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Les données sur les cas d’infections d’origine alimentaire aux Etats-Unis sont assez déprimantes

18
avr
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Classé dans Campylobacter, Contamination, Curiosité, E. coli, Hygiène, Listeria, Microbiologie, Réglementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

« Hausse de Campylobacter et Vibrio, stabilité pour E. coli, Listeria, Salmonella, Shigella, Cryptoporidium, Cyclospora et Yersinia. » Source Bill Marler dans Food Poison Journal du 17 avril 2014.

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MMWR a rapporté les données 2013 de FoodNet (du CDC) et c'était un peu déprimant, selon Bill Marler.

FoodNet a conduit une surveillance active de la population pour les infections confirmées en laboratoire causées par Campylobacter, Cryptosporidium, Cyclospora, Listeria, Salmonella, Escherichia coli (STEC) producteurs de shigatoxines O157 et non O157, Shigella, Vibrio et Yersinia dans 10 sites couvrant environ 15% de la population américaine. Pour plus d'informations sur ces microbes, voir www.foodborneillness.com.

En 2013, FoodNet a identifié 19 056 cas d'infection, 4 200 hospitalisations et 80 décès. Le nombre et l'incidence par 100 000 habitants étaient Salmonella (7 277 [15,19 ]), Campylobacter (6 621 [13,82]), Shigella (2 309 [4,82] ), Cryptosporidium (1 186 [2,48]) , STEC non O157 (561 [1,17] ), STEC O157 (552 [1,15] ), Vibrio (242 [0,51]), Yersinia (171 [0,36] ), Listeria (123 [0,26] ) et Cyclospora (14 [0,03]). L’incidence était la plus élevée chez les personnes âgées de ≥ 65 ans pour Cyclospora, Listeria et Vibrio et chez les enfants de < 5 ans pour tous les autres pathogènes.

Par rapport à 2010-2012, l'incidence 2013 était significativement plus faible pour Salmonella (baisse de 9%, IC = 3%-15%), plus élevée pour Vibrio (augmentation de 32%, IC = 8%-61%) et pas beaucoup de changement pour les autres pathogènes. Par rapport à 2006-2008, l'incidence 2013 a été significativement plus élevée pour Campylobacter et Vibrio. L'incidence globale des infections par six agents pathogènes clés d'origine alimentaire n'était pas significativement différente en 2013 par rapport à 2010-2012 ou 2006-2008.

L'incidence des infections à Salmonella confirmés en laboratoire a été plus faible en 2013 que de 2010 à 2012, tandis que l'incidence des infections à Vibrio a augmenté. Aucun changement n'a été observé pour les infections à Campylobacter, Listeria, STEC O157 ou Yersinia.

Commentaires. Si l’on osait une comparaison avec la France, sachant que les systèmes de santé et de recueil de données ne sont pas les mêmes entre les eux pays, et que bien évidemment, une comparaison des cas d’infections par des pathogènes d’origine alimentaire entre la France et les Etats-Unis n’est pas raison, du fait des limites de ce genre d'exercice, cela donnerait ceci, selon The European Union Summary Report on Trends and Sources of Zoonoses, Zoonotic Agents and Food-borne Outbreaks in 2012, EFSA :

  • Augmentation des cas d’infections à Salmonella : 8 705 cas en 2012 (8 685 cas en 2011), soit 13,3 cas pour 100 000 habitants
  • Augmentation des cas d’infections à Campylobacter : 5 079 cas en 2012 (5 538 cas en 2011), soit 38,89 cas pour 100 000 habitants. A noter que le taux de déclaration de 2012 a été calculé sur une couverture d'environ 20%.
  • Augmentation des cas d’infections à Listeria : 348 cas en 2012 (282 cas en 2011), soit 0,53 cas pour 100 000 habitants
  • Stabilité des cas infections à E. coli (STEC ou VTEC) : 208 cas (221 cas en 2011), soit 0,32 cas pour 100 000 habitants

Partie de cache-cache, des bactéries camouflées sont révélées !

17
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Salmonella, Santé, TIAC.

