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L’Agence européenne des médicaments préconise de réduire de 65% l’utilisation de colistine chez les animaux d’ici trois à quatre ans

27
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

Un communiqué de l’EFSA du 27 juillet 2016 annonce que « L’Agence européenne des médicaments (EMA) a mis à jour son avis scientifique de 2013 sur l’utilisation de l’antibiotique colistine chez les animaux. »

BacteriaAntibiotics-300x176Le blog a proposé plusieurs articles récents sur l’émergence du gène mcr-1.

C’est la Commission européenne qui a invité l’EMA à rendre un avis scientifique à ce sujet suite à la découverte d’un nouveau mécanisme de résistance à la colistine dans les bactéries (causé par le gène mcr-1), potentiellement capable de se propager rapidement.

L’EFSA a contribué aux travaux de l’EMA en fournissant les données transmises par les États membres de l’UE sur l’apparition de la résistance à la colistine dans E. coli et Salmonella dans des aliments et des animaux producteurs de denrées alimentaires, en prenant part à des réunions du groupe de travail, et en contribuant à des discussions scientifiques.

Les experts de l’EMA recommandent que les États membres réduisent les ventes de colistine destinée à être utilisée chez les animaux, et que la colistine soit utilisée uniquement pour traiter des états cliniques pour lesquels il n’existe pas d’autre traitement efficace.

NB : Le communiqué de l’EMA s’intitule, « Countries should reduce use of colistin in animals to decrease the risk of antimicrobial resistance » (Les pays doivent réduire l’utilisation de la colistine pour diminuer la résistance aux antibiotiques). L’EMA avance comme objectif le chiffre de baisse de 65%. Sera-t-elle entendue ?

Des chercheurs allemands identifient 402 isolats comportant le gène mcr-1

27
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Des chercheurs allemands identifient 402 isolats comportant le gène mcr-1 », source CIDRAPS News.

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10,7% des isolats de dinde et 5,6% des isolats de poulets de chair testés positifs pour le gène mcr-1.

Des chercheurs en Allemagne ont déclaré le 25 juillet 2016 avoir trouvé plus de 400 isolats de Escherichia coli provenant de troupeaux et de produits alimentaires qui ont été testés positifs pour le gène mcr-1, ce qui peut rendre les bactéries résistantes au puissant antibiotique, la colistine.

Publiant dans PLoS One, les chercheurs ont rapporté que le sreening a détecté mcr-1 chez 402 sur 505 (79,8%) isolats de E. coli résistants à la colistine dans le cadre d’un programme allemand de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les agents zoonotiques.

Les chercheurs ont dit que l’étude, qui a examiné plus de 10 000 isolats de E. coli réunis provenant de troupeaux et d’aliments allemands de 2010-2015, est le premier regard systématique sur la prévalence du gène mcr-1 dans le pays. Le taux global de détection de mcr-1 était de 3,8%.

Le gène mcr-1 a été signalé pour la première en novembre 2015 une équipe internationale de chercheurs qui l’ont retrouvé chez une souche de E. coli identifiée chez le porc, de la viande de porc crue et chez une poignée de patients hospitalisés en Chine. Depuis lors, le gène a été détecté dans l’élevage, les aliments, l’environnement et dans des isolats humains dans au moins 30 pays.

La colistine est considérée comme un antibiotique de dernier recours pour les infections bactériennes qui sont résistantes aux autres antibiotiques. Alors que les bactéries peuvent aussi devenir résistantes à la colistine grâce à des mécanismes chromosomiques, la résistance via le gène mcr-1 est plus inquiétante en raison du potentiel de diffusion rapide.

L’inquiétude des responsables de la santé publique est que le gène mcr-1, qui est situé sur un morceau mobile d’ADN appelé plasmide, peut se propager rapidement à d’autres types de bactéries, devenant ainsi une bactérie hautement résistante aux antibiotiques et créant une « superbactérie » qui est presque impossible à traiter.

La plus haute prévalence chez les volailles

Les auteurs de l’étude ont rapporté le gène mcr-1 était le plus répandu dans la production de volailles et dans la chaîne alimentaire des volailles, avec 10,7% d’isolats de dindes et 5,6% d’isolats chez les poulets de chair indiquant la présence du gène.

