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Estimer la menace des bactéries résistantes aux antibiotiques liées à l’agriculture pose un énorme défi

29
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

« Estimer la menace des bactéries résistantes aux antibiotiques liées à l’agriculture pose un énorme défi », source CIDRAP News.

Le rôle de l’agriculture en tant que source de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs) qui peuvent constituer une menace pour les humains est si complexe et si mal compris qu’une analyse fiable des risques est presque impossible à l’heure actuelle, selon un article récent paru dans mBio*. Mais les auteurs suggèrent qu’un programme de suivi normalisé se concentrant sur un petit nombre d’espèces bactériennes et de gènes de résistance pourrait commencer à combler les lacunes.

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USDA / Scott Bauer

L’article réalisé par des chercheurs suisses et irlandais, publié le 19 avril, souligne que l’aliment n’est pas le seul véhicule par lequel les bactéries résistantes issues de sources agricoles peuvent atteindre les personnes. Il dit aussi que le partage fréquent des gènes de résistance entre les différentes espèces bactériennes pose un grand défi dans la compréhension de la propagation des BRAs dans l’agriculture, et le problème est aggravé par l’utilisation de méthodes de recherche « non comparables ».

Les auteurs ont utilisé les données disponibles en Suisse, avec des laboratoires ayant une longue surveillance établie, afin d’évaluer les connaissances actuelles sur les pathogènes résistants aux antibiotiques dans l’agriculture et la contribution de l’industrie à la menace globale de la résistance.

Utilisation préventive autorisée

En Suisse, les antibiotiques peuvent être utilisés dans l’alimentation animale et l’eau potable par prescription à des fins préventives, bien que l’utilisation de médicaments pour promouvoir la croissance soit interdite depuis 1999, indique l’article. En 2014, 49 250 kilogrammes d’antibiotiques ont été vendus pour un usage vétérinaire dans le pays.

Depuis 2006, les laboratoires de l’État ont analysé des bactéries « indicatrices » chez le poulet, le porc et les bovins pour la résistance. Le suivi a montré qu’en 2014, 6,9% des prélèvements réalisés de viande de poulets de chair avaient des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline, et 73,3% avaient des Escherichia coli des bêta-lactamases à spectre étendu ou bêta-lactamases AmpC.

Alors que les prélèvements de viande en Suisse sont testés pour les antibiotiques et les bactéries résistantes aux antibiotiques, le fumier ne l’est pas. Ceci est une préoccupation, disent les chercheurs, parce qu’une grande partie des antibiotiques sont encore actifs après qu’ils soient excrétés. Par conséquent, le fumier est un « hot spot » pour les bactéries qui hébergent des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs) qui résident sur des éléments génétiques mobiles (EGMs). Lorsque le fumier est utilisé pour traiter le sol, les antibiotiques et les GRAs suivent, et ils peuvent être transmis à aux bactéries du sol.

« La pollution de l’environnement » par des antimicrobiens et les GRAs augmente probablement le risque que des bactéries inoffensives et des pathogènes humains acquièrent une résistance par des EGMs qui facilitent le transfert de gènes entre les espèces bactériennes lointainement connexes, selon les chercheurs.

Ils ont dit que l’introduction d’agents antimicrobiens et des GRAs dans le sol signifie qu’ils peuvent être absorbés par les plantes par l’eau et par absorption passive. Plusieurs études ont détecté des bactéries résistantes sur des légumes ou des fruits, mais trop peu de données sont disponibles pour établir une relation entre l’eau d’irrigation ou le fumier contenant des bactéries résistantes ou des GRAs et leur présence sur les produits.

L’article constate en outre qu’il n’y a pas de système de surveillance des voies de transmission complexes des agents antimicrobiens (AAM), des GRAs et des BRAs du fumier au sol, à l’eau, aux végétaux et chez l’homme. « Cette situation est particulièrement préoccupante, car le fumier et les stations d’épuration sont des réservoirs de résistance aux antibiotiques et pourraient être utilisés comme points critiques pour la maîtrise, où la libération de mélanges complexes d’AAM, de GRAs, et de BRAs de la ferme et des alentours urbains à l’environnement pourrait être maîtrisé ».

