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Résistance aux antibiotiques de bactéries lactiques isolées de charcuteries séchées fermentées

30
août
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

imgresRésumé.

Les charcuteries séchées fermentées sont des produits à base de viande de grande valeur pour de nombreux consommateurs. Le procédé de fabrication implique une fermentation mise en œuvre par un microbiote naturel ou des ferments ajoutés intentionnellement et suivi d’un séchage. Le microbiote fermentaire le plus pertinent est composé de bactéries lactiques telles que Lactobacillus, Pediococcus et Enterococcus produisant principalement du lactate et contribuant à la conservation des produits. La grande diversité des bactéries lactiques dans les charcuteries séchées fermentées est liée aux pratiques de fabrication. Le développement de starters autochtones est considéré comme un domaine très prometteur car il permet une haute qualité sanitaire et sensorielle dans la production de charcuteries.

Les bactéries lactiques ont une longue histoire d’utilisation sûre dans les aliments fermentés, cependant, car elles sont présentes dans le tractus gastro-intestinal humain, et elles sont aussi intentionnellement ajoutées à l’alimentation. Des préoccupations ont été soulevées quant à la résistance aux antibiotiques chez ces bactéries bénéfiques. En fait, la chaîne alimentaire a été reconnue comme l’une des principales voies de transmission de la résistance des populations bactériennes aux antibiotiques de l’animal vers l’homme. En 2014, un rapport de l’Organisation mondiale de la Santé sur la surveillance mondiale de la résistance aux antibiotiques révèle que cette question n’est plus une prévision puisque des preuves établissent un lien entre les antibiotiques utilisés chez les animaux de production alimentaire et l’émergence de la résistance chez des pathogènes courants. Cela pose un risque pour le traitement des infections nosocomiales et hors de l’hôpital. Cette revue décrit les sources possibles et les voies de transmission des bactéries lactiques résistantes aux antibiotiques issues de charcuteries séchées fermentées, présentant des bactéries lactiques ayant un profil de résistance aux antibiotiques et des déterminants génétiques associés. Chaque fois que les bactéries lactiques sont utilisées comme ferments dans la transformation de charcuteriesséchées fermentées, les préoccupations de sécurité sanitaire concernant la résistance aux antibiotiques doivent être pris en compte puisque des gènes résistants aux antibiotiques pourraient être mobilisés et transférés à d’autres bactéries.

Faits saillants.

  • Des bactéries lactiques résistantes aux antibiotiques ont été isolées à partir de charcuteries séchées fermentées.
  • Des interventions au niveau de la transformation sont difficiles pour prévenir la présence de souches résistantes aux antibiotiques.
  • Il faut faire attention au sujet de la résistance aux antibiotiques exprimée par des souches destinées à être utilisées comme ferments.
  • La résistance acquise de souches due à des gènes mobiles peut mettre en danger la santé publique.
  • Des stratégies de management des risques pour la chaîne alimentaire sont cruciales pour éviter des bactéries lactiques résistantes aux antibiotiques.

Mots-clés. Bactéries lactiques. Résistance aux antibiotiques. Produits secs fermentés. Sécurité des aliments.

Référence. Maria João Fraqueza. Antibiotic resistance of lactic acid bacteria isolated from dry-fermented sausages. International Journal of Food Microbiology Volume 212, 6 November 2015, Pages 76-88.

Un extrait de feuilles de châtaignier désarme des staphylocoques mortels

26
août
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Classé dans Contamination, Curiosité, Hygiène, Santé.

« Un extrait de feuilles de châtaignier désarme des staphylocoques mortels », source EurAlert ! L’extrait arrête les staphylocoques sans renforcer leur résistance aux antibiotiques.

Les feuilles du châtaigner européen contiennent des ingrédients ayant le pouvoir de désarmer des bactéries dangereuses comme les staphylocoques sans renforcer leur résistance aux antibiotiques, selon des scientifiques.

PLOS ONE publie l’étude d’un extrait de feuilles de châtaigniers, riche en dérivés de l’ursène et d’oléanène, qui bloque la virulence et la pathogenèse de Staphylococcus aureus sans résistance détectable.

