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Des chercheurs identifient une maladie qui a pu frapper un squelette vieux de 700 ans

22
juil
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« Un peu tardivement, des chercheurs identifient une maladie qui a pu frapper un squelette vieux de 700 ans », source ASM News.

Des chercheurs européens ont récupéré le génome de la bactérie, Brucella melitensis, chez un squelette vieux de 700 ans retrouvé dans les ruines d’un village médiéval italien.

stories.simpleslideshow.2014.skeletongk-is-236Rapportant dans mBio®, la revue en accès libre et en ligne de l’American Society for Microbiology, les auteurs décrivent qu’ils ont utilisé une technique appelée métagénomique en approche dite shotgun (c’est-à-dire sans étape préalable d’amplification ciblée -aa) pour séquencer l’ADN à partir d’un nodule calcifié de la région pelvienne d’un squelette masculin d’âge moyen excavé du village médiéval de Geridu en Sardaigne, Italie. On pense que Geridu a été abandonné à la fin du 14ème siècle. La métagénomique en approche dite shotgun permet aux scientifiques de séquencer l’ADN sans la recherche d’une cible spécifique.

Dans ce prélèvement, les chercheurs ont retrouvé le génome de Brucella melitensis, qui provoque une infection appelée la brucellose chez l’animal et l’homme. Chez l’homme, la brucellose est généralement acquise par l’ingestion de produits laitiers non pasteurisés ou par contact direct avec des animaux infectés. Les symptômes comprennent la fièvre, l’arthrite et le gonflement du cœur et le foie. La maladie est encore présente dans la région méditerranéenne.

« Normalement, lorsque vous retrouvez du matériel calcifié dans une dépouille humaine ou animale que vous pensez à la tuberculose, parce que c’est l’infection la plus commune qui conduit à la calcification », explique l’auteur principal de l’étude, Mark Pallen, professeur de génomique microbienne à la Warwick Medical School à Coventry, Angleterre. « Nous avons été un peu surpris d’avoir à la place Brucella»

Le squelette contient 32 nodules durcis de la taille d’un penny dans la région pelvienne, même si Pallen dit qu’il ne sait pas s’ils étaient originaires du bassin ou plus haut dans la poitrine ou d’une autre partie du corps.

Dans d’autres expériences, l’équipe de recherche a montré que les fragments d’ADN extraits avaient l’apparence d’ADN âgé, ils étaient plus courts que les brins contemporains, et avaient des mutations caractéristiques au niveau des extrémités. Ils ont également constaté que la souche médiévale de Brucella, qu’ils ont appelé Geridu-1, était étroitement lié à une récente souche de Brucella appelé Ether, identifiée en Italie en 1961, et deux autres souches italiennes identifiées en 2006 et 2007.

Pallen et d’autres ont utilisé la métagénomique en approche dite shotgun avant de détecter des pathogènes dans des matériaux humains contemporains et historiques. L’été dernier, il a publié une étude dans le New England Journal of Medicine décrivant la découverte du génome de la tuberculose dans du tissu pulmonaire d’une momie de 215 ans en Hongrie. Il a également identifié Escherichia coli dans des prélèvements de selles au cours d’un foyer de cas d’infection en Allemagne en 2011.

L’équipe de Pallen est en train d’utiliser cette technique sur une série de prélèvement historiques, dont des momies hongroises, des momies égyptiennes, une momie coréenne du 16ème ou 17ème siècle et du tissu pulmonaire d’une reine française de la dynastie mérovingienne, qui a gouverné la France du cinquième au huitième siècles ainsi que des échantillons de crachats contemporains de Gambie en Afrique.

« La métagénomique est prête à documenter des infections passées et présentes, à faire la lumière sur l’apparition, l’évolution et la propagation de pathogènes microbiens », dit Pallen. « Nous démarrons avec tous ces prélèvements et nous espérons que nous allons trouver de nouvelles choses. »

L’étude a été soutenue par la Région Sardaigne et la Warwick Medical School. Une copie de l’article peut être trouvée en ligne sur http://bit.ly/asmtip0714d.

Des scientifiques trouvent un lien entre les antibiotiques et la formation d’un biofilm bactérien qui causent des infections chroniques de l’oreille, des sinus et des poumons

11
juil
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Classé dans Contamination, Curiosité, Santé.

