Le Blog d'Albert Amgar

« L’exactitude des laboratoires alimentaires demeure une préoccupation », source Doug Powell du barfblog du 20 mai 2013.

Les laboratoires de microbiologie alimentaire continuent à présenter des résultats de faux négatifs et de faux positifs de façon régulière. Une étude rétrospective de près de 40 000 résultats d’analyses lors de tests d’intercomparaison (inter laboratoires) au cours de ces 14 dernières années, présentée au 113^e General Meeting de l'American Society for Microbiology, a examiné la capacité des laboratoires alimentaires à détecter ou à exclure la présence de Escherichia coli O157:H7, Salmonella, Listeria monocytogenes et Campylobacter.

« Il est inquiétant si des laboratoires rapportent que des pathogènes ne sont pas retrouvés dans un prélèvement d’aliment, alors qu'en fait ils sont là », a expliqué Christopher Snabes, auteur principal de l'étude. « Ceci est connu comme étant un ‘faux négatif’ ». Des problèmes semblables se posent quand un laboratoire rapporte un ‘faux positif’ suggérant ainsi que des pathogènes sont présents dans le prélèvement d’aliment, alors qu’ils ne le sont pas. »

L'étude a montré qu’en moyenne, les laboratoires alimentaires rapportent 9,1% de faux négatifs pour Campylobacter, une bactérie d'origine alimentaire qui peut causer une maladie entraînant une diarrhée sanglante, des crampes et de la fièvre, et 4,9% pour Salmonella, une bactérie qui peut causer de la diarrhée, de la fièvre et des crampes abdominales conduisant parfois à l'hospitalisation ou la mort. Le taux de faux positifs, en moyenne, est de 3,9% pour Salmonella, et 2,5% pour E. coli et L. monocytogenes.

Cette étude a été menée par l'American Proficiency Institute (API) situé à Traverse City, Michigan. L’API est un institut privé qui fournit des programmes d'essais d'aptitude pour les laboratoires alimentaires et les laboratoires cliniques.

API offre des essais d'aptitude (EA) par intercomparaison en tant que méthode objective pour mesurer la précision d'un laboratoire. Les participants utilisent les EA de l'API jusqu'à trois fois par an pour examiner l'exactitude de leur personnel de laboratoire et leurs méthodes d'essai. Le but de l’EA est de déterminer si le professionnel de laboratoire peut répondre adéquatement à l'API avec les bonnes réponses sur ce que API met dans un échantillon alimentaire. L’EA peut tester la présence ou l'absence d'une substance dans un test qualitatif, et parfois l’EA peut exiger une réponse de dénombrement ou un test quantitatif.

Actuellement (aux Etats-Unis –aa), les laboratoires alimentaires ne sont pas tenus d'évaluer l'aptitude ou la qualité de leurs essais. Les laboratoires qui utilisent des EA de l’API le font volontairement. Certains laboratoires utilisent les services de l’API pour obtenir et conserver l'accréditation.

Les programmes d’EA de l’API en microbiologie alimentaire sont utilisés par plus de 700 laboratoires alimentaires dans 43 pays. L’essai d'aptitude est un moyen objectif de mesurer la précision du laboratoire.

« L’amélioration de l’exactitude des laboratoires alimentaires dans notre pays doit conduire à un approvisionnement alimentaire plus sûr », a noté Snabes. La Loi sur la modernisation de la sécurité des aliments, adoptée en 2011, comprenait des changements radicaux dans les exigences de la sécurité des aliments du pays. Les normes de laboratoire et l'accréditation des laboratoires sont abordées comme des éléments importants de la loi. Une fois que les règles seront promulguées, il est prévu que tous les laboratoires alimentaires devront veiller à ce que leur personnel, ainsi que les méthodes d’essais qu'ils utilisent, soient en conformité avec la loi. Pourtant, des laboratoires alimentaires peuvent commencer désormais à utiliser des tests d'aptitude pour aider à assurer un produit alimentaire plus sûr.

