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Le lavage des mains et la réduction de la transmission de norovirus

18
juin
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

Résumé.

sponge.bob_.handwashingLes épidémies à norovirus (NoV) culminent normalement en décembre au Japon ; cependant, le pic de la saison 2009-2010 a été retardé jusqu’à la quatrième semaine de janvier 2010. Nous avons soupçonné qu’une hygiène intensive des mains qui a été menée lors d’une pandémie précédente de grippe en 2009 comme étant la cause de ce retard. Nous avons analysé la tendance épidémique de norovirus, basée sur des données de surveillance nationale, et ses associations avec des données de ventes mensuelles des produits d’hygiène des mains, dont des antiseptiques pour la peau à base d’alcool et du savon pour les mains. Le pic retardé de l’incidence de norovirus dans la saison 2009-2010 a eu le plus faible nombre de cas enregistrés des cinq saisons étudiées (2006-2007 à 2010-2011). GII.4 était le génotype qui s’est produit le plus souvent. Le risque relatif mensuel de norovirus et l’achat mensuel de deux antiseptiques pour la peau à base d’alcool et du savon pour les mains ont été significativement et négativement corrélés. Nos résultats suggèrent une association entre l’hygiène des mains à l’aide de ces produits et la prévention de la transmission de norovirus.

 

Référence. S. INAIDA, Y. SHOBUGAWA, S. MATSUNO, R. SAITO and H. SUZUKI. Delayed norovirus epidemic in the 2009-2010 season in Japan: potential relationship with intensive hand sanitizer use for pandemic influenza. Epidemiology and Infection, available on CJO2016. doi:10.1017/S0950268816000984.

NB : La vente de savon pour les mains n’a pas été corrélée avec la baisse des infections à norovirus, sans doute en raison du fait qu’un savon peut s’utiliser sans risque pendant une période plus longue qu’un désinfectant pour les mains.

Dans le monde supposé moderne d’aujourd’hui, il semble que le recours à un désinfectant pour les mains semble être la réponse plutôt que la lavage des mains avec de l’eau et du savon, étonnant, non ?

Même l’Anses s’y est mis, voir Curieux conseils d’hygiène dans la cuisine de l’Anses.

Profil mondial des maladies zoonotiques chez les mammifères

15
juin
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Ces cartes révèlent où des rats, des singes et d’autres mammifères peuvent transmettre des maladies à l’homme », source Cary Institute of Ecosystems Studies du 14 juin 2016.

La majorité des maladies infectieuses émergentes comme des épidémies humaines ont pour origine des mammifères. Nous en savons encore très peu sur les liens mondiaux relatifs à la transmissiondes pathogènes, des mammifères à l’homme. Dans un premier temps, les chercheurs du Cary Institute of Ecosystem Studies et de l’Université de Géorgie ont assemblé des cartes du monde sur ce qu’on sait au sujet des maladies transmises des mammifères à l’homme. Le travail, qui a pour objectif de s’interroger si il est possible de prédire l’apparition de nouvelles maladies zoonotiques, a été publié dans Trends in Parasitology*.

Les cartes comprennent des données sur tous les 27 ordres de mammifères terrestres, les chauves-souris enragées, les chameaux hébergeant syndrome respiratoire au Moyen-Orient, les ongulés liés au bétail qui transmettent des maladies d’origine alimentaire, et de nombreux types (plus de 2 000 espèces) de rongeurs. Les épidémies de maladies causées par des pathogènes apparaissent chez des hôtes non humains (appelés zoonoses) sont considérées comme intrinsèquement imprévisibles, mais les cartes révèlent des profils peu étudiés.

« Je suis un peu surpris de voir les points chauds des maladies zoonotiques ne correspondent pas aux points chauds de la biodiversité plus étroitement », a dit le premier auteur, Barbara Han, écologiste de la maladie au Cary Institute of Ecosystem Studies de New York. « Par exemple, il y a une grande diversité des espèces dans les tropiques, et donc je m’attendais à voir un profil similaire de parasites et d’agents pathogènes zoonotiques dans les tropiques aussi. Nous trouvons plus d’hôtes zoonotiques dans les tropiques, mais nous trouvons plus de maladies zoonotiques dans les régions tempérées, probablement car ces maladies peuvent se produire chez plusieurs espèces hôtes. »

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Répartition géographique des mammifères transmettant des zoonoses. Les réservoirs de maladies zoonotiques chez les mammifères sont distribués à l’échelle mondiale, avec des points chauds remarquables en Amazonie et en Eurasie. Les zones géographiques de chevauchement des espèces de mammifères reconnues comme hébergeant une ou plusieurs maladies zoonotiques, avec un dénombrement des espèces hôtes uniques (barres jaune) et des pathogènes zoonotiques uniques (barres rouges) sont retrouvées par bandes de latitude et de longitude de 30°. Cette carte illustre 5007 espèces de mammifères sauvages appartenant à 27 ordres.

* L’article est disponible intégralement et gratuitement.