Les échanges de gènes sont insaisissables

La réalité est que les gens sont exposés aux bactéries résistantes aux antibiotiques d’origine animale, non seulement à travers les aliments, mais aussi grâce à la libération de GRAs dans l’environnement et cela fait que c’est un défi scientifique difficile, selon les chercheurs. « Les multiples voies d’échange des gènes ont jusqu’à présent défait les tentatives de suivre les mouvements de façon qualitative ou quantitative de ces gènes in vivo. »

Mis à part les bactéries zoonotiques, de tels transferts de gènes rendent moins probable que les mêmes hôtes bactériens soient retrouvés chez les animaux et les humains et plus probablement que seuls les gènes résistants seront identifiables chez les pathogènes qui infectent les humains, selon les chercheurs. Et les gènes peuvent être modifiés quand ils sautent entre les hôtes. « Ainsi, il est important que les programmes de surveillance se concentrent non seulement sur les bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques mais aussi déterminer les bactéries résistantes aux antibiotiques ainsi que les GRAs qu’elles hébergent. »

D’un autre côté, certains outils de recherche les plus récents devraient aider les scientifiques à relever le défi du suivi des GRAs dans l’environnement, notent les auteurs. Ceux-ci comprennent des puces de détection des gènes, qui ont réduit le coût du dépistage des prélèvements pour des centaines de gènes de résistance, ainsi que la métagénomique et le séquençage de nouvelle génération, qui permettent de détecter des millions de gènes dans un échantillon d’ADN, selon les auteurs.

Trop d’inconnues pour une analyse des risques

Mais les auteurs ont présenté une longue liste de lacunes dans les connaissances concernant la résistance aux antibiotiques dans l’agriculture. « Avec les lacunes de nos données et l’utilisation de méthodologies non comparables, actuellement, il est presque impossible de développer une analyse des risques fondée sur une situation réelle », écrivent-ils.

L’article décrit six étapes nécessaires pour comprendre l’épidémiologie de la sélection et la transmission de la résistance. Les exemples incluent la définition des points critiques pour leur maîtrise où les interventions peuvent faire une différence, développant et mesurant les effets des stratégies de prévention, et l’étude de la prévalence de la résistance chez les bactéries commensales du bétail qui consomment des aliments contaminés par les BRAs.

Pour commencer à traiter les énormes lacunes dans les données, les auteurs suggèrent un programme de surveillance volontaire qui mettrait l’accent sur deux espèces, E coli et Pseudomonas aeruginosa, et trois gènes de résistance spécifiques (tet[M], aph et blaCTX-M) qui couvrent trois importantes classes d’antibiotiques et qui ont été détectés dans l’environnement, et les microbiomes des animaux et des humains.

« Un programme simple de surveillance mondial des sols, des plantes, des animaux, de l’eau, et [des usines de traitement des eaux usées] en utilisant les mêmes méthodes pourraient créer la plus grande base de données de connaissances sur la résistance aux antibiotiques et pourrait être utilisé pour générer des analyses de risques des différents compartiments écologiques », écrivent les chercheurs.

En attendant, les efforts pour lutter contre la résistance liée à l’agriculture devraient inclure la prévention de flux génique vers et à partir des réservoirs environnementaux de résistance, car il existe des preuves que les GRAs environnementaux peuvent être transférées à des pathogènes, selon les chercheurs. Cela signifie qu’en limitant les sources agricoles de résistance et en trouvant des méthodes efficaces pour gérer le fumier, les foyers domestiques, les hôpitaux et les eaux usées industrielles contenant des antibiotiques et des GRAs.

* L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Accroissement des Escherichia coli producteurs de shigatoxines avec l’utilisation d’antibiotiques promoteurs de croissance chez les bovins

24
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

Cette étude chinoise vient de paraître dans le dernier numéro de Emerging Infectious Diseases.

Cow-Whisperer-by-Caese1Résumé.

Les antibiotiques sont couramment utilisés chez des animaux producteurs de denrées alimentaires pour promouvoir la croissance et prévenir des maladies infectieuses. Nous avons étudié les effets des antibiotiques promoteurs de croissance chez les bovins (bAGPs ou bovine antibiotic growth promoters) sur la propagation et la diffusion de shigatoxines (Stx) codées par des phages (ou propages –aa) chez Escherichia coli. La co-culture de E. coli O157:H7 et d’autres E. coli isolés chez des bovins en présence de concentrations sublétales de bAGPs a augmenté de manière significative l’apparition de E. coli producteurs de shigatoxines non-O157 en induisant une réponse du système SOS chez E. coli O157:H7. La médiation de la plus importante de la transmission des phages Stx a été induite par l’oxytétracycline et la chlortétracycline, qui sont couramment utilisés en élevage. Les bAGPs peuvent donc contribuer à l’expansion des E. coli pathogènes producteurs de shigatoxines.

