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Prévalence et caractérisation de Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae producteurs de BLSE dans des légumes à consommer en l’état

30
nov
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

kevin_allen_sprout41Faits saillants.

  • Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae producteurs de BLSE* dans des légumes prêts à consommer ont été isolés pour la première fois.
  • Les profils phénotypique et génotypique des isolats étaient similaires à ceux des isolats cliniques précédemment rapportés.
  • Les légumes prêts à consommer, particulièrement les graines germées, sont une source potentielle d’exposition humaine à ces bactéries.

Résumé.

L’objectif de cette investigation était de déterminer la prévalence et les caractéristiques de de Escherichia coli et de Klebsiella pneumoniae producteurs de bêtalactamases à spectre étendu ou élargi (BLSE) dans les légumes à consommer en l’état. Un total de 189 échantillons de légumes à consommer en l’état (91 graines germées et 98 salades mélangées) a été prélevé dans un marché de détail en Corée du Sud d’octobre 2012 à février 2013. La prévalence de E. coli et de K. pneumoniae producteurs de BLSE était de 10,1%. Parmi ceux-ci, 94,7% était des échantillons de graines germées. Tous les isolats étaient résistants à la céfotaxime (CTX), et beaucoup de producteurs de BLSE étaient également résistants aux antibiotiques non-β-lactamines, dont la gentamicine, le triméthoprime/sulfaméthoxazole et la ciprofloxacine (respectivement 73,7%, 63,2% et 26,3%). Les ß-lactamases TEM-1, SHV-1, – 2, – 11, – 12, – 27, – 28 et – 61, et CTX-M-14, – 15 et – 55 ont été détectés seules ou en association. Les plates-formes génétiques de tous les isolats produisant CTX-M* étaient ISEcp1blaCTX-Morf477 et ISEcp1blaCTX-M-IS903 dans les groupes CTX-M 1 et 9, respectivement. A notre connaissance, ceci est le premier article sur la prévalence et la caractérisation de E. coli et de K. pneumoniae producteurs de BLSE isolés à partir de légumes à consommer en l’état. Les résultats de cette étude indiquent que les légumes à consommer en l’état, les graines germées en particulier, peuvent jouer un rôle dans la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques et des gènes BLSE chez l’homme.

*une nouvelle BLSE.

Référence. Hong-Seok Kima, Jung-Whan Chonb, Young-Ji Kim, Dong-Hyeon Kim, Mu-sang Kim, Kun-Ho Seo. Prevalence and characterization of extended-spectrum-β-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in ready-to-eat vegetables. International Journal of Food Microbiology Volume 207, 17 August 2015, Pages 83-86.

Étaient-ce les graines germées ? Apparition d’une souche rare de Salmonella en Suisse et en Allemagne au cours de ces dix dernières années

21
août
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Non classé, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Étaient-ce les graines germées ? Apparition d’une souche rare de Salmonella en Suisse et en Allemagne au cours de ces dix dernières années », source Doug Powell du barfblog du 20 août 2015.

Au cours de l’été 2013, une augmentation d’isolats de Salmonella enterica ssp. enterica sérotype Szentes issus de cas cliniques humains a été enregistrée par le Centre national suisse des bactéries entéropathogènes et de Listeria.

sprout.santa_.barf_.xmas_-300x255Au cours des neuf mois qui ont suivi, 18 isolats provenant de 13 patients et un prélèvement d’aliment ont été collectés. Sur les 13 cas humains, 10 (77%) étaient des femmes. L’âge des patients variait de 27 à 83 ans (âge moyen, 49 ans). L’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) réalisée avec Xbal et le séquençage multilocus (multilocus sequence types ou MLST) ont été utilisés pour typer les souches. La PFGE ainsi que le MLST ont montré que des souches indiscernables. Le profil par PFGE et le MLST (ST427) étaient identiques à celui de Salmonella enterica sérotype Szentes isolé dans les années précédentes (2002-2013) à partir de cas sporadiques en Suisse et en Allemagne.

La fréquence accrue d’isolement s’est poursuivie pendant 6 mois après la détection de Salmonella Szentes dans des graines germées. Aucune exposition alimentaire commune n’a pu être établie. En raison du manque d’informations sur la source potentielle des aliments, d’autres investigations ne sont pas possibles. L’éclosion de ce sérotype inhabituel a été détecté en raison de son apparition de façon groupé dans le temps.

