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Un pathogène microbien ‘déguisé’ comme un autre conduit à un mauvais diagnostic

18
juil
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

« Un pathogène microbien ‘déguisé’ comme un autre conduit à un mauvais diagnostic », source mBiosphere.

« Si ça ressemble à un canard, si ça nage comme un canard et si ça cancane comme un canard, c’est qu’il s’agit sans doute d’un canard », ainsi va le dicton qui illustre que l’explication la plus simple est généralement la bonne. Mais qu’en est-il des appeaux utilisés pour les canards en conjonction avec les autres appels d’oiseaux ? Les erreurs d’identification peuvent conduire à une erreur mortelle, et il en va de même pour les microbes. Des étiologies de maladies infectieuses mal diagnostiquées peuvent être une erreur très dangereuse pour des patients malades. La plupart des laboratoires de microbiologie clinique sont capables d’utiliser des tests biochimiques et génétiques sophistiqués pour différencier les espèces et les souches microbiennes, mais les pathogènes émergents peuvent être mal identifiés, si ils imitent étroitement une autre. Cela semble être le cas avec le pathogène fongique émergent, Candida auris.

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Cellules de Candida auris dans l’article initial les décrivant.

Candida auris a été décrit pour la première fois en 2009 chez un patient de 70 ans au Japon. L’espèce est incapable de former des hyphes ou des pseudohyphes, différenciant des espèces de Candida telles que C. albicans ou C. tropicalis, et des tests moléculaires peuvent différencier l’isolat de C. glabrata mais souvent mal l’identifier de C. haemulonii. Ceci est un dangereux mélange, car C. auris est résistant au fluconazole et a une sensibilité faible au voriconazole, à l’amphotéricine B et la caspofungine. La base de la résistance plus élevée de C. auris n’est pas encore entièrement comprise, mais le projet de son génome à partir de deux isolats aidera les scientifiques à étudier cette question, dont l’identification de nombreux homologues de transporteurs potentiels qui peuvent jouer un rôle.

L’émergence de plusieurs foyers à C. auris dans les établissements de santé, à l’origine mal diagnostiqués, suggère qu’une transmission de personne à personne est possible et souligne l’importance d’un test diagnostic simple afin de différencier une infection à C. auris. Des systèmes commerciaux d’identification tels que les cartes Vitek AST-YS07 ont mal identifié 90% des C. auris comme étant C. haemulonii, et cette mauvaise identification peut conduire à un traitement inexact. Une infection à C. auris nécessite des doses plus élevées antifongiques, en raison de ses CMI plus élevées, afin d’assurer un traitement efficace. Jusqu’à ce que les systèmes d’identification automatiques se soient améliorés, la spectrométrie de masse MALDI-TOF* décrite dans un récent article du Journal of Clinical Microbiology, a différencié le plus précisément entre les infections d’espèces uniques de Candida.

Le suivi des infections à C. auris est également un problème avec les erreurs de diagnostic ; tout comme l’infection au virus Zika a été probablement diagnostiquée à tort comme étant de la dengue en raison d’un faible diagnostic, l’infection à C. auris peut être plus fréquente qu’on ne le pensait. La spectrométrie de masse peut être exacte, mais de nombreux laboratoires cliniques n’ont pas la capacité de réaliser ce test. Un outil de diagnostic accessible est donc nécessaire pour aider les cliniciens à traiter ce problème.

Jusqu’à présent, C. auris a été rapporté que dans les pays asiatiques, mais il n’y a aucune raison de penser qu’il ne va pas se propager. La dispersion de Zika via la mondialisation des voyages a démontré que la maladie infectieuse n’a aucun respect pour la géographie, et les microbes peuvent rapidement devenir endémique dans de bonnes conditions. En outre, l’identification de E. coli hébergeant des plasmides mcr-1 chez des patients américains démontre que le problème pourrait être déjà parmi nous, tapi tranquillement jusqu’à ce qu’il soit détecté. En attendant de résoudre ce problème ne fera que conduire à d’autres erreurs de diagnostic, un résultat mortel mais finalement évitable.

* MALDI-TOF : désorption-ionisation laser assistée par matrice et temps de vol

NB : Un communiqué de bioMérieux du 6 juillet 2016 « annonce le lancement de la première base de données et des premiers kits de réactifs disposant du marquage CE pour l’identification de mycobactéries, de Nocardia et de moisissures avec un système de spectrométrie de masse MALDI-TOF. »

Découverte d’un nouveau système de défense biologique pour éliminer les pathogènes microbiens

12
juil
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

« Découverte d’un nouveau système de défense biologique pour éliminer les pathogènes microbiens », source communiqué de l’université d’Osaka.