Les auteurs terminent leur article en indiquant :

dans cette étude, nous avons démontré que des bAGPs, en particulier la chlortétracycline et l’oxytétracycline, sont impliqués dans la diversification des sérotypes O de E. coli stx-positif en facilitant le transfert horizontal des phages Stx même à des concentrations sensiblement faibles. Ainsi, l’utilisation de ces agents pourrait conduire à l’émergence de E. coli pathogènes.

NB : Rappelons que l’utilisation des antibiotiques comme promoteurs de croissance est bannie en Europe depuis janvier 2006.

Des analyses mettent en évidence une transmission du gène MCR-1 entre des animaux de compagnie et des personnes

23
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

Le 22 décembre 2015, l’Anses faisait état à propos de la « Résistance aux antibiotiques : de nouveaux éléments concernant la colistine ».

Antibiotic-pill-300x200L’Anses notait que De nombreux travaux sont en cours sur ce sujet, et plusieurs questions persistent à ce jour. Elles concernent notamment (extraits) :

Les éléments scientifiques récemment identifiés sur la résistance bactérienne à la colistine devront être pris en compte dans une nouvelle analyse des risques liés à l’usage de la colistine, notamment en médecine vétérinaire.

la diversité des caractéristiques moléculaires des supports génétiques (types de plasmides) et des clones bactériens porteurs du gène mcr-1, dont dépendent les capacités plus ou moins fortes de diffusion entre espèces bactériennes, entre espèces animales et de l’animal à l’Homme.

Mais voilà que désormais, « Des analyses mettent en évidence une transmission du gène MCR-1 entre les animaux de compagnie et les personnes », source CIDRAP News du 22 avril 2016.

Des aliments pour chiens et chats peuvent être colonisés par le gène MCR-1 de la résistance aux antibiotiques et le transmettre à des personnes, selon des chercheurs chinois dans une lettre à Emerging Infectious Diseases. Leurs résultats proviennent d’une investigation sur des isolats de Escherichia coli hébergeant MCR-1 provenant de trois hommes hospitalisés en urologie dans un établissement de Guangzhou fin de 2015.

Après avoir appris que l’un des hommes travaillaient dans un magasin d’animaux de compagnie, les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles des chiens et des chats de la boutique. Sur les 39 échantillons provenant des chiens, 4 étaient positifs sur les tests par PCR pour MCR-1, et sur les 14 échantillons provenant de chats, 2 étaient positifs. D’autres tests ont montré que tous les six échantillons positifs étaient résistants à la colistine, polymyxine B, céphalosporine, gentamicine et ciprofloxacine.

Le séquençage génétique a suggéré que l’une des souches humaines était liée à quatre des isolats provenant de chiens, ce qui suggère une possible transmission de MCR-1 entre des chiens et le patient.

Les chercheurs ont dit que les résultats laissent entendre qu’en dehors des animaux d’élevage et des humains, les animaux de compagnie peuvent être un réservoir de E. coli résistant à la colistine, ajoutant plus de complexité à l’évolution de MCR-1 en ville.

Une autre équipe chinoise avait décrit, la première, le gène MCR-1, qui confère une résistance à la colistine, un antibiotique de dernière intention, en novembre. Dans le sillage de cette constatation, des scientifiques de plusieurs pays ont retrouvé le gène, parfois aux côtés d’autres gènes de résistance, après avoir examiné leurs collections d’échantillons.

Des scientifiques de l’Institut Sligo font une nouvelle découverte dans la lutte contre les superbactéries 

22
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Santé, Sécurité des aliments.

« Des scientifiques de Sligo font une nouvelle découverte dans la lutte contre les superbactéries », source communiqué de It Sligo du 21 avril 2016.

Une nouvelle découverte pourrait maîtriser la propagation de superbactéries mortelles résistantes aux antibiotiques dont les experts craignent qu’elles sont en bonne voie pour tuer 10 millions de personnes chaque année d’ici à 2050, plus que de décéder d’un cancer.

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Le professeur Suresh C. Pillai a dirigé l’équipe de scientifiques qui a fait la nouvelle percée, visant à maîtriser la propagation de superbactéries  mortelles résistantes aux antibiotiquesbab

Une équipe de scientifiques, dirigée par le professeur Suresh C. Pillai de l’Institue of Technology Sligo (IT Sligo), a fait une percée significative qui permettra à des objets du quotidien – des smartphones aux poignées de porte – d’être protégés contre des bactéries mortelles, dont le SARM et E. coli.

