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La FDA veut que les entreprises alimentaires partagent leurs analyses sur les pathogènes

3
sept
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Rappel, Règlementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« La FDA veut que les entreprises alimentaires partagent leurs analyses sur les pathogènes », source IFT News.

Selon Reuters, la FDA est en train de construire un réseau – connu sous le nom GenomeTrakr – de laboratoires des États et fédéraux équipés pour cartographier la séquence exacte de l’ADN de souches de Listeria, Salmonella et d’autres pathogènes d’origine alimentaire observés chez des patients malades. Ces séquences sont ensuite téléchargées sur une base de données publique située au National Institutes of Health (NIH).

E.-coli1La FDA a également commencé le séquençage de pathogènes retrouvés lors d’inspections de routine des usines et en ajoutant ceux-ci à la base de données. Un des avantages de cela, disent-ils, c’est d’être capable de connecter rapidement des patients à une éclosion. Un autre est le potentiel d’identifier la source d’une éclosion après que seulement quelques patients soient tombés malades, de raccourcir le temps qu’il faut pour obtenir que des aliments contaminés soient enlevés des rayons des magasins.

Depuis le début de GenomeTrakr en 2012, 25 000 génomes de divers pathogènes ont été ajoutés à la base de données et plusieurs partenaires des États et fédéraux, dont l’USDA et le Centers for Disease Control and Prevention (CDC), ont signé un accord.

Désormais, la FDA veut que fabricants de produits alimentaires contribuent avec des échantillons de pathogènes retrouvés au cours de leurs propres inspections des usines pour augmenter les chances de correspondance. Certaines contaminations sont communes dans les usines alimentaires. Quand il se trouve dans l’usine de fabrication, mais pas dans les produits alimentaires, il est généralement exigé des entreprises de nettoyer sans rappel de produits.

Toutefois, convaincre les entreprises afin d’offrir une preuve potentiellement incriminante a été difficile. Ceci est la raison pour laquelle la FDA et ses partenaires travaillent sur les moyens de permettre aux entreprises de fournir des échantillons en aveugle à une tierce partie. Un tel programme appelé VoluntaryNet à l’université de la Géorgie permettrait aux entreprises de fournir des échantillons de façon anonyme. Pour les entreprises, le programme pourrait les alerter sur des pathogènes résidents dans leurs sites. Si un pathogène qui a été soumis commence rendre des personnes malades, les responsables de la santé publique pourraient alerter les entreprises sur le problème, et peut-être retirer l’aliment concerné du marché plus rapidement.

NB : En France, diverses tentatives de la part des pouvoirs publics afin d’obtenir les résultats des analyses microbiologiques sur les pathogènes se sont pour l’instant soldées par une fin de non-recevoir des industriels alimentaires, pourtant l’idée américaine d’une base de données et l’envoi d’informations de façon anonyme, avec les nouveaux outils de séquençage du génome entier, est très tentante …

La guerre bactérienne

2
sept
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

« La guerre bactérienne », source communiqué de l’UC Santa Barbara (UCSB) du 26 août 2015.

Des chercheurs de l’UCSB démontrent comment bactéries gram négatif libèrent des toxines pour tuer des bactéries voisines. C’est donc bactérie contre bactérie et l’une d’entre elles va s’effacer.

Deux étudiants diplômés de l’UC Santa Barbara ont montré comment certains microbes exploitent des protéines dans des bactéries proches pour libérer des toxines et les tuer. Les mécanismes derrière cette guerre bactérienne, selon les chercheurs, pourraient être mises à profit pour cibler les bactéries pathogènes. Leurs conclusions sont présentées dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences.