Référence. Nüesch-Inderbinen Magdalena, Cernela Nicole, Althaus Denise, Hächler Herbert, and Stephan Roger. Salmonella enterica serovar Szentes, a rare serotype causing a 9-month outbreak in 2013 and 2014 in Switzerland. Foodborne Pathogens and Disease. Ahead of print. doi:10.1089/fpd.2015.1996.

Graines germées contaminées par E. coli O104:H4 en France, retour sur une épidémie

31
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

L’Anses et la DGAL du ministère de l’agriculture nous propose un Bulletin épidémiologique n°68, mai 2015, « spécial vigilance sur la chaîne alimentaire ».

Un article « Questions et leçons clefs tirées de l’épidémie française de 2011 liée aux graines germées contaminées par E. coli O104:H4 » a retenu mon attention.

En effet pour cet article, les résumés en français et en anglais sont très sensiblement distincts. Pourquoi, comment, à vous de voir … sans doute pour encourager la lecture de l’article en français dans son intégralité …

sproutRésumé en français.

En Allemagne, une épidémie de grande ampleur a été rapportée suite à la consommation de graines germées contaminées par E. coli O104:H4. Il s’agissait d’une souche pathogène émergente. Peu de temps après (en juin 2011), quinze cas de SHU ou de diarrhée sanglante ont été signalés en France. Les enquêtes épidémiologiques, microbiologiques et de traçabilité menées ont montré que des graines germées contaminées par la même souche de E. coli O104:H4 que celle isolée en Allemagne et de même provenance étaient à l’origine de la contamination. L’une des principales leçons à tirer de cette épidémie est que la souche épidémique E. coli O104:H4 impliquée était une souche entero-aggrégative. Il existe à ce jour très peu de données sur les souches de STEC dans les graines et les graines à germer, et les méthodes de détection disponibles doivent être optimisées. Enfin, cette épidémie a montré une mobilisation très rapide et coordonnée des institutions et des laboratoires, limitant ainsi la propagation de l’épidémie en France.

Résumé en anglais. (traduction par mes soins)

En mai et juin 2011, une épidémie de grande ampleur impliquant Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) O104:H4 a eu lieu en Allemagne. Plus de 3 000 personnes ont été malades, dont 845 cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) et 54 décès. L’épidémie a été attribuée à la consommation de graines germées de fenugrec contaminées par des STEC. Peu de temps après, en juin 2011, 15 cas de SHU et de diarrhée sanglante ont été rapportés en France, causée par la contamination de graines germées par la même souche de E. coli servies lors d’un buffet dans un centre de loisirs. La souche identifiée de l’épidémie était les mêmes graines germées impliquées dans l’épidémie allemande. Les souches qui ont entraîné les deux épidémies étaient génétiquement liées. Elles appartenaient au sérotype O104:H4 et possédaient le gène stx2 (variant stx2a) qui code la toxine Stx2. Elles ne possédaient pas les gènes eae (codant l’intimine), elles hébergeaient le gène aggR codant un facteur de régulation de l’expression de fimbriae responsables d’une très forte adhérence à la muqueuse intestinale et qui lui confèrent la capacité à former des biofilms (comme E. coli entéro-aggrégatif (EAggEC)). Ces deux épidémies mettent en évidence un manque d’études sur les STEC associés aux végétaux en général et sur E. coli O104:H4 en particulier, comme ainsi que la nécessité d’améliorer les stratégies de maîtrise.

NB : L’article souligne dans le volet mesures préventives que « l’application de ces règles (BPH et plan HACCP) ne suffit pas toujours à prévenir la contamination de certaines graines par des bactéries pathogènes. »

En conclusion, l’article pointe que « différentes questions ont été soulevées. Les scientifiques notamment cherchent à présent à y répondre. »

  • Quelles données sont disponibles sur les STEC et les graines germées ?
  • E. coli O104:H4, une souche émergente ?
  • Des méthodes de détection des STEC dans les graines à optimiser ?
  • Quelles mesures de prophylaxie sont à disposition des professionnels ?
  • Quelles mesures de surveillance ont été mises en oeuvre ?
  • Utilité des travaux de recherche ?

Malheureusement, on ne saura pas où trouver des réponses à ces questions, en tout cas, pas dans les priorités de l’Anses pour 2015

Evaluation du traitement par le dioxyde de chlore pour inactiver Salmonella enterica sur des graines germées de soja

1
déc
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Nettoyage-Désinfection, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

BeanSproutsCloseFeatured« Le dioxyde de chlore serait un espoir pour la désinfection des graines germées, selon une étude », source article de Gretchen Goetz du 1er décembre 2014 paru dans Food Dafety News. Le dioxyde de chlore (c’est un gaz -aa) peut être un outil efficace dans la lutte contre Salmonella dans les graines germées (ou germes), selon une nouvelle étude parue dans le Journal of Food Protection.

