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E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu !

10
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Virus.

Chipotle fait l’objet aux Etats-Unis d’une couverture de presse très impressionnante, il faut dire qu’il y a de quoi, voici donc un nouvel article, non pas sur Chipotle, mais sur les pathogènes qui ont fortement ébranlés sa réputation.

« E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu ! », article paru dans mBiosphere.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd360970c-300wiLe lundi 8 février 2016, les restaurants Chipotle à travers le pays seront fermées afin que les employés discutent de la sécurité des aliments et de la manipulation sûre des aliments. Le restaurant a été présent dans les informations tout au long de la dernière moitié de 2015, avec une éclosion à E. coli à Seattle (qui a été gardée secrète !), suivie d’une autre éclosion à E. coli impliquant neuf Etats, et une éclosion à Salmonella centrée dans le Minnesota. Mais un plus grand nombre de clients de Chipotle ont été rendus malades par deux éclosions à norovirus, en Californie et à Boston, Massachusetts. De toute évidence, un atelier d’informations sur les meilleures pratiques semble le moins que puisse faire le restaurant pour mettre de l’ordre dans ses problèmes.

Tous ces trois microbes provoquent des symptômes similaires – les troubles gastro-intestinaux étant les plus importants – et ce serait difficile pour quiconque qui connaisse ces maladies de les différencier. Cependant, le mécanisme par lequel la maladie est conditionnée diffère entre les trois types microbiens. La souche de E. coli impliquée dans les foyers de cas chez Chipotle, O26, produit des shigatoxines, qui est une toxine A-B composée d’une sous-unité B qui facilite l’internalisation via le récepteur Gb3 et une sous-unité A qui bloque la synthèse des protéines. Salmonella enterica (dans les cas de chez Chipotle est le sérotype Newport) a non seulement un certain nombre de facteurs de virulence, mais comporte un certain nombre de gènes de résistance aux antibiotiques, et est si souvent isolé d’animaux qu’un article paru dans le Journal of Clinical Microbiology en 2003 a mis en garde contre la transmission dans la chaîne alimentaire. Ces deux bactéries gram-négatif ont été bien étudiées depuis des décennies, leurs multiples facteurs de virulence bien caractérisés – et, surtout, il y a des antibiotiques qui peuvent traiter les infections causées par ces bactéries. Toutefois, la façon norovirus rend malade son hôte n’est toujours pas bien compris, et ce manque de connaissances a laissé les médecins sans traitement pour les personnes souffrant de norovirus.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd148970c-300wiUn récent article publié dans le Journal of Virology fait état de quelques progrès vers la compréhension de la pathogénicité de norovirus. La recherche, menée dans le laboratoire du Dr Stephanie Karst par le premier auteur, Shu Zhu, a examiné le rôle de la protéine VP1 de capside virale dans la virulence. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que des substitutions d’acides aminés dans cette protéine pourraient avoir une incidence sur la virulence. La protéine VP1 a trois grands domaines : un domaine S, qui est le domaine le plus conservé qui constitue l’enveloppe du virion; le domaine (protruding) P1 ; et, le domaine hypervariable P2 exposé en surface (voir le virion assemblé, à gauche).

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd158970c-300wiPour rechercher les mutations affectant la maladie, les chercheurs ont mis en place un modèle de souris infectées de manière persistante par infectées des souris avec une souche de norovirus atténuée précédemment identifiée chez la souris. Ils ont prédit que cela conduirait à des mutations qui ont augmenté la virulence (une hypothèse raisonnable, étant donné que des souches microbiennes font des passages en série afin d’augmenter leur virulence dans ce modèle animal). Après des passages, les chercheurs ont séquencé le gène VP1 de norovirus pour identifier des mutations (voir figure, à droite).

6a0133ec8b9631970b01bb08b679e7970d-300wiLa souche atténuée avait été choisie en fonction de son inclusion de l’acide glutamique en position 296, qui avait été changé d’une lysine. Pour tester les effets de cette mutation unique, les chercheurs ont comparé l’effet de l’acide glutamique par rapport à une lysine en position 296 (voir la carte de la protéine VP1, à gauche). Le seul changement d’une lysine a été suffisant pour augmenter la virulence d’une souche atténuée du virus. La plupart des isolats naturels de norovirus de souris ont un acide glutamique en cette position, ce qui suggère que les symptômes de la maladie pourrait empirer si une souche mutée E296K devait circuler largement.