Les principaux auteurs, Julia L.E. Willett et Grant C. Gucinski, ont détaillé comment des bactéries gram-négatif utilisent un système d’inhibition de croissance dépendant du contact (CDI ou Contact-Dependent growth Inhibition) afin d’infiltrer et de libérer des toxines protéiques dans les cellules voisines. En étudiant la bactérie Escherichia coli (E. coli), ils étaient en mesure de documenter la façon dont « les domaines de translocation » du CDI peuvent utiliser de multiples voies pour transférer ces toxines dans une cellule. Par la compréhension de ce mécanisme, a dit Willett, il pourrait être possible de l’utiliser comme un modèle pour cibler avec précision des bactéries.

« Sur le long terme, le monde réel est que, si nous savons que les bactéries peuvent libérer leurs propres protéines dans d’autres cellules, nous pourrions être en mesure de l’utiliser comme système de livraison d’antibiotiques et d’autres agents thérapeutiques », a déclaré Willett, étudiante en doctorat au Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology (MCDB) de l’UCSB. Elle et Gucinski ont effectué le travail sous la direction du professeur Chris Hayes. Hayes est le deuxième auteur de l’article.

« Si nous connaissons les mécanismes détaillés de libération alors peut-être nous pourrons cibler des groupes spécifiques de bactéries », a poursuivi Willett. « Au lieu de prendre un antibiotique qui cible toutes les bactéries, nous pourrions être en mesure d’en libérer un qui pourrait cibler spécifiquement un groupe de mauvaises bactéries laissant les bonnes bactéries dans votre intestin. »

Gucinski, chercheur au Biomolecular Science and Engineering Program de l’UCSB, a commencé à étudier E. coli comme étudiant. Bien qu’il ait une réputation de méchant pathogène, ce groupe de bactéries est suffisamment générique pour faire un sujet de recherche idéal.

Dans une image prise au microscope, les cellules contenant un système CDI (vert) tuent les cellules cibles (en rouge). Les cellules bleues perdent les protéines nécessaires pour importer les toxines. (Crédit UC Santa Barbara)

Dans une image prise au microscope, les cellules contenant un système CDI (vert) tuent les cellules cibles (en rouge). Les cellules bleues perdent les protéines nécessaires pour importer les toxines. (Crédit UC Santa Barbara)

« E. coli est le système le plus facile de travailler et il est très représentatif de la majorité d’autres bactéries », a déclaré Gucinski. « Le genre de systèmes CDI que nous étudions sont également présents dans un grand nombre de différents types de bactéries. Ceci est la pointe de l’iceberg dans notre compréhension de ce que nous allons trouver dans d’autres systèmes CDI dans d’autres bactéries. »

Les CDI ont d’abord été décrit par David Low, professeur au BDSM en 2005. Low est co-auteur de l’étude actuelle publiée par PNAS. Il a rapporté comment une cellule bactérienne qui toucherait une cellule voisine, celle qui est en compétition pour des ressources dans l’environnement, va lui injecter une toxine. La recherche de Willett et Gucinski se fonde sur le travail de Low en identifiant les multiples façons des CDI libérant des toxines exploitent les cellules cibles. La clé était dans la compréhension de la génétique de ces bactéries ciblées.

« Nous savons que les cellules auraient ces systèmes de CDI ; nous savons que la génétique est nécessaire pour fabriquer le système de la toxine, mais nous étions intéressés par la génétique d’un autre côté, car la génétique est nécessaire à la cellule qui a été inhibée ou à la cellule qui a reçu cette toxine », a expliqué Willett. « Qu’est-ce qui spécifiquement dans cette cellule est requis pour la toxine à partir de l’extérieur de la cellule vers l’intérieur de la cellule ? »

Willett et Gucinski ont trouvé que des mutations dans les cellules cibles ont permis au CDI d’exploiter ces cellules et de les injecter avec des toxines.