L’utilisation de châtaignier dans les remèdes populaires traditionnels a inspiré la recherche, dirigée par Cassandra Quave, ethnobotaniste à l’université Emory.

Cassandra Quave de l’Emory University recherche les interactions entre les personnes et les plantes, une spécialité connue sous le nom d’éthnobotanique. Crédit Photo par Marco Caputo.

Cassandra Quave de l’Emory University recherche les interactions entre les personnes et les plantes, une spécialité connue sous le nom d’éthnobotanique. Crédit Photo par Marco Caputo.

« Nous avons identifié une famille de composés provenant de ce végétal qui ont un mécanisme médicinale intéressant », dit Quave. « Plutôt que de tuer les staphylocoques, cet extrait végétal fonctionne en emportant les armes des staphylocoques, essentiellement pour éteindre la capacité des bactéries à créer des toxines qui causent des dommages aux tissus. En d’autres termes, il prend les dents de la morsure de la bactérie. »

La découverte offre un potentiel pour de nouvelles façons de traiter et de prévenir les infections à S. aureus résistant à la méthicilline ou SARM, sans alimenter le problème croissant des pathogènes résistants aux antibiotiques. (…)

« Nous avons démontré en laboratoire que notre extrait désarme même les souches de SARM hyper-virulentes capables de causer des infections graves chez les athlètes en bonne santé », dit Quave. « Dans le même temps, l’extrait ne perturbe pas les bactéries normales, saines sur la peau humaine. Il fait tout pour rétablir l’équilibre. »

Quave, qui étudie les interactions les hommes et les plantes, une spécialité connue sous le nom d’ethnobotanique, est de la faculté de l’Emory’s Center for the Study of Human Health et de l’Emory School of Medicine’s Department of Dermatology. Elle s’est intéressée à l’ethnobotanique lorsqu’elle était étudiante à Emory.

Pendant des années, elle et ses collègues ont étudié des remèdes traditionnels chez des populations rurales du sud de l’Italie et d’autres parties de la Méditerranée. « J’ai senti fortement que ces personnes qui ont rejeté les plantes traditionnelles médicinales comme traitement médical parce que les plantes ne tuent pas un pathogène ne se posaient pas les bonnes questions », dit-elle. « Que faire si ces plantes jouent un autre rôle dans la lutte contre une maladie ? »

Des centaines d’interviews sur le terrain l’ont guidé vers le châtaignier européen, Castanea sativa. « La population locale et les guérisseurs nous ont dit à maintes reprises comment ils allaient faire une tisane à partir des feuilles de châtaignier et laver leur peau avec elle pour traiter les infections de la peau et des inflammations », dit Quave.

Dans la présente étude, Quave équipe avec Alexander Horswill, microbiologiste à l’université de l’Iowa dont le laboratoire se concentre sur la création d’outils pour la découverte d’antibiotiques vis-à-vis de souches de staphylocoques.

Les chercheurs ont mis les feuilles de châtaignier dans des solvants pour extraire des composés chimiques. « Vous séparez le mélange complexe de substances chimiques présentes dans l’extrait en lots plus petits avec moins de composés chimiques, analyser les résultats et conserver les ingrédients qui sont les plus actifs », explique Quave. « C’est un processus méthodique qui prend beaucoup d’heures sur la paillasse. Des étudiants d’Emory ont beaucoup travaillé afin d’acquérir de l’expérience dans les techniques de séparation chimique. »

Le travail a produit un extrait de 94 produits chimiques, dont des composés à base d’ursène et d’oléanène qui sont les plus actifs.

Les tests ont montré que cet extrait inhibe la capacité des staphylocoques à communiquer un avec l’autre, un processus connu sous le nom de quorum sensing. Le SARM utilise ce système de signalisation quorum-sensing pour fabriquer des toxines et construire sa virulence.