E. coli O104:H4 dans des graines germées en 2011 : cause naturelle, accidentelle ou délibérée

24
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

« E. coli O104:H4 dans des graines germées en 2011 : cause naturelle, accidentelle ou délibérée », source Doug Powell du barfblog.

Résumé.

kevin_allen_sprout4En 2011, l’Allemagne a été frappée par l’un de ses plus importantes épidémies de gastro-entérite aiguë et de syndrome hémolytique et urémique causées par une nouvelle souche émergente et entérohémorragique, Escherichia coli O104:H4.

L’épidémie allemande de syndrome hémolytique urémique et de E. coli entérohémorragique (ou GHUSEC pour German Haemolytic Uraemic Syndrome/Enterohaemorrhagic E. coli) avait des caractéristiques microbiologiques, infectieuses et épidémiologiques inhabituelles, et son origine n’est encore que partiellement résolue. Le but de cet article est de contribuer à la clarification de l’origine de l’épidémie.

Méthodes. Pour évaluer rétrospectivement si l’épidémie de GHUSEC était naturelle, accidentelle ou un acte délibéré, nous l’avons analysé selon trois modèles publiés de notation et de différenciation. Les données pour l’application de ces modèles ont été obtenues par une revue de la littérature dans la base de données Medline pour la période 2011-13.

Résultats. L’analyse de l’épidémie inhabituelle de GHUSEC montre que l’hypothèse officielle actuelle de son origine naturelle est discutable et met en évidence une probabilité que l’agent pathogène aurait également été introduit accidentellement ou intentionnellement dans la chaîne alimentaire.

Conclusion. La possibilité d’une épidémie accidentelle ou délibérée ne doit pas être rejetée. D’autres analyses épidémiologiques, microbiologiques et médico-légales sont nécessaires pour clarifier le déclenchement de GHUSEC.

En conclusion de l’article, les auteurs indiquent :

En conclusion, après avoir utilisé trois modèles publiés pour l’analyse de cet événement épidémiologique inhabituel, une hypothèse généralement acceptée que GHUSEC en 2011 est naturel ne peut pas être acceptée sans réserve. Ceci est la première fois qu’un E. coli O104:H4, pathotype d’une virulence élevée, a soudainement émergé, ce qui peut indiquer un phénomène anormal. Dans l’intérêt de la sécurité sanitaire et de la biosécurité de la chaîne alimentaire, d’autres analyses épidémiologiques, microbiologiques et médico-légales seront nécessaires pour une réponse définitive sur la question concernant le GHUSEC : « Qu’est-ce que c’était, en fait ? ».

Référence. Vladan Radosavljevic, Ernst-Jürgen Finke, Goran Belojevic. Escherichia coli O104:H4 outbreak in Germany—clarification of the origin of the epidemic. European Journal of Public Health, vol 25, issue 1, p. 125-129. L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Analyser les selles des toilettes d’avion pourrait aider à traquer des maladies infectieuses

10
août
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Des scientifiques étudiant les selles des toilettes des avions fournissent des éléments sur certaines maladies », source Wired du 8 juin 2015.

À l’été 2013, des chercheurs de l’Université technique du Danemark se dirigeaient vers l’aéroport de Copenhague pour une livraison spéciale, il s’agissait de selles. L’équipe qui a nettoyer les toilettes des avions les avait siphonné à partir de différents vols arrivant d’un peu partout dans le monde juste pour eux.

Retour dans leur laboratoire, les chercheurs ont extrait l’ADN de leurs échantillons et l’ont mis dans une machine de séquençage. À l’autre extrémité sont apparus des gènes de résistance aux antimicrobiens et des pathogènes potentiels, tous traçables depuis le pays d’origine des avions.

Une toilette sans contact sur un Boeing 787 Dreamliner d’United Airlines (Photo: Kevork Djansezian, Getty Images).

Une toilette sans contact sur un Boeing 787 Dreamliner d’United Airlines (Photo : Kevork Djansezian, Getty Images).

Les chercheurs danois qui ont publié leur étude le 19 juillet 2015 dans Nature, ne sont guère les seuls scientifiques qui voient des données précieuses pour la santé jetées dans les toilettes. Au MIT, un groupe a surveillé des pathogènes et des médicaments dans les égouts de Cambridge. Et en février, une étude a montré que l’abondance de certaines bactéries dans le traitement des eaux usées reflète le taux d’obésité dans différentes villes des États-Unis. Donc, ne pas ridiculiser l’idée de la recherche. Le fait est, la recherche sur le microbiome intestinal humain est à la mode en ce moment, et ce qui se trouve dans les égouts n’est rien d’autre qu’un échantillonnage non invasif du microbiome intestinal.

