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Le fumier de vaches héberge de nouveaux gènes divers de résistance aux antibiotiques

23
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« Le fumier de vaches héberge de nouveaux gènes divers de résistance aux antibiotiques ». Source ASM News du 22 avril 2014.

Le fumier de vaches laitières, qui est couramment utilisé comme engrais, contient un nombre surprenant de gènes de résistance aux antibiotiques nouvellement identifiés chez des bactéries de l'intestin des vaches. Les résultats, publiés dans la revue en libre accès et en ligne mBio® de l'American Society for Microbiology, laisse entendre que le fumier de vaches est une source potentielle de nouveaux types de gènes de résistance aux antibiotiques qui se transfèrent aux bactéries du sol où des légumes sont cultivés.

applyingmanure.jp1Des milliers de gènes de résistance aux antibiotiques ont déjà été identifiés, mais la grande majorité d'entre eux ne pose pas de problème lorsqu'on les trouve dans des bactéries inoffensives. Le vrai souci, c'est quand ces gènes apparaissent chez des bactéries pathogènes qui causent des maladies infectieuses d'origine alimentaire ou des infections nosocomiales.

« Comme il existe un lien entre les gènes de résistance aux antibiotiques retrouvés dans les bactéries de l'environnement et les bactéries dans les hôpitaux, nous avons voulu savoir quel genre de bactéries sont libérées dans l'environnement par cette voie » qui est l'épandage du fumier, a dit Fabienne Wichmann, auteure principale de l'étude et ancien postdoc à l'université de Yale à New Haven, Connecticut.

Les agriculteurs aux Etats-Unis utilisent du fumier brut ou composté de vaches sur certaines cultures de légumes, ce qui pourrait conduire à un scénario où les bactéries résiduelles de fumier pourraient s'accrocher au produit et elles ou leurs gènes pourraient passer dans l'écosystème humain. « Est-ce une voie de passage de ces gènes de la grange à la table ? » demande Jo Handelsman, principal auteur de l'étude et microbiologiste à l'Université Yale.

La première étape pour apporter une réponse a été de voir quels gènes de résistance aux antibiotiques sont présents dans le fumier de vaches. L'équipe de Handelsman a utilisé une approche de screening et de séquençage pour identifier les 80 gènes de résistance aux antibiotiques uniques et fonctionnels. Les gènes ont rendu une souche de laboratoire, Escherichia coli, résistante à l'un des quatre types d'antibiotiques, les bêta-lactames (comme la pénicilline), les aminoglycosides (comme la kanamycine), les tétracyclines ou le chloramphénicol.

Environ 75% des 80 gènes de résistance aux antibiotiques avaient des séquences qui étaient seulement de parenté éloignée aux gènes de résistance aux antibiotiques déjà découverts. L'équipe a également découvert une toute nouvelle famille de gènes de résistance aux antibiotiques qui confèrent la résistance au chloramphénicol, qui est couramment utilisé pour traiter les infections des voies respiratoires du bétail.

« La diversité des gènes que nous avons trouvée est remarquable en soi compte tenu de la petite série de cinq échantillons de fumier », dit Handelsman, qui est également professeur au Howard Hughes Medical Institute. « Mais aussi, ils sont distants sur le plan de l’évolution des gènes que nous avons déjà dans les bases de données génétiques, qui représentent largement les gènes de résistance aux antibiotiques que nous voyons en clinique. »

Cela pourrait signifier de bonnes nouvelles, à savoir que les gènes de résistance aux antibiotiques des bactéries de l'intestin de vaches ne causent pas actuellement de problèmes pour les patients humains. Mais, Wichmann souligne qu’une autre possibilité est que « le fumier de vaches abrite un réservoir sans précédent de gènes de résistance aux antibiotiques » qui pourrait être le prochain à aller vers l'homme.

 « Ce n'est que la première étude d'une série, commençant à la grange, se déplaçant vers le sol et les aliments sur la table, pour se retrouver en clinique, afin de savoir si ces gènes ont le potentiel pour aller dans cette direction », dit Handelsman.

Les gènes de résistance aux antibiotiques peuvent entrer l'écosystème humain par deux voies, soit les bactéries qui les contiennent colonisent l’homme ou soit les gènes sont transférés par un processus appelé transfert horizontal de gènes à d'autres bactéries qui colonisent l’homme. La recherche a déjà montré que les bactéries sont transférées des animaux d'élevage aux éleveurs. Le transfert de gènes permet aux gènes de sauter entre les micro-organismes et cela se produit dans la plupart des environnements qui hébergent des bactéries.