La présence d’isolats de E. coli hébergeant le gène mcr-1 était plus faible chez les veaux de boucherie (2,4%) et les porcs (1,5%), aucun n’a été retrouvé dans les isolats provenant de bovins de boucherie ou de viande et de produits laitiers. Les auteurs ont noté que cette conclusion était en contradiction avec la Chine, où la plupart des isolats de E. coli positifs pour mcr-1 ont été retrouvés dans la chaîne de production porcine.

Dans l’ensemble, les auteurs ont dit la prévalence du gène mcr-1 en Allemagne est deux fois plus élevé qu’en France et que la résistance à la colistine en Allemagne est plus élevée que la moyenne européenne, ce qui pourrait être attribuable à une plus grande utilisation des antibiotiques comme les polymixines (une classe qui comprend la colistine). Mais ils ont exhorté à plus d’études épidémiologiques dans d’autres pays européens afin de mieux évaluer les résultats allemands.

NB : Pour la France, les données disponibles sont issues d’un article paru dans Eurosurveillance en février 2016 et intitulé, « Prevalence of mcr-1 in commensal Escherichia coli from french livestock, 2007 to 2014 » :

Résumé.

La résistance à la colistine a été étudiée chez 1 696 isolats collectés de 2007 à 2014 dans le cadre du programme de surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans l’élevage français. Le gène mcr-1 a été détecté dans tous les Escherichia coli commensaux isolés avec une concentration minimale inhibitrice à la colistine au-dessus de la valeur seuil de 2 mg/L (n = 23). Pour les volailles, la prévalence de mcr-1 était de 5,9% chez les dindes et de 1,8% chez les poulets de chair en 2014. Chez les porcs, dans une enquête de 2013, cette prévalence ne dépasse pas 0,5%. Ces résultats soutiennent que le gène mcr-1 s’est répandu dans l’élevage français.

De possibles risques sanitaires à partir d’aliments contaminés dans la restauration hospitalière peuvent être minimisés par des mesures appropriées, selon le BfR

21
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, HACCP, Hygiène, Non classé, Santé, Sécurité des aliments.

« De possibles risques sanitaires à partir d’aliments contaminés dans la restauration hospitalière peuvent être minimisés par des mesures appropriées », source avis du BfR n°019/2016 après consultation de l’IRK, le 5 juillet 2016.

Les hôpitaux accueillent des groupes de personnes qui sont particulièrement sensibles aux infections d’origine alimentaire. Cela comprend les personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies en raison de maladies primaires graves ou de médicaments ainsi que des bébés, des tout-petits, des femmes âgées et des femmes enceintes. Le management de l’hygiène en restauration hospitalière doit donc aller au-delà des mesures normales de la restauration collective. Les cuisines de l’hôpital peuvent jouer un rôle dans la propagation des pathogènes dans les hôpitaux, bien qu’il soit impossible de quantifier l’étendue exacte de ce rôle.

Hospital-food-tray-File-picture-5905763L’Institut fédéral pour l’évaluation des risques (BfR) et l’Institut Robert Koch (IRK) ont élaboré conjointement des mesures et des recommandations pratiques visant à prévenir la possible propagation de bactéries pathogènes et résistantes aux antibiotiques via les cuisines de l’hôpital. Ces mesures et ces recommandations tiennent compte de toutes les sources potentiellement pertinentes et les voies de transmission. Les mesures qui offrent une protection contre la contamination des aliments par des bactéries pathogènes préviennent également la contamination par des bactéries résistantes.

Ainsi, les bactéries peuvent, par exemple, entrer les cuisines des hôpitaux par l’intermédiaire d’aliments crus. La viande crue de volaille, la viande hachée crue, la viande de porc crue et la viande crue de gibier et les œufs crus sont particulièrement susceptibles d’héberger de tels pathogènes bien que cela s’applique aussi aux aliments à base de végétaux telles que les graines germées, les jeunes plants et les herbes fraîches.

Dans le cadre de l’analyse des dangers, le management de l’hôpital doit examiner de manière critique tous les flux de travail de la réception des marchandises à l’élimination des restes de nourriture. Le cas échéant, des mesures internes de vérification et la formation du personnel dans les cuisines de l’hôpital seront ajustées. Ainsi, par exemple en est-il dans des locaux où les aliments sont souvent préparés par du personnel qui n’est pas formé à la science des alimentaire, mais par un personnel infirmier. Et il n’y a pas de séparation claire entre la distribution des aliments et les activités de soins infirmiers dans de nombreux cas. Le retour de la vaisselle et autres articles de zones infectieuses est une autre entrée possible pour les pathogènes dans la cuisine de l’hôpital.

