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Différentes souches bactériennes résistantes de E. coli peuvent se protéger mutuellement

25
mai
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Santé, Sécurité des aliments.

« Différentes souches résistantes de E. coli peuvent se protéger mutuellement », source CIDRAP News.

Deux souches de bactéries résistantes à différents antibiotiques peuvent se protéger mutuellement dans un environnement où les antibiotiques sont présents, selon la première étude expérimentale de protection microbienne croisée publiée la semaine dernière dans les Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

bob-carol-ted-alice-300x169Les chercheurs du département de physique du Massachusetts Institute of Technology (MIT) ont exploré le potentiel du mutualisme – une interaction qui profite à deux espèces différentes – sur deux souches de Escherichia coli, dont l’une était résistante à l’ampicilline et l’autre résistante au chloramphénicol.

Bien que le type de mutualisme connu comme une protection croisée, dans lesquelles des espèces dépendent les unes des autres pour survivre dans un environnement difficile, ait été observé chez des animaux plus grands, cela n’avait pas été encore observé expérimentalement chez des populations bactériennes, ont noté les auteurs.

La protection croisée chez E. coli résistant aux antibiotiques dépend d’une multitude de facteurs, dont des caractéristiques de chaque souche résistante, la présence et la quantité d’antibiotiques, la dilution et l’oscillation de l’abondance de la population bactérienne et l’invasion par d’autres bactéries.

Le rôle de l’enzyme de désactivation

Les souches de E. coli expriment une résistance aux antibiotiques en produisant des enzymes défensives qui détruisent le médicament. Les souches résistantes peuvent souvent protéger des pathogènes sensibles aux antibiotiques grâce à l’enzyme de désactivation si elles sont en mesure d’éliminer rapidement l’antimicrobien de l’environnement, selon les auteurs.

Au cours d’une expérience de 10 jours, les chercheurs ont exposé une souche de E. coli résistante à l’ampicilline et une souche de E. coli résistante au chloramphénicol à des concentrations mélangées d’antibiotiques qui auraient tué chaque souche seuls. E. coli résistant à l’ampicilline ne peut pas survivre seul à une concentration supérieure à 2,2 µg/mL, et une souche résistante au chloramphénicol sera détruite si exposée à 2 µg/mL d’ampicilline.

Même lorsque les populations bactériennes ont été diluées chaque jour par le transfert de 1% des colonies dans un nouveau tube à essai contenant des antibiotiques, les souches ont été capables de se protéger mutuellement contre les concentrations d’antibiotiques quatre fois plus élevées que des quantités létales pour une souche seule.

« Une co-culture des deux souches peuvent survivre au-dessus des concentrations auxquelles les souches individuelles survivent seules, indiquant que les deux populations forment un mutualisme obligatoire », écrivent les auteurs.

Oscillation et effondrement

Un facteur clé de protection croisée entre les deux souches bactériennes résistantes a la capacité dans chaque population d’osciller en taille lors de la dilution quotidienne dans une solution contenant de l’ampicilline et du chloramphénicol. Des cycles d’oscillation ont duré 3 jours et ont impliqué des changements massifs dans le pourcentage de chaque souche tandis que la taille totale de la population bactérienne est restée stable.

Au cours d’un cycle d’oscillation de 3 jours, la souche résistante à l’ampicilline a augmenté en abondance car elle a désactivé l’antibiotique. Cette activité a permis à la souche résistante au chloramphénicol de croître, enlevant le chloramphénicol de l’environnement, jusqu’à ce que la souche résistante à l’ampicilline puisse augmenter de nouveau, poursuivant ainsi un cycle dans lequel les souches sont protégées et dépassées les unes envers les autres en abondance. Les populations varient jusqu’à 1000% par rapport sur 3 jours durant, ont dit les auteurs.

Des oscillations en abondance ont eu lieu en raison de la dilution quotidienne dans un environnement riche en antibiotiques et ne sont pas liés aux taux de croissance naturelle de chaque souche, a dit l’auteur. L’effet de protection croisée réalisée par les oscillations semble stable, avec des changements dans la croissance de chaque souche et une proportion relative probable étant durable au fil du temps.

« Parce que ces oscillations se sont produites au cours d’une période (3 jours) plus longue que la période de la dilution quotidienne (1 jour), ils ne sont pas une conséquence triviale du cycle quotidien de dilution-croissance », ont dit les auteurs.