Certaines bactéries du fumier peuvent être pathogènes pour l'homme, si elles acquièrent une résistance aux antibiotiques, elles pourraient alors poser un problème. Sinon, les bactéries bénignes dans le fumier peuvent transférer des gènes de résistance aux pathogènes en tout point le long du parcours, dans le fumier, le sol, les aliments ou l’homme.

« Nous espérons que cette étude va ouvrir un champ plus large de la surveillance afin de commencer à regarder de nouveaux types de résistance avant qu'ils n’apparaissent en clinique », dit Handelsman.

L'article peut être consultée en ligne sur ce lien, http://bit.ly/asmtip0414e. L'étude a été financée par la Swiss National Science Foundation et l’US National Institutes of Health.

Les antibiotiques et la croissance chez les enfants. Les enfants les plus jeunes des populations vulnérables en bénéficient davantage.

22
avr
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Classé dans Curiosité, Santé.

Je relaie intégralement ce communiqué de l’Université McGill, Les antibiotiques améliorent la croissance chez les enfants à risque de sous-alimentation dans les pays à faibles et moyens revenus. Leurs résultats obtenus par une analyse poussée des publications sur le sujet et qui viennent d’être  publiés dans le British Medical Journal, montrent que les enfants les plus jeunes des populations les plus vulnérables en bénéficient davantage et présentent des améliorations importantes relativement à la croissance attendue pour leur âge et leur sexe, particulièrement en ce qui a trait au poids.

antibioticsUne malnutrition dans la petite enfance, qui se reflète par une croissance insuffisante, est la cause de près de la moitié des décès d’enfants de moins de cinq ans à l’échelle mondiale. Pour réduire la mortalité, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) recommande l’administration d’antibiotiques aux enfants gravement sous-alimentés et à ceux infectés par le VIH ou qui y sont exposés.

Bien qu’une augmentation considérable de la taille et du poids chez les enfants de populations sous-alimentées dans des pays comme le Guatemala, le Malawi, la Zambie et le Brésil ait été associée à l’administration d’antibiotiques, certaines études ont néanmoins démontré que cette dernière n’entraînait que de légères répercussions. Une équipe de chercheurs notamment rattachés aux universités McGill et de la Colombie-Britannique s’est donné comme objectif de déterminer si l’administration d’antibiotiques entraîne des améliorations de la croissance chez les enfants pré-pubères qui vivent dans des pays à faibles et moyens revenus.

« Nous avons observé des changements sur les plans de la taille et du poids », précise Ethan Gough, doctorant à la Faculté de médecine (Département d’épidémiologie, biostatistique et santé au travail) de McGill. « Nous avons parcouru les comptes rendus de recherches où on administrait un antibiotique à des enfants dont l’âge oscillait entre un mois et 12 ans et avons analysé les résultats de 10 études cliniques auxquelles ont participé 4 316 enfants de sept pays à revenus faibles et moyens. En règle générale, ces enfants avaient une taille et un poids inférieurs à ceux d’enfants bien nourris du même âge. Ces études tiennent compte du spectre de retard de croissance et d’amaigrissement observés dans ces pays », explique E. Gough, premier auteur de l’article.

« Dans l’ensemble, nous avons découvert que l’antibiothérapie a un effet positif sur la taille et le poids, avec des augmentations observées de 0,04 cm/mois pour la taille et de 23,8 g/mois pour le poids », a déclaré Amee Manges, professeure à l’École des populations et de santé publique de l’Université de la Colombie-Britannique. « Après avoir tenu compte de la différence d’âge des participants, nous avons constaté que les effets sur la taille étaient davantage marqués chez les enfants les plus jeunes, alors que les effets sur la taille et le poids étaient supérieurs dans les études menées en Afrique. »

On a établi un lien entre une croissance insuffisante et les infections et microbes qui résident normalement dans l’intestin chez l’homme. Même si on ne connaît pas encore les mécanismes responsables des effets promoteurs de croissance des antibiotiques, ceux-ci peuvent aider à résoudre les infections sous-jacentes chez ces enfants, ou modifier les microbes qui vivent dans l’intestin. L’administration d’antibiotiques n’est toutefois pas sans risques.

« Dans l’ensemble, l’augmentation de la croissance confirme les bienfaits des antibiotiques auprès des populations à risque élevé », déclare E. Gough. « Toutefois, il faudra davantage de recherches pour mieux comprendre les raisons de cette augmentation afin de mettre au point des traitements plus sûrs. »

Commentaires. Cela ne s’apparente-t-il  à l‘administration d’antibiotiques comme facteur de croissance ?

Selon une étude sur les microbes intestinaux, les antibiotiques apportent des indices pour améliorer l’immunité des bébés prématurés

22
avr
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Classé dans Curiosité, E. coli, Santé.