NB : Ce que l’on peut dire rapidement sur la situation en France, c’est que la plupart, si ce n’est la totalité des laboratoires privés alimentaires sont accrédités par le Cofrac pour un ou plusieurs programmes.

Malheureusement, il n’en est pas de même pour les laboratoires publics dont certains (ou beaucoup trop) continuent d'avoir un agrément … public ! Drôle de pays !

Résumé.

L'utilisation de bactériophages lytiques dans la lutte biologique contre des pathogènes d'origine alimentaire dans les aliments et dans l'industrie alimentaire est de plus en plus acceptée. Dans cette étude, l'efficacité d'un cocktail de bactériophages composé de trois bactériophages lytiques différents (UAB_Phi 20, UAB_Phi78 et UAB_Phi87) a été déterminée sur quatre matrices alimentaires différentes (peau de porc, poitrine de poulet, œufs frais et laitue conditionnée) expérimentalement contaminées par la Salmonella enterica sérotype Typhimurium et Salmonella enterica sérotype Enteritidis. Une réduction bactérienne significative, (respectivement, > 4 et 2 log/cm² pour S. Typhimurium et S. Enteritidis, p ≤ 0,005) a été obtenue sur la peau de porc pulvérisée avec le cocktail de bactériophages, puis incubée à 33°C pendant 6 h. Des diminutions significatives du taux de S. Typhimurium et S. Enteritidis ont également été mesurés sur des poitrines de poulet trempées pendant 5 min dans une solution contenant le cocktail de bactériophages et ensuite réfrigérés à 4°C pendant 7 jours, (respectivement, 2,2 et 0,9 log10 ufc/g, p ≤ 0,0001) ainsi que  de la laitue traitement de façon similaire pendant 60 minutes à température ambiante (respectivement, 3,9 et 2,2 log10 ufc/ g, p ≤ 0,005). Cependant, seule une légère réduction du taux bactérien (0,9 log10 ufc/cm² de S. Enteritidis et S. Typhimurium, p ≤ 0,005) a été réalisée dans des œufs frais pulvérisés avec le cocktail de bactériophages, puis incubés à 25°C pendant 2 heures. Ces résultats montrent l'efficacité potentielle de ce cocktail de bactériophages comme un agent de lutte biologique contre Salmonella dans plusieurs matrices alimentaires dans des conditions similaires à celles utilisées en production.

Faits marquants

• Un cocktail de bactériophages précédemment caractérisés a réduit efficacement la présence de Salmonella dans des aliments.
• Sur la peau de porc et sur de la laitue, la réduction de Salmonella était respectivement > 2 log₁₀ par cm² et par g.
• Dans la poitrine de poulet, la réduction de Salmonella était > 1 log₁₀ ufc/g.
• Une diminution mineure de Salmonella (0,9 log₁₀ ufc/cm²) a été réalisée sur des œufs frais.
• Ce cocktail a un potentiel comme agent de lutte biologique dans la production et la manipulation des aliments.

Source Denis Augusto Spricigo, Carlota Bardina, Pilar Cortés, Montserrat Llagostera. Use of a bacteriophage cocktail to control Salmonella in food and the food industry. International Journal of Food Microbiology Available online 18 May 2013.

Un communiqué de presse du 16 mai 2013 de l’EFSA annonce la parution du « Rapport conjoint de l’EFSA et l'ECDC : la résistance antimicrobienne demeure un problème important qui peut affecter l’homme via les animaux et les aliments. »

Le troisième rapport conjoint de l’EFSA et de l’ECDC sur la résistance antimicrobienne chez les bactéries zoonotiques affectant l’homme, l’animal et l’aliment montre la présence continue de la résistance à une gamme d'antimicrobiens chez Salmonella et Campylobacter, principales bactéries responsables de toxi-infections alimentaires dans l'Union européenne (UE). Néanmoins, la co-résistance (résistance combinée) à deux antimicrobiens d'importance critique, reste faible. Le rapport est basé sur les données recueillies par les États membres de l'UE en 2011.

