Le Blog d'Albert Amgar

Ci-après le résumé du rapport sur l’« Épidémie d’infections à Escherichia coli entéro-hémorragique O104:H4 liée à la consommation de graines germées en juin 2011 à Bègles, Gironde, France ». Le rapport complet est dans la référence ci-dessous.

Résumé.

Le 22 juin 2011, un hôpital situé à proximité de Bordeaux en Gironde signalait 8 cas de diarrhée sanglante, dont 2 syndromes hémolytiques et urémiques (SHU) chez des adultes, à la Cire Aquitaine. Les premières investigations ont permis d’identifier un événement commun à ces cas, la participation à une journée portes ouvertes d’un centre de loisirs à Bègles le 8 juin où était proposé un buffet froid avec des graines germées. Le 24 juin, un premier cas a été confirmé à Escherichia coli entéro-hémorragique (EHEC) O104:H4, souche identifiée dans l’épidémie allemande survenue en mai 2011.

Des investigations épidémiologiques, microbiologiques et de traçabilité ont été menées afin de décrire l’épidémie, identifier le véhicule de transmission et adapter les mesures de contrôles. Une enquête de cohorte auprès de l’ensemble des participants à la journée, manipulateurs de denrées inclus, a été réalisée. Un cas a été défini par tout participant à la journée ayant présenté soit un SHU, soit une diarrhée sanglante, soit un épisode de diarrhée entre le 8 et le 23 juin. La confirmation des cas a été obtenue par isolation de souches d’EHEC O104:H4 ou par sérologie O104. Des analyses microbiologiques sur les prélèvements cliniques et environnementaux ont été réalisées, et une enquête de traçabilité a été mise en œuvre par l’autorité européenne de sécurité des aliments.

Vingt-quatre cas dont 22 adultes ont été identifiés, et 2 cas secondaires ont été observés au sein d’un foyer. Au total, 12 cas ont été confirmés (11 avec un sérotype O104:H4 et 1 avec un sérogroupe O104). La consommation de graines de fenugrec bio a été identifiée comme étant à l’origine de l’épidémie avec une association significative à la maladie (RR : 5,1 [IC 95% : 2,3-11,1]).

L’enquête de traçabilité des graines a permis d’identifier un lot de fenugrec bio (producteur en Égypte) commun à l’épidémie survenue en Allemagne. Les mesures de prévention et de contrôle (retrait des lots incriminés) ont été réalisées.

Cette épidémie aura permis d’apporter de nouveaux éléments relatifs aux infections à EHEC, notamment une durée d’incubation plus longue et une infection chez des adultes qui jusqu’alors n’étaient pas ciblés dans le système de surveillance mis en place en France.

Source Gault G, et al. Épidémie d’infections à Escherichia coli entéro-hémorragique O104:H4 liée à la consommation de graines germées. Juin 2011, Bègles, Gironde, France. Saint-Maurice : Institut de veille sanitaire ; 2012. 72 p.

NB : Il faut attendre presque la fin du résumé pour apprendre qu’il s’agit de graines de fénugrec bio. On pourra aussi lire dans un autre genre mais tout aussi intéressant, « Le diable est dans le germe » de François d'Orcival de l'Institut publié par Le Figaro.fr du 2 juillet 2011.

Buffet proposé au centre de loisirs le 8 juin, Bègles, Juin 2011 (Source : centre de loisirs à Bègles)

CIDRAP News du 10 janvier 10 rapporte qu’une « étude sur l’épidémie à E coli en Allemagne  a montré l'impact des antibiotiques sur l’excrétion fécale ».

Une étude portant sur un groupe important de patients hospitalisés en Allemagne en 2011 suite à l’épidémie d’une forme rare de Escherichia coli lié à des germes contaminés a constaté que certains patients excrétaient le pathogène pendant plusieurs semaines, voire des mois, et que l'utilisation d'antibiotiques semblait à raccourcir le temps d’excrétion.