« Des scientifiques trouvent un lien entre les antibiotiques et la formation d’un biofilm bactérien qui causent des infections chroniques de l’oreille, des sinus et des poumons », source communiqué de l’Oak Crest Institute of Science.

Des résultats pourraient conduire à la nouvelle approche des infections chroniques de l’oreille chez l’enfant. Des chercheurs de l’University of Southern California (USC) et du Oak Crest Institute of Science ont découvert le lien entre les antibiotiques et la formation de biofilm bactérien conduisant à une infection chronique des poumons, des sinus et de l’oreille. Les résultats de l’étude, publiés dans le dernier numéro de la revue PLOS ONE, montrent comment des biofilms bactériens peuvent prospérer, au lieu de diminuer, lorsque de faibles doses d’antibiotiques sont administrées.

BacteriaAntibiotics-300x176« Cette recherche porte sur des problèmes de longue date entourant les infections chroniques de l’oreille et pourquoi certains enfants font des otites à répétition, même après un traitement antibiotique », a déclaré Paul Webster, auteur principal à l’USC et à l’Oak Crest Institute of Science. « Une fois que le biofilm formé, il devient plus fort après chaque traitement d’antibiotiques. »

Au cours de l’étude, Haemophilus influenzae non typable, un pathogène usuel chez l’homme a été exposé à des doses non létales d’ampicilline, une classe d’antibiotiques couramment utilisés pour traiter des infections des voies respiratoires, des sinus et de l’oreille, ou d’autres antibiotiques de la famille des bêta-lactamines. La dose de l’antibiotique n’était pas suffisante pour tuer les bactéries ce qui a permis aux bactéries de réagir à l’antibiotique en produisant du glycogène, un sucre complexe souvent utilisé par les bactéries comme source de nutriments pour produire des biofilms plus forts lorsqu’elles sont cultivées en laboratoire.

Les biofilms sont des communautés fortement structurées de micro-organismes qui s’attachent les uns aux autres et aux surfaces. Les micro-organismes se groupent ensemble et forment une couverture gluante faite de polysaccharides. Cette couche est très protectrice pour les micro-organismes à l’intérieur, et quand de nouvelles bactéries sont produites, elle restent dans la couche visqueuse. Avec l’introduction de glycogène produit par les antibiotiques, les biofilms ont une source de nutriments presque sans fin qui peut être utilisée une fois que l’exposition aux antibiotiques est terminée.

Il n’existe actuellement aucun traitement approuvé pour les infections liées aux biofilms. Par conséquent, les bactéries qui forment des biofilms vont devenir plus difficiles à traiter et vont provoquer des infections chroniques plus graves. Les adultes auront des infections prolongées poumons car les bactéries se replient dans leur couche visqueuse protectrice, et les enfants auront avec des infections de l’oreille à répétition. Ce qui peut sembler être une résistance aux antibiotiques, quand une infection ne disparaît pas, peut être liée aux biofilms en activité.

Webster estime que la médecine moderne doit trouver des moyens de détection et de traitement des infections liées au biofilm avant que les bactéries ne soient capables de former des structures protectrice. Les difficultés de traitement des infections liées au biofilm, qui peuvent être jusqu’à 1000 fois plus résistantes aux antibiotiques, ont incité certains médecins à proposer un abandon progressif de traitements antibiotiques traditionnels et vers des thérapies non-antibiotiques.

« Si les antibiotiques continuent à être pertinents pour le traitement des infections bactériennes, il est important que leurs effets sur les biofilms soient explorées », dit le Dr Webster. « Un pas dans cette direction serait de développer une méthodes de dépistage de routine pour tester les effets des antibiotiques sur des biofilms formés in vitro. »

Suisse : La fondue chinoise au poulet entraîne une recrudescence 
des infections à Campylobacter

5
juil
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Volaille.

« La fondue chinoise au poulet entraîne une recrudescence 
des infections à Campylobacter », selon un communiqué du 3 juillet 2014 de l’Institut Tropical et de Santé Publique Suisse (Swiss TPH).