Les cycles d’oscillation devaient être équilibrés avec précision pour éviter l’effondrement total de l’interaction de protection croisée. À des concentrations de chloramphénicol de 7,6 µg/mL, les deux populations bactériennes ont eu des oscillations stables et ont coexisté. Lorsqu’elles sont exposées à des taux de 17,1 µg de chloramphénicol/mL, cependant, les oscillations devient erratiques, le cycle durable de 3 jours a été perdu et l’interaction s’est effondrée, la probabilité de ce qui a augmenté à des concentrations de chloramphénicol est de 38,4 µg/mL.

Une dilution fréquente de faibles concentrations de bactéries dans des milieux contenant 10 µg/mL d’ampicilline et 5,1 µg/mL de chloramphenicol a permis aux populations bactériennes pour former une relation protectrice croisée stable.

« Dans une expérience de culture continue dans laquelle les antibiotiques sont ajoutés en continu (et les cellules retirées en continu), il n’y aura pas d’oscillations dans l’abondance des populations, et alors le rapport entre les deux souches devrait approcher un équilibre stable », ont écrit les auteurs.

e_coli-eraxion-istockDouble résistance à l’invasion

L’introduction d’une souche individuelle de E. coli résistante aux deux antibiotiques a également causé le comportement de protection croisée à l’effondrement, ont dit les auteurs.

Lorsque les chercheurs ont ajouté un petit nombre de cellules de E. coli résistant à deux antibiotiques aux dilutions du début du septième cycle de croissance, la souche ayant cette double résistance a déplacé E. coli résistant à l’ampicilline et a coexisté avec la souche résistante au chloramphénicol dans une solution contenant des concentrations d’ampicilline à 10 µg/mL et de chloramphénicol à 7,5 µg/mL.

« Une souche avec une double résistante peut envahir le mutualisme et en faire en sorte que les oscillations disparaissent, ce qui montre que l’existence des oscillations dépend de la façon dont la résistance est allouée dans la population microbienne », ont déclaré les auteurs.

En l’absence d’une invasion microbienne multi-résistante, le transfert horizontal de gènes dans la co-culture avec protection croisée pourrait créer une souche mutante avec une double résistance, ont dit les auteurs. En outre, « la nature coopérative de la désactivation des antibiotiques pourrait permettre à une souche sensible d’utiliser les deux symbiotes pour la protection. »

Implications pour l’infection et la résistance

Parce que la protection croisée arrive souvent comme une stratégie pour permettre la survie dans un environnement difficile, une meilleure compréhension est nécessaire à la fois pour l’environnement et la dynamique des populations microbiennes, comprenant le rôle des oscillations dans la souche en abondance, en vertu de laquelle le comportement mutualiste permet la résilience bactérienne en présence d’antibiotiques. Les auteurs notent que peu de connaissances sont disponible sur le rôle et la cause des oscillations dans la stabilisation de l’abondance de la population alors même qu’elles sont plus facilement observables chez d’autres organismes, comme le lynx du Canada et le lièvre d’Amérique.

Beaucoup de relations de protection croisée sont le résultat de la co-évolution des deux organismes dans le même environnement, bien que ce ne soit pas le cas avec des souches de E. coli. On pense que le comportement mutualiste dans ce cas est apparu suite à une exposition aux antibiotiques, selon les auteurs.

« Soit une interaction est coopérative ou soit elle est compétitive peut dépendre de l’environnement », ont écrit les auteurs, ajoutant que l’exposition à des souches de protection croisée aux antibiotiques peut alimenter le développement de la multirésistance aux antibiotiques en achetant du temps pour une adaptation évolutive ultérieure.

NB : traduction par mes soins. -aa

Le financement de la recherche n’est pas une variable d’ajustement , selon un avis de l’Académie des sciences et de l’Académie Nationale de Médecine

25
mai
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Classé dans Curiosité, Hygiène, Santé, Sécurité des aliments.

« Le financement de la recherche n’est pas une variable d’ajustement », Avis de l’Académie des sciences et de l’Académie Nationale de Médecine du 24 mai 2016.

L’Académie des sciences et l’Académie Nationale de Médecine font part de leurs préoccupations concernant les moyens alloués à la recherche et à l’innovation en France. Elles ont les plus vives inquiétudes à l’annonce d’une réduction supplémentaire de 256 M€ sur les crédits 2016 de la Mission Recherche Enseignement Supérieur.

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L’Académie des sciences et l’Académie Nationale de Médecine souhaitent faire part de leurs vives préoccupations concernant la situation de la recherche et de l’innovation en France. L’Académie des sciences avait déjà souligné la dégradation significative des budgets alloués à la recherche publique dans le cadre de trois avis en décembre 2013, octobre 2014 et juin 2015. Les deux Académies apprennent avec inquiétude l’annonce d’une réduction supplémentaire de 256 M€ des crédits 2016 de la Mission Recherche Enseignement Supérieur.

