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Structure génétique des populations de souches de Listeria monocytogenes

9
juin
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

Résumé.

1006listeriaListeria monocytogenes (L. monocytogenes) est une bactérie omniprésente qui peut causer une maladie d’origine alimentaire, la listériose. Peu de données sont disponibles sur la structure génétique des populations de souches isolées des aliments. Cette étude vise à fournir une vue précise des populations de souches alimentaires de L. monocytogenes en France. De 1999 à 2014, 1 894 souches de L. monocytogenes ont été isolés, au Laboratoire national de référence français pour L. monocytogenes, à partir d’aliments, et classés selon les cinq matrices alimentaires à risques définies par l’EFSA. 396 souches ont été (i) sélectionnées sur la base de différents groupes de PFGE, sérotypes et origines des souches (ii) typées par séquençage multilocus (MLST ou multilocus sequence typing) et (iii) complétées avec des données MLST disponibles à l’Institut Pasteur, représentant des souches humaines et des souches alimentaires supplémentaires de France. La distribution des types de séquence (STs ou sequence types) a été comparée entre les souches alimentaires et les souches cliniques sur un panel de 675 souches.

Une congruence élevée entre la PFGE et le MLST a été retrouvée. Sur les 73 groupes par PFGE, les deux plus répandus correspondaient à ST9 et ST121. Par l’utilisation dune analyse statistique originale, nous avons démontré que (i) il n’y avait pas d’association claire entre ST9 et ST121 et les matrices alimentaires, (ii) le sérotype IIc, ST8 et ST4 ont été associés à des produits à base de viande, (iii) ST13 était associé aux produits laitiers. Sur les deux grands STs, ST121 était le ST qui avait le moins de souches cliniques, ce qui pourrait indiqué une virulence plus faible. Cette observation peut être directement pertinente pour un modèle affiné d’analyse des risques pour une meilleure gestion de la sécurité des aliments.

Importance. Cette étude a montré une compatibilité descendante (ou rétrocompatibilité) très utile entre la PFGE et le MLST pour la surveillance. Les résultats ont permis (i) une meilleure compréhension de la structure des populations des souches de L. monocytogenes isolées d’aliments et (ii) une meilleure gestion des risques pour la santé associés aux souches alimentaires de L. monocytogenes. De plus, cette étude a fourni une vue précise des populations de souches de L. monocytogenes associées à des matrices alimentaires spécifiques : Nous avons clairement montré que des STs ont été associés à des matrices alimentaires tels que la viande et les produits carnés et les produits laitiers. Nous avons ouvert la voie à une modélisation afin de quantifier l’importance relative des principales matrices alimentaires.

Référence. Clémentine Henri, Benjamin Félix, Laurent Guillier, Pimlapas Leekitcharoenphon, Damien Michelon, Jean-François Mariet, Frank M. Aarestrup, Michel-Yves Mistou, René S. Hendriksen and Sophie Roussel. Population genetic structure of Listeria monocytogenes strains determined by pulsed-field gel electrophoresis and multilocus sequence typing. Accepted manuscript posted online 27 May 2016, doi: 10.1128/AEM.00583-16. L’article est disponible gratuitement et intégralement.

La problématique Listeria

13
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

listeria(26)« La problématique Listeria », source The Food Institute of The University of Guelph.

Même si l’industrie alimentaire et les services réglementaires font mieux en termes de prévention face à la réponse de Listeria, un pathogène alimentaire, le vieillissement de la population du Canada pourrait faire que des éclosions liées à ce pathogène soient beaucoup plus dangereuses à l’avenir.

Alors que le nombre de cas déclarés au Canada est relativement faible, environ 150 cas par an (364 cas en 2014 en France métropolitaine, selon l’InVS -aa) contre environ quatre millions d’épisodes d’autres types de maladies d’origine alimentaire au Canada, Listeria, connu par son nom scientifique L. monocytogenes, peut être particulièrement mortel. Retrouvé dans le sol, la végétation, l’eau, les eaux usées, l’alimentation des animaux et les fèces du bétail, les humains et les animaux peuvent être porteurs du pathogène sans le savoir. De nombreux aliments, dont les viandes, les poissons, les végétaux et les produits laitiers ont été retrouvés contenir l’organisme. Le pathogène peut survivre à des températures classiques de réfrigération et ne pas affecter l’apparence, l’odeur ou le goût des aliments contaminés.

