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Propagation de la résistance aux antibiotiques : une piste, les déchets animaux dans les exploitations agricoles

21
nov
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Shigella, Viande, Volaille.

« La résistance aux antibiotiques importants peut se développer dans les déchets des animaux, selon une étude récente », source Gretchen Goetz dans Food Safety News.

Au cours des deux dernières décennies, les scientifiques ont suivi la hausse inquiétante de la résistance bactérienne aux céphalosporines, une classe d'antibiotiques utilisés pour traiter de nombreuses infections humaines. Voici qu’une étude de l’Etat de Washington révèle que la solution à ce problème pourrait résider dans la façon dont les agriculteurs traitent leurs déchets d'origine animale.

L’étude, publiée ce mois-ci dans la revue PLoS ONE, montre que l’origine de la résistance aux céphalosporines réside probablement dans les déchets, là où les bactéries sont exposées à des excréments et à l'urine des animaux traités par ces médicaments.

Le lien entre résistance aux céphalosporines et utilisation d’antibiotiques chez les animaux d’élevage a longtemps été soupçonnée. En avril de cette année, la Food and Drug Administration a publié un règlement limitant l'utilisation des céphalosporines chez les animaux.

« La FDA s'inquiète de ce que certains usages dérogatoires des céphalosporines chez les bovins, les porcs, les poulets et les dindes soient susceptibles de contribuer à des souches résistantes aux céphalosporines de certaines bactéries pathogènes », a souligné l'agence dans son annonce du règlement.

Mais une pièce du puzzle est manquante : où a lieu le développement cette résistance ? Les animaux traités avec ceftiofur, une céphalosporine, n’excrètent pas de bactéries qui résistent à l’antibiotique, ce qui signifie que la résistance ne semble pas se développer dans l'intestin des animaux. C'est pourquoi les chercheurs de la Washington State University (WSU) se sont tournés vers les souillures contenant des déchets animaux traités par la céphalosporine afin de voir si la résistance s’y développe. Et leur intuition s'est avérée correcte.

« Les bactéries présentes dans les souillures consomment l’antibiotique comme un breakfast », a déclaré Doug Call, professeur d'épidémiologie moléculaire à la Paul G. Allen School for Global and Animal Health de la WSU et auteur de l'étude.

Puis, après avoir été exposées à la céphalosporine, les bactéries plus fortement résistantes aux antibiotiques, qui survivent, colonisent facilement les animaux, selon l'étude.

« Si vous excrétez au sol alors vous amplifiez les micro-organismes résistants, alors que les animaux généralement se réinoculent eux-mêmes par transmission par contact », a expliqué Call dans une interview à Food Safety News.

Les chercheurs ont constaté que ce processus est accéléré durant les mois plus chauds, lorsque des températures plus élevées entraînent une dégradation plus rapide de l’antibiotique.

« Au laboratoire à la température ambiante, 24 heures permet de mettre en place une tendance pour avoir des micro-organismes résistants », dit Call. « Un jour suffit. »

Ces résultats suggèrent que, si les déchets contenant des résidus de céphalosporines peuvent être prévenus d'entrer en contact avec des animaux avant que les bactéries aient eu le temps de développer une résistance, la propagation de plasmas résistants aux céphalosporines pourrait être évitée, et l'efficacité de cette classe de médicaments en médecine humaine pourrait être conservé.

« Vous pourriez éventuellement arrêter cette sélection [des bactéries] sur le terrain en utilisant une stratégie différente dans l'élevage, en utilisant une stratégie différente dans la façon de traiter les déchets », explique Call. « Il peut y avoir des moyens pour neutraliser ou immobiliser ces antibiotiques afin qu'ils ne puissent pas agir biologiquement sur les bactéries ou bien, ce peut être quelque chose d'aussi simple que de nettoyer le fumier tout de suite ou l'urine aussi vite que vous le pouvez. »

Une autre solution possible pourrait être d'isoler les animaux malades de ceux qui sont sains, a-t-il dit, car les céphalosporines sont principalement utilisées pour traiter des animaux malades, et c'est la seule utilisation désormais autorisée par la FDA.

La bactérie étudiée par les scientifiques dans cette étude était E. coli, dont l’infection n’est pas traitée par des céphalosporines dans les cas humains, mais Call a déclaré que le plasma qui porte le caractère de résistance se transmet facilement entre toutes les bactéries intestinales gram négatif, dont Salmonella et Shigella.

« Ces nouvelles céphalosporines sont des antibiotiques de choix dans le traitement des infections graves à Salmonella et les infections à Shigella, en particulier chez les enfants », a indiqué la FDA dans sa liste de Questions & Réponses sur l'interdiction des céphalosporines.

Une augmentation de la résistance aux céphalosporines chez Salmonella a été bien documentée par le National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS). En 1997, aucune souche de Salmonella chez les bovins ou les porcs n’était résistante au ceftiofur. En 2009, 14,5% des isolats de Salmonella provenant de bovins étaient résistants au ceftiofur. Pour les porcs, ce chiffre était de 4,2%. Au cours de cette même période, la résistance au ceftiofur était passée de 0,5% pour Salmonella chez les poulets et 3,7% pour Salmonella chez la dinde à respectivement, 12,7% et 12,4%.

Au moins cinq éclosions de maladies infectieuses d'origine alimentaire ont été liées à Salmonella résistant aux céphalosporines entre 2001 et 2009, selon les données recueillies par le Center for Science in the Public Interest. Un total de 200 cas de maladies, 40 cas d’hospitalisations et 1 décès sont survenus à la suite de ces éclosions.

« Mais avant que les résultats de cette étude ne puissent être appliqués pour freiner la résistance des pathogènes dangereux, l'étape suivante consiste à reproduire ces résultats sur le terrain », a déclaré Call.

« Tout le monde va critiquer une étude comme celle-ci, à juste titre », a déclaré Call, « en ce sens qu'elle est limitée à l'échelle du laboratoire, même si nous avons utilisé des matières provenant des laiteries et directement du bétail. »

Call a déclaré qu'il s'attend à ce que ces résultats soient dupliqués dans un cadre agricole.

Quand viendra le temps de regarder les méthodes à la ferme, le coût sera l’aspect le plus pris en compte par les agriculteurs, a-t-il noté.

« Si vous pouvez reproduire [ces résultats] et, pour être honnête avec vous, je ne vois pas pourquoi vous ne pourriez pas, alors la prochaine question est celle-ci, existe-t-il un moyen pour commencer à maîtriser le problème qui pourrait être appliqué de façon économique, rapport coût-efficacité ? Si vous pouvez trouver des solutions comme ça, tout le monde y gagne. Vous conservez la sélection, vous conservez la possibilité d'utiliser ces antibiotiques et nous l'espérons, cela ne coûte pas grand-chose aux producteurs. Ce que nous cherchons est vraiment ce genre de solution. »

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