« Nous avons été en mesure de retracer les voies aux laboratoire, en montrant comment notre extrait botanique bloque le quorum sensing et éteint complètement la production de toxines », dit Quave. « De nombreuses sociétés pharmaceutiques travaillent sur le développement d’anticorps monoclonaux ciblant une seule toxine. Cela est plus excitant parce que nous avons montré qu’avec cet extrait, nous pouvons éteindre une cascade entière de production d’une variété de différentes toxines. »

Une dose unique de l’extrait, à 50 microgrammes, éclaircit les lésions cutanées de SARM chez des souris de laboratoire, l’arrêt des lésions tissulaires et les dommages aux globules rouges du sang. L’extrait ne perd pas l’activité, ou devient résistant, même après deux semaines d’une exposition répétée. Des tests sur des cellules de peau humaine en laboratoire ont montré que l’extrait botanique ne nuit pas aux cellules de la peau, la microflore de la peau normale.

L’Emory Office of Technology Transfer a déposé un brevet pour la découverte des propriétés uniques de l’extrait botanique. Les chercheurs font des essais supplémentaires sur des composants individuels de l’extrait pour déterminer s’ils fonctionnent mieux seuls ou en combinaison.

« Nous avons maintenant un mélange qui fonctionne », dit Quave. « Notre objectif est de l’affiner en un composé plus simple qui serait admissible à l’examen de la FDA en tant qu’agent thérapeutique. »

Les utilisations potentielles comprennent un traitement préventif pour les épaulières dans le football ou d’autres équipements de sport, des revêtements préventifs pour les appareils et produits médicaux tels que des tampons qui offrent un environnement favorable à la croissance du SARM et en tant que traitement pour des infections dues au SARM, peut-être en combinaison avec des antibiotiques.

« Il est facile de rejeter les remèdes traditionnels comme les contes de vieilles femmes, simplement parce qu’ils n’attaquent pas et ne tuent pas des pathogènes », dit Quave. « Mais il y a beaucoup plus de moyens pour aider à guérir les infections, et nous devons nous concentrer sur eux dans l’ère des bactéries résistantes aux médicaments. »

Les voyageurs longue distance ont probablement contribué alors à la propagation de la résistance aux antibiotiques

23
août
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Classé dans Curiosité, Environnement, Santé, Sécurité des aliments.

« Les voyageurs longue distance ont probablement contribué alors à la propagation de la résistance aux antibiotiques », source ASM News du 20 août 2015.

Les échanges d’étudiants suédois qui ont étudié en Inde et en Afrique centrale sont revenus de leurs séjours avec une diversité accrue de gènes de résistance aux antibiotiques dans leur microbiome intestinal. L’étude est publiée le 10 août dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, une revue de l’American Society for Microbiology.

microbiome-1-300x225Dans l’étude, les chercheurs ont constaté une augmentation de 2,6 fois des gènes codant la résistance aux sulfamides, une augmentation de 7,7 fois des gènes de résistance au triméthoprime et une hausse de 2,6 fois de la résistance aux bêta-lactamines, tout cela sans aucune exposition aux antibiotiques parmi les 35 échanges d’étudiants. Ces gènes de résistance n’étaient pas particulièrement abondants chez les étudiants avant leur voyage, mais les augmentations sont néanmoins tout à fait significatives.

Le germe de la recherche était la préoccupation liée à l’augmentation en plein essor de la résistance aux antibiotiques. « Je suis un médecin spécialisé dans les maladies infectieuses et j’ai vu des antibiotiques sur lesquels je pouvais compter en toute sécurité il y a dix ans incapables de guérir mes patients », a déclaré le chercheur principal Anders Johansson de la Infection Control, Umeå University et du County Council de Västerbotten, Suède.

Cependant, Johansson a également contesté la sagesse conventionnelle selon laquelle la surutilisation des antibiotiques était entièrement responsable de la montée de la résistance, bien que la surutilisation soit un énorme problème. « Actuellement, je dirige un département de contrôle des maladies infectieuses, et à partir de là, il est très évident que la résistance est plus générée principalement à l’hôpital », a-t-il expliqué. « Et donc, des patients apportent des bactéries portant des gènes de résistance à l’hôpital dans leurs propres communautés microbiennes », a-t-il dit. « Nous avons émis l’hypothèse que le microbiome intestinal de l’homme sert de véhicule pour le déplacement de nombreux gènes de résistance différents à de très grandes distances, même en l’absence de traitement antibiotique. »