La listériose, c’est sérieux

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Jeff Farber

« Quand Listeria frappe, cela peut être très grave et sérieux », explique le Dr Jeffrey Farber, professeur en sécurité des aliments à l’Université de Guelph et nouveau directeur (bravo Jeff ! -aa) du Canadian Research Institute for Food Safety. Expert leader sur Listeria, Farber a rejoint la faculté l’an dernier après une carrière à Santé Canada, où il était plus récemment directeur du bureau des dangers microbiens à la direction des aliments de santé des aliments de la direction générale des produits de santé et des aliments. « Dans une situation d’épidémie, si 100 personnes sont infectées, vous pouvez vous attendre à ce que 30 de ces personnes décèdent. Les personnes à faible risque peuvent n’éprouver aucun effet, mais pour les personnes à haut risque comme les femmes enceintes, les personnes âgées et les personnes qui ont une thérapie immunosuppressive, cela peut vraiment prendre racine dans le corps et être fatal. »

Pourquoi les éclosions pourraient empirer ?

Comme beaucoup d’autres pays industrialisés, la population du Canada vieillit ; nous avons maintenant plus de personnes de 65 ans et plus que de personnes de 14 ans et moins. Parce que l’efficacité du système immunitaire diminue avec l’âge, les données démographiques signifient que de plus en plus de personnes sont potentiellement à risque de décéder de la bactérie Listeria.

Les approches et les stratégies existantes pour gérer Listeria ont été soumis à rude épreuve au cours de la dernière décennie. À Santé Canada, Farber faisait partie de l’équipe qui a été aux prises avec épidémie la plus meurtrière du pays. En 2008, 57 personnes dans sept provinces sont tombées malades à cause de viandes transformées contaminées de chez Maple Leaf Foods, et faisant 24 décès, un taux de mortalité plus de 40%. Un article coécrit par Farber a constaté que l’âge médian des personnes gravement touchées était de 78 ans, la plupart d’entre eux vivant dans des hôpitaux ou des maisons de soins de longue durée.

Ce que nous avons appris

L’éclosion de 2008, qui a coûté au Canada environ 242 millions de dollars, nous a appris quelques leçons. « Vous devez faire des analyses régulières de l’environnement, en particulier dans les usines d’aliments prêts à être consommés en l’état. Beaucoup d’usines font des prélèvements, mais elles ne le font pas assez systématiquement pour trouver … les sources de micro-organismes afin de les éradiquer », dit Farber.

Les services réglementaires ont mis en œuvre des recommandations formulées dans un rapport majeur sur l’épidémie, comprenant une communication accrue entre les diverses agences de sécurité des aliments du gouvernement. Santé Canada a également diminué le délai de réalisation de leurs évaluations des risques pour des problèmes graves de santé de 24 heures à huit heures. La technologie s’est aussi améliorée, comprenant un nouvel outil appelé « le séquençage du génome entier », qui aide les investigateurs à trouver plus rapidement et avec précision la source d’une épidémie.

« Il y a beaucoup de pression sur les laboratoires de santé publique pour ce qui est à l’origine d’une éclosion et pour citer l’aliment. Mais ce qui peut arriver est-ce qu’ils ont une réaction réflexe, et … rappeler, par exemple, des millions de fraises pour découvrir seulement que c’était des framboises. En plus de mettre le doigt sur l’origine de la contamination, le séquençage du génome entier peut éliminer beaucoup de gaspillage alimentaire et de dommages à l’industrie », dit Farber.

Ce que nous apprenons encore

Certaines entreprises alimentaires ont commencé à ajouter des produits chimiques sûrs comme le lactate de sodium et le diacétate de sodium à leurs produits pour inhiber la croissance de la contamination par la Listeria qui pourrait se produire. Cela peut substantiellement réduire les chances qu’une personne tombe malade par un aliment contaminé, mais cela va à l’encontre des tendances alimentaires actuelles, où les consommateurs sont à la recherche d’aliments plus frais et avec moins d’additifs. « Si vous avez une salade conditionnée en sachet qui a une durée de vie de 10 à 12 jours, si Listeria est là, vous lui donnez plus de temps pour se développer », dit Farber. (Un remake de l’adage, les DLC les plus courtes sont les meilleures –aa).

