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La résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire, il est plus que temps d’agir

20
mai
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« La résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire, il est plus que temps d’agir », source article de Richard Lawley du 19 mai 2015 paru Food Safety Watch.

Richard Lawley tire une nouvelle fois la sonnette d’alarme, voir l’article de l’an dernier, Résistance aux antibiotiques, assez de paroles, des actes !, en prenant comme exemple la nouvelle étude autrichienne qui vient de paraître, voir Les phages et la propagation de la résistance aux antibiotiques.

Antibiotic-pill-300x200La question de la résistance antimicrobienne chez les bactéries pathogènes est enfin prise au sérieux à un niveau élevé, avec des appels à plus de financement pour le développement de nouveaux médicaments et des mesures pour prévenir la surutilisation des antibiotiques cliniquement importants. Ceci est un bon exemple de « mieux vaut tard que jamais », mais cela fait près de 45 ans que l’alarme a été sonnée pour la première fois, et l’être humain feint toujours d’ignorer une crise qui se développe jusqu’à ce qu’elle ne devienne vraiment sérieuse. Toute l’attention actuelle qui va se traduire par des financements nécessaires pour payer le progrès réel est ouvert à la discussion, mais au moins la science commence à répondre à certaines questions sur comment la résistance se propage et pourquoi elle est si difficile à aborder.

Un exemple important de cette meilleure compréhension est une étude récemment publiée par des chercheurs autrichiens, qui révèle que les phages présents dans la viande de volaille sont capables de transférer des gènes de résistance entre les bactéries. Les phages sont des virus qui infectent les cellules bactériennes et qui peuvent transférer du matériel génétique par un processus appelé transduction. L’équipe autrichienne de recherche a constaté que les phages sont capables de faire ce qui pourrait être retrouvé dans presque la moitié des prélèvements de viande de poulet qu’ils ont testés. D’autres résultats récents suggèrent que la transduction est un mécanisme beaucoup plus fréquent dans la diffusion de la résistance aux antimicrobiens qu’on ne le pensait et elle est désormais considérée comme un facteur important de l’évolution bactérienne. Le fait que les phages soient capables de transférer la résistance, pas seulement entre des cellules de la même espèce, mais entre les différentes espèces, est fréquent chez le poulet vendu au détail, ce qui suggère qu’il pourrait être un facteur important dans la propagation de la résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire.

En outre, les phages sont relativement résistants aux produits chimiques de désinfection et ils pourraient donc être assez persistants dans les milieux de transformation alimentaire. Les auteurs autrichiens de la nouvelle étude suggèrent que le transfert par phages pourrait être l’une des principales raisons pour lesquelles les initiatives visant à lutter contre la résistance aux antibiotiques ont obtenus jusqu’ici peu de succès.

Cela illustre très clairement la valeur de la recherche scientifique dans les mécanismes de la résistance aux antimicrobiens et de sa propagation. C’est bien de « connaître son ennemi », parce qu’il est très difficile de concevoir des stratégies efficaces de lutte contre quelque chose qui n’est pas bien compris. Des interventions qui sont fondées sur les connaissances existantes peuvent se révéler de peu de valeur ou voir même peuvent aggraver les choses. Il devient clair que la chaîne alimentaire joue un rôle dans le développement de la résistance aux antibiotiques cliniquement importants. Maintenant que nous commençons à en savoir plus sur comment la résistance peut se propager entre les espèces bactériennes dans les aliments, la surutilisation historique des antibiotiques dans la production de viande doit être regardée comme une erreur potentiellement catastrophique. Tout doit être abordé sur au moins deux fronts. Tout d’abord, des mesures assez draconiennes sont nécessaires pour passer outre les avantages acquis et réduire l’utilisation des antibiotiques dans l’agriculture de manière drastique. Deuxièmement, il nous faut comprendre la propagation de la résistance, si bien que nous devons concevoir des méthodes pour arrêter la propagation et pour commencer à débarrasser la chaîne alimentaire des pathogènes résistants aux antibiotiques, s’il n’est pas déjà trop tard.

Les phages et la propagation de la résistance aux antibiotiques

16
mai
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Les phages propagent la résistance aux antibiotiques », source Microbe World d’après ASM News.