Des chercheurs allemands ont mené l'étude dans cinq hôpitaux universitaires du nord de l'Allemagne lors de l'épidémie, l'une des plus grandes de son genre, qui a rendu  malades 3 842 personnes et a conduit à 53 décès. L’épidémie a fait un total de 855 patients qui ont eu un syndrome hémolytique et urémique (SHU), une complication rénale potentiellement mortelle. Les résultats ont été publiés le 8 janvier dans un article en ligne de Clinical Infectious Diseases (CID).

On connaît mal l'excrétion de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) chez les adultes, mais l'information est importante en raison du risque d'infections secondaires, indique l’étude. En outre, les auteurs ont noté qu'il est important de répondre aux questions de recherche relatives à la durée de l'excrétion de la souche E. coli O104:H4, car elle n'a pas été retrouvée chez des denrées alimentaires d’origine animale et pourrait être adaptée à l'homme, ce qui pourrait entraîner un temps d’excrétion plus long.

Les chercheurs ont suivi les profils d'excrétion de E. coli O104:H4 chez 321 patients, dont 104 hommes et 217 femmes. L'âge médian était de 40 ans, avec une fourchette allant de 1 à 89 ans. Les enquêteurs ont estimé que la durée médiane d'excrétion était de 17 à 18 jours, mais certains ont été encore contrôlés positif à la fin de la période d'observation de 157 jours.

Les patients qui ont eu un SHU ont eu des durées plus courtes d’excrétion, soit en moyenne 13 à 14 jours, par rapport à ceux qui n'ont pas eu de complication ; ces derniers ont généralement excrété le pathogène pendant 33 à 34 jours. Le groupe a constaté que les enfants avaient une durée d’excrétion plus longue que les adultes et que les tendances ne semblent pas varier selon le sexe.

Ils ont mis en avant que les patients atteints de SHU étaient susceptibles d'être surreprésentés dans l'étude, étant donné que les infections graves étaient traités dans des hôpitaux universitaires.

Bien que le traitement antibiotique soit généralement contre-indiqué pour des infections à STEC car il peut augmenter la libération de toxines de E coli et aggraver la maladie, certains patients gravement malades peuvent encore avoir besoin d’antibiotiques, selon les auteurs. Ils ont constaté qu'une partie importante des patients ont reçu un traitement antibiotique et que cela a été associé à une diminution significative de la période d’excrétion, mais l’étude ne précise pas exactement quelle était la différence.

Les auteurs ont dit que leurs conclusions ne devraient pas être interprété comme une recommandation d'un traitement antibiotique des patients atteint de STEC et que des essais soigneusement contrôlés sont nécessaires pour résoudre le problème.

Les résultats avec les antibiotiques semblent être en accord avec les conclusions d'une plus petite étude allemande sur des patients touchés par l’épidémie, comme cela est montré dans le numéro de mars 2012 du Journal of the American Medical Association.

Dans un commentaire au CID, deux experts du Centers for Disease Control and Prevention (CDC), Mody et Griffin, ont écrit que l'utilisation croissante d’analyses pour détecter les shigatoxines ou les gènes qui codent pour ces toxines ont augmenté la détection des infections à STEC non O157 et amélioraient les enquêtes épidémiologiques

« Grâce à cette augmentation de la détection, viennent des questions de la part de médecins, d’institutions et de responsables de la santé au sujet des mesures raisonnables et pratiques pour éviter des infections secondaires », écrivent-ils.

L'antibiothérapie peut être un complément utile à la prévention de la transmission secondaire, mais le manque de données solides qui renforce les avantages et les études d'observation montrant actuellement un risque accru sont contre cette stratégie, ont-ils dit. Ils ont noté que certaines études ont laissé entendre que le traitement antibiotique à des stades tardifs de l'infection pourrait avoir moins de risque.

Mody et Griffin ont écrit que l'épidémie allemande a présenté une occasion unique d'explorer le rôle des antibiotiques, parce que les médecins ont utilisé un médicament expérimental immunosuppresseur, eculizamab, pour traiter les patients, ce qui nécessitait une prophylaxie antibiotique pour prévenir la méningite.