La recherche a été publié aujourd’hui dans Scientific Reports, une revue scientifique internationale du groupe de publications Nature.

La nouvelle découverte intervient quelques jours après que George Osborne, le chancelier britannique de l’Echiquier, ait averti que les superbactéries pourraient devenir plus mortelles que le cancer et sont en voie de tuer 10 millions de personnes dans le monde d’ici 2050.

Parlant au Fonds monétaire international (FMI) à Washington, M. Osborne a averti que le problème réduirait le PIB mondial d’environ 100 milliards de milliards d’euros s’il n’était pas maîtrise.

En utilisant de la nanotechnologie, la découverte est une solution antimicrobienne efficace et pratique – un agent qui tue les micro-organismes ou inhibe leur croissance – qui peut être utilisé pour protéger une gamme d’articles de tous les jours.

Les items comprennent quoi que ce soit fabriqué à partir du verre, du métal et de la céramique, y compris les écrans d’ordinateur ou des tablettes, smartphones, guichets automatiques, poignées de porte, téléviseurs, rampes, ascenseurs, urinoirs, sièges de toilettes, réfrigérateur, micro-ondes et sols ou des carreaux des murs en céramique.

Cela sera particulièrement utile dans les hôpitaux et les services de santé qui sont en train de perdre la bataille contre la propagation des superbactéries tueuses.

D’autres utilisations courantes comprendraient les piscines et les bâtiments publics, le verre dans les autobus publics et les trains, les vitres des rayons des supermarchés et des restaurants protégeant les aliments ainsi que les salles blanches dans le secteur médical.

La découverte est l’aboutissement de près de 12 années de recherche par une équipe de scientifiques, dirigée par le professeur Suresh C. Pillai initialement au CREST (Centre for Research in Engineering Surface Technology) au Dublin Institute of Technology puis au Nanotechnology Research Group à l’IT Sligo, Dublin City University (DCU) et l’University of Surrey. Les chercheurs comprennent également les Dr Joanna Carroll et Nigel S. Leyland.

L’étude a été financée pendant les huit dernières années par John Browne, fondateur et PDG de Kastus Technologies Ltd, qui fournira le produit pour le marché mondial. Elle a également été soutenue par des investissements importants d’Enterprise Ireland.

Comme il n’y a rien qui va effectivement tuer complètement les superbactéries résistantes aux antibiotiques de la surface des objets, les scientifiques ont recherché un moyen de prévenir la propagation.

Cela a été sous la forme d’une construction ou d’une ‘cuisson’ des surfaces antimicrobiennes des produits au cours du processus de fabrication.

Cependant, jusqu’à présent, tous ces matériaux étaient toxiques ou avaient besoin de la lumière UV pour les faire fonctionner. Cela signifie qu’ils ne sont pas pratiques pour une utilisation intérieure et étaient limités pour une application commerciale.

« Le défi était la préparation d’une solution qui était activé par la lumière intérieure plutôt que par la lumière UV, et nous avons désormais réalisé cela », a dit le professeur Pillai.

La nouvelle solution à base d’eau peut être pulvérisée sur toute surface en verre, céramique ou métallique au cours du processus de fabrication, ce qui rend la surface résistante à 99,9% des supermicrobes (superbugs) comme le SARM, E. coli et d’autres champignons.

La solution est pulvérisée sur le produit – telle qu’une surface en verre d’un smartphone – et elle ensuite ‘cuite’ sur elle, formant une surface de super dure. Le revêtement est transparent, permanent et résistant aux rayures et forme une surface plus dure que le verre ou la céramique d’origine.

La première équipe a développé le matériau révolutionnaire pour travailler sur la céramique et a passé les cinq dernières années à l’adaptation de la formule – qui est non toxique et n’a pas de sous-produits dangereux – pour le faire fonctionner sur des surfaces en verre et en métal.

La recherche en cours du groupe concerne la façon d’adapter la solution pour une utilisation dans les plastiques et la peinture, permettant une utilisation encore plus large du matériau de protection.

Les professeurs Pillai, Kastus et l’équipe ont obtenu un brevet aux États-Unis et au Royaume-Uni sur le processus unique avec un certain nombre de demandes de brevets mondiaux en cours. Il est rare qu’une telle découverte scientifique universitaire ait une telle viabilité commerciale.