human-microbiome-change_1Et en fait, les hausses observées des gènes de résistance en abondance et en diversité par les chercheurs ont eu lieu malgré le fait qu’aucun de ces étudiants n’aient pris d’antibiotiques avant ou au cours de leur voyage. L’augmentation observée des gènes de résistance pourrait avoir résulté de l’ingestion d’aliments contenant des bactéries résistantes ou de l’eau contaminée, selon les chercheurs. Fournissant des preuves supplémentaires à cette hypothèse selon laquelle des gènes de résistance ont augmenté au cours de voyages, des gènes pour les bêtalactamases à spectre étendu, qui détruisent les pénicillines et d’autres antibiotiques, cela a été présent chez seulement un élève sur 35 avant de voyager, mais présent chez 12 étudiants après leur retour en Suède.

La collecte des prélèvements de gènes de résistance a été simple. « Nous avons demandé à des étudiants partant à l’étranger dans le cadre de programmes d’échange de fournir un prélèvement de leurs selles avant et après le voyages », a déclaré Johansson. Mais l’étude était différente des études précédentes sur cette question car nous avons utilisé le séquençage métagénomique, une méthode moderne. Cela a permis aux chercheurs de voir l’ensemble du microbiome de chaque élève et de séquencer chaque gène de résistance de celui-ci, plutôt que de se concentrer sur les gènes de résistance dans ces quelques espèces bactériennes qui se cultivent sur de milieux de laboratoire.

« Nos résultats montrent que pour réduire la résistance aux antibiotiques, nous devons minimiser le taux de dispersion à partir du système de santé, mais surtout, au niveau de la société », a déclaré Johansson. La suppression de la propagation ultérieure après des voyageurs soient de retour dans leurs pays d’origine est cruciale et dépend, a-t-il ajouté, « d’avoir des citoyens bien informés et un système de santé publique qui fonctionne bien. »

Etats-Unis : Un rapport sur les bactéries d’origine alimentaire résistantes aux antibiotiques révèle des tendances encourageantes, mais aussi quelques signaux d’alarme

15
août
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Règlementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Viande, Volaille.

cdc-09-13-img16-salmonella« Un rapport sur les bactéries d’origine alimentaire résistantes aux antibiotiques révèle des tendances encourageantes, mais quelques signaux d’alarme », source CIDRAP News du 13 août 2015.

Un rapport fédéral annuel publié cette semaine sur la résistance aux antibiotiques des maladies infectieuses bactériennes d’origine alimentaire a principalement montré des signes encourageants, mais a soulevé des préoccupations au sujet de la multirésistance de deux sérotypes de Salmonella. Voir aussi cet article de CIDRAP News, Resistant foodborne bacteria: good news, bad news in 2012 ou Etats-Unis : Bactéries d’origine alimentaire résistantes aux antibiotiques, les bonnes et les mauvaises nouvelles.

Les résultats proviennent du National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS), une collaboration de trois organismes fédéraux qui suivent les bactéries résistantes chez l’homme, la viande en distribution et les denrées alimentaires d’origine animale. Les agences respectives comprennent le Centers for Disease Control and Prevention (CDC), la Food and Drug Administration (FDA) et l’US Department of Agriculture (USDA).

Le rapport se concentre sur les pathogènes d’origine alimentaire qui résistent aux antibiotiques considérés comme cruciaux en médecine humaine et sur les bactéries multirésistantes, celles qui résistent à trois ou plusieurs classes d’antibiotiques. Le système cible les Salmonella non typhoïdique, Campylobacter, Escherichia coli, et Enterococcus ; Salmonella et Campylobacter sont les causes bactériennes leaders des maladie d’origine alimentaire.

La méthodologie et les analyses ont changées

Le rapport de cette année couvre pour la première fois plusieurs années, 2012 et 2013, et a un nouveau format qui inclut 10 graphiques interactifs pour aider à montrer les profils de résistance à Salmonella et à Campylobacter chez l’homme, les aliments au stade de la distribution et les animaux jusqu’en 2013, a dit la FDA dans un communiqué de presse du 11 août 2015. Il a ajouté que le rapport reflète également des améliorations dans les analyses du NARMS. Par exemple, les analyses chez l’animal comprennent désormais le caecum (intestinal) l’examen des animaux producteurs de denrées alimentaires avant abattage, ce qui peut donner une image plus précise de l’état microbien des animaux dans les exploitations agricoles.