Un groupe de chercheurs dirigé par lep rofesseur adjoint Hirayasu Kouyuki et le professeur Arase Hisashi (Immunology Frontier Research Center/Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) a découvert des récepteurs humains qui détectent l’invasion des pathogènes microbiens et a constaté qu’ils ont travaillé comme un système de défense biologique, une première mondiale.

Les pathogènes microbiens se battent contre le système de défense biologique de l’hôte en fabricant une variété de protéines. Comme l’un de leurs mécanismes moléculaires, il est connu que les protéases microbiennes clivent les anticorps de l’hôte. Si les anticorps sont clivés, l’hôte ne peut pas se débarrasser des pathogènes microbiens. Cependant, des contre-mesures prises par l’hôte contre de tels mécanismes immunitaires microbiens d’évasion ne sont pas bien compris.

Dans cette étude, il a été constaté que les récepteurs qui reconnaissent les anticorps clivés étaient chez l’hôte, et qu’ils se sont battus contre les mécanismes immunitaires microbiens d’évasion. Afin de trouver comment les cellules immunitaires reconnaissent les pathogènes microbiens et comment elles sont impliqués dans la défense biologique, ce groupe a examiné des souches de cellules humaines infectées par Mycoplasma comme modèle de pathogène microbien et a constaté que le récepteur immunologiquement actif LILRA2 (leukocyte immunoglobulin-like receptor A2), dont la fonction n’est pas connue, a reconnu les cellules infectées par Mycoplasma. En outre, ce groupe a examiné des molécules reconnues par LILRA2 sur des cellules infectées par Mycoplasma et a constaté que LILRA2 a reconnu les anticorps qui ont été clivés par la protéase produite par Mycoplasma.

En plus de Mycoplasma, Legionella, Pneumococcus, Haemophilus influenza et Candida ont également produit des protéases et des anticorps clivés. Legionella infecte les cellules immunitaires et se multiplier dans les cellules. Il a été constaté que, lorsque LILRA2 est exprimé sur des cellules immunitaires il reconnait les anticorps clivés, la prolifération de Legionella dans les cellules est prévenue. En outre, il a été constaté que, dans la tympanite, l’athérome inflammatoire, la cellulite, et d’autres endroits infectés par des bactéries, des anticorps ont été clivés par la protéase, activant des cellules exprimant LILRA2.

De cette façon, ce groupe a découvert en première mondiale que LILRA2 a reconnu des anticorps clivés par des pathogènes microbiens, servant de système de défense biologique. En d’autres termes, on pense que les mécanismes d’évasion du système immunitaire dans lequel les pathogènes microbiens clivent les anticorps sont capturés par le système de défense biologique de l’hôte par l’intermédiaire du LILRA2. Le contrôle de LILRA2 à travers les réalisations de ce groupe contribuera à l’élaboration de méthodes de traitement et de prévention des maladies infectieuses.

NB : Pour en savoir plus sur cette recherche, voir l’article en intégralité intitulé « Microbially cleaved immunoglobulins are sensed by the innate immune receptor LILRA2 » sur le site Internet de Nature ?

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Nouveau concept pour le système de défense de l’hôte contre les agents pathogènes microbiens

Les anticorps jouent un rôle important dans la défense de l’hôte contre les pathogènes microbiens. Cependant, les pathogènes microbiens semblent avoir acquis une protéase qui détruit des anticorps afin de se soustraire du système immunitaire de l’hôte. D’autre part, le système immunitaire de l’hôte semble avoir acquis un récepteur d’activation immunitaire, LILRA2, qui reconnaît spécifiquement les anticorps clivés par voie microbienne.

Petites annonces du blog : Hôpital danois recherche donneur de selles …

22
juin
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Classé dans Curiosité, Environnement, Santé.

« Un hôpital danois recherche des donneurs de selles » source CPH Post Online du 22 juin 2016.

L’hôpital Hvidovre près de Copenhague est à la recherche de fèces de donneurs sains qui peuvent aider à construire un stock de selles à utilpoo-300x168iser pour combattre les bactéries.

Les fèces de personnes en bonne santé se sont avérées être une bonne arme contre les bactéries récalcitrantes lorsque des antibiotiques typiques échouent. Depuis 2014, plus de 60 patients à l’hôpital ont été traités avec des fèces donnés par des membres de la famille pour lutter contre Clostridium qui souvent ne répond pas aux antibiotiques classiques.