Des chercheurs ont trouvé que près de la moitié des 50 prélèvements de viande de poulets achetés dans les supermarchés, les marchés de rue et les boucheries d’Autriche contenaient des virus (phages -aa) qui sont capables de transférer des gènes de résistance aux antibiotiques d’une bactérie à l’autre ou d’une espèce à une autre. « Notre travail suggère que ce transfert pourrait propager la résistance aux antibiotiques dans des environnements tels que les ateliers de production alimentaire, les hôpitaux et les cliniques », a dit l’auteur correspondant Friederike Hilbert. L’étude est publiée avant impression dans la revue scientifique Applied and Environmental Microbiology.

C’est la première démonstration qu’une forte proportion de phages isolés au hasard à partir de viandes étaient capable de transférer une résistance antimicrobienne chez des bactéries différentes, a dit Hilbert, professeur à l’institut d’hygiène de la viande, de la technologie de la viande et des sciences de l’alimentation, à l’université de médecine vétérinaire à Vienne, Autriche. Ces phages sont des virus qui infectent les bactéries.

« Un quart de tous les phages isolés étaient capables de transférer (transduction) une ou plusieurs des cinq résistances antimicrobiennes à l’étude », a dit Hilbert. Celles-ci comprenaient des résistances à la tétracycline, l’ampicilline, la kanamycine et au chloramphénicol ainsi que la résistance aux antibiotiques de type bêta-lactames à spectre élargi. Les résultats suggèrent que le nombre de phages qui peuvent réaliser une transduction de gènes de résistance aux antibiotiques doit être plus élevé, car les expériences ont été limités à la résistance à seulement cinq antibiotiques par l’intermédiaire de cinq de phages choisi au hasard dans des prélèvements de poulets, a dit Hilbert.

« Les stratégies pour combattre la résistance antimicrobienne ont eu un succès limité et il y a encore de nombreuses questions relatives sur comment et quand le transfert de résistance se produit », écrit Hilbert. « La présence de phages qui transfèrent la résistance antimicrobienne pourrait expliquer les échecs du combat contre la résistance antimicrobienne. »

Référence. Shousha A, Awaiwanont N, Sofka D, Smulders FJ, Paulsen P, Szostak MP, Humphrey T, Hilbert F. Bacteriophages isolated from chicken meat and the horizontal transfer of antimicrobial resistance genes. Appl Environ Microbiol. 2015 May 1. pii: AEM.00872-15. [Epub ahead of print].

De la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques, une découverte de l’Unveristé Catholique de Louvain

19
déc
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Classé dans Curiosité, Environnement, Santé.

blog_fin_4Depuis 4 ans, des chercheurs de l’UCL tentaient de mieux comprendre comment les bactéries résistantes aux antibiotiques se défendent, pour pouvoir mieux les attaquer. Aujourd’hui, ces chercheurs ont compris ce mécanisme et le résultat de leurs recherches est publié dans Cell. Source communiqué de l’UCL

Explications, en images, de cette découverte exceptionnelle, par Jean-François Collet, professeur à l’Institut de Duve de l’UCL.

Il existe deux grandes familles de bactéries : celles qui sont entourées d’une seule membrane (ou d’un seul mur d’enceinte) et celles qui sont entourées de deux membranes (ou deux murs d’enceinte). C’est à ce deuxième type de bactéries que s’est intéressée l’équipe de Jean-François Collet, professeur à l’Institut de Duve de l’UCL.

Pour qu’une bactérie survive, elle doit parvenir à garder intacts ses deux murs d’enceinte. Si l’un de ses murs est abîmé, elle meurt. Il était donc crucial pour les chercheurs UCL d’analyser les mécanismes de protection de ces « murs » bactériens (de trouver leur faille) afin de pouvoir mieux lutter contre ces systèmes de défense, en mettant au point de nouveaux antibiotiques.

Les chercheurs se sont intéressés à une protéine présente entre ces deux murs de protection, RcsF. Quand tout va bien, cette protéine est continuellement envoyée sur le 2e mur d’enceinte. Par contre, en cas d’attaque (par un antibiotique par ex.), la machinerie qui envoie RcsF sur le mur extérieur ne fonctionne plus : au lieu de se retrouver sur le 2e mur d’enceinte, RcsF se trouve coincée entre les deux fortifications (membranes), d’où elle envoie un signal d’alarme. Grâce à cette alerte, la bactérie enclenche des systèmes de défense (en envoyant d’autres protéines en renfort) afin de résister à l’attaque antibiotique.