« Cache-cache : des bactéries camouflées sont révélées », source communiqué du 16 avril 2014 de l’université de Bâle.

Une équipe de recherche du Biozentrum de l'université de Bâle a découvert une famille de protéines qui joue un rôle central dans la lutte contre la bactérie pathogène, Salmonella, dans les cellules. Les GTPases inductibles par l’interféron révèlent et éliminent le camouflage de la bactérie dans la cellule, ce qui permet à la cellule de reconnaître le pathogène et de le rendre inoffensif. Les résultats sont publiés dans le numéro actuel de la revue scientifique Nature.

Les bactéries ont développé d'innombrables stratégies pour se cacher afin d'échapper à l'attaque du système immunitaire. Dans le corps, Salmonella utilise les macrophages comme cellules hôtes pour assurer sa survie et être capable de se propager dans le corps. Leur stratégie de survie est de se blottir dans une vacuole du cytoplasme d'un macrophage, s'y cacher et se multiplier. Lorsqu'ils sont cachés, les cellules immunitaires ne peuvent pas les détecter et les combattre.

broz_2014_bigExposition : les GTPases détruisent le repaire de Salmonella
Cela étant, les macrophages, dans lesquels Salmonella se  masquent, ont également mis au point une stratégie visant à démasquer le déguisement de la bactérie et découvrir sa cachette. Le groupe de recherche du professeur Petr Broz au Biozentrum de l'université de Bâle a découvert une famille de protéines appelée GTPases induites par l’interféron dans des cellules hôtes envahies par Salmonella. « Elles sont responsables de la destruction de la cachette du pathogène et initient la réponse immunitaire de la cellule », explique Etienne Meunier, premier auteur de la publication.
 
Destruction : le coup d'envoi pour attaquer les bactéries
Une fois la cachette découverte, les GTPases sont transportées vers la vacuole et déstabilisent sa membrane. Les bactéries sont laissées sans protection dans le cytoplasme où leurs molécules de surface sont facilement reconnaissables par la défense intracellulaire. « Les GTPases sont la clé de la cachette des bactéries. Une fois que la porte a été ouverte et la vacuole de protection détruite, on ne peut pas s’échapper. Les bactéries sont immédiatement exposées à la machinerie de défense de la cellule », explique Meunier. Les récepteurs de la cellule identifient le pathogène, qui activent alors des enzymes cellulaires spéciales pour détruire les bactéries. En outre, les cellules possèdent des protéases, appelées des caspases, qui  sont activées et déclenchent la mort cellulaire de la cellule hôte infectée.

Salmonella reste encore un pathogène redoutable, car il peut mettre la vie en danger à cause de la maladie diarrhéique qui en résulte. Les résultats de Broz et son équipe permettent une meilleure compréhension de la stratégie des cellules immunitaires et peut-être de la modéliser à l'avenir. La compréhension de la réponse immunitaire de nos cellules ouvre également la voie à de nouvelles approches dans l'utilisation de médicaments pour favoriser la lutte de l'organisme contre les pathogènes. Pour élucider les mécanismes de la réponse immunitaire aux infections à Salmonella, l'équipe de recherche prévoit d'étudier la façon dont les cellules détectent la cachette des bactéries, la vacuole dans le cytoplasme des macrophages et ce qui initie le recrutement des GTPases de la vacuole.

Référence. Etienne Meunier, Mathias S. Dick, Roland F. Dreier, Nura Schürmann, Daniela Kenzelmann Broz, Søren Warming, Merone Roose-Girma, Dirk Bumann, Nobuhiko Kayagaki, Kiyoshi Takeda, Masahiro Yamamoto and Petr Broz. Caspase-11 activation requires lysis of pathogen-containing vacuoles by IFN-induced GTPases. Nature (2014); Advance Online Publication | doi: 10.1038/nature13157.

Légende de l’image. Les GTPases (vert) attaquent Salmonella Typhimurium (rouge). Illustration : université de Bâle, Biozentrum.

Communication à propos des risques : Que valent les plans de surveillance avec des taux de conformité élevés au Canada et en France ?