Voir aussi le communiqué de l'ECDC.

NB : Traduction d’un extrait du communiqué par mes soins. Merci de se référer au texte intégral original.

CIDRAP News du 14 mai 2013 rapporte qu’une étude pointe les pathogènes causant le fardeau le plus élevé à propos de la diarrhée chez l’enfant.

Extraits

Alors que de nombreux pathogènes causent une diarrhée grave chez les enfants des pays en voie de développement, quatre se détachent comme étant responsables de la plupart des infections, une découverte qui pourrait conduire de nouvelles stratégies de prévention, a annoncé une équipe internationale de chercheurs le 14 mai 2013.

Le groupe a passé 3 ans dans sept pays en voie développement, collectant des renseignements sur la santé, des échantillons de laboratoire et les données sur 3 439 jeunes qui ont eu une diarrhée de modérée à sévère. Ils ont publié leurs résultats dans le Lancet.

À l'échelle mondiale chaque année, les maladies diarrhéiques tuent environ 800 000 enfants de moins de 5 ans, la plupart d'entre eux en Afrique sub-saharienne et en Asie du Sud, selon l‘étude.

Bien que des interventions telles que le vaccin contre rotavirus commencent à avoir un impact sur la mortalité et l'incidence de la maladie, des données scientifiques pour guider d'autres stratégies pour lutter contre les maladies sont rares, surtout dans les régions où la mortalité infantile est la plus élevée, écrit le groupe.

Pour combler cette lacune, l'équipe a concentré son analyse sur des enfants de moins de 5 ans qui ont eu et n'ont pas eu de diarrhée de modérée à sévère dans certaines villes du Bangladesh, Gambie, Inde, Kenya, Mali, Mozambique et Pakistan. L'étude a inclus 13 129 sujets témoins appariés.

Les chercheurs ont recueilli des données cliniques et épidémiologiques, ont pris des mesures anthropométriques et ont prélevé des échantillons de selles afin d'identifier les pathogènes. Pour chaque enfant, ils ont effectué une visite de suivi à la maison 60 jours plus tard pour évaluer l'état de santé, les résultats cliniques, et les mesures de croissance.

Quatre agents pathogènes étaient les causes les plus fréquentes de diarrhée dans tous les sites : rotavirus, Cryptosporidium, Escherichia coli entérotoxinogène (ETEC) producteurs de toxines thermostables (ST) et Shigella, selon l'étude.

D'autres pathogènes ont joué des rôles importants dans certains pays. Par exemple, Aeromonas était une cause fréquente de diarrhée infantile au Pakistan et au Bangladesh, alors que Vibrio cholerae O1 a causé souvent des cas de maladie dans tous les sites d'Asie, ainsi qu’au Mozambique.

Lorsque les chercheurs ont comparé les résultats de santé chez les enfants avec et sans diarrhée, ils ont constaté que les probabilités de décès étaient 8,5 fois plus élevées chez ceux avec une maladie diarrhéique. La plupart des décès sont survenus dans les 2 premières années de vie. Dans l'analyse du groupe d'enfants qui ont fait une diarrhée et qui ne sont pas décédés de leur infection, il a été constaté que ceux qui sont décédés étaient plus susceptibles d'être infectées par ETEC producteurs de ST.

Référence Kotloff KL, Nataro JP, Blackwelder WC, et al. Burden and aetiology of diarrhoeal disease in infants and young children in developing countries (the Global Enteric Multicenter Study, GEMS): a prospective, case-control study. Lancet 2013 May 14.

Un communiqué de l’agence de la santé publique du Canada du 9 mai 2013 rapporte les « Estimations du nombre de cas de maladies d’origine alimentaire au Canada »

L’Agence de la santé publique du Canada estime que, chaque année, environ un Canadien sur huit (soit quatre millions de personnes) contracte une maladie d’origine alimentaire au pays. Le présent document offre le portrait le plus juste des bactéries, des virus et des parasites (« agents pathogènes ») d’origine alimentaire qui causent le plus de maladies au Canada ainsi qu’une estimation du nombre de cas de maladies d’origine alimentaire dont la cause est inconnue.

