existe plusieurs méthodes validées efficaces disponibles et l'équipement peut être facilement installé dans tout processus d'attendrissement mécanique. Il s'agit notamment de traitements par des acides organiques et d'un tunnel UV pour la désinfection de la viande. Je connais au moins une entreprise qui combine les deux technologies afin d’obtenir la réduction plus grande possible.

C'est à l'industrie de décider s'il faut attendre un règlement qui impose l'étiquetage et les exigences de cuisson qui vont avec ou investir dans des technologies qui éliminent le problème avant que les produits attendris mécaniquement n’atteignent jamais les consommateurs.

Consumer Reports a raison de signaler le problème. Leur article est factuel et équilibré. Je suis d'accord que si les produits carnés attendris mécaniquement posent un plus grand risque de sécurité des aliments et nécessitent une cuisson plus approfondie, les consommateurs devraient être informés de la façon dont ces produits doivent être cuits. Je maintiens toujours que la meilleure solution est d'éliminer le problème grâce à des techniques améliorées de transformation comprenant des interventions efficaces.

À propos du Dr. James L. Marsden. Jim est Regent’s Distinguished Professor en sécurité des aliments à l’Université de l’Etat du Kansas et le conseiller scientifique senior de la North American Meat Processors Association. Il est l’ancien président de l’American Meat Institute Foundation à Washington DC et lauréat de l’Université de l’Etat de l’Oklahoma.

NB : On pourra aussi lire Plan d’action pour assurer la salubrité des aliments au Canada : le point de vue de Doug Powell.

« Powell commente les nouveaux changements sur la sécurité des aliments au Canada ». Source un article de Jim Romahn du 18 mai 2013 sur son blog Agri 007.

Le Dr Doug Powell, spécialiste en communication en matière de sécurité des aliments à la Kansas State University, et avant cela à l'Université de Guelph, a des choses à dire à propos de la grande annonce du ministre de l'Agriculture Gerry Ritz le 17 mai 2013 : Le gouvernement Harper annonce son plan d'action pour assurer la salubrité des aliments au Canada.

Le Canada va renforcer ses analyses de E. coli pendant les mois d'été et rendra obligatoire l'étiquetage de la viande de bœuf attendrie mécaniquement  à l’aide d’aiguilles mais certaines omissions sont remarquables.

• Les modifications s'appliqueront uniquement à la viande produite dans les établissements de transformation des viandes sous agrément fédéral par l'Agence canadienne d'inspection (ACIA) des aliments. Comment les consommateurs peuvent-ils savoir qui est qui ?

• Les exigences en matière d'étiquetage s'appliqueront uniquement aux morceaux de bœuf qui sont attendris dans les abattoirs sous agrément fédéral de l'ACIA. Qu'en est-il des morceaux qui sont traités plus tard dans le système d'approvisionnement ? Santé Canada affirme qu'il y travaille.

• Le plus remarquable, l’analyse élargie pour E. coli ne s'applique qu'au sérotype O157:H7 (les détails du changement sont ici). Il n'est pas fait mention des analyses pour d'autres E. coli producteurs de shigatoxines des (STEC), tels que les « big six » (O26, O45, O103, O111, O121 et O145) qui ont été déclarés comme des contaminants par le ministère américain de l'agriculture (USDA). Je suis sûr que ces abattoirs qui veulent continuer à exporter vers les États-Unis devront répondre aux exigences d'essais des États-Unis. En tant que consommateur, j’aimerais bien savoir sous un tel système de contrôle la viande a été produite.

Les changements font suite à une épidémie à E. coli O157:H7 à l'automne dernier qui a rendu malades 18 personnes. Le produit contaminé a été transformé chez XL Foods dans l’Alberta et qui a conduit au plus grand rappel de viande de l'histoire du Canada. Plusieurs de ceux qui ont été malades ont pensé qu’ils avaient consommé de la viande de bœuf attendrie mécaniquement à l’aide d’aiguilles (avec cette technique, l’extérieur devient l'intérieur, comme pour un hamburger, devrait donc être cuite à 73,8°C pour des raisons de salubrité ; cela étant, je ne connais personne qui achète un rôti et le fait cuire à 73,8°C).

