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De la détection des STEC O157 et non-O157 dans les fèces de bovins

4
jan
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

Résumé.

french_dont_eat_poopLes Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) de sérotypes O26, O45, O103, O111, O121 et O145, appelés STEC non-O157, sont des pathogènes d’origine alimentaire importants. Les bovins, qui constituent un réservoir important, hébergent des organismes dans la partie postérieure de l’intestin et les excrètent dans leurs fèces. Bien que des données limitées existent sur l’excrétion fécale, les concentrations de STEC non-O157 dans les fèces n’ont pas été rapportées. Les objectifs de notre étude étaient (i) de développer et valider deux essais par PCR multiplex quantitative (mqPCR) ciblant les gènes de l’antigène O de O26, O103 et O111 (mqPCR-1) et O45, O121 et O145 (mqPCR-2 ) (ii) d’utiliser les deux essais, avec un quatre-plex qPCR précédemment développé (mqPCR-3) ciblant l’antigène O157 et trois gènes de virulence (stx1, stx2, et eae), pour quantifier sept sérotypes et trois gènes de virulence dans les fèces des bovins ; et (iii) de comparer les trois essais mqPCR à un 10-plexe PCR conventionnelle (PCRc) ciblant sept sérotypes et trois gènes de virulence et des méthodes de culture pour détecter sept sérotypes de E. coli dans les fèces de bovins. Les deux essais mqPCR (1 et 2) ont montré être spécifiques des gènes cibles et les limites de détection étaient respectivement de 4 et 2 log UFC/g de culture pure de prélèvement fécal, avant et après enrichissement. Un total de 576 échantillons de matières fécales collectées à partir d’un parc d’engraissement ont été enrichis dans un bouillon pour E. coli et ont été soumis à une quantification (avant enrichissement) et une détection (après enrichissement). Sur les 576 échantillons fécaux soumis, avant enrichissement, aux trois essais mqPCR pour la quantification, 175 (30,4%) étaient quantifiables (≥ 4 log UFC/g) pour au moins un des sept sérotypes, O157 étant le sérotype le plus courant. Les trois essais mqPCR ont détecté des proportions plus élevées des échantillons fécaux après enrichissement (P > 0,01) comme positifs pour un ou plusieurs sérotypes par rapport aux méthodes PCRc et à la culture. Cette étude est la première à évaluer l’applicabilité d’essais qPCR pour détecter et quantifier six sérotypes non-O157 dans les matières fécales de bovins et générer des données sur la concentration fécale des six sérotypes.

Référence. Shridhar, P. B.; Noll, L. W.; Shi, X.; An, B.; Cernicchiaro, N.; Renter, D. G.; Nagaraja, T. G.; Bai, J. Multiplex Quantitative PCR Assays for the Detection and Quantification of the Six Major Non-O157 Escherichia coli Serogroups in Cattle Feces Journal of Food Protection®, Number 1, January 2016, pp. 4-178, pp. 66-74(9).

Impact épidémiologique, microbiologique et clinique des Escherichia coli producteurs de shigatoxines en Angleterre, 2009-2012

26
oct
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Le 18 octobre 2015, je vous proposais un article sur la « Surveillance du syndrome hémolytique et urémique post-diarrhéique chez les enfants de moins de 15 ans en France en 2014 ». Voici maintenant un article sur l’impact épidémiologique, microbiologique et clinique des Escherichia coli producteurs de shigatoxines en Angleterre, 2009-2012, source Doug Powell du barfblog du 26 octobre 2015.

Ecoliarrows_320x175Résumé.

Entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2012 en Angleterre, un total de 3717 cas ont été rapportés avec des preuves d’une infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), et l’incidence brute* de l’infection à STEC était de 1,80/100 000 personnes-années.

L’incidence était la plus élevée chez les enfants âgés de 1-4 ans (7,63/100 000 personnes-années). Les femmes ont eu une incidence plus élevée à STEC que les hommes [rapport des taux (RR) 1,24, P < 0, 001], et les groupes ethniques blancs eu une incidence plus élevée que les groupes ethniques non blancs (RR 1,43, P < 0, 001). La progression du syndrome hémolytique et urémique (SHU) était plus fréquente chez les femmes et les enfants. Les souches de STEC non-O157 ont été associées à des taux d’hospitalisation et de SHU plus élevés qu’avec les souches STEC O157.