La demande augmente, de sorte qu’Andreas Munk Petersen, médecin chef à l’hôpital Hvidovre pense que c’est un bon moment d’avoir des fèces d’avance.

« Il y a des limites d’âge, mais si vous êtes en bonne santé, que vous n’avez de maladie et une absence de surpoids, vous être un donneur ».

L’hôpital espère développer une « banque de fèces » similaire aux banques de sang de façon à ce qu’un flux régulier de contributeurs soient disponibles pour aider à répandre le traitement ultérieurieurement.

Profil mondial des maladies zoonotiques chez les mammifères

15
juin
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Ces cartes révèlent où des rats, des singes et d’autres mammifères peuvent transmettre des maladies à l’homme », source Cary Institute of Ecosystems Studies du 14 juin 2016.

La majorité des maladies infectieuses émergentes comme des épidémies humaines ont pour origine des mammifères. Nous en savons encore très peu sur les liens mondiaux relatifs à la transmissiondes pathogènes, des mammifères à l’homme. Dans un premier temps, les chercheurs du Cary Institute of Ecosystem Studies et de l’Université de Géorgie ont assemblé des cartes du monde sur ce qu’on sait au sujet des maladies transmises des mammifères à l’homme. Le travail, qui a pour objectif de s’interroger si il est possible de prédire l’apparition de nouvelles maladies zoonotiques, a été publié dans Trends in Parasitology*.

Les cartes comprennent des données sur tous les 27 ordres de mammifères terrestres, les chauves-souris enragées, les chameaux hébergeant syndrome respiratoire au Moyen-Orient, les ongulés liés au bétail qui transmettent des maladies d’origine alimentaire, et de nombreux types (plus de 2 000 espèces) de rongeurs. Les épidémies de maladies causées par des pathogènes apparaissent chez des hôtes non humains (appelés zoonoses) sont considérées comme intrinsèquement imprévisibles, mais les cartes révèlent des profils peu étudiés.

« Je suis un peu surpris de voir les points chauds des maladies zoonotiques ne correspondent pas aux points chauds de la biodiversité plus étroitement », a dit le premier auteur, Barbara Han, écologiste de la maladie au Cary Institute of Ecosystem Studies de New York. « Par exemple, il y a une grande diversité des espèces dans les tropiques, et donc je m’attendais à voir un profil similaire de parasites et d’agents pathogènes zoonotiques dans les tropiques aussi. Nous trouvons plus d’hôtes zoonotiques dans les tropiques, mais nous trouvons plus de maladies zoonotiques dans les régions tempérées, probablement car ces maladies peuvent se produire chez plusieurs espèces hôtes. »

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Répartition géographique des mammifères transmettant des zoonoses. Les réservoirs de maladies zoonotiques chez les mammifères sont distribués à l’échelle mondiale, avec des points chauds remarquables en Amazonie et en Eurasie. Les zones géographiques de chevauchement des espèces de mammifères reconnues comme hébergeant une ou plusieurs maladies zoonotiques, avec un dénombrement des espèces hôtes uniques (barres jaune) et des pathogènes zoonotiques uniques (barres rouges) sont retrouvées par bandes de latitude et de longitude de 30°. Cette carte illustre 5007 espèces de mammifères sauvages appartenant à 27 ordres.

* L’article est disponible intégralement et gratuitement.

Une volée de corbeaux propage-t-elle Campylobacter jejuni ?

6
juin
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Une volée de corbeaux propage C. jejuni : L’homme est-il vulnérable ? », source ASM News.

Philippe-Halsman-Alfred-Hitchcock-avec-corbeau-et-cigare-Film-les-oiseauxLes corbeaux sont des animaux intelligents, très sociaux qui se rassemblent dans des volées de dizaines de milliers. Ces grandes populations, très concentrées peuvent facilement propager des maladies non seulement parmi leur propre espèce, mais très probablement à l’homme, soit par le bétail ou directement. Sur le campus de l’Université de Californie, Davis, pendant l’hiver, la moitié environ des 6 000 corbeaux américains qui se rassemblaient sur le site de l’étude hébergeait Campylobacter jejuni, qui est la principale cause de gastro-entérite chez l’homme dans les pays industrialisés, ce qui pourrait contribuer à la propagation de la maladie. L’étude est publiée avant d’impression le 3 juin 2016 dans la revue Applied and Environmental Microbiology.