Des chercheurs de l’université Rutgers et de l’Agricultural Research Service (ARS) de l’USDA ont trouvé que le dioxyde de chlore est plus efficace pour détruire Salmonella sur des graines germées de soja que le lavage au chlore, la technique de décontamination préférée de l’industrie.

Les scientifiques ont trouvé que le dioxyde de chlore était capable de réduire la présence de Salmonella sur des graines germées de soja de 99,999%, comparativement à une réduction de 99% atteint avec un lavage au chlore.

Les graines germées ont une longue et triste histoire de contamination. L’environnement chaud et humide dans lequel elles sont cultivées fournit les conditions de croissance idéales pour des bactéries pathogènes, le plus souvent Salmonella, E. coli ou Listeria.

Depuis 1995, au moins 51 foyers de cas aux États-Unis et au Canada ont été liés aux graines germées. Parmi ces foyers de cas, 39 concernaient Salmonella.

La plus grande épidémie à E. coli de l’histoire a été liée à des graines germées de radis au Japon en 1996. Au moins 8500 personnes ont été malades et 12 personnes sont décédées dans cette épidémie.

La chaîne nationale de sandwichs Jimmy Johns a enlevé de façon permanente les graines germées de son menu en 2012 après une série d’éclosions liées aux graines germées servies dans ses restaurants.

La semaine dernière, les Centers for Disease Control and Prevention ont dit qu’ils étudient l’éclosion dans plusieurs Etats dans le Nord-Est à Salmonella Enteritidis liée à des germes de soja. Au 24 novembre, 68 personnes dans 10 Etats ont été malades.

Alors que l’industrie des graines germées est à la recherche d’un moyen infaillible pour assainir ses produits, le nettoyage des germes est délicat car l’aliment est sensible et tout traitement sévère pourrait affecter sa couleur ou son goût.

Les germes sont plus difficiles à traiter parce que, comme d’autres produits frais, la surface poreuse et inégale des graines germées offre de nombreux endroits aux bactéries pour se cacher.

« Il y a des zones que nous ne voyons pas », a expliqué le Dr Bassam Annous, microbiologiste à l’ARS et auteur principal de l’étude. « Ils ont l’air bien, mais, si vous allez au niveau microscopique, cela ressemble à des montagnes et des vallées. »

Dans ces vallées, les bactéries peuvent être plus difficiles à détruire avec des désinfectants aqueux parce qu’ils sont protégés par des molécules d’air qui les piègent.

« Il devient plus difficile de les détruire parce qu’elles vivent dans un environnement protecteur », a-t-il dit.

C’est là, selon Annous, que le gaz peut être plus efficace que les désinfectants aqueux parce qu’il est capable de pénétrer les bulles d’air protectrices et exposer les bactéries au gaz. Les solutions à base d’eau, d’autre part, ne peuvent pas pénétrer dans ces zones.

Annous a comparé cela à une bouteille de vin. Si la bouteille est pleine d’air, l’air doit être expulsé pour qu’elle puisse se remplir de vin.

Les chercheurs ont découvert qu’appliquer du dioxyde de chlore aux germes avec une agitation mécanique est plus efficace que de l’appliquer à des germes stationnaires disposés au fond d’une cuve dans laquelle le gaz est envoyé. De cette façon, le gaz peut atteindre tous les côtés des graines germées.

Les germes utilisés dans les essais ont été exposés à Salmonella de manière à mimer ce que serait la contamination dans le monde réel, a dit Annous.

Les scientifiques ont utilisé des souches de Salmonella recueillies auprès de patients lors des trois dernières éclosions liées aux graines germées à Salmonella aux Etats-Unis pour être sûr que les types de Salmonella utilisés étaient capables de causer des maladies à Salmonella répandues chez l’homme.

Les graines germées sont trempées dans un cocktail des trois souches de Salmonella pendant cinq minutes, puis elles sont laissées reposer pendant la nuit afin d’avoir une croissance de Salmonella et le développement d’un biofilm, une couche de protection qui protège les bactéries et qui lui fournit des nutriments.

Les graines germées sont ensuite traitées avec soit un lavage au chlore ou du chlore gazeux, soit avec ou sans agitation mécanique, et pour des périodes variables.