Les experts allemands des maladies infectieuses ont recommandé l'azithromycine, parce qu'il était moins susceptible de provoquer la libération de toxines, écrivent-ils.

Les deux experts ont souligné la recommandation des chercheurs que les conclusions ne devraient pas être généralisées à toutes les maladies à STEC. De nombreuses questions restent avant que l'éradication par des antibiotiques puisse être considérée comme une stratégie sûre pour prévenir les infections secondaires, écrivent-ils, ajoutant : « Le moyen le plus efficace et important de la prévention des cas secondaires sera probablement toujours l'identification précoce des cas primaires avec la mise en œuvre rapide de mesures d'hygiène et d'isolement. »

Cidrap News du 2 novembre 2012 propose de s’intéresser à deux articles, l’un sur les inspections dans les restaurants et aux foyers d’intoxications alimentaires, et l’autre sur l’analyse génétique de E. coli lié aux graines germées.

1. Des scientifiques du Minnesota ont trouvé que  des non conformités dans des restaurants sont en corrélation avec des intoxications alimentaires.

Des non conformités liées à la sécurité des aliments dans des restaurants aliments sont bien corrélées avec des foyers de maladies infectieuses d'origine alimentaire dans le Minnesota, selon une étude parue dans le Journal of Food Protection, [Petran, Ruth L., White, Bruce W., Hedberg, Craig W. Health Department Inspection Criteria More Likely To Be Associated with Outbreak Restaurants in Minnesota. Journal of Food Protection®, Volume 75, Number 11, November 2012 , pp. 2007-2015(9)]. Les chercheurs du Minnesota ont analysé les données recueillies lors des inspections de routine des restaurants en relation avec des foyers d’intoxications alimentaires et ceux qui ne l’étaient pas. Ils ont retrouvé significativement plus de non conformités les restaurants responsables de foyers d’intoxications alimentaires. Ils ont également identifié 11 non conformités significativement plus susceptibles d'être associées à des foyers de maladies infectieuses à norovirus, Clostridium perfringens et Salmonella qui causent la plupart maladies infectieuses d'origine alimentaire. Ils concluent : « Cette approche peut aider à identifier des critères plus susceptibles d'être associés avec des lieux où il y a des intoxications alimentaires et permettre aux opérateurs de se concentrer sur les moyens qui auront l'impact le plus significatif dans les établissements à risque élevé. » Les auteurs en détail leur outil ciblant ces trois pathogènes focalisée outil dans un article distinct dans le même journal. Source Petran, Ruth L., White, Bruce W., Hedberg, Craig W. Using a Theoretical Predictive Tool for the Analysis of Recent Health Department Inspections at Outbreak Restaurants and Relation of This Information to Foodborne Illness Likelihood. Journal of Food Protection®, Volume 75, Number 11, November 2012 , pp. 2016-2027(12).

2. Des scientifiques identifient ‘le voisin de plus proche’ de la souche épidémique de E. coli liée 2011 l’épidémie de graines germées.

Une analyse génomique de la souche de Escherichia coli O104:H4 dans des graines germes contaminées en Allemagne révèle que son « plus proche voisin » est une souche de 2009 de la République de Géorgie, selon un article publié dans PLoS One. Cependant, les différences entre les deux souches, indiquent que la souche épidémique de E coli n'a probablement pas directement liée à l'évolution de la souche plus ancienne. Des chercheurs des États-Unis et de Géorgie ont détaillé les génomes complets d'un isolat de l'épidémie de 2011, qui a rendu malades plus de 4 000 personnes, en raison d’une maladie entérohémorragique, et deux isolats provenant de cas de diarrhée sanglante en Géorgie en 2009. « L'analyse génomique comparative indique que, bien que les souches géorgiennes soient les plus proches voisins des isolats de la souche épidémique de 2011 séquencés à ce jour, des différences structurelles et au niveau des nucléotides sont évidentes » entre les isolats, écrivent les auteurs. Les différences au niveau des nucléotides ont probablement eu lieu plus d'une fois depuis 2009, concluent les auteurs, ou bien la souche épidémique peut être le résultat d'un réassortiment récent. Source Ahmed SA, Awosika J, Baldwin C, Bishop-Lilly KA, Biswas B, et al. (2012) Genomic Comparison ofEscherichia coli O104:H4 Isolates from 2009 and 2011 Reveals Plasmid, and Prophage Heterogeneity, Including Shiga Toxin Encoding Phage stx2. PLoS ONE 7(11): e48228. L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Un communiqué de la Michigan State University du 26 juillet 2012 rapporte que « la souche mortelle de E. coli est décodée ».