Dans le contexte actuel, les deux Académies considèrent que cette réduction aurait des effets désastreux pour les organismes de recherche publique dont les plus touchés seraient le CEA, le CNRS, l’INRA, l’INRIA et l’Inserm, avec une annulation globale de 134 M€ de leurs budgets. Ces organismes de recherche ont déjà fait face depuis plusieurs années à des contraintes budgétaires significatives. Ayant déjà largement participé à la politique de réduction des déficits publics, ces organismes ont vu fondre le budget recherche hors salaire couvert par la subvention d’Etat.

L’impact des mesures envisagées serait immédiatement ressenti par l’ensemble de la communauté de recherche française comme un désaveu des efforts qu’elle réalise, avec les conséquences les plus négatives sur sa motivation et son moral et des effets durables. Les organismes de recherche concernés sont des acteurs indispensables de la compétitivité du pays et de sa capacité à faire face aux défis actuels et futurs.

Cette déstabilisation brutale de la recherche induirait un décrochage scientifique majeur et conduirait, pour la jeunesse, à une perte de confiance supplémentaire en l’avenir.

A un moment où les efforts de recherche et d’innovation dans tous les pays avancés s’intensifient, en particulier chez nos partenaires et concurrents les plus proches, le signal serait des plus dommageables et il ne fait aucun doute que l’impact à long terme serait une chute de compétitivité de la France pour ses entreprises les plus performantes et plus généralement pour l’ensemble de son système productif.

L’Académie des sciences et l’Académie Nationale de Médecine maintiennent que ce n’est pas en réduisant le soutien à la recherche que le pays pourra sortir des difficultés économiques auxquelles il est confronté et que, bien au contraire, c’est en pariant sur une recherche de haut niveau et les innovations qui en découlent, que le pays pourra recueillir des retombées économiques et sociales en termes de création de richesse et d’emplois.

Paris, le 24 mai 2016

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Mise à jour du 26 mai 2016. Où l’on apprend qu’en Allemagne, Les dépenses de recherche ont bondi de 75 % en dix ans.

Faut-il connaître les causes pour comprendre et intervenir ? Questions sur la causalité dans les sciences biologiques et médicales

25
mai
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Classé dans Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

imgresJe relaie bien volontiers cette information sur un Colloque de l’Académie des sciences, dans la Grande salle des séances de l’Institut de France, Faut-il connaître les causes pour comprendre et intervenir ? Questions sur la causalité dans les sciences biologiques et médicalesInscription obligatoire avant le 30 mai 2016, c’est gratuit !

Le mot « cause » est fréquemment employé dans des publications scientifiques, sans qu’il y ait toujours une conscience claire de ce qu’il implique. Ce terme a une histoire philosophique au cours de laquelle sa signification et son usage dans les sciences ont été tantôt défendus, tantôt critiqués. D’une part la recherche de causes naturelles est bien constitutive du projet scientifique, d’autre part le terme de cause peut facilement véhiculer des conceptions naïves de la relation entre causes et effets, dont les conséquences peuvent être de retarder ou de mal orienter la recherche de facteurs de causalité. Les sciences biologiques et médicales sont riches d’exemples de ce type. Plusieurs questions peuvent donc être posées. Quelle est l’utilisation présente de la causalité dans les sciences biologiques et médicales ? Quelles sont les difficultés particulières liées à l’établissement des relations de causalité ? Comment ces difficultés peuvent-elles être surmontées du point de vue méthodologique ? L’identification de conditions causales permet-elle de prédire la succession de phénomènes physiologiques ? Est-il souhaitable de conserver le langage causaliste pour décrire des situations où règne par excellence le multifactoriel ? Comment mieux décrire ces situations par d’autres langages, et est-ce toujours possible en l’état actuel ?

TIPP et la crainte des poulets chlorés américains, un nouvel épisode

24
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne, Volaille.

Cesare Varallo nous informe d’une question intéressante sur l’importation éventuelle de poulets chlorés américains dans l’UE.

Sur cette question, le blog vous a informé à plusieurs reprises :

En 2014 avec Le poulet, le chlore, les Etats-Unis, la France, l’UE et le consommateur et en 2015 avec Quand France Info tente de nous faire peur avec les poulets lavés au chlore ?

chicken_3372386bVoici donc pour la énième fois la réponse de la Commission européenne qui n’a pas varié d’un iota depuis le début, mais il y a quelques groupes de consommateurs mais aussi des politiques qui agitent le chiffon rouge de la venue poulets américains chlorés … chacun son truc !