BeanSeeds1-300x166Le lavage au chlore a réalisé une réduction de 2 log ou 99% du taux de Salmonella, par opposition aux réductions de 3,0, 4,0 et 5,5 log UFC/g ou de 99,99% à 99,999% obtenues avec le dioxyde de chlore, respectivement pendant 15, 30 et 60 minutes. Sans agitation, les réductions pour les mêmes temps de contact étaient respectivement de 3,0, 3,0, et 4,0 log UFC/g. Une exposition plus longue, avec une agitation mécanique, a contribué à une réduction plus élevée.

« Il fait le job », a déclaré Annous à propos du dioxyde de chlore.

Le lavage au chlore est actuellement le meilleur traitement recommandé pour réduire la contamination des graines germées. L’International Sprout Growers Association exige un traitement par un lavage au chlore et le respect des bonnes pratiques de fabrication (BPF) pour que les producteurs soient certifiés par son programme volontaire d’assurance de qualité.

D’autres options pour la désinfection des graines germées comprennent le traitement thermique des graines, le traitement à l’ozone, une forme hautement réactive de l’oxygène ou l’irradiation. Toutes ces méthodes réduisent significativement mais n’éliminent pas les pathogènes des graines, germées selon les recommandations de sécurité sanitaire de la Food and Drug Administration.

Lorsqu’on lui demande si oui ou non le traitement par du dioxyde de chlore serait coûteux pour l’industrie à mettre en œuvre, Annous a dit que cela serait rentable sur le long terme. Il serait coûteux d’acheter et d’installer l’équipement nécessaire, le coût descendrait après la mise en œuvre.

De plus, il a noté, « C’est beaucoup moins cher que de rappeler votre produit, fermer votre site et aller en justice pour un litige si, à Dieu ne plaise, il y a une éclosion. »

Annous a dit qu’il travaille sur un autre projet de recherche pour concevoir un sac étanche qui libèrerait du dioxyde de chlore gazeux pour traiter les germes une fois conditionnés, et ainsi fournir une étape de destruction après l’étape finale de production.

Les preuves sont là pour démontrer que les graines germées sont porteuses de bactéries et elles sont le plus souvent contaminées au niveau de la graine, selon la FDA. Mais une mauvaise manipulation pendant ou après la croissance a aussi contribuée à la contamination.

Annous travaille donc avec d’autres chercheurs afin d’utiliser le chlore gazeux pour désinfecter des graines avant germination. Les germes de soja utilisés dans cette étude pouvaient être traités avec du gaz après germination parce qu’ils sont blancs, alors que les germes d’alfalfa seraient blanchis par le processus, a-t-il dit.

Cependant, une graine est beaucoup plus difficile, et traiter une graine germée verte dans la phase graine ne compromettra pas sa couleur une fois la germination faite.

© Food Safety News

Référence. Prodduk, V., Annous, B.A., Liu, L.S., Yam, K.L. 2014. Evaluation of chlorine dioxide gas treatment to inactivate Salmonella enterica on mungbean sprouts. Journal of Food Protection. Volume 77, No.11, 2014, Pages 1876-1881.

NB : On pourra aussi lire un résumé de l’étude sur le site de l’ARS ici.

Les graines germées crues en question aux Etats-Unis mais pas que …

23
nov
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Listeria, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

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« One, Two Three Sprouts You’re Out* » ou Une, deux, trois éclosions aux graines germées Vous êtes Out, par Bill Marler dans Food Safety News du 22 novembre 2014.

Trois éclosions liées à des graines germées (Sproutbreak – Sproutpocalypse – Sproutageddon – Sproutataclysm – Sproutastrophe*) causées par Salmonella, E. coli et Listeria depuis août 2014 ? Une a été mortelle et les autres ont envoyé des dizaines de personnes à l’hôpital.

En date du 21 novembre 2014, le CDC a signalé un total de 63 personnes infectées par Salmonella Enteritidis dans 10 Etats : Connecticut, Maine, Massachusetts, Montana, New Hampshire, New York, Ohio, Pennsylvanie, Rhode Island et Vermont. Une personne malade du Montana s’est rendue dans l’Est des États-Unis pendant la période où l’exposition s’est probablement produite. Vingt-six pour cent des personnes malades ont été hospitalisées. Aucun décès n’a été signalé.

Les efforts de collaboration dans l’investigation de l’État, des autorités locales et fédérales de santé publique et réglementaires indiquent que les germes de soja produits par Wonton Foods, Inc. sont la source probable de cette éclosion.

Au 13 novembre 2014, les séquences du génome entier des souches de Listeria isolées de graines germées de haricots mungo produits par Wholesome Soy Products, Inc. et des isolats environnementaux prélevés à l’usine de production ont été retrouvés à être fortement liés à des séquences des souches de Listeria isolées de cinq personnes qui sont devenues malades de juin à août 2014. Ces cinq malades ont été signalés dans deux Etats : l’Illinois (4) et le Michigan (1). Tous les malades ont été hospitalisés. Deux décès ont été signalés.