La souche de E. coli qui a provoqué plus de 50 décès en Allemagne en 2011 a été décodée, grâce aux recherches menées à la Michigan State University.

L'épidémie la pus mortelle à E. coli jamais rencontrée, causant 54 morts et plus de 3800 personnes malades, est due à une souche particulièrement virulente que les chercheurs n'avaient jamais vue dans une épidémie auparavant. Dans le numéro récent de la revue PLoS ONE, une équipe de chercheurs dirigée par Shannon Manning suggère une façon de maîtriser ces bactéries potentiellement mortelles.

La souche, Escherichia coli O104:H4, partage certaines caractéristiques avec d’autres bactéries E. coli mortelles, mais sa combinaison est nouvelle. Les chercheurs n'ont pas déterminé le mécanisme que E coli utilise pour provoquer la maladie, bien que Manning et son équipe aient réussi à trouver le talon d'Achille de la souche, son biofilm.

En se concentrant sur le biofilm des bactéries, regroupement d'un grand nombre bactéries E. coli qui collent à la surface d'une cellule et qui poussent engluées dans une couche de protection auto-formée, Manning et ses collègues ont été en mesure de déterminer pourquoi cette souche était si mortelle. Lorsque la bactérie retrouvée en Allemagne forme un biofilm, elle commence à faire plus de gènes toxiques pour faire des shigatoxines.

L’augmentation de la production de shigatoxines est le probable coupable des incidents qui ont contribué à tant de dommages aux reins et le décès pendant l'épidémie de 2011, a dit Manning.

« Qu'est-ce qui rend l'épidémie allemande si différente, c’est le fait que de nombreuses victimes souffrant d'insuffisance rénale étaient des adultes », a-t-elle dit. « Plutôt que d’attaquer des adultes, d'autres types de E. coli qui produisent des shigatoxines entraînent généralement des dommages aux reins chez les enfants de moins de 10 ans ». (enfant âgé de moins de 15 ans, selon l’InVS -aa).

En outre, la période d'incubation était considérablement plus longue chez les personnes infectées par la souche épidémie allemande que par rapport aux personnes infectées par E. coli O157:H7, une bactérie semblable qui peut également entraîner une maladie infectieuse et la mort. Manning croit que c'est parce que la souche allemande a besoin d'une plus longue période de temps pour former un biofilm ; les biofilms ne sont pas importants pour les infections à E. coli O157.

« Notre recherche démontre que la formation de biofilm est critique pour la production de toxines et des dommages aux reins », a-t-elle dit. « Si nous pouvons bloquer les bactéries dans la formation d'un biofilm stable, alors il est probable que nous pourrons prévenir de futures infections à E. coli O104:H4 »

Source Safadi RA, Abu-Ali GS, Sloup RE, Rudrik JT, Waters CM, et al. (2012) Correlation between In VivoBiofilm Formation and Virulence Gene Expression in Escherichia coli O104:H4. PLoS ONE 7(7): e41628. doi:10.1371/journal.pone.0041628.

© Photo de Manfred Rohde, Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung.

« L’UE pointe des dommages humains et économiques de l’épidémie à E. coli O104 (EU Tallies Human & Economic Damages From O104 Outbreak) » est un article écrit par Dan Flynn le 23 juillet 2012 dans Food Safety News.

Les bureaucrates de Bruxelles ont pointé les dommages liés à l’épidémie à E. coli O104:H4 l'année dernier dans le commerce européen des fruits et légumes et ont menacé d'utiliser le droit de l'Union européenne afin de s'assurer que cela ne se reproduise pas.