Dans les cas de STEC O157, le lysotype (PT) 21/28, principalement acquis localement, a été également associé à une maladie plus grave que les autres PTs, comme l’étaient les souches codant pour le gènes stx2.

L’incidence des STEC était plus de quatre fois plus élevée chez les personnes résidant dans des zones rurales que dans les zones urbaines (RR 4,39, P < 0,001). L’exposition à l’élevage et/ou leurs excréments a été rapportée deux fois plus souvent dans les cas vivant dans des zones rurales que les zones urbaines (P < 0,001). Le contact environnement/animal reste un facteur de risque important pour la transmission des STEC et est un moteur important du fardeau de l’infection sporadique à STEC.

Le sérotype de STEC le plus souvent détecté en Angleterre était O157. Cependant, un biais dans les méthodes d’analyse entraîne une sous-détermination des infections non quantifiables à STEC non-O157. La mise en œuvre de méthodes de diagnostic basées sur la PCR conçues pour détecter tous les STEC, afin de combler ce déficit de diagnostic, est donc importante.

Référence. L. Byrne, C. Jenkins, N. Launders, R. Elson and G. K. Adak. The epidemiology, microbiology and clinical impact of Shiga toxin-producing Escherichia coli in England, 2009–2012. Epidemiology and Infection / Volume 143 / Issue 16 / December 2015, pp 3475-3487.

*L’incidence brute correspond au nombre de nouveaux cas survenant durant une période et dans une population considérées. S’exprime en nombre ou en taux, la période considérée étant généralement l’année. Le taux d’incidence brute est le nombre de cas divisé par le nombre de personnes-années d’observation de cette population. Ce taux est souvent estimé en divisant le nombre de cas survenant dans l’année par la taille de la population observée en milieu de l’année.

Une étude révèle comment E. coli a acquis des pouvoirs mortels

23
sept
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

E.-coli1« Une étude sur des supermicrobes révèle comment la souche de E. coli a acquis des pouvoirs mortels », source université d’Edimbourg via EurkAlert!

Une souche de E. coli est devenue une infection potentiellement mortelle au Royaume-Uni il y a environ 30 ans, quand elle a acquis une toxine puissante, selon une étude publiée dans Microbial Genomics.

La découverte permet d’expliquer des éclosions d’intoxication alimentaire graves qui ont commencé dans les années 1980.

Les scientifiques disent que leurs résultats montrent que E. coli O157 continue à évoluer et doit être étroitement surveillé.

La plupart des souches de E. coli sont inoffensives et vivent dans les intestins des personnes et des animaux sans causer de maladie.

Les souches de E. coli O157 peuvent produire des molécules appelées shigatoxines, qui sont liées aux infections humaines les plus graves.

Les souches qui sont responsables de la majorité des maladies graves chez les personnes au Royaume-Uni produisent deux types de shigatoxines, stx1 et stx2a.

Une équipe de chercheurs, comprenant des scientifiques de Public Health England et de l’université d’Édimbourg, ont décodé les séquences génétiques de plus de mille prélèvements de E. coli O157 recueillis auprès de cas d’infections humaines et chez des animaux au cours des 30 dernières années.

Leur analyse révèle que l’ancêtre de E. coli O157 était présent depuis plus de 175 ans.

Ils ont constaté que la plupart des souches ancestrales portent seulement stx1 mais certaines souches ont commencé à acquérir stx2a il y a environ 60 ans. Les souches dangereuses de E. coli O157 qui ont causé la plupart des maladies chez des personnes au Royaume-Uni ont acquis stx2a, il y a environ trois décennies, lorsque des éclosions d’intoxication alimentaire grave ont commencé à apparaître.

Certaines infections les plus récentes sont causées par des souches de E. coli O157 qui hébergent seulement stx2a. Les premières données suggèrent que ces souches peuvent être encore plus dangereuse que celles connues à ce jour.

Les bovins sont le principal réservoir de E. coli O157, si elles ne montrent aucun signe de maladie. Les animaux qui sont infectés avec des souches qui produisent stx2a excrètent des taux plus élevés de bactéries dangereuses dans le fumier. Cela contribue à propager l’infection entre les animaux et augmente les chances de la bactérie d’être transférée à des personnes.

La recherche a été menée par l’université d’Edimbourg, Public Health England, Animal Laboratories and Plant Health Agency, Scotland’s Rural College et l’University of East Anglia. La poursuite des travaux dans ce domaine est soutenue par la Food Standards Agency et Food Standards Scotland.