Les chercheurs ont postulé que le vagabondage quotidien des corbeaux a contribué à la propagation de C. jejuni. Pour suivre les corbeaux, ils ont piégé un petit nombre d’individus et ils leur ont mis un très petit appareil GPS. Ils l’ont apposé sur les oiseaux avec un harnais qui s’entourait autour de chaque aile pour se fixer sur la poitrine. Le poids supplémentaire représentait moins d’un vingtième de celui des corbeaux.

Les destinations favorites des corbeaux étaient des zones où il y avait un accès facile à la nourriture, comme une étable laitière et un centre de recherche sur les primates. « Ce modèle de mouvement, couplé avec un taux d’infection élevée, suggère que les corbeaux pourraient jouer un rôle important dans la transmission des oiseaux sauvages aux animaux domestiques et, en fin de compte, à l’homme », a dit le premier auteur, Conor Taff.

Les corbeaux sont également de solides voyageurs et ils sont capables de propager la contamination loin de leur perchoir.

Le comportement social des corbeaux contribue aussi probablement à la propagation du pathogène. Leurs perchoirs habituels en hiver peuvent accueillir des milliers de corbeaux dans quelques arbres chaque soir, dit Taff, chercheur postdoc à l’université Cornell, Ithaca, New-York, qui a mené une partie de la recherche alors qu’il était étudiant en postdoc à l’université de Californie, Davis. Et la volée de corbeaux, des omnivores opportunistes, mangent ensemble et défèquent où ils mangent. « Faire ces choses ensemble explique probablement pourquoi les corbeaux ont une telle forte prévalence de l’infection par rapport aux autres oiseaux sauvages », a dit Taff.

Cette consommation opportuniste des corbeaux les conduit souvent à vivre à proximité des humains et du bétail, les mettant ainsi à risque d’infection. Parmi d’autres endroits, les corbeaux vont aussi vers les parcs d’engraissement du bétail et dans des champs contenant des cultures particulières.

Néanmoins, les données manquent sur la prévalence des souches de C. jejuni ayant pour origine les corbeaux qui ont le potentiel soit d’infecter les humains ou soit de facilement muter pour infecter l’homme. (Un co-auteur de l’article, Allison M. Weis de l’école de médecine vétérinaire, Pathogen Genome Project, université de Californie, Davis, travaille sur cette question.) Il n’est pas établi si Campylobacter rend malade les corbeaux, une autre question à laquelle les membres de l’équipe travaillent.

« Notre étude est juste un début, mais nos résultats suggèrent qu’un travail intégratif qui combine la microbiologie, l’écologie et le comportement est susceptible d’être important dans la maîtrise de la transmission inter-espèces de Campylobacter », a dit Taff. « Puisque les oiseaux sauvages peuvent être une source importante d’infection initiale des volailles, il est important de comprendre comment l’infection persiste chez des oiseaux sauvages et comment leur comportement peut contribuer à l’infection des animaux domestiques. Nos données sur le mouvement des corbeaux sont particulièrement intéressantes à cet égard, Parce que nous avons constaté que les corbeaux faisaient un usage intensif de certaines zones comprenant des animaux domestiques. »

« Comprendre comment ce comportement et le taux d’infection varient dans l’année pourrait permettre d’élaborer des stratégies de mitigation qui excluent les animaux sauvages d’interagir avec les animaux domestiques dans certains lieux ou à certaines périodes de l’année », a déclaré Taff.

« Notre étude est parmi les premières à combiner un vaste échantillonnage et le séquençage du génome entier de C. jejuni avec des informations pertinentes sur l’écologie de l’hôte, le mouvement et le comportement social », écrivent les chercheurs.

« Les corbeaux représentent-ils une source importante pour les animaux domestiques et, en fin de compte, une infection humaine à C. jejuni, cela reste incertain, mais notre étude indique que les données sur la prévalence de l’infection et les caractéristiques moléculaires des isolats seules seront insuffisantes pour la compréhension de la dynamique de transmission de C. jejuni ». Les chercheurs suggèrent que plus de travail est nécessaire combinant la génomique, l’écologie, le mouvement et le comportement social des oiseaux. Ils notent aussi que la taille des perchoirs a augmenté lorsque les lieux d’habitation se sont déplacés des zones rurales vers des zones de plus en plus urbanisées au cours des 50 dernières années.

NB : Le résumé de l’article paru dans AEM est ici.