Beaucoup de travaux de recherches se font maintenant, en analysant si de petites quantités d’additifs sont efficaces dans la lutte contre les maladies d’origine alimentaire ou si des additifs que le consommateur considère comme naturels et souhaitables, comme certaines épices ou des inhibiteurs naturels, peuvent inhiber la croissance ou tuer Listeria. Dans le domaine des aliments prêts à être consommés en l’état, de nouvelles technologies telles que le traitement haute pression (voire très haute pression –aa) sont utilisées.

L’éducation du public a également un rôle important à jouer dans la protection des populations à risque élevé. Les Canadiens plus âgés, en particulier, doivent faire attention au nettoyage et à la préparation des aliments, faire en sorte que leurs réfrigérateurs soient légèrement en dessous de la température recommandée (4°C) et prêter plus d’attention à la durée de conservation des aliments. « Si vous achetez une salade conditionnée en sachet et que vous êtes dans un groupe vulnérable, assurez-vous que la date limite de consommation produit soit éloignée de la date de péremption et mangez le jour même ce que vous achetez. N’attendez pas 10 jours pour la manger », dit Farber.

Éclosions en cours de listériose invasive due à Listeria monocytogenes sérotype 1/2a dans la province d’Ancône, Italie, janvier 2015 à février 2016

1
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

ListeriaRésumé.

Au cours des sept premières semaines de 2016, cinq isolats de Listeria monocytogenes de sérotype 1/2a ont été prélevés sur des patients atteints de listériose invasive dans les provinces d’Ancône en Italie. Ces souches et six isolats 1/2a identifiés en 2015 dans la même zone ont été typés par ERIC-PCR et PFGE. Une relation clonale, documentée entre les deux ensembles d’isolats, a suggéré une éclosion de listériose à Ancône qui a commencé très probablement en 2015. L’enquête sur la source de l’infection est toujours en cours.

Dans la discussion et la conclusion, les auteurs indiquent :

L’incidence de la listériose a augmenté depuis le début des années 2000 dans plusieurs pays européens, principalement chez les patients immunodéprimés âgés de plus de 65 ans. En particulier, une augmentation statistiquement significative a été rapportée en Autriche, Danemark, Hongrie, Italie, France, Espagne et Suède de 2005 à 2009. Au cours des 30 dernières années, les éclosions de listériose ont principalement liées au sérotype 1/2a et 4b. Un changement du sérotype 1/2a a été observé en Europe et en Amérique du Nord durant la dernière décennie. En Italie, la surveillance de la listériose invasive a constaté une augmentation des isolats avec le sérotype 1/2a sur la même période, principalement dans les régions du centre et du nord (environ 80% des cas).

La listériose est une infection avec une grande préoccupation pour la santé publique en raison de la sévérité clinique et son taux de létalité élevé, en dépit de sa faible incidence comparée aux autres maladies d’origine alimentaire telles que la salmonellose ou la campylobactériose. Les données actuelles suggèrent une éclosion en cours de listériose due à L. monocytogenes de sérotype 1/2a dans l’area vasta 2 (AV2) qui a très probablement commencée en 2015, étant donné que la souche était déjà présente dans la région en 2015. Comme dans d’autres pays européens, la plupart des cas ont été associés à une condition sous-jacente et ont concerné des personnes âgées. Les autorités locales travaillent avec l’Institut national italien de la santé publique (Istituto Superiore di Sanità, Rome) et l’Istituto Zooprofilattico des régions d’Ombrie et des Marches pour identifier les sources de contamination des aliments. Un récent communiqué de presse souligne qu’il y a des constatations qui suggèrent la contamination d’un produit de porc comme probable véhicule de l’infection sur au moins un cas humain. À l’heure actuelle, toutefois, aucun lien clair peut être établi entre un produit contaminé de charcuterie et les infections. L’enquête sur la source de l’infection dans l’AV2 est toujours en cours.