A condition que les cuisines de l’hôpital observent des règles nécessaires pour le personnel et l’hygiène en cuisine, le risque pour les patients est largement déterminé par la question de savoir ou non si l’aliment a été suffisamment chauffé avant d’être donné aux patients. En outre, le risque pour le patient peut être minimisé par une sélection liée au risque d’aliments, la limitation liée au risque d’une sélection d’aliments mis à disposition dans les salles et l’absence de libre-service.

De même, en termes de nettoyage et d’entretien et des matériels utilisés à cet usage, une stricte de la séparation doit être faite entre les salles de l’hôpital et la cuisine.

Tant le personnel de la cuisine de l’hôpital que celui de l’hôpital  doit être conscient des risques possibles et de la responsabilité qui leur incombe. Il est donc logique d’offrir des séances de formation sur les lieux de travail sur une base régulière qui confèrent également des connaissances sur la protection contre la propagation de bactéries pathogènes et résistantes aux antibiotiques via les aliments.

La version complète de cette information du BfR est disponible en Allemand ici.

Traduction par mes soins. -aa

NB : Modeste témoignage, ayant eu l’occasion de fréquenter ces deniers temps plusieurs hôpitaux parisiens, quelle ne fut ma surprise de voir des personnes de l’entretien aller et venir dans des salles de l’hôpital avec leur « jolie » sacoche en cuir à outils en bandoulière …

Un nouveau gène de résistance retrouvé chez un pathogène multirésistant à « risque élevé »

12
juil
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Un nouveau gène de résistance retrouvé dans un pathogène multirésistant à « risque élevé », ASM News.

Une équipe de chercheurs italiens a découvert un nouveau variant d’un mécanisme émergent de la résistance aux antibiotiques. Le nouveau variant, appelé mcr-1.2, confère une résistance à la colistine, un antibiotique de dernier recours contre les pathogènes Gram négatif multirésistants. L’étude est publiée le 11 juillet dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, une revue de l’American Society for Microbiology.

1449635395604« Cette évolution est particulièrement inquiétante pour l’avenir de la thérapie antimicrobienne », a dit l’auteur correspondant Gian Maria Rossolini, directeur de microbiologie clinique et de l’unité de virologie, hôpital de Careggi, Florence. Plus inquiétant est que le nouveau mécanisme de résistance a été découvert sur une souche multirésistante du pathogène Klebsiella pneumoniae, a-t-elle ajouté. Cette bactérie a été isolée à partir d’un prélèvement rectal d’un enfant hospitalisé avec une leucémie.

Les chercheurs ont découvert que la bactérie est résistante à une combinaison inhabituelle d’antibiotiques, a dit Rossolini. Remarquant un profil étrange de résistance, le premier auteur Vincenzo Di Pilato, a réanalysé les données du génome de la bactérie, et a découvert le nouveau gène, qui est un variant du gène de résistance à la colistine, mcr-1. Di Pilato est un chercheur à l’université de Florence.

Le gène mcr-1 a été rapporté pour la première en Chine fin 2015. Depuis lors, il a été rapporté dans plusieurs pays dans le monde entier, principalement chez Escherichia coli.

Comme mcr-1, mcr-1.2 est porté par un plasmide. Les plasmides sont de petits morceaux de matériel génétique qui existent indépendamment de l’ADN chromosomique, mais qui sont reproduits chaque fois que la bactérie se divise. Ce sont des pièces de matériel génétique qui peuvent être transférées d’une bactérie à une autre, et même d’une espèce de bactérie à l’autre.

Dans ce cas, le patient chez qui la bactérie a été isolée n’a pas été exposé à la colistine. Rossolini a dit que cela aurait pu être transféré de E. coli, contrairement à K. pneumoniae, cette bactérie héberge fréquemment le gène mcr.