« Qu’est-ce que ces systèmes de CDI ont fait, ils ont effectivement détourné la machinerie que des cellules avaient déjà », a dit Willett. « Et si les cellules quand elles ont de plus en plus besoin de nutriments, et les systèmes CDI vont détourner ces systèmes préexistants pour fournir ces toxines. Ce n’est pas vraiment pour tromper les cellules cibles, mais c’est fondamentalement pour détourner ce qui existe déjà pour le propre compte de la cellule inhibitrice. »

Dans l’avenir, Willett et Gucinski disent que des applications thérapeutiques potentielles sont alléchantes mais elles sont encore éloignées. « Nous essayons encore de comprendre les voies dans lesquelles nous pouvons obtenir différentes CDI libérant des toxines dans la cellule », a dit Gucinski. « Une direction intéressante serait que d’autres cargaisons soient libérées avec E. coli, et comment nous pouvons manipuler et de maîtriser le système de ciblage des pathogènes. »

Compte tenu de la hausse des bactéries résistantes aux antibiotiques et une pénurie de recherche sur de nouveaux antibiotiques, la recherche de Willett et Gucinski a le potentiel d’ouvrir un nouveau front dans la lutte contre les bactéries pathogènes.

« Nous avons entendu aux nouvelles que beaucoup de pathogènes deviennent résistants ou que des personnes ne peuvent plus prendre certains antibiotiques », a déclaré Willett. « Et donc cela pourrait être une nouvelle façon de résoudre ce problème. Au lieu de traiter tout avec un large spectre, si nous pouvions apprendre comment un système antibactérien naturel libère des choses qui tuent d’autres bactéries, nous pourrions être capable d’en savoir plus sur comment nous pouvons libérer des choses comme des protéines spécifiques ou des antibiotiques spécifiques pour tuer d’autres bactéries. »

L’étude a été financée par une subvention du National Institutes of Health et du National Science Foundation Graduate Research Fellowship.

Etes-vous plutôt pelage ou brossage des légumes ?

30
août
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments.

« Peler plutôt que brosser les légumes pour réduire les pathogènes », source Doug Powell du barfblog du 29 août 2015.

imgresRésumé.

Les consommateurs sont encouragés à augmenter leur consommation de fruits et de légumes afin de réduire leur risque de maladie chronique.

Cela étant, pour atteindre cet objectif, les consommateurs doivent être en mesure de mettre en œuvre des protocoles dans leur cuisine pour réduire leur risque de consommer des produits contaminés.

Pour répondre à cette question, une étude a été menée pour suivre le sort de Escherichia coli O157:H7 et de Salmonella sur des produits (melon cantaloup, melon miel, carottes et céleri) qui ont été soumis à l’action du brossage ou du pelage en utilisant des ustensiles habituels de cuisine.

41f+f7vYmrL._SY300_L’enlèvement de taux similaires de Salmonella sur des carottes a été réalisé par pelage et par brossage, mais un enlèvement plus grand significativement de E. coli O157:H7 avec des carottes a été réalisé par pelage que par brossage sous de l’eau courante (P < 0,05). Le brossage a enlevé significativement moins de pathogènes chez des melons cantaloups contaminés que d’autres produits (P < 0,05), suggérant que l’écorce réticulée fournit des gîtes où les pathogènes pourraient échapper aux poils de la brosse. Une brosse polyester Sparta était moins efficace qu’un tampon à récurer pour enlever Salmonella sur des carottes (P < 0,05). Dans tous les cas, le brossage et le pelage n’ont pas réussi à éliminer les pathogènes des produits, qui peuvent être le résultat de la contamination de l’ustensile pendant l’utilisation. Des incidences élevées de contamination (77 à 92%) ont été retrouvées parmi les éplucheurs utilisés sur les carottes ou le céleri, la brosse Sparta utilisée sur les carottes et le tampon à récurer utilisé sur les carottes et le melon cantaloup. Parmi les ustensiles de l’étude, la brosse en nylon a la plus faible incidence de transfert de pathogènes à partir de produits contaminés (de 0 à 12%). Le transfert de pathogènes à partir d’une brosse Sparta ou d’un peleur potentiellement contaminé vers des carottes non contaminées se produit ou a lieu seulement sur les des sept premières carottes traitées avec l’ustensile. Par conséquent, le risque de contamination croisée des ustensiles contaminés vers des produits non contaminés peut être limité.