À partir des selles dans les toilettes des avions, les chercheurs danois ont pu identifier des tendances régionales. Les gènes de résistance aux antimicrobiens, par exemple, étaient plus abondants dans les échantillons d’Asie du Sud qu’en Amérique du Nord. Ils ont aussi trouvé des différences dans des bactéries spécifiques : Salmonella enterica, qui peut causer la diarrhée, était plus courant dans les échantillons d’Asie du Sud tandis que Clostridium difficile, bactérie acquise à l’hôpital, difficile à traiter, derrière un difficile à traiter l’infection nosocomiale, était la plus courante dans les échantillons d’Amérique du Nord. « Il était bien que nous n’ayons pas récupéré des choses vraiment désagréables comme l’anthrax », explique Thomas Sicheritz-Pontén, un biologiste moléculaire de l’université technique du Danemark qui a co-écrit l’article.

Ces choses vraiment désagréables ne sont pas présentes ici, mais a dit Sicheritz-Pontén, l’analyse de l’ADN des selles de l’avion pourrait aider à éliminer des signes d’épidémies émergentes. Si la prévalence de certaines bactéries provenant, par exemple, d’Amérique du Sud, augmente brusquement de 100 fois, c’est une sonnette d’alarme. En revanche, les vieilles méthodes de surveillance, comme les rapports de suivi des médecins, sont lentes et réactive. « Lorsque vous l’avez détecté, vous avez déjà une épidémie », a dit Sicheritz Pontén. L’étude est une preuve du concept que les gènes bactériens d’intérêt sont détectables.

Mais l’ADN seul peut être trompeur. Les séquences d’ADN d’une bactérie pathogène et son cousin inoffensif peuvent être de 80 à 90% identique ; déterminer si une bactérie donnée a des gènes pour devenir pathogène est plus laborieux, mais sans des étapes supplémentaires, les scientifiques se retrouvent avec un tas de faux positifs. Plus tôt cette année, des chercheurs analysant l’ADN retrouvé sur le métro de New York ont rapporté des preuves de la présence de l’anthrax et de la peste, de quoi faire peur à tout le monde. Les chercheurs ont rapidement fait machine arrière, en admettant que leur analyse était entachée d’erreurs.

Cet épisode de l’anthrax du métro a enseigné une leçon scientifique. « Si votre objectif final est de produire une action d’information sur la santé publique, vous devez vérifier plus attentivement avant d’aller vers le public », indique Eric Alm, un microbiologiste au MIT qui dirige le projet analyse des eaux usées de Cambridge (qui s’appelle aussi « Underworlds »). Sicheritz-Pontén a dit que ses collègues collaborent avec des experts sur différents pathogènes pour développer des tests qui confirment la pathogénicité.

Epidémie de fièvre Q en Hongrie

1
août
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

q.fever_.jul_.14-210x300Résumé.

Nous avons étudié une épidémie de fièvre Q chez des patients présentant une forte fièvre, des symptômes des voies respiratoires, des maux de tête et des douleurs rétrosternales dans le sud de la Hongrie au printemps et à l’été 2013. Soixante-dix cas humains ont été confirmés par l’analyse des prélèvements de sérum et de sang avec des test par micro-immunofluorescence et PCR en temps réel.

La source de l’infection était un troupeau de moutons mérinos de 450 brebis, dans lequel la séropositivité de 44,6% (25/56) a été détectée par dosage immuno-enzymatique. L’ADN de Coxiella burnetii a été détectée par PCR en temps réel dans le lait de quatre animaux sur de 20 et dans les deux tiers (41/65) des prélèvements de fumier. Le typage par séquençage de multiples régions intergéniques ou multispacer sequence typing de l’ADN de C. burnetii a révélé 18 types de séquence  dans un prélèvement humain et deux prélèvements de fumier de l’élevage de moutons. L’analyse par méthode MLVA* des souches de moutons et humaines était également presque identique, 4/5-9-3-3-0-5 (MS23-MS24-MS27-MS28-MS33-MS34). On suppose que le fumier séché et le liquide maternel contaminés par C. burnetii a été dispersé par le vent des moutons de la ferme vers les habitants locaux. Le fumier a été éliminé en juin et la ferme a été désinfectée en juillet. L’épidémie s’est terminée à la fin de juillet 2013.

Gyuranecz M, Sulyok KM, Balla E, Mag T, Balázs A, Simor Z, Dénes B, Hornok S, Bajnóczi P, Hornstra HM, Pearson T, Keim P, Dán A. Q fever epidemic in Hungary, April to July 2013. Euro Surveill. 2014;19(30):pii=20863.

En France, la DGS relate dans un communiqué du 28 mai 2014, une « Epidémie de fièvre Q dans la Drôme ». Plusieurs personnes atteintes de fièvre Q (infection à Coxiella burnetti) ont été récemment signalées à l’ARS PACA. Ces personnes ont participé, les 26 et 27 avril 2014, à la manifestation « de ferme en ferme », et ont visité des fermes d’élevages d’ovins en période d’agnelage, dans le sud de la Drôme.

*MVLA pour Multiple Locus Variable number tandem repeat Analysis, est basée sur la détection de petites séquences répétées en tandem sur le génome appelées VNTR. VNTR est lui-même l’acronyme deVariable Number of Tandem Repeats ou « répétition en tandem polymorphe » en français).