Le 28 août 2014, Wholesome Soy Products, Inc. a effectué un rappel volontaire de graines germées de haricots mungo en raison de la contamination possible par Listeria monocytogenes après que la FDA ait isolé le pathogène à partir de prélèvements, suite d’une mission de routine.

À compter du 1er août 2014, un total de 19 personnes infectées par la souche épidémique de Escherichia coli producteurs de shigatoxines O121 (STEC O121) ont été signalées dans six États. Le nombre de personnes malades identifiées dans chaque État est le suivant : Californie (1), Idaho (3), Michigan (1), Montana (2), Utah (1), et Washington (11). 44% des malades ont été hospitalisés. Aucun malade n’a développé de syndrome hémolytique et urémique (SHU) et aucun décès n’a été signalé.

Les investigations épidémiologiques et de traçabilité menées par les autorités locales, de l’Etat et les agents fédéraux ont indiqué que des graines germées crues de trèfle contaminées produites par Evergreen Fresh Sprouts, LLC de l’Idaho était la source probable de cette éclosion.

Le barfblog a documenté au moins 55 éclosions liées aux graines germées qui sont survenues dans le monde entier affectant un total de 15 233 personnes depuis 1988. On dirait que ce tableau a besoin d’une mise à jour.

Dès septembre 1998, la FDA a émis une recommandation contre les graines germées :

Les enfants, les femmes enceintes et les personnes âgées ne devraient pas manger de graines germées d’alfalfa jusqu’à ce que les producteurs trouvent un moyen de réduire le risque d’une bactérie potentiellement mortelle qui infecte certaines graines germées, a dit la Food and Drug Administration cette semaine. La FDA, qui enquête sur les pratiques de l’industrie des graines germées, a dit que les enfants, les personnes âgées et les personnes dont le système immunitaire est affaibli devraient éviter de consommer des graines germées.

Voici la recommandation du CDC :

Les graines germées ne sont pas saines pour tout le monde

Les enfants, les personnes âgées et les personnes dont le système immunitaire ne fonctionne pas bien ne doivent pas manger des graines germées crues, parce que les traitements actuels des graines ou graines germées ne permettent pas de se débarrasser de toutes les bactéries présentes.

Les personnes qui sont à risque élevé de complications de maladies d’origine alimentaire devraient probablement ne pas manger des graines germées crues, selon un article paru dans le numéro actuel de Emerging Infectious Diseases, la revue du CDC, qui suit les nouvelles et réémergentes maladies infectieuses dans le monde.

Bien que les graines germées soient souvent considérées comme un « aliment santé », les conditions chaudes et humides nécessaires pour la culture des germes issus des graines sont également idéales pour les bactéries pour se développer. Salmonella, E. coli et d’autres bactéries peuvent croître à des concentrations élevées sans affecter l’aspect des graines germées.

Les chercheurs ont traité à la fois des graines ou des graines germées par la chaleur ou en les lavant dans des solutions de chlore, d’alcool et d’autres produits chimiques. Certains de ces désinfectants réduisent les taux des bactéries, mais un danger potentiel subsiste, en particulier pour les personnes dont le système immunitaire est affaibli. Les températures élevées qui détruiraient les bactéries sur les graines les empêcheraient également de germer. Jusqu’à ce qu’un moyen efficace soit trouvé pour prévenir la maladie liée aux graines germées, elles doivent être consommés avec prudence, voire pas du tout.

Donc, plutôt que de continuer à compter les éclosions, quelle est la solution au problème de des graines germées crues ?

© Food Safety News

* Bill Marler utilise ici une expression qui peut signifier qu’au baseball, « Quand un lanceur enregistre trois prises contre un frappeur pendant sa présence au bâton, le lanceur est crédité d’un retrait sur des prises, et le frappeur est retiré » ou out. Mais cela peut aussi vouloir dire que selon la loi des trois coups (Three strikes law), « une disposition législative en vigueur aux États-Unis permettant ou contraignant les juges de prononcer des peines de prison perpétuelle à l’encontre d’un prévenu condamné pour la troisième fois pour un délit et/ou un crime. » A vous de voir …

** Bill Marler utilise ici, pour donner plus de poids, la contraction des mots ‘sprout’ (graines germées ou germes) et ‘outbreak’, qui se traduit ici par éclosion, d’où sproutbreak, et ainsi de suite.