Pourtant, la nouvelle publication « Document de travail de la Commission » sur les « Leçons apprises » au sujet de l'épidémie de 2011 (Lessons learned from the 2011 outbreak of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) O104:H4 in sprouted seeds) ne va pas secouer l'UE. Les recommandations semblent plus susceptibles de générer des bâillements que de la controverse parmi les membres de l'UE.

Cela ne va pas l’aider, mais le projet de rapport cite à tort juin 2012, et non pas 2011, comme étant la date de ce qui s’est passé dans la région de Bordeaux au sujet de l’épidémie à E. coli O104:H4 liée à des semences mortelles de fenugrec.

L'épidémie à E. coli O104:H4 a été centrée sur l'Allemagne du Nord, avec un pic autour du 22 mai 2011, puis avec une partie de l'épidémie sur la région de Bordeaux, principalement en juin 2011. L'Allemagne a eu le plus gros de l'épidémie avec 3 842 cas d’infections, dont 855 cas avec un syndrome hémolytique et urémique (SHU) et 53 cas de décès.

137 autres cas à travers l'Europe, dont 54 cas de SHU et 2 cas décès ont été reliés à l'épidémie à E. coli O104:H4. Selon le rapport sur les « leçons apprises », 31 de ces cas, dont 7 cas de SHU, étaient de la région de Bordeaux en France.

Comme ils ont disséqué ce qui s'est passé, le staff de la Commission a semblé principalement préoccupé d'améliorer la coordination et la communication pour la prochaine fois, quelque chose qui semble être un problème assez habituel dans l'UE.

La Commission européenne a porté plusieurs chapeaux au cours de l'épidémie. Même si la crise de la sécurité des aliments a continué, les mécaniciens de l'UE ont travaillé pour faire face aux pertes financières, des producteurs de fruits et de légumes européens et d’organiser une reprise économique pour le secteur.

Le rapport indique que les pertes ont représenté un total de 812,6 millions d'euros, principalement en Espagne, Italie, Pologne, Pays-Bas, Allemagne, Grèce, France et Belgique. Les Commission européenne a décompté 226,2 millions d'euros de dommages, et l'UE a remboursé 178,2 millions d'euros.

La plupart de ces dommages sont allés aux producteurs de fruits et de légumes de la même liste de pays touchés par la distribution. Les ventes perdues, les prix bas et la surproduction ont conduit à une demande de dommages.

« On peut dire que le plus grand dommage a été l'image de produits frais », dit le rapport.

Les graines germées d’origine égyptienne étaient la cause de l’épidémie de 2011 et le staff de la Commission a formulé plusieurs recommandations pour améliorer la salubrité des germes ou graines germées et d’autres « produits alimentaires d'origine non animale ». Il s'agit notamment de :

• Renforcer la capacité de l'UE à protéger les citoyens contre des menaces sanitaires transfrontalières.
• Augmenter sensibilisation à l'hygiène des aliments d'origine non animale.
• Améliorer la préparation pour tous les acteurs clés impliqués dans les épidémies.
• Une meilleure coordination et une plus étroite communication.
• Améliorer les interventions sur le marché et les outils de promotion des produits pour limiter les impacts négatifs sur l'économie.
• Renforcer les initiatives public-privé pour les citoyens et sensibiliser les consommateurs.
• Renforcer le respect pour tous ceux qui sont impliqués dans une épidémie.

Le rapport souligne que l'UE a des autorités réglementaires en général, sur l'hygiène, la préparation et la surveillance. Bien que le rapport donne des exemples sur la façon dont ce pouvoir est utilisé, il n'est pas clair que l'autorité pourrait être utilisée à l'avenir en raison d’une épidémie à E. coli O104:H4.

Sur le sujet, on pourra lire un article de Doug Powell du barfblog, « La bureaucratie en (non) action : Les leçons apprises de l’épidémie de 2011 à E. coli O104:H4 dans les graines germées