6a0133ec8b9631970b01b7c811b2b9970b-300wiL’équipe de recherche a trouvé huit mutations supplémentaires chez des souris infectées de manière persistante, dont trois étaient dans le domaine S, mais n’avaient que peu d’effet sur la réplication virale. Les cinq changements d’acides aminés dans les domaines P (un dans P1 et quatre dans P2) ont tous changé la cinétique de la réplication du virus modifié la fois in vitro et in vivo. Fait intéressant, il n’y avait pas de changement dans la réplication du virus dans les macrophages, qui sont demeurés élevés dans tous les cas, mais il y avait une diminution de la réplication dans les cellules B, un tropisme cellulaire important pour les norovirus humain. Ces résultats démontrent que le domaine P régule la réplication dans les cellules B mais pas dans les macrophages.

Norovirus est un virus extrêmement contagieux, avec une dose infectieuse dont on pense qu’elle est aussi basse que 20 particules virales. Il dispose d’un simple brin d’ARN, entouré de sa protéine de capside VP1. La capacité du domaine variable exposé de la capside pour réguler la réplication peut être due à l’interaction de ce domaine avec son récepteur cible – ou bien elle peut être due à une fonction qui reste à être décrite. En identifiant les régions importantes pour la virulence, cette équipe de recherche a contribué à des objectifs antiviraux potentiels pour ce pathogène très courant et extrêmement désagréable. De futures études ciblant plus finement sur le mécanisme de régulation de la virulence de VP1 vont ajouter à notre compréhension de la pathogenèse de norovirus – et peut-être révéler un moyen de traiter ces malheureux qui ont mangé dans un mauvais Chipotle Mexican Grill.

Antimicrobiens naturel, Partie 1 : épices, herbes et huiles

6
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« Antimicrobiens naturel, Partie 1 : épices, herbes et huiles », source article de James Marsden paru le 2 février sur son blog Safety Zone.

contributor_111La demande croissante pour un étiquetage ‘naturel’ (clean label) conduit l’industrie alimentaire à envisager des alternatives naturelles aux conservateurs chimiques. Les préoccupations sur les ingrédients chimiques ne sont pas toujours rationnelles ou scientifiques, mais elles sont réelles et c’est quelque chose qui doit être abordée.

Heureusement, dans de nombreux cas, des antimicrobiens naturels sont disponibles pour être utilisés comme ingrédients alimentaires et pour la maîtrise des pathogènes dans les environnements de transformation des aliments. Des ingrédients naturels comme le jus de citron, le vinaigre, la sauge, l’ail, l’oignon, la moutarde et le romarin sont déjà largement utilisés. Les antimicrobiens dérivés du jus de citron et du vinaigre sont souvent utilisés pour maîtrise la croissance de Listeria monocytogenes dans les produits carnés transformés prêts à être consommés en l’état.

Un des antimicrobiens naturels les plus efficaces est le vinaigre. Les premières données sur l’utilisation du vinaigre pour la conservation des aliments remontent à 5000 avant JC quand les Babyloniens ont utilisé le fruit du palmier dattier pour faire du vin et du vinaigre a été utilisé comme agent de conservation ou de décapage.

Une bonne façon d’évaluer les propriétés antimicrobiennes du vinaigre à la maison est de mettre du fromage dans une serviette en papier avec un peu de vinaigre. Ensuite, placez le fromage dans son emballage d’origine. Vous observez alors que le fromage a une durée de vie prolongée et ne moisit pas.

Les huiles essentielles issues d’agrumes sont également des antimicrobiens efficaces. Viuda-Martos et al. (2008) ont rapporté l’activité antimicrobienne des huiles essentielles extraites de citron, de mandarine, de pamplemousse et d’orange.

Ils ont constaté qu’ils peuvent être utilisés comme inhibiteurs de la croissance de certaines bactéries généralement associées à l’altération des aliments. Les chercheurs ont conclu que huiles essentielles d’agrumes « pourraient être utilisées comme antimicrobiens naturels et elles représentent une alternative intéressante pour l’industrie alimentaire afin de réduire la quantité d’additif synthétique ».

D’autres herbes et plantes, qui ont des propriétés antimicrobiennes, comprennent le basilic, les piments (Capsicum), la cannelle, le clou de girofle, la coriandre, le cumin, le fenouil, l’origan, le poivron et le thym.

Il y a plusieurs années, je parlais au regretté chef de la Nouvelle-Orléans, Paul Prudhomme, des épices et de la sécurité des aliments. Il avait monté une société appelée « Magic Seasoning Blends » qui fabriquait des épices sèches, des liquides et des marinades. Il était convaincu que ses produits non seulement avaient amélioré la saveur des aliments, mais avaient aussi tué des bactéries dangereuses. Les études scientifiques sur les propriétés antimicrobiennes des piments (Capsicum), des épices et des herbes et des huiles essentielles de cannelle, clou de girofle et de ciron vert renforçaient sa croyance.