Ce que les chercheurs de l’UCL sont parvenus à découvrir dans ce processus, c’est la manière dont la protéine RcsF parvient à sonner l’alarme. Concrètement, en cas de stress, coincée entre les deux murs, RcsF entre en contact avec une autre protéine, IgaA. C’est l’interaction entre ces deux protéines qui permet de donner l’alerte.

Quel était l’intérêt de découvrir ce mécanisme d’alerte ?

En termes de recherche fondamentale, les chercheurs voulaient comprendre comment le système d’alerte fonctionnait. Ils ont fait une double découverte inattendue : le fait que la protéine RcsF se place sur le deuxième mur d’enceinte (à la surface de la bactérie) et qu’elle entre en interaction avec une 2e protéine, IgaA. Cette découverte débouche sur d’autres questions intéressantes car elle suggère que d’autres protéines peuvent emprunter le même chemin ;

En termes de recherche appliquée, sachant que ce mécanisme d’alerte contribue à la défense des bactéries contre les antibiotiques, le but des chercheurs de l’UCL était de mieux comprendre le fonctionnement de ces protéines afin de pouvoir développer de nouveaux antibiotiques, qui by passeraient ce système d’alerte, et donc, in fine, de mieux lutter contre les infections bactériennes (comme les infections urinaires, liées à la bactérie Escherichia coli, par ex.). En l’occurrence, les chercheurs pensent pouvoir utiliser les protéines de ce système comme cible pour casser la défense des bactéries et créer de nouveaux antibiotiques.

Actuellement, la résistance de certaines bactéries aux antibiotiques est un problème de santé majeur. De plus en plus de bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques disponibles, parce qu’elles acquièrent de nouveaux mécanismes de défense. En ce sens, cette découverte UCL pourrait répondre à cette problématique grandissante.

Cette recherche, publiée par la prestigieuse revue scientifique Cell, a été menée à l’Institut de Duve de l’UCL, par une équipe internationale (Corée, Pologne, Liban, France, Belgique) d’une dizaine de microbiologistes et biochimistes, en collaboration avec un groupe du European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Allemagne).

La résistance aux antibiotiques est-elle une réaction de l’intestin ?

16
déc
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

fin_blog_7« La résistance aux antibiotiques est une réaction de l’intestin », source communiqué de l’Institute of Food Research du 16 Décembre 2014.

Des scientifiques de l’Institute of Food Research et de l’Université d’East Anglia ont découvert comment certaines bactéries intestinales peuvent se protéger et protéger autrui dans l’intestin des antibiotiques.

Les bactéries produisent des composés, appelés céphalosporinases, qui inactivent et détruisent certains antibiotiques tels que les dérivés de la pénicilline et les céphalosporines, se protéger elles-mêmes et les autres bactéries bénéfiques qui vivent à proximité. Cependant, elles peuvent aussi donner une protection de ces antibiotiques dirigés vers des bactéries dangereuses comme Salmonella.

B_thetaiotaomicron_300L’intestin est le foyer de centaines de milliards de milliards de bactéries, qui ont un rôle important dans le maintien de notre santé. Mais un effet secondaire de la prise d’antibiotiques est que ceux-ci peuvent également tuer certains de nos bactéries intestinales bénéfiques, permettant aux bactéries dangereuses de prendre pied et causer une infection. La sensibilité aux antibiotiques n’est pas uniforme chez les centaines d’espèces de bactéries qui colonisent notre intestin, et certaines des bactéries les plus courantes, Bacteroides, sont parmi les plus résistantes.

En scannant le génome des souches de Bacteroides qui vivent dans l’intestin, les chercheurs ont découvert des gènes qui produisent une enzyme appelée cephalospoprinase, qui détruit spécifiquement certains antibiotiques. Ils ont également montré que les céphalosporinases sont exportées hors des cellules bactériennes, attachées à la surface sous forme de bourgeons appelés vésicules de membrane externe (Outer Membrane Vesicles ou OMVs).

Les bactéries utilisent les OMVs pour distribuer des composés fabriqués à l’intérieur des cellules bactériennes pour le monde extérieur. Parmi ces composés qui sont dans les bourgeons, il y a les céphalosporinases qui peuvent aider à protéger d’autres bactéries qui sont dans le même environnement contre des antibiotiques tels que l’ampicilline. Ceci a été démontré par l’ajout d’OMVs contenant des céphalosporinases à des cultures contenant les bactéries de l’intestin sensibles à l’ampicilline, Bifidobacteria breve, qui les protégeait efficacement contre des concentrations élevées d’antibiotiques. Un test similaire a montré que Salmonella a été également protégé.