13
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Hygiène, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

Il y a une semaine, l’Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) rapportait que « Plus de 99% des échantillons de cantaloups entiers sont exempts de salmonelles », très exactement « 99,8% des cantaloups entiers échantillonnés n'étaient pas contaminés par la bactérie Salmonella. »

Cela étant l’ACIA n’a pas testé Listeria, un oubli sans doute ?

imgresMaintenant, l’ACIA nous informe, source Doug Powell du barfblog, que, « plus de 99,9 % des échantillons de légumes-feuilles analysés n'avaient aucune concentration détectable de bactéries pathogènes et pouvaient être consommés sans danger.

Dans le cadre d'un plan d'échantillonnage microbiologique quinquennal qui a débuté en 2008-2009, l'ACIA a analysé un total de 4 250 échantillons de légumes-feuilles frais entiers et coupés, importés et d'origine canadienne, vendus sur le marché canadien, pour la présence de Salmonella, d'E. coli O157:H7, d'E. coli O157:NM et d'E. coli générique. Les échantillons de légumes-feuilles frais coupés ont aussi été analysés pour la présence de Listeria monocytogenes.

L'étude de 2009-2010 a révélé 12 échantillons « insatisfaisants » en raison de la présence de Salmonella ou de Listeria monocytogenes, ou de niveaux élevés d'E. coli générique. Aucun des échantillons n'a donné des résultats positifs pour la présence d'E. coli O157:H7 ou d'E. coli O157:NM*. »

Doug Powell indique que « Jouer avec le jeu des 99 pour cent est une terrible communication à propos des risques : cela n'a aucune importance si le pourcentage d'échantillons positifs est très faible, si vous étiez l'une des 23 personnes qui est décédée de Listeria avec des produits de charcuterie de chez Maple Leaf en 2008.

Les données et l'échantillonnage sont un mal nécessaire et je suis heureux que l'ACIA rendent les résultats publics. Mais l’analyse présente des limites et est sujette à caution. C'est cher, et l'industrie a beaucoup de données, alors pourquoi ne pas les rendre publiques dans le cadre d'une approche globale de la sécurité des aliments d'un aliment spécifique. »

Bien entendu, les mêmes observations peuvent être faites en France avec une étude comme celle proposée par la DGCCRF le 17 mars 2014 sur la contamination des aliments à la distribution par Listeria monocytogenes : taux de conformité de 99,5% pour les fromages, 98,33% pour les produits de charcuterie et 95,7% pour les produits à base de poisson / produits de la mer. Voir à ce sujet DGCCRF : Nouveau bilan globalement positif de la surveillance de la contamination par Listeria monocytogenes.

*A propos de E. coli O157:NM, selon ce site, E. coli O157:NM diffère de E. coli O157:H7 en ce sens qu’il ne possède pas l’antigène flagellaire H, rendant ainsi E. coli non mobile (NM).

Des antibiotiques présents dans du fumier ont un impact d’une portée considérable sur l’abondance des bactéries pathogènes pour l’homme dans le sol

5
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Santé, Sécurité des aliments.

« Des antibiotiques présents dans du fumier ont un impact d'une portée considérable sur l'abondance des bactéries pathogènes pour l'homme dans le sol », source Science 2.0 d’après un communiqué du Helmholtz Zentrum de Munich.

Des chercheurs ont constaté que l'application répétée de fumier contaminé par des antibiotiques change la composition des bactéries dans le sol.

Schloter_WEBL'objectif de l'étude concernanit la sulfadiazine, un antibiotique largement utilisé dans l'élevage et qui pénètre dans le sol via le fumier. Les chercheurs rapportent que l'application répétée de l'antibiotique a conduit à une diminution des bactéries utiles du sol et en même temps qu'une augmentation des bactéries qui sont dangereuses pour l'homme.

Depuis que les antibiotiques sont couramment utilisés dans l'élevage, les implications pour les zones agricoles qui sont fertilisées avec du fumier de ces animaux sont d'un grand intérêt. Les résultats de l'étude ont confirmé l'hypothèse de scientifiques selon laquelle l'utilisation d'antibiotiques a un effet sur la composition des bactéries du sol.