« Selon une étude sur les microbes intestinaux, les antibiotiques apportent des indices pour améliorer l'immunité des bébés prématurés », source Science Daily.com.

Les mères donnent au nouveau-né un cadeau fait de germes, des bactéries qui aident à démarrer le système immunitaire de l'enfant. Mais les antibiotiques, utilisés pour repousser l'infection, peuvent paradoxalement interrompre la réponse immunitaire propre au nouveau-né, laissant les bébés prématurés déjà vulnérables plus sensibles aux pathogènes dangereux.

131106131940-largeUne nouvelle étude chez l'animal par des chercheurs de néonatologie à l'hôpital des enfants de Philadelphie (Children's Hospital of Philadelphia ou CHOP) fait la lumière sur l'immunologie des nouveau-nés en révélant comment des microbes de l'intestin jouent un rôle crucial afin de favoriser la production rapide de globules blancs qui combattent l'infection, appelés granulocytes.

« A la naissance, les nouveau-nés passent d'un environnement en grande partie stérile pour un environnement plein de micro-organismes », a déclaré le chercheur en néonatologie du CHOP, Hitesh Deshmukh, premier auteur de l'étude publiée en ligne dans la revue Nature Medicine. « Les animaux et les humains s'adaptent à cette nouvelle situation par la montée en puissance de la production de granulocytes dans les premiers jours de vie. »

L'étude actuelle, a déclaré l'auteur principal et néonatalogiste au CHOP, G. Scott Worthen, suggère que l'exposition aux microbes de la mère initie la transition immunologique. Comme chez les bébés humains, les souriceaux nouveaux-nés ont un pic de globules blancs, mais cette réponse a été réduite quand leurs mères avaient une exposition prénatale et postnatale aux antibiotiques. Cela a laissé les souriceaux nouveaux-nés beaucoup plus vulnérables à la septicémie mortelle causée par la bactérie E. coli K1, surtout s’ils sont nés prématurément.

L'équipe de recherche a montré que les mécanismes de signalisation au sein du microbiome intestinal régulent la production de globules blancs chez les souriceaux nouveaux-nés. Exposer à la fois les mères et les souriceaux nouveaux-nés aux antibiotiques réduit la diversité des bactéries de l'intestin, dont beaucoup sont bénéfiques et également la résistance à l'altération de l'infection chez les souriceaux nouveaux-nés, par comparaison aux souris témoins.

Les chercheurs ont inversé ces effets anormaux en prenant des microbes intestinaux normaux de souris qui n'avaient pas été exposées aux antibiotiques et les ont transféré à des souris qui avaient reçu des antibiotiques. Cela a amélioré la résistance des animaux à l'infection à E. coli.

Si une procédure similaire est réalisée chez l'homme, elle est appelée une greffe fécale ou transplantation fécale, et a récemment connu un succès dans le traitement des infections bactériennes graves chez l'adulte. Ces greffes n'ont pas été réalisées chez des nouveau-nés humains, et les chercheurs mettent en garde sur le travail qui reste à faire avant qu'ils puissent déterminer quelles implications ces résultats peuvent avoir chez l’animal avant de réaliser un traitement chez l’homme.

Parce qu'il est très difficile de déterminer si les nouveau-nés gravement malades sont infectés par des bactéries, ces bébés vont continuer à être traités par des antibiotiques, même si les cliniciens s'efforcent de réduire l'utilisation d'antibiotiques sur le long terme. Toutefois, a ajouté Worthen, une enquête plus approfondie peut révéler qu’une combinaison appropriée de microbes pourrait être utilisée pour reconstituer le système immunitaire des nourrissons après avoir terminé une cure d'antibiotiques.

Cauchemar en cuisine et le rôle des planches à découper !

9
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

« Les cuisines sont une source de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques », source Society for Healthcare Epidemiology of America.

Les planches à découper restent une source de bactéries après utilisation.

Après avoir manipulé de la volaille crue, les mains de préparateurs d'aliments et les planches à découper demeurent une source de transmission de bactéries multi-résistantes, telles que E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu (ESBL). L'étude sur les cuisines domestiques et hospitalières a été publié dans le numéro de mai de Infection Control and Hospital Epidemiology, le journal de la Society for Healthcare Epidemiology of America.

spatchcock-h_t-300x225« La propagation de bactéries résistantes à plusieurs antibiotiques a été associée à l'environnement hospitalier, mais ces résultats suggèrent que la transmission de souches résistantes de E. coli se produit à la fois à l'hôpital et dans les foyers domestiques », a déclaré Andreas Widmer, auteur principal de l'étude. « Nos résultats soulignent l'importance de l'hygiène des mains, non seulement après avoir manipulé de la volaille crue, mais aussi après contact avec une planche à découper utilisée dans la préparation de la volaille. »