Un membre du corps professoral à la retraite de la Kansas State University, le Dr Daniel Fung, qui est né à Hong Kong, et enfant, il avait entendu parler d’une histoire sur des employés d’une usine de cannelle qui n’étaient pas affectés par la pandémie de grippe. Le Dr. Fung pensait que la cannelle et d’autres épices et huiles utilisées pour préparer des aliments en Chine ont réduit la gravité du virus de la grippe. Des recherches ultérieures ont montré que le taux de mortalité associé à la pandémie était beaucoup moins important en Chine qu’il l’était aux États-Unis et en Europe. Le Dr Fung a passé une grande partie de sa carrière à étudier les propriétés antimicrobiennes des épices naturelles, des herbes et des huiles.

Il y a beaucoup à apprendre sur les antimicrobiens naturels et leurs applications dans les produits alimentaires. Je crois qu’ils vont jouer un rôle croissant dans la maîtrise de Listeria et d’autres pathogènes d’origine alimentaire dans les produits de viande et de volaille prêts à être consommés en l’état.

Dans mon prochain article sur le blog, je vais discuter des composés antimicrobiens naturels d’origine animale et des micro-organismes.

Le Dr. James L. Marsden est Regent’s Distinguished Professor en sécurité des aliments à l’Université de l’Etat du Kansas et le conseiller scientifique senior de la North American Meat Processors Association. Il est l’ancien président de l’American Meat Institute Foundation à Washington, DC et lauréat de l’Université de l’Etat d’Oklahoma State.

NB : Rendez-vous est donc pris pour ce prochain article …

Le typage moléculaire selon l’EFSA

5
fév
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

molecular-typingL’EFSA publie une information sur le typage moléculaire.

Le typage moléculaire des microbes, que l’on appelle aussi analyse de l’empreinte microbienne, a connu un développement rapide ces dernières années.

Le typage des agents pathogènes (agents «causant des maladies») d’origine alimentaire tels que  Salmonella, Listeria, E. coli et Campylobacter permet d’identifier les souches particulières qui sont responsables de foyers de toxi-infections alimentaires, et de détecter de nouvelles menaces pesant sur la santé. En établissant un lien entre des souches particulières et des types particuliers de denrées alimentaires, il est possible d’évaluer le rôle des différents aliments dans les infections humaines. Cette approche est connue sous le nom d’«attribution des sources».

Son intérêt s’est illustré en  de maintes occasions. Lors du foyer épidémique de 2011 causé par la bactérie E. coli productrice de shigatoxines, à l’origine de 4 000 cas et de plus de 50 décès, le typage moléculaire a joué un rôle déterminant dans l’identification des cas et a permis de démontrer qu’une seule et même souche était responsable des foyers épidémiques survenus en Allemagne et en France.

A noter que l’EFSA propose une infographie très bien faite, ici.

Cinq choses à savoir sur les maladies infectieuses d’origine alimentaire

5
fév
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, HACCP, Hygiène, Lavage des mains, Microbiologie, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Viande, Virus, Volaille.

« Cinq choses à savoir sur les maladies infectieuses d’origine alimentaire », source Doug Powell du barfblog.

Julie jargon du Wall Street Journal rapporte que près d’un Américain sur six, ou 48 millions de personnes, tombent malades chaque année de maladies infectieuses d’origine alimentaire, selon le Centers for Disease Control and Prevention.

happy-vomit1-300x212Environ 128 000 d’entre elles sont hospitalisées et 3.000 décèdent de maladies. Le PDG de Chipotle Mexican Grill Inc., Steve Ells, fait un effort tout azimut pour relancer lafortune de sa chaîne de restaurants après que des composants contaminés ont provoqué une vague de ces maladies, comme le rapporte le Wall Street Journal dans un article à la Une.

Voici cinq choses à savoir sur les maladies infectieuses d’origine alimentaire, selon le CDC :

  1. Quels sont les produits alimentaires qui représentent pour la plupart des cas de maladies ?

Les produits transformés sont le contributeur le plus fréquent de maladies d’origine alimentaire, ce qui représente 46% d’entre eux entre 1998 et 2008, suivis par la viande et la volaille, les produits laitiers, les œufs, les poissons et les crustacés.

  1. Quels sont les pathogènes les plus responsables ?

Norovirus est la principale cause de maladies d’origine alimentaire aux États-Unis, suivi de Salmonella, Clostridium perfringens, Campylobacter spp. et Staphylococcus aureus. La bactérie derrière l’éclosion chez Chipotle est appelé E. coli producteurs de shigatoxines O26.