En hiver, la fondue à la viande de poulet fait partie des facteurs de risque principaux pour une infection à Campylobacter en Suisse. C’est ce que montre une nouvelle étude de l’Institut Tropical et de Santé Publique Suisse (Swiss TPH) demandée par l’Office fédéral de la santé publique (OFSP). Chaque fin d’année en Suisse, le nombre de cas déclarés pour cette infection intestinale virulente augmente. Selon la nouvelle étude, cette augmentation est attribuée à la consommation de « fondue chinoise » lors des fêtes de fin d’année.

CampylobacterEn Suisse, entre 7 000 et 8 000 personnes sont atteintes d’une infection à Campylobacter chaque année. Elle constitue ainsi la maladie bactérienne transmise par la nourriture la plus courante. La contamination de la viande de poulet par des germes de Campylobacter lors de l’abattage fait partie des causes d’infection connues. On observe un accroissement du nombre de cas dans toute l’Europe. En Suisse, cette maladie doit obligatoirement être déclarée.

On constate une augmentation inhabituelle du nombre de cas à Noël et au nouvel an en Suisse. C’est pourquoi l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), en concertation avec l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), a chargé le Swiss TPH de réaliser une étude cas témoin afin d’étudier cette recrudescence pendant les fêtes.

« Nous nous appuyons sur les données obligatoire et les enquêtes téléphoniques enregistrées auprès des personnes infectées », déclare le directeur de l’étude Daniel Mäusezahl de Swiss TPH.

Les chercheurs ont interrogé les personnes victimes d’une infection à Campylobacter entre décembre 2012 et février 2013. Une étude en laboratoire indépendante avait auparavant confirmé une infection à Campylobacter chez toutes les personnes interrogées. Au premier plan de l’enquête: les facteurs de risque, la mise à contribution de moyens médicaux et l’évolution de la maladie perçue par les personnes interrogées.

Risque quadruplé en cas de consommation de fondue à la viande

L’étude a identifié deux facteurs responsables de l’augmentation du risque d’infection par des germes de Campylobacter. D’une part, le risque d’infection est multiplié par quatre lors de la consommation d’une fondue chinoise. Environ la moitié des infections pendant les fêtes a été attribuée à cette source.

Dans le même temps, l’étude montre également que le risque d’infection peut être réduit par des mesures d’hygiène lors des repas. Dès que les consommateurs utilisent des assiettes séparées ou compartimentées pour la viande crue et la viande cuite, le risque se réduit jusqu’à un facteur 5. De la même manière, le risque d’infection diminue lors de la consommation de viande préalablement congelée. « Les infections à Campylobacter seraient pour la plupart évitées par des comportements appropriés des consommateurs », explique Daniel Mäusezahl.

D’autre part, l’étude reconnaît qu’un voyage à l’étranger pendant les fêtes constitue également un facteur de risque pour une infection à Campylobacter. Cependant, les voyageurs présentant une diarrhée sont plus souvent testés pour une infection, ce qui pourrait également expliquer ce résultat élevé.

Source Philipp J. Bless, Claudia Schmutz, Kathrin Suter, Marianne Jost, Jan Hattendorf, Mirjam Mäusezahl-Feuz, Daniel Mäusezahl. A tradition and an epidemic: Determinants of the campylobacteriosis winter peak in Switzerland. European Journal of Epidemiology, DOI: 10.1007/s10654-014-9917-0. L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Marketing de la sécurité des aliments aux Etats-Unis : Foster Farms rappelle enfin des poulets 16 mois après une première éclosion à Salmonella

4
juil
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« Marketing de la sécurité des aliments au niveau de la distribution : Foster Farms rappelle enfin des poulet 16 mois après une première éclosion à Salmonella », source Doug Powell du barfblog du 4 juillet 2014.

chicken.south_.park_-300x227Il y a deux semaines, Foster Farms, producteur de volailles, a annoncé qu’il avait considérablement réduit le taux de Salmonella dans ses morceaux de poulet et avait investi 75 millions de dollars pour le faire.

Voilà que Foster Farms de Fresno en Californie vient de rappeler une quantité indéterminée de produits de poulet qui pourrait contaminée par une souche particulière de Salmonella Heidelberg.