Sujet : Importation de poulets chlorés dans le cadre de l’accord TTIP.

Ces derniers mois, des préoccupations ont été soulevées par les organisations de consommateurs à travers l’UE car l’importation de poulets chlorés des États-Unis vers l’UE peuvent être autorisés en vertu d’un accord TTIP et peuvent, dans le processus, porter atteinte à la viabilité économique de la production des volailles dans le UE.

La Commission peut-elle garantir par conséquent que les importations de poulets chlorés des États-Unis dans l’UE ne seront pas autorisées en vertu de tout accord TTIP ?

Concernant les traitements antimicrobiens de viande ou de carcasses, l’UE permet à l’approbation de ces traitements, à condition qu’ils soient considérés comme sûrs par l’EFSA. En particulier, ils doivent être utilisés seulement dans des conditions strictes, en respectant pleinement les exigences d’hygiène strictes que la législation de l’UE exige pour être appliquées tout au long de la chaîne alimentaire.

Aucun des traitements antimicrobiens ne sera approuvé dans l’UE à moins d’une évaluation scientifique claire confirmant qu’ils sont bénéfiques pour les consommateurs (par exemple, réduction de la contamination microbienne et réduction des risques liés à la sécurité des aliments). La Commission ne sera pas autoriser l’utilisation de traitements antimicrobiens en remplacement des pratiques d’hygiène, mais seulement comme un outil supplémentaire pour améliorer la sécurité du produit fini.

Il n’y a actuellement aucune demande d’approbation du chlore comme substance pour traiter les carcasses de volaille et aucune discussion sur l’acceptation de poulets chlorés dans l’UE à la suite des négociations du Partenariat transatlantique de commerce et d’investissement ou TIPP.

Traduction par mes soins. -aa

Un restaurateur britannique condamné à 6 ans de prison après le décès d’un client pour cause d’allergie à l’arachide

24
mai
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Classé dans Allergène, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

« Un restaurateur britannique condamné à 6 ans de prison après le décès d’un client pour cause d’allergie à l’arachide », source Doug Powell du barfblog.

Le propriétaire d’un takeaway indien dans le nord du Yorkshire a été reconnu coupable d’homicide involontaire après qu’un client ayant une allergie aux noix a eu un repas contenant de l’arachide moulue.

food.allergens-300x168Le jugement a dit que Mohammed Zaman avait rogné les coûts en changeant un agent épaississant à base d’amande en poudre pour de la poudre moins chère qui contenait de l’arachide.

Bien que la grande majorité des restaurants soient sûrs, un certain nombre, chaque année, violent les lois et des lignes directrices.

Depuis décembre 2014, il est exigé des takeaway et des restaurants de par la loi de permettre aux clients de savoir si l’un des 14 allergènes les plus dangereux sont parmi les composants de leur aliment.

Cela comprend l’arachide, les œufs, le lait, le poisson, les crustacés et la moutarde, …

Paul Wilson, 38 ans, qui a subi un choc anaphylactique après avoir mangé un plat chez Zaman, est décédé avant le changement de la loi, mais au cours du procès il a été entendu qu’il avait signalé son allergie à l’arachide* au restaurant et son repas avait été étiquetés comme « sans noix » (« nut free »).

Un autre cliente avec une allergie aux noix a dû être traitée dans un hôpital après avoir mangé au restaurant de M. Zaman trois semaines avant le décès de M. Wilson. Comme lui, elle avait été assurée que son plat ne contiendrait pas de noix, selon l’accusation.

jailZaman a été reconnu coupable d’homicide par négligence grave dans le décès de M. Wilson, et six infractions à la sécurité des aliments. Il a été condamné à six ans de prison.

« Il a eu une « attitude irresponsable et cavalière vis-à-vis du risque », a dit le procureur, Richard Wright devant un jury de Teesside Crown Court.

C’est la première fois en Grande-Bretagne que quelqu’un est reconnu coupable d’homicide involontaire pour la vente d’aliments.

David Pickering du Chartered Trading Standards Institute (CSTI*), a déclaré : « Certains [restaurants] les auront dans un livre, certains vont vous donner une information verbalement. Si ils ne peuvent pas vous la donner, ne pas manger là. »

NB : Rappelons que l’arachide n’est pas un fruit à coque ou à écale car son enveloppe est une gousse.

* Association de professionnels travaillant dans le commerce.