Référence. Cephalosporinases associated with outer membrane vesicles released by Bacteroides spp. protect gut pathogens and commensals against {beta}-lactam antibiotics, Regis Stentz et al, Journal of Antimicrobial Chemotherapy doi: 10.1093/jac/dku466.

NB : Photo de Bacteroides thetaiotamicron, des bactéries commensales de l’intestin.

Transmission et persistance du SARM associé aux élevages chez l’homme

13
déc
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

elevage_05Selon article récent publié dans la revue Applied and Environmental Microbiology,

« En 2013, un variant de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) associés aux élevages (SARM-AE ou Livestock Associated-MRSA pour LA- MRSA en anglais), a été isolé aux Pays-Bas, puis dans de nombreux autres pays. Le SARM-AE est considéré comme ayant un faible pouvoir de transmission et de persistance chez l’homme. Cependant, en prélevant des vétérinaires et leur famille pour la présence de S. aureus et en utilisant un typage à haute résolution (cartographie du génome entier), Bosch et al. ont montré que la transmission de SARM-AE entre les humains se produit. Ils ont aussi trouvé que chez les vétérinaires et leur famille, le portage de SARM-AE pourrait persister jusqu’à 14 mois. Ils concluent que SARM-AE peut poser potentiellement une plus grande menace pour la santé publique que ce qui avait été préalablement évalué.

Dans un résumé d’avis de l’EFSA, « Évaluation d’importance, du point de vue de la santé publique, de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) chez les animaux et dans les denrées alimentaires. Avis scientifique de groupe scientifique sur les risques biologiques (Question n°EFSA-Q-2008-300) Adopté le 5 mars 2009 », il est indiqué,

Concernant la question de la nature du risque pour la santé humaine que posent les SARM associés aux animaux producteurs de denrées alimentaires, le groupe scientifique a conclu ce qui suit :

Les SARM associés aux élevages (SARM-AE) ne représentent qu’une petite partie du nombre total des rapports faisant état d’infections par des SARM dans l’Union européenne (UE). Toutefois, cette proportion varie entre États membres. Dans certains pays présentant une faible prévalence d’infections humaines par des SARM, CC398 contribue pour une part important à la charge globale en SARM. Dans les pays à forte prévalence globale de SARM chez l’homme, CC398 est considéré comme ayant une importance moindre sur la santé publique. Des associations, bien que rares, ont été signalées entre CC398 et des infections profondes de la peau et des tissus mous, des pneumonies et des septicémies chez l’homme. Alors que la prévalence de CC398 est élevée chez les animaux producteurs de denrées alimentaires, les personnes en contact avec ces animaux vivants (en particulier les éleveurs et les vétérinaires, ainsi que leur famille) sont exposés à un risque de colonisation et d’infection plus élevé que la population générale. Le risque pour la santé humaine que présentent différents niveaux (réponse en fonction de la dose) de charge en SARM chez les animaux porteurs sains (et dans l’environnement) n’est pas connu.

En Suisse, dans un document de l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV) sur SARM : fiche d’information, il est indiqué :

Quels sont les facteurs de risque de colonisation par des SARM associés aux animaux de rente ?

Le principal facteur de risque est un contact direct fréquent avec des animaux de rente colonisés. Dans les pays où des SARM sont souvent détectés chez les porcs, les veaux ou les volailles, une colonisation par des SARM associés aux animaux de rente est aussi fréquemment observée chez les personnes en contact avec ces animaux de rente dans leur profession. Dans ces pays, des cas isolés de colonisation ont également été constatés chez des personnes qui avaient uniquement des contacts indirects avec des animaux de rente (lors de visites fréquentes dans des élevages d’animaux de rente ou parce qu’ils vivent dans le même foyer que des personnes qui ont des contacts avec des animaux de rente dans leur profession, par exemple).
La colonisation par ces germes n’est pas pathogène et les SARM cessent en général d’être détectés dès lors que les personnes concernées cessent d’être en contact avec les animaux pendant quelques jours.

Commentaires : Il apparaît que cette publication apporte un éclairage nouveau sur la transmission documentée à l’homme de l’antibiorésistance d’origine animale