Des chercheurs de l'hôpital universitaire de Bâle, en Suisse ont recueillis et examinés 298 planches à découper (154 de l'hôpital universitaire et 144 provenant de foyers domestiques) après préparation de différentes viandes (volaille, bœuf/veau, porc, agneau, gibier et poisson) et avant d'être nettoyées. Ils ont également recueilli 20 paires de gants des employés de la cuisine de l'hôpital après qu’ils aient manipulé de la volaille crue. Ces échantillons ont été analysés pour la recherche de Enterobacteriaceae producteurs de ß-lactamases à spectre étendu, une famille de bactéries Gram négatif qui comprend Salmonella, E. coli et Klebsiella.

En analysant les planches à découper, les chercheurs ont constaté que 6,5% des planches à découper de l’hôpital utilisés dans la préparation de volailles ont été contaminées par par E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu. Pour les planches utilisées dans les foyers domestiques, les chercheurs ont retrouvé E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu sur 3,5% de ces surfaces. Ils ont également constaté que 50% des gants portés dans la cuisine de l'hôpital étaient contaminés par E. coli résistants aux antibiotiques.

Les chercheurs ont constaté qu'aucune des planches à découper utilisées dans la préparation de boeuf/veau, porc, agneau, gibier ou poisson n’étaient contaminées par des bactéries productrices de ß-lactamases à spectre étendu. Ils ont également constaté que le pays d'origine de la viande n'a pas joué un rôle dans la présence de bactéries sur aucune des surfaces.

NB : On trouvera ici un précédent article sur le sujet. On peut penser qu’à la maison, les risques sont moins importants que dans une cuisine d’un hôpital, et on aura surtout noté le rôle joué par les gants dans le transfert de la contamination …

Des antibiotiques présents dans du fumier ont un impact d’une portée considérable sur l’abondance des bactéries pathogènes pour l’homme dans le sol

5
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Santé, Sécurité des aliments.

« Des antibiotiques présents dans du fumier ont un impact d'une portée considérable sur l'abondance des bactéries pathogènes pour l'homme dans le sol », source Science 2.0 d’après un communiqué du Helmholtz Zentrum de Munich.

Des chercheurs ont constaté que l'application répétée de fumier contaminé par des antibiotiques change la composition des bactéries dans le sol.

Schloter_WEBL'objectif de l'étude concernanit la sulfadiazine, un antibiotique largement utilisé dans l'élevage et qui pénètre dans le sol via le fumier. Les chercheurs rapportent que l'application répétée de l'antibiotique a conduit à une diminution des bactéries utiles du sol et en même temps qu'une augmentation des bactéries qui sont dangereuses pour l'homme.

Depuis que les antibiotiques sont couramment utilisés dans l'élevage, les implications pour les zones agricoles qui sont fertilisées avec du fumier de ces animaux sont d'un grand intérêt. Les résultats de l'étude ont confirmé l'hypothèse de scientifiques selon laquelle l'utilisation d'antibiotiques a un effet sur la composition des bactéries du sol.

« Après l'application répétée de fumier contaminé par des antibiotiques, nous avons constaté une diminution des bactéries qui sont importantes pour la qualité des sols. Cela signifie une perte de la fertilité des sols et donc sur le long terme une baisse des rendements des cultures », a déclaré le professeur Michael Schloter (photo de droite), directeur de la Research Unit Environmental Genomics au Helmholtz Zentrum de Munich. « Par ailleurs, le nombre de microbes vivants dans le sol, qui sont dangereux pour l’homme a augmenté dans les conditions expérimentales de l'étude. »

« L'augmentation des micro-organismes pathogènes pour l'homme dans l'environnement a des conséquences d’une grande portée pour la santé humaine. Nous sommes en contact continu avec ces micro-organismes et la probabilité de contracter une infection augmente en conséquence. Cela vaut particulièrement pour les maladies de l'appareil respiratoire et les poumons, les bactéries se propagent par l'air et sont inhalées. En outre, la plupart de ces bactéries sont résistantes aux antibiotiques couramment utilisés, ce qui rend souvent un traitement plus difficile. Il faut donc de toute urgence développer un nouvel état d'esprit en ce qui concerne l'utilisation des antibiotiques dans l'élevage. »

Référence. Ding, G-C. et al. (2014), Dynamics of soil bacterial communities in response to repeated application of manure containing sulfadiazine, PLOS ONE, 9(3): e92958, doi: 10.1371/journal.pone.0092958.