En outre, la FDA a indiqué qu’elle utilise des valeurs seuil épidémiologiques qui se déplacent vers une méthode de surveillance mondiale harmonisée de Campylobacter ainsi que la mise à jour de mesures du céfépime en réponse aux modifications apportées aux meilleures pratiques pour les essais internationaux. Le céfépime est un antibiotique utilisé pour le dépistage de spectre étendu de la production de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE), un mécanisme lié à la résistance aux antibiotiques.

Tendances encourageantes

Dans les aspects encourageants conclusions, l’étude du NARMS a trouvé que tous les isolats globaux de Salmonella maintiennent une ligne de défense contre la résistance. Environ 80% des isolats de Salmonella chez l’homme ne sont pas résistants aux antibiotiques testés, un nombre qui n’a pas changé au cours de la dernière décennie. La résistance à trois médicaments les plus importants utilisés pour traiter les isolats humains de Salmonella, ceftriaxone, azithromycine et quinolones, reste inférieure à 3%.

De même, les isolats de Salmonella multirésistantes aux antibiotiques chez l’homme, les bovins et les poulets n’ont pas changé au cours des 10 dernières années, restant à environ 10%. En outre, le nombre de isolats de Salmonella multirésistantes aux antibiotiques chez le poulet au stade de la distribution a diminué d’environ 3%, selon le rapport.

Pour Campylobacter jejuni, le sous-type qui provoque le plus de cas de campylobactériose chez l’homme, la résistance à la ciprofloxacine, l’antibiotique le plus couramment utilisé pour le traitement, a atteint son plus bas niveau chez le poulet au stade de la distribution à ce jour (11%).

Préoccupations restantes

Parmi les conclusions inquiétantes, la multirésistance chez des isolats humains de du sérotype commun de Salmonella l 4,[5],12:i:- est toujours en hausse, et a doublé, passant de 18% en 2011 à 46% en 2013, selon la FDA.

Le rapport a également souligné une autre préoccupation, une augmentation de la multirésistance et de la résistance à la ceftriaxone chez des sous-types de Salmonella Dublin isolés de bovins et chez l’homme.

Une étude suggère que les consommateurs peuvent être exposés à des Klebsiella potentiellement dangereux à partir de viandes contaminées

24
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

« Une étude indique que Klebsiella peut être un pathogène significatif d’origine alimentaire », source CIDRAP News.

Près de la moitié des produits de poulets, dindes, et de porc ont été retrouvés positifs pour Klebsiella pneumoniae, une cause fréquente de maladies gastro-intestinales, la première indication que la bactérie peut être un pathogène significatif d’origine alimentaire, selon une étude parue dans Clinical Infectious Diseases.

ChickenLegs_FeaturedImage_1300x725Des chercheurs américains ont prélevé des produits vendus dans neuf grands magasins à Flagstaff en Arizona en 2012 et ont également analysé des prélèvements d’urine et de sang de patients dans la région de Flagstaff en 2011 et 2012. Ils ont constaté que 47% des 508 produits de viande hébergeaient Klebsiella et un grand nombre de souches étaient résistantes aux antibiotiques. Ils ont également déterminé que 10% des 1 728 cultures positives de patients comprenaient Klebsiella, dont des souches résistantes aux antibiotiques.

Le séquençage du génome entier a révélé que les paires d’isolats de la viande et des patients étaient presque identiques.

« Cette étude est la première à suggérer que les consommateurs peuvent être exposés à des Klebsiella potentiellement dangereux provenant de la viande contaminée », a dit Lance B. Price, auteur principal de l’étude, dans un communiqué du Milken Institute School of Public Health de l’université George Washington.

Il a ajouté : « Désormais, nous avons un autre pathogène résistant aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire, soulignant la préoccupation de santé publique concernant l’utilisation des antibiotiques dans la production d’aliments d’origine animale », en référence au problème de la surconsommation de ces médicaments chez les animaux entraînant des souches de bactéries résistantes.