Le Food Safety and Inspection Service (FSIS) de l’USDA a exigé de Foster Farms de faire ce rappel parce que ce produit est connu pour être associée à une maladie spécifique.

Le FSIS a été informé par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) de cas de maladies à Salmonella Heidelberg le 23 juin 2014, associés à la consommation de poitrines de poulet désossées sans peau. En collaboration avec le CDC, le FSIS a déterminé qu’il existe un lien entre les poitrines de poulet désossées sans peau de chez Foster Farms et des cas de maladies après avoir récupéré des restes de poitrine de poulet désossée pour analyse. Des analyses de laboratoire ont confirmé une correspondance moléculaire entre la souche de Salmonella sur des morceaux de volailles et les souches infectant les patients.

39-gun-to-head-300x168Ces cas de maladie font partie d’un foyer de cas d’infection surveillé et étudié par le FSIS et le CDC. Jusqu’à ce moment-là, il n’y avait pas de preuve directe qui reliait les cas de maladies associées à cette éclosion à un produit spécifique ou un lot de production. La preuve qui est nécessaire dans un rappel comprend l’obtention du produit chez des cas-patients qui soient positifs pour la même souche de Salmonella que celle qui a causé la maladie, l’emballage du produit qui lie clairement le produit à une installation spécifique et une date de production spécifique ainsi que des enregistrements documentant l’expédition et la distribution du produit au point d’achat des cas-patients vers l’établissement d’origine.

Doug Powell dit que « C’est un triste jour pour l’épidémiologie, car Foster Farms est montré du doigt pour au moins 575 cas à Salmonella Heidelberg depuis mars 2013. »

Des bactéries d’origine alimentaire peuvent aussi causer des maladies chez certaines races de poulets

1
juil
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Volaille.

campylobacter_jejuni« Des bactéries d’origine alimentaire peuvent aussi causer des maladies chez certaines races de poulets ». Source American Society for Microbiology.

Contrairement à la croyance populaire, le pathogène d’origine alimentaire, Campylobacter jejuni, n’est pas un commensal inoffensif chez les poulets, mais peut causer des maladies chez certaines races, selon une étude publiée dans mBio®, la revue à accès libre en ligne de l’American Society for Microbiology.

« La principale conséquence est que Campylobacter n’est pas toujours sans danger pour les poulets. Cela change plutôt notre vision de la biologie de ce petit méchant microbe », dit Paul Wigley de l’Institute for Infection and Global Health à l’université de Liverpool, l’un des auteurs de l’étude.

Campylobacter jejuni est la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne d’origine alimentaire dans le monde et les Centers for Disease Control and Prevention estiment qu’elle affecte environ 1,3 millions de personnes par an aux Etats-Unis. Le poulet est la source la plus fréquente d’infections. L’infection chez les poulets n’avait pas été considérée comme causant la maladie et on avait pensé que les bactéries étaient une composante de la flore normale des oiseaux.

chicken.campy_.vaccineDans l’étude, Wigley et ses collègues ont infecté expérimentalement des animaux de quatre races commerciales de poulets de chair. Ils ont constaté que tandis que les taux de bactéries dans les intestins ne différaient pas selon la race, mais la réponse immunitaire et l’inflammation étaient différente, dans la mesure où une race a montré des dommages de la muqueuse intestinale et une diarrhée.

« Fait intéressant, les races ne différaient pas dans le taux de bactéries que nous avons retrouvées dans l’intestin après infection, même lorsque l’animal est conservé jusqu’à l’âge normal d’abattage », dit Wigley. « Cela suggère que la race de poulet a peu d’effet direct sur le risque de Campylobacter dans la chaîne alimentaire, mais a un grand effet sur la santé des oiseaux. »

La conclusion la plus importante, dit Wigley, est que l’infection à Campylobacter impacte directement les poulets de chair et leur bien-être. Les États-Unis produisent plus de 8 milliards de poulets de chair par an et le Royaume-Uni en produit près d’un milliard. Campylobacter est commun, voire endémique, dans ces secteurs et donc l’ampleur de l’impact sur la santé animale est évidente à voir.

« Du côté positif de cette étude, nous savons désormais que les poulets produisent une réponse immunitaire robuste à l’infection, ce qui à long terme peut nous permettre de développer un vaccin », explique Wigley.