Référence. Marini E, Magi G, Vincenzi C, Manso E, Facinelli B. Ongoing outbreak of invasive listeriosis due to serotype 1/2a Listeria monocytogenes, Ancona province, Italy, January 2015 to February 2016. Euro Surveill. 2016;21(17):pii=30217.

A propos de la listériose et de Listeria monocytogenes

22
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

L’InVS rapporte que :

250 à 380 cas de listériose sont diagnostiqués chaque année en France, soit une incidence annuelle de 4 à 6 cas par million d’habitants.

En 2014, l’incidence de la listériose en France était de 5,7 cas par million d’habitants. Cette incidence est stable par rapport à 2013 (5,6% -aa) mais en augmentation modérée par rapport aux incidences annuelles observées pendant la période 1999-2012, qui variaient entre 2,9 et 5,3 cas par million d’habitants. Cette augmentation concerne essentiellement les sujets âgés présentant des comorbidités, et suit une augmentation déjà constatée dans d’autres pays européens depuis 2006.

Effectivement l’EFSA avait constaté en décembre 2015 que « Les infections à Campylobacter et Listeria toujours en hausse dans l’UE – déclarent l’EFSA et l’ECDC ».

2 161 cas ont été confirmés en 2014. Bien que ce nombre soit relativement faible, l’augmentation des cas de listériose signalés est préoccupant étant donné que la surveillance de ces infections se concentre sur les formes graves de la maladie, avec des taux de mortalité plus élevés que pour d’autres maladies d’origine alimentaire, en particulier chez les personnes âgées et les patients avec un système immunitaire faible.

Concernant les données épidémiologiques, on se référera au graphique ci-dessous :

Nombre-de-cas-de-listerioses-declares-par-an-en-France-de-1999-a-2014-graphique

Nombre de cas de listérioses déclarés par an en France de 1999 à 2014, source InVS.

S’agissant de la présence de Listeria monocytogenes, L’EFSA note :

Cependant, on a observé que Listeria monocytogenes, la bactérie qui provoque la listériose chez l’homme et l’animal, n’a que rarement dépassé les limites légales de sécurité dans les aliments prêts-à-manger, la source alimentaire la plus fréquente des infections à Listeria chez l’homme.

En France, le critère réglementaire défini par un règlement de l’UE est accepté moyennant quelques conditions rappelées ci-après, source note de service de la DGAL relative au Plan de surveillance de la contamination des fromages au lait cru par Listeria monocytogenes et par Salmonella spp. au stade de la production.

Certains cas correspondant à des fromages contaminés(mais on pourrait bien dire de tout produit contaminé prêt-à-être consommé -aa) par L. monocytogenes à des concentrations inférieures à 100 ufc/g, ne sont pas des non-conformités et ne nécessitent pas de signalement à la DGAL. C’est le cas :

  • si le fabricant est en mesure de démontrer par une étude de durée de vie que le produit respectera la limite de 100 ufc/g pendant la durée de conservation, en particulier s’il peut fixer des valeurs intermédiaires, pendant le procédé, suffisamment basses pour garantir que cette limite ne sera pas dépassée au terme de la durée de conservation (cf. note de bas de page n°5 de la catégorie 1.2 du règlement (CE) n°2073/2005) ;
  • pour les fromages ne permettant pas la croissance de L. monocytogenes (cf. note de bas de page n°8 de la catégorie 1.3 du règlement (CE) n°2073/2005) :
  • fromage ayant pH ≤ 4,4 ou aw ≤ 0,92 ou pour lequel pH ≤ 5,5 et aw ≤ 0,94 ;
  • fromage à durée de conservation ≤ 5 jours ;
  • présence d’éléments de justification scientifique.

C’est ce que signale autrement la DGAL :

Le nombre important d’enregistrements de non-conformités vis-à-vis de Listeria monocytogenes s’explique notamment par le fait qu’en France, tout produit destiné à être consommé en l’état, trouvé positif en Listeria monocytogenes < 100 ufc/g en cours de vie, et pour lequel il n’y a pas d’éléments permettant de garantir que le taux de 100 ufc/g ne sera pas dépassé à la DLC, donne lieu à une alerte. Cette spécificité nationale mentionnée en introduction rappelle, s’il le fallait encore, les limites d’une comparaison des alertes produits entre différents Etats-Membres ou Pays.