Le professeur David Gally, de l’Institut Roslin de l’université de d’Edimbourg, a déclaré : « Heureusement, les éclosions dangereuses à E coli restent relativement rares. Notre recherche souligne la nécessité d’étudier le code génétique des souches qui causent des infections chez l’homme et celles présentes chez les animaux d’élevage. »

« De bonnes pratiques d’hygiène, à la fois avec les aliments et quand vous voulez profiter de la campagne, peuvent aider à minimiser le risque de celles-ci et d’autres infections graves. Nos efforts comprennent comment ces souches toxiques persistent chez les bovins et quelles sont les meilleures façons d’empêcher leur propagation vers nous. »

Éclosion nationale à E. coli O157 rapportée au Royaume-Uni

7
sept
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E.-coli1« Éclosion nationale à E. coli O157 rapportée au Royaume-Uni », source Food Safety Watch du 7 septembre 2015.

Public Health England enquête sur une éclosion nationale de cas d’infection à E. coli vérocytotoxigène (VTEC) de sérotype O157 lysotype 8 vérotoxine type 2a qui peut être associée à la consommation de salades conditionnées en sachet.

L’analyse génétique de VTEC O157 isolés de personnes touchées par l’éclosion a identifié 38 cas confirmés avec un autre cas probable et les résultats des analyses de quatre autres cas sont en attente. Les cas confirmés sont tous devenus malades entre le 29 juillet et le 12 août et sont largement distribués à travers l’Angleterre, avec un cas au Pays de Galles, mais aucun en Ecosse.

Les questionnaires remplis par les personnes touchées par l’épidémie ont révélé que 33 des 38 cas confirmés ont été exposés à de la salade conditionnées en sachet avant de tomber malade et 19 de ceux qui ont achetés de salade via la même chaîne de supermarchés.

Une enquête plus poussée a suggéré un lien avec deux produits de salade en vente par le distributeur et contenant un ingrédient commun. Cet ingrédient peut être tracé à trois producteurs et un seul conditionneur/distributeur. L’enquête sur la source de contamination est en cours.

Plus d’informations à propos de l’enquête peut être retrouvée ici.

Un nouveau test de détection de E. coli fournit des résultats en moins de 24 heures

4
sept
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« Un nouveau test de détection de E. coli fournit des résultats en moins de 24 heures », source Food Safety News du 4 septembre 2015.

Les méthodes classiques de détection de la présence de E. coli O157 dans les produits de viande utilisent les cultures et des essais microbiologiques et peuvent prendre 48 heures ou plus avant d’obtenir un résultat. Pendant ce temps, l’horloge tourne sur la durée de vie d’un produit donné.

E.-coli1En conséquence, selon une récente étude sur l’industrie des tests sur la sécurité des aliments publiés dans QA Magazine, l’accent technologique a été déplace vers des techniques plus rapides afin obtenir des résultats définitifs.

« Des méthodes rapides d’analyses telles que la PCR (Polymerase Chain Reaction) et des techniques à base de dosages immunologiques sont utilisées pour assurer une analyse rapide d’un prélèvement plus important et ainsi réduire le temps pour les analyses liées à la sécurité des aliments. Ces technologies de pointe assurent également la détection de contaminants alimentaires d’origine biologique ainsi que d’origine chimique », indique l’étude.

Une chercheuse, Yadira Tejeda, en doctorat à l’University of Western Ontario à Londres, en Ontario, a développé une méthode de détection plus rapide de la contamination par E. coli O157 dans les produits de viande.

Le processus est similaire à celui d’un test de grossesse, où une ligne indique un résultat négatif et deux lignes indiquent un résultat positif. Elle travaille maintenant avec une petite entreprise afin de valider la méthode et tester sa faisabilité.

« Je travaille avec E. coli O157, car il a causé de nombreuses éclosions et a contaminé à la fois des viandes crues et des viandes prêtes à être cuites, des hamburgers, des saucisses de boeuf et de porc. Dans ces circonstances, les produits devaient être retirés du marché », dit Tejeda.

Elle note qu’il y a plusieurs programmes de collaboration au Canada avec d’autres pays, dont le Mexique, son pays natal.

« Ceci est quelque chose qui me plaît beaucoup parce qu’il y a une possibilité de faire quelque chose pour impacter sur mon pays d’origine », dit-elle.