Référence. Erickson, Marilyn C.; Liao, Jean; Cannon, Jennifer L.; Ortega, Ynes R. Role of brushes and peelers in removal of Escherichia coli O157:H7 and Salmonella from produce in domestic kitchens. Journal of Food Protection®, Number 9, September 2015, pp. 1624-1769.

Éclosion de cyclosporose aux États-Unis, désormais près de 500 cas dans 30 États

27
août
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« Éclosion de cyclosporose aux États-Unis, désormais près de 500 cas dans 30 États », source CIDRAP News du 26 août 2015.

L’épisode précédent de cette éclosion sur le blog se trouve ici.

De 18 août au 21 août, 19 cas supplémentaires d’infection à Cyclospora cayetanensis ont eu lieu et un État, la Caroline du Nord, a eu son premier cas dans l’éclosion en cours, ce qui porte le nombre de cas à 495 cas dans 30 États, selon une mise à jour du 25 août par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC).

cilantroL’hospitalisation a été nécessaire dans 21 cas ; il n’y a eu aucun décès associé. Dans la majorité des cas-patients (293 [59%]), l’apparition de la maladie a eu lieu le 1er mai ou depuis le 1er mai et ils n’ont eu aucune histoire de voyage à l’international.

Des cas groupés ont été identifiés dans le Wisconsin, le Texas et la Géorgie avec des investigations toujours en cours dans ces deux derniers États. Des cas groupés dans le Wisconsin et le Texas ont été préalablement liés à la consommation de coriandre comme un véhicule possible, mais les résultats ne sont pas concluants.

Un 25 août, la Food and Drug Administration (FDA) a dit les investigations de traçabilité ont montré un lien entre des restaurants où de la coriandre de l’État mexicain de Puebla a été servie et dans les cas-patients des cas groupés. L’avis de la FDA discute le fait que des foyers américains à Cyclospora au cours des étés de 2012 à 2014 ont également été liés avec de la coriandre de Puebla, bien que l’association n’a pas été confirmée.

Le 27 juillet, la FDA en œuvre « un cadre de soutien aux contrôles à l’importation pour bloquer sans examen physique les livraisons de coriandre fraîche de l’État de Puebla au 1er avril 2015 jusqu’au 31 août 2015, ainsi que cette période de temps au cours des années à venir », selon l’avis de l’agence.

Les États impliqués dans cette éclosion sont : Arkansas (3 cas), Californie (2), Connecticut (3), Floride (10), Géorgie (23), Illinois (8), Iowa (1), Kansas (2), Maryland (1), Massachusetts (10), Michigan (2), Missouri (1), Montana (3), Nebraska (1), New Jersey (6), Nouveau Mexique (2), New York (sans la ville de New York) (9), la ville de New York (21), Caroline du Nord (1), Texas (168), Utah (1), Virginia (3), Washington (2) et Wisconsin (10).

NB : Les végétaux si bons pour la santé sont aussi dans le collimateur de la sécurité des aliments. Jugez plutôt :

Aux Etats-Unis, selon la FDA, des haricots verts surgelés bio de chez General Mills ont été rappelés pour cause de présence de … Listeria monocytogenes.

Sans rapport avec ce qui se passe aux États-Unis, les autorités du Luxembourg ont annoncé le 25 août 2015, le « Rappel coriandre frais pour teneur très élevée en Bacillus cereus ».

Suite à un contrôle de routine, le service de la Sécurité alimentaire a constaté une contamination au Bacillus cereus dans les racines de coriandre vendus chez Asia Market. Comme tous les articles concernés sont vendus, les consommateurs en possession du produit en question sont priés de le ramener au point de vente.

Y a-t-il plus de bactéries dans la viande bovine conventionnelle que dans la viande bovine bio aux Etats-Unis ?