Rappelons que selon une enquête de 60 millions de consommateurs et mis en ligne le 28 janvier 2016 intitulée, « Des rappels de produits à vous couper l’appétit », sur 103 rappels en deux ans, Listeria monocytogenes était à l’origine de 43 rappels.

Concernant le RASFF de l’UE, pour l’ensemble des États membre, sur 260 notifications d’alerte en 2015 pour la présence de micro-organismes pathogènes, 69 ont concernait la présence de Listeria monocytogenes, soit 26,5%.

Pour les produits d’origine France, il y a eu en 2015, 55 notifications d’alerte pour la présence de micro-organismes pathogènes et 22 ont concernait la présence de Listeria monocytogenes, soit 39,3%.

Listeria monocytogenes est donc toujours bien un germe d’actualité … plus que jamais !

Les personnes âgées, les aliments prêts à être consommés et Listeria

3
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Santé, Sécurité des aliments.

Résumé.

family.guy_.herbert-300x210La mise en œuvre par les consommateurs de pratiques recommandées de sécurité des aliments, en particulier en ce qui concerne la maîtrise du temps et de la température des aliments prêts à être consommés associés à une listériose est cruciale. Ceci est particulièrement le cas pour les consommateurs à risque tels que les personnes âgées, compte tenu de l’augmentation de l’incidence de la listériose rapportée à l’échelle internationale chez des adultes âgés de ≥ 60 ans. Toutefois, des données détaillant les facteurs de risque cognitifs des adultes plus âgés associés à la listériose font défaut. La combinaison des données sur les connaissances, les pratiques auto-déclarées et les attitudes peuvent parvenir à une compréhension cumulative multicouches du comportement du consommateur vis-à-vis de de la sécurité des aliments des consommateurs et de la cognition. Cette étude vise à déterminer la cognition et le comportement des personnes âgées par rapport aux pratiques de manipulation et d’entreposage des aliments domestiques qui peuvent augmenter les risques associés à L. monocytogenes. Des adultes plus âgés (≥ 60 ans) (n = 100) ont participé à un entretien et répondu à un questionnaire afin de déterminer les connaissances, les pratiques auto-déclarées et les attitudes à l’égard des pratiques recommandées. Bien que la majorité (79%) ait eu une attitude positive envers la réfrigération, 84% ignoraient les températures recommandées (5°C) et 65% ont auto-rapporté de ne « jamais » vérifier la température de leur réfrigérateur. Bien que la plupart (72%) sachent que « la date limite de consommation » indiquait la date de la sécurité des aliments, 62% ont déclaré qu’ils en prenaient note « toujours », des attitudes neutres ont eu lieu, avec 67% estimant qu’il était sûr de consommer des aliments au-delà de la date limite de consommation et 57% ont rapporté le faire. Les attitudes envers la consommation d’aliments dans les 2 jours recommandés après ouverture étaient neutres, avec 55% au courant des recommandations et 84% ont rapporté manger des aliments prêts à être consommés en l’état au-delà des recommandations. Bien qu’informés de certaines pratiques clés, les adultes âgés ont auto-rapporté des pratiques potentiellement dangereuses lors de l’entreposage des aliments prêts à être consommés à la maison, ce qui peut augmenter le risque associé à L. monocytogenes. Cette étude a déterminé que la cognition de la sécurité des aliments des personnes âgées peut affecter leurs comportements ; la compréhension par les consommateurs de la cognition de la sécurité des aliments est essentielle pour le développement d’une éducation ciblée en matière de sécurité des aliments.

Référence. Evans, Ellen W.; Redmond, Elizabeth C. Older adult consumer knowledge, attitudes, and self-reported storage practices of ready-to-eat food products and risks associated with listeriosis. Journal of Food Protection®, Number 2, February 2016, pp. 184-344, pp. 263-272(10).

NB : Le rédacteur du blog est âgé de 67 ans …