« Dès que j’en ai entendu parler, j’ai été convaincu. Cela a été un long chemin jusqu’à maintenant, mais il avait une telle histoire convaincante qu’il était difficile de ne pas s’y intéresser et je devais le voir jusqu’à la fin », a déclaré John Browne, PDG de Kastus.

Il a poursuivi : « Ceci est quelque chose qui va changer la donne. Le caractère unique du traitement antimicrobien de la surface signifie que les applications sont infinies dans le monde réel. Les multinationales, fabricants de verre, sont en négociations avec nous pour vendre le produit qui a fait l’objet de recherches pendant des années afin d’aboutir à une solution similaire, mais elles ont échoué. »

Le professeur Declan McCormack, directeur de la School of Chemical and Pharmaceutical Sciences de DIT a dit : « Ceci est un excellent exemple de l’excellence scientifique en cours de traduction dans des applications percutantes réelles. Le potentiel que cela représente en termes d’application, et en termes de traitement du problème très réel des infections, est important. Nous sommes ravis d’avoir collaboré avec l’IT Sligo, la DCU, l’University of Surrey au Royaume-Uni et avec Kastus sur cette recherche très fructueuse et nous espérons que la collaboration se poursuivra pendant de nombreuses années dans le futur. »

Le professeur Vincent Cunnane, président de l’IT Sligo a dit : « Cette recherche historique est parfaitement en phase avec l’ambition de l’IT Sligo de continuer à développer notre profil de recherche. Nous voulons que la recherche de l’Institut ait un impact significatif sur le développement de la région et de la société dans son ensemble. Cette découverte par Suresh et son équipe est un excellent exemple de cette ambition. »

© Traduction par mes soins. -aa

NB : Ça a l’air pas mal du tout !

L’article scientifique paru dans Scientific Reports est disponible intégralement et gratuitement.

Les téléphone portables vecteurs d’entérobactéries résistantes dans des unités de soins intensifs, selon une étude

9
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Santé, Sécurité des aliments.

«  Des téléphones cellulaires de nombreux travailleurs dans des unités de soins intensifs hébergent des Enterobacteriaceae résistants, selon une étude », source CIDRAP News.

Les téléphones cellulaires de la moitié des personnels de santé traitant des enfants très malades ont été contaminés par des Enterobacteriaceae, dont la moitié des isolats montrent une résistance à plusieurs antibiotiques, selon une étude parue dans l’American Journal of Infection Control.

cell-phone-bacteria-1Des chercheurs ont écouvillonnés des téléphones cellulaires de 114 membres du personnel de la santé qui ont travaillé dans trois unités de soins pédiatriques et deux unités de soins intensifs en néonatologie dans trois hôpitaux péruviens. Ils ont réalisé des écouvillons toutes les deux semaines avec une moyenne de quatre prélèvements par téléphone au cours des 5 mois de l’étude.

Les trois quarts des personnels de santé ont dit qu’ils ne décontaminaient leurs téléphones, et 47% ont déclaré utiliser leur téléphone dans l’unité de soins intensifs plus de cinq fois tout en travaillant.

L’équipe a constaté que la moitié des téléphones ont été colonisés par des Enterobacteriaceae au moins une fois au cours de la période de l’étude. La moitié des isolats étaient multirésistants, et 33% étaient producteurs de bêtalactamases à spectre étendu. Les résultats ont été « apparemment distribués au hasard dans les hôpitaux sans regroupement clair ou fortement associés avec des facteurs de risque d’avoir un prélèvement positif », écrivent les auteurs.

NB : D’autres études études comme celle-ci avaient déjà rapporté le problème :

Ce travail montre que les téléphones portables pourraient jouer un rôle dans la transmission des infections nosocomiales et communautaires. Dans le cadre de prévention de ces risques, il faut sensibiliser les utilisateurs des téléphones mobiles l’importance du lavage des mains et l’utilisation des solutions hydro alcoolique pour désinfecter aussi bien les téléphones portables que les mains.

La question que je me pose quand j’observe des personnes dans la vie quotidienne travailler tout en ayant leur téléphone portable est comment font-elles pour faire correctement deux choses en même temps. Ayant à fréquenter régulièrement en ce moment une maison de santé, je constate les ‘ravages’ des téléphones portables sur l’activité au quotidien, mais ceci est encore un autre sujet …

On lira aussi sur le blog, Les mains, le portable et la contamination.

A quand dans une usine alimentaire, une contamination d’un aliment par un pathogène via un téléphone portable ?