24
août
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

Plus de bactéries dans la viande bovine conventionnelle que la viande bovine bio aux Etats-Unis, selon une étude de Consumer Reports.

La viande hachée de bœuf provenant de bovins élevés de façon conventionnelle est plus contaminée et contient une plus forte concentration de bactéries résistantes aux antibiotiques que des prélèvements faits chez des animaux sans antibiotiques et bio ou nourris à l’herbe, selon une nouvelle étude.

14922320-mmmainUn rapport publié par Consumer Reports, How Safe Is Your Ground Beef?, est l’un des premiers du genre à comparer de la viande hachée de bœuf provenant des deux origines. Il a constaté que près de 20% de la viande provenant de bovins qui terminent leur vie dans des parcs d’engraissement bondés a été contaminées par des superbactéries contre moins de 10% au groupe élevé principalement dans des pâturages. Les prélèvements conventionnels avaient également un taux élevé de E. coli, une indication de la contamination fécale.

« Ceci est vraiment l’une des études les plus importantes montrant la différence de taux de prévalence fondées sur ces pratiques de production », a déclaré Urvashi Rangan, responsable de la sécurité des aliments chez Consumer Reports. (…)

Consumer Reports a analysé 300 conditionnements ou près de 227 kg de viande hachée de bœuf qui ont été achetés en octobre dernier dans des grandes surfaces et des magasins spécialisés dans les produits durables dans 26 villes à travers le pays, dont Seattle, San Francisco et Los Angeles sur la côte ouest. Les prélèvements comprenaient une variété d’étiquetage, de taux de matière grasse, de conditionnement et de pays d’origine. Un peu plus de 60% de la viande hachée de bœuf était issue de bovins élevés de façon conventionnelle et le reste provenait de bovins élevés sans antibiotiques et qui étaient soit bio, nourris à l’herbe ou les deux.

Les prélèvements ont été analysés pour la recherche cinq pathogènes courants associés à la viande bovine : E. coli, Salmonella, Enterococcus, Clostridium perfringens et Staphylococcus aureus.

Tous les prélèvements étaient contaminés d’au moins un micro-organisme, Enterococcus, étant le plus répandu. Ces bactéries causent de 10 000 infections des voies urinaires par an. Une nouvelle étude suggère que de nombreuses infections des voies urinaires sont d’origine alimentaire.

Le taux de Salmonella était si bas que cela a été considéré comme statistiquement insignifiant tandis que près de 20% des deux groupes étaient contaminés par Clostridium perfringens, des bactéries qui représentent 1 millions de cas de maladies d’origine alimentaire chaque année.

Pour les deux autres types de bactéries, les prélèvements conventionnels étaient les plus contaminés :

  • 55% des prélèvements conventionnels étaient contaminés par Staphylococcus aureus comparativement à 27% pour la viande sans antibiotiques
  • 59% des prélèvements conventionnels avaient E. coli par rapport à 39% pour l’autre groupe.

Le North American Meat Institute (NAMI), qui représente les fabricants, a rejeté le rapport, disant que les analyses n’avaient pas retrouvé de souche virulente de E. coli et avaient montré un faible nombre contaminé par Salmonella.

« Les bactéries sont présentes naturellement dans tous les produits alimentaires crus de bœuf aux myrtilles et donc trouver certains types sur certains aliments dans un magasin n’est pas surprenant et ne devrait pas être préoccupant », a dit un communiqué du NAMI. « En tant qu’industrie, notre priorité numéro un est la production de viande et de volaille la plus sûre possible et cela se fait en concentrant son attention sur les bactéries qui sont les plus susceptibles de rendre les personnes malades. »

Le vrai sujet dans cette affaire est que Consumer Reports ne rapporte pas de résultats d’analyses avec E. coli producteurs de shigatoxines et Salmonella, qui sont les bactéries d’origine alimentaire danse bœuf les plus préoccupantes en matière de santé pour le public, a dit Betsy Booren de la NAMI.

NB : Les commentaires de la NAMI me paraissent fondés.