« Le Canada jouit d'un système de salubrité des aliments de premier ordre et notre gouvernement est déterminé à prendre des mesures pour l'améliorer davantage », a déclaré le ministre de l'agriculture, Gerry Ritz.

Ah ah !

Ritz a dit à propos de l’étiquetage de la viande de bœuf attendrie mécaniquement, « C'est du bon sens, mais il est nécessaire d’aller au-delà cela. »

Ah ah !

« Pouvons-nous garantir qu'il n'y en aura jamais plus (épidémies) ? Non. Toute personne, qui vous dit que vous le pourrez, vous ment. Il n’est pas important de savoir combien d'argent, combien de personnes vous avez sur les lignes de fabrication, il y a trop de pièces mobiles pour garantir un absolu. Mais à la fin de la journée, nous voulons prendre toutes les précautions que nous pouvons. »

Ah ah !

« Une victime de E. coli demande à ce que se mettent en place  des scores publics après l'inspection d’un restaurant ». Source Doug Powell du barfblog du 17 mai 2013.

Après avoir été infectée par E. coli pour la deuxième fois de sa vie, une femme de Seattle veut que les rapports d'inspection des restaurants dans l’Etat de Washington soient aussi publics que possible, en copiant ce qui est fait à New York et en Californie.

Sarah Schacht a dit à KING 5 News qu’elle aime ce qui se passe à San Francisco, où les scores ou les notes en matière d’hygiène des aliments et les non-conformités de tous les restaurants sont désormais affichés sur le site Internet bien connu, Yelp.

Elle aime aussi l'approche de New York et d'autres grandes villes, où les scores ou des notes d'inspection de « A », « B » et « C » sont exposés sur la vitrine des restaurants.

« C'est d’une utilité immédiate », dit-elle. « C’est intuitif, cela parle aux clients sur ce qu'ils ont besoin de savoir simplement en surfant. »

Schacht avait 13 ans quand elle et sa famille étaient parmi les centaines de personnes rendues malades par une épidémie à E. coli dans les restaurants de la chaîne Jack in the Box en 1993.

Schacht a été infectée à nouveau en février et poursuit le restaurant Central District qu'elle croit être le responsable.

Avocat en sécurité des aliments, Bill Marler a représenté Schacht dans les deux cas.

« C'est la première fois que j’ai deux fois la même personne, une cliente fidèle », a déclaré Marler.

Schacht et une autre femme ont déposé une plainte contre Ambassel Ethiopian Restaurant.

Avant de dîner à l'extérieur en février, Schacht ne savait pas qu’Ambassel avait eu une note « insatisfaisante » sur cinq des six inspections antérieures.

« Pour moi, cela aurait soulevé quelques questions et peut-être que cela aurait influencé le choix du restaurant auquel je suis allée cette nuit-là », a-t-elle dit.

Ces inspections de restaurants sont facilement disponibles sur le site Internet du King County pour celui qui les cherche. Mais Schacht, qui est une experte, pense que l'information n'est pas totalement intuitive ou facile à comprendre. Elle pense que les utilisateurs pourraient être déroutés par le système de points parce que un score élevé signifie une mauvaise inspection.

« L'information est assez dense mais ce n'est pas très convivial », dit-elle.

C'est pourquoi elle préfère les approches les plus simples de New York et de San Francisco.

Elle a raison, dit Doug Powell …

L’article original de Doug renvoie à deux articles sur ce sujet :

• Filion, K. and Powell, D.A. 2009. The use of restaurant inspection disclosure systems as a means of communicating food safety information. Journal of Foodservice 20: 287-297.
• Filion, Katie ; Powell, Douglas. Designing a national restaurant inspection disclosure system for New Zealand. Journal of Food Protection 74(11): 1869-1874.