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Une nouvelle étude apporte de nouvelles informations sur le comportement des pathogènes

19
déc
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Classé dans Contamination, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

blog_fin_4« Une nouvelle étude apporte de nouvelles informations sur le comportement des pathogènes », source Notre Dame News.

Une nouvelle étude menée par une équipe de chercheurs qui comprend des scientifiques de l’université Notre Dame, Joshua Shrout et Mark Alber fournit de nouvelles connaissances sur le comportement d’un pathogène bactérien important.

Alber, professeur de mathématiques appliquées et Schrout, professeur associé en ingénierie civile et de l’environnement et en sciences de la terre, ont étudié Pseudomonas aeruginosa, un pathogène opportuniste responsable d’infections aiguës et persistantes.

pseudomonas_aeruginosa_300« Bien que cette bactérie ubiquitaire et environnementale infecte rarement les personnes en bonne santé, c’est un pathogène commun chez les populations sensibles, comme les personnes atteintes de fibrose kystique, les victimes de brûlures, les patients ventilés et ceux qui ont eu une reconstruction intestinale », a déclaré Shrout. « Pseudomonas aeruginosa est parmi le plus commun pathogène responsable d’infection nosocomiale et cause de décès chez les patients en unité de soins intensifs. »

Les chercheurs ont investigué, en utilisant une combinaison d’expériences et de la modélisation informatique, comment les bactéries pullulent dans les groupes contenant des millions de cellules.

« Nous montrons dans cet article que des appendices de cette bactérie appelés ‘pili’ se lient ensemble pour altérer le mouvement du groupe et met un frein à la migration en masse du groupe (swarming) », a déclaré Alber. « Ces migrations en masse des bactés sont capables de changer de mouvement en tant que groupe pour éviter des toxines. Nous avons montré cela en démontrant que les bactéries avec pili évitent une zone contenant un antibiotique mais les cellules sans ces pili ne ralentissent pas leur mouvement, migrent en masse dans la région de l’antibiotique et sont tuées. »

Bien que l’étude portait sur Pseudomonas aeruginosa, les résultats offrent potentiellement un aperçu du comportement des autres bactéries.

« C’est une découverte fondamentale qui nous donne un aperçu de la réponse et du contrôle des bactéries qui modifient leur comportement comme un groupe entier », a déclaré Shrout. « Cette connaissance peut être utile afin de comprendre comment des pathogènes et autres bactéries peuvent échapper aux composés que nous pourrions utiliser pour les contrôler et de faire progresser notre compréhension sur la façon dont certaines infections deviennent si difficiles à guérir. »

« Les prochaines étapes consistent à déterminer plus précisément comment des cellules individuelles se comportent dans ces migrations en masse pour détailler comment elles coordonnent leur mouvement et ensuite appliquer ces connaissances pour comprendre la colonisation à différents types de surfaces telles que des cellules humaines ou les plastiques médicaux », a dit Alber.

Cette étude a été publiée dans les Proceedings of the National Academy of Sciences.

La sécurité des alimentaire reste une priorité même à l’époque des aliments bio, selon un expert de la FAO

17
déc
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Règlementation, Santé, Sécurité des aliments.

fin_blog_6« Interview : La sécurité des alimentaire reste une priorité même à l’époque des aliments bio », source Shangai Daily, citant Xinhua.

Même à une époque où la consommation d’aliments bio est en plein essor, des normes de sécurité des aliments mondiale strictes sont nécessaires pour protéger les consommateurs, selon un expert de l’Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO).

Mary Kenny, directrice du département Protection de l’Agriculture et de la Protection des Consommateurs de la FAO, a déclaré à Xinhua dans une interview exclusive que la sécurité de toutes les denrées alimentaires, y compris les aliments bio, reste une priorité mondiale.

« Cela signifie que les aliments doivent être sûrs