En général, l’approvisionnement alimentaire au Canada est très salubre; toutefois, les présentes estimations montrent qu’il y a encore du travail à faire pour prévenir les maladies d’origine alimentaire au Canada et lutter contre celles-ci, pour concentrer les efforts sur les agents pathogènes qui constituent le fardeau le plus important et pour mieux comprendre les maladies d’origine alimentaire dont la cause est inconnue.

L’Agence de la santé publique du Canada estime que, chaque année, environ un Canadien sur huit (soit quatre millions de personnes) contracte une maladie d’origine alimentaire au pays.

L’Agence effectue des estimations pour deux grands groupes de maladies d’origine alimentaire :

Agents pathogènes d’origine alimentaire connus : Il y a 30 agents pathogènes connus qui causent des maladies d’origine alimentaire. Les systèmes de santé publique font un suivi de nombre de ces pathogènes et surveillent les cas de maladie.

Auquel s’ajoute les agents non spécifiés, ce sont « des agents au sujet desquels on n’a pas suffisamment de données pour estimer le fardeau qu’ils représentent; des agents connus n’ayant pas encore été identifiés comme étant la cause d’une maladie d’origine alimentaire; des microbes, des produits chimiques ou d’autres substances dont la présence dans les aliments est connue et dont la capacité de causer des maladies n’est pas prouvée; des agents non encore identifiés. »

Pour estimer le nombre total de cas de maladies d’origine alimentaire, l’Agence a estimé le nombre de cas de maladies causées par des agents pathogènes d’origine alimentaire connus et par des agents non spécifiés

De nombreux systèmes de surveillance sont utilisés au Canada pour fournir de l’information au sujet des cas de maladies d’origine alimentaire. La plupart des systèmes de surveillance de l’Agence s’appuient sur les données des ministères, des bureaux ou des autorités de santé publique des régions, des provinces et des territoires. Les systèmes se concentrent sur des agents pathogènes précis susceptibles d’être transmis par les aliments pour détecter les éclosions et surveiller les tendances et les facteurs de risque. Chaque système de surveillance joue un rôle dans la détection et la prévention des éclosions et des maladies d’origine alimentaire.

Les estimations de l’Agence des cas de maladies d’origine alimentaire au Canada en 2013 sont plus exactes que celles publiées en 2008, qui faisaient état de 11 millions d’épisodes de maladies d’origine alimentaire chaque année, car elles sont fondées sur de meilleures données et méthodes. Les estimations de 2008 s’appuyaient sur des estimations antérieures des Centers for Disease Control and Prevention (en anglais seulement) des États-Unis appliquées à une estimation canadienne du nombre moyen d’épisodes de maladies gastro-intestinales aiguës par personne chaque année. De plus, la méthode utilisée pour les estimations de 2013 est différente de celle utilisée en 2008. Compte tenu de ces différences, on ne peut pas procéder à une comparaison stricte entre les deux ensembles d’estimations. Les estimations de 2013 signifient non pas qu’il y a moins de cas de maladies d’origine alimentaire, mais bien que des estimations plus exactes soient maintenant possibles.

Estimation du nombre annuel de maladies d’origine alimentaire contractées au pays qui sont dues à 30 agents pathogènes connus et à des agents non spécifiés transmis par les aliments au Canada, vers 2006¹

Taux relatifs d’infections confirmées en laboratoire à Campylobacter, E. coli O157, Salmonella et Shigella par rapport aux taux de 1998–2000, par année, de 2001 à 2011

NB : On pourra aussi lire « l’article complet, intitulé « Estimates of the Burden of Food-borne Illness in Canada for 30 Specified Pathogens and Unspecified Agents, circa 2006 » (disponible en anglais seulement) est publié dans la revue Foodborne Pathogens and Diseases (disponible en anglais seulement). »