  1. Quel est le danger avec E. coli O26 ?

Cette souche de E. coli peut causer de la diarrhée et des vomissements et parfois conduire à une insuffisance rénale. Aucune personne qui a contracté ce genre d’infection par E. coli dans l’éclosion chez Chipotle n’est décédée ou a été diagnostiquée avec une insuffisance rénale, bien que 21 des 55 malades aient été hospitalisées. Une plus petite éclosion à E. coli a rendu malades cinq personnes de plus. L’insuffisance rénale suivie de la mort est le plus souvent associée à la bactérie E. coli O157, qui était l’agent pathogène dans l’éclosion de 1993 chez le Jack in the Box qui a eu pour conséquence la mort de quatre enfants.

  1. Le taux d’éclosions de maladies d’origine alimentaire a-t-il augmenté ?

Les infections à E. coli O157 en 2014 ont diminué de 32% par rapport à la période 2006-2008. Il n’y a eu aucun changement dans le nombre de l’ensemble des cas à Salmonella en 2014 par rapport à la période 2006-2008. Les infections à Campylobacter ont augmenté de 13% pendant cette période.

  1. Comment puis-je éviter de contracter une maladie d’origine alimentaire ?

Un lavage fréquent des mains et le nettoyage des surfaces où les aliments sont préparés est critique. La cuisson à cœur  des aliments est un autre moyen clé pour éviter la contamination. Un thermomètre pour aliments devrait être utilisé pour déterminer quand un élément est bien cuit. Les steaks, par exemple, devraient être cuits jusqu’à ce qu’ils atteignent une température interne d’au moins 63°C. Les aliments devraient être maintenus à une température de 60°C après cuisson, car les bactéries peuvent se développer lorsque l’aliment commence à se refroidir. La cuisson des aliments au four à micro-ondes devraient atteindre 74°C ou plus. Les items périssables devraient être réfrigérés rapidement. Et la viande crue et les œufs doivent toujours être préparés séparément des autres aliments.

Questions et réponses sur les effets de l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage, selon le BfR

3
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

« Questions et réponses sur les effets de l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage », Mise à jour des FAQ du BfR du 21 janvier 2016

Antibiotic-pill-300x200Lorsque les animaux sont malades, il peut être nécessaire de les traiter avec des médicaments. Les antibiotiques ne peuvent être administrés à des animaux producteurs de denrées alimentaires en particulier que lorsqu’ils sont prescrits par un vétérinaire.

Les aliments ne peuvent être commercialisés si ils ne contiennent pas de résidus susceptibles de compromettre la santé des consommateurs. Si les antibiotiques sont utilisés conformément à leur destination dans l’élevage des animaux, il n’y a pas de résidus dangereux dans les aliments, à condition que le temps d’attente prescrit ait été respecté. Remerciements à la réglementation et aux contrôles stricts, le risque pour la santé des consommateurs par la consommation d’aliments est faible, quand les résidus d’antibiotiques sont concernés.

L’utilisation d’antibiotiques dans l’élevage favorise le développement de la résistance et la propagation de bactéries présentant une résistance. La résistance aux antibiotiques signifie que les pathogènes ne sont pas sensibles à certains antibiotiques. Il n’a pas été possible jusqu’à présent, cependant, d’estimer les conditions dans lesquelles l’utilisation d’antibiotiques dans l’élevage contribue au problème de la résistance en médecine humaine.

Dans le procédés de production alimentaire, les bactéries résistantes dans l’élevage peuvent être transférées aux aliments tels que la viande et le lait. Des pathogènes résistants peuvent également être transférés aux consommateurs par le biais des aliments, ainsi que par contact direct avec les animaux d’élevage, et peuvent déclencher des infections chez l’homme dans certaines circonstances. Si un traitement est nécessaire et que l’antibiotique administré n’a pas d’effet, les infections par des bactéries résistantes peuvent durer plus longtemps ou être plus graves.

Pour éviter que la nouvelle augmentation de la résistance, le BfR est d’avis que l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage devrait être limitée au niveau minimum nécessaire pour la thérapie. L’accent devrait être mis sur les mesures qui maintiennent les animaux en bonne santé afin que le traitement par des antibiotiques ne devienne pas nécessaire en première intention. Un concept de minimiser l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage a été légalement établi avec le 16e amendement du German Medicinal Products Act (AMG).

NB : Traduction par mes soins. -aa

Le communiqué se poursuit avec la liste des questions suivie des réponses :