Ceci est la première fois qu’un gène de type mcr a été retrouvé sur un clone à « risque élevé » de K. pneumoniae, dit Rossolini. « Jusqu’à présent, seul un petit nombre de cas d’infections humaines causées par des souches de E. coli et de K. pneumoniae mcr positif produisant une carbapénèmase a été rapporté », ont écrit les chercheurs. La carbapénèmase confère une résistance aux antibiotiques d’importance critique les bêta-lactamines. « Les souches produisant une carbapénèmase sont souvent résistantes à de nombreux antibiotiques, sauf la colistine et quelques autres », a dit Rossolini, ajoutant que la combinaison des deux formes de résistance est très préoccupante.

« Risque élevé » signifie que ces clones multirésistants conservent une remarquable capacité à diffuser dans le cadre clinique et de provoquer des infections », a expliqué Rossolini. Il a ajouté que les souches résistantes à plusieurs antibiotiques ne sont souvent pas des souches à haut risque, car elles sont moins en mesure de se propager que leurs homologues sensibles aux antibiotiques, ce qui rend cette découverte particulièrement inquiétante.

NB : Autre information préoccupante du 11 juillet 2016, selon xinhuanet.com, « Une bactérie porteuse du gène de résistance aux antibiotiques MCR-1, qui neutralise l’efficacité de la colistine, un antibiotique de dernier recours, a été détectée chez un second patient aux Etats-Unis, ont déclaré lundi des chercheurs. » L’article est paru dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, une revue de l’American Society for Microbiology.

Des chercheurs de Belgique identifient un nouveau gène de résistance à la colistine

9
juil
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« Des chercheurs de Belgique identifient un nouveau gène de résistance à la colistine », source CIDRAP News.

Une équipe de chercheurs en Belgique rapporte la découverte d’un nouveau gène distinct du gène mcr-1 qui peut conférer une résistance à la colistine chez des prélèvements de Escherichia coli prélevés sur des vaches et des porcs.

Les auteurs de l’article, publié dans la revue Eurosurveillance, disent que le gène, qu’ils appellent mcr-2, a été détecté sur des plasmides de 3 sur 10 isolats de E. coli résistant à la colistine prélevés sur des veaux et des porcelets en Belgique.

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sal73it / iStock. Les prélèvements de E. coli ont pour origine des veaux et des porcelets belges.

Ces isolats ont été choisis au hasard à partir de 92 isolats de E. coli résistants à la colistine de bovins et de porcins qui ne montrent la présence du gène mcr-1, qui a le premier été identifié en Chine dans des prélèvements de E. coli fin de 2015 et qui a désormais été détecté dans 30 pays.

Le gène mcr-1 a sonné l’alarme parmi les responsables de la santé publique, car il permet aux bactéries de désactiver la colistine, un antibiotique de dernier recours qui est utilisé pour traiter les bactéries hautement résistantes. En outre, du fait que les gènes sont portés par des plasmides, qui sont des éléments très mobiles d’ADN, ils peuvent facilement être copiés et transférés entre les différentes souches de bactéries et ont donc le potentiel de se propager rapidement chez les animaux et les humains.

En mai, les autorités sanitaires américaines ont annoncé que le gène mcr-1 a été détecté dans l’urine d’une femme de 49 ans en Pennsylvanie avec E. coli. Le gène a également été retrouvé dans les prélèvements de Klebsiella pneumoniae et de Enterobacteriaceae résistants aux carbapénèmes La semaine dernière, des chercheurs au Portugal ont rapporté la détection de gène mcr-1 dans les isolats de Salmonella.

Possibilité de se propager rapidement

Maintenant, il semble qu’il y ait un autre gène capable de conférer une résistance à la colistine. Les auteurs de l’étude ont dit qu’une analyse phylogénique du mcr-2 a fourni de solides preuves que le gène est distinct du mcr-1, et qu’il pourrait provenir de Moraxella catarrhalis, un pathogène exclusivement humain qui est une cause fréquente d’infections de l’oreille chez les nourrissons. Leurs expériences ont également indiqué que le gène mcr-2 peut être en mesure de se propager plus rapidement que le gène mcr-1.

« Ils ont montré qu’il a une fréquence de transfert plus élevé, de sorte que cette chose a le potentiel de diffuser plus rapidement que mcr-1 », a dit Lance Price, directeur de l’Antibiotic Resistance Action Center de l’Université George Washington, aux nouvelles médicales Stat.

Les auteurs appellent à l’inclusion immédiate du gène mcr-2 dans la surveillance épidémiologique moléculaire en cours des pathogènes résistants à la colistine dans l’approvisionnement alimentaire et chez l’homme.