« Après l'application répétée de fumier contaminé par des antibiotiques, nous avons constaté une diminution des bactéries qui sont importantes pour la qualité des sols. Cela signifie une perte de la fertilité des sols et donc sur le long terme une baisse des rendements des cultures », a déclaré le professeur Michael Schloter (photo de droite), directeur de la Research Unit Environmental Genomics au Helmholtz Zentrum de Munich. « Par ailleurs, le nombre de microbes vivants dans le sol, qui sont dangereux pour l’homme a augmenté dans les conditions expérimentales de l'étude. »

« L'augmentation des micro-organismes pathogènes pour l'homme dans l'environnement a des conséquences d’une grande portée pour la santé humaine. Nous sommes en contact continu avec ces micro-organismes et la probabilité de contracter une infection augmente en conséquence. Cela vaut particulièrement pour les maladies de l'appareil respiratoire et les poumons, les bactéries se propagent par l'air et sont inhalées. En outre, la plupart de ces bactéries sont résistantes aux antibiotiques couramment utilisés, ce qui rend souvent un traitement plus difficile. Il faut donc de toute urgence développer un nouvel état d'esprit en ce qui concerne l'utilisation des antibiotiques dans l'élevage. »

Référence. Ding, G-C. et al. (2014), Dynamics of soil bacterial communities in response to repeated application of manure containing sulfadiazine, PLOS ONE, 9(3): e92958, doi: 10.1371/journal.pone.0092958.

Cinq nouvelles espèces de Listeria viennent d’être trouvées

27
mar
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« Cinq nouvelles espèces de Listeria viennent d’être trouvées ». Source Cornell Chronicle du 26 mars 2014.

Des chercheurs de Cornell ont découvert cinq nouvelles espèces d'un groupe de bactéries appelé Listeria, dont une du nom de Cornell, ce qui fournit de nouvelles idées afin de conduire à de meilleurs moyens de détecter les bactéries dans les aliments.

LcornellensisOxford3-26À ce jour, sur les 10 espèces précédemment connues de Listeria, seules deux sont pathogènes pour l'homme : Listeria monocytogenes est la principale cause de listériose, une maladie qui provoque des centaines de cas de maladies et le décès chez près de 250 personnes chaque année aux États-Unis via des produits alimentaires contaminés.

La nouvelle étude, publiée en ligne 5 mars dans la revue International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, suggère que toutes les cinq nouvelles espèces sont bénignes.

La recherche fait partie d'une vaste étude menée par des chercheurs de la Colorado State University et de Cornell afin d’examiner la distribution des pathogènes d'origine alimentaire comme Listeria, E. coli et Salmonella dans les milieux agricoles et naturels. Les échantillons ont été prélevés dans des champs, le sol, des étangs et des cours d'eau dans les Etats de New York, du Colorado et de Floride.

« Faire des études sur la diversité naturelle dans des champs de culture nous aide à développer des analyses plus efficaces et plus précises afin de rendre les aliments plus sûrs », a déclaré Martin Wiedmann, professeur en sciences des aliments à Cornell et auteur principal du document.

Pour identifier les cinq nouvelles espèces, les chercheurs ont appliqué des méthodes de biologie moléculaire y compris le séquençage du génome complet.

Les résultats ont des implications pour la compréhension de l'évolution de ce qui rend la bactérie Listeria monocytogenes pathogène.

« L'ancêtre le plus récent commun [de L. monocytogenes et des espèces non pathogènes étroitement liées] était un pathogène, et c’est qui rend difficile de retracer l'évolution de la pathogénicité de Listeria », a déclaré Henk den Bakker, un chercheur au laboratoire de Wiedmann et premier auteur de l’article. Mais les cinq nouvelles espèces ajoutent des preuves de l'existence de quatre branches évolutives distinctes de Listeria.

L'étude a été financée par le ministère américain de l'agriculture.

NB : L'image montre des colonies de Listeria cornellensis (une des cinq nouvelles espèces) sur une gélose Oxford, un milieu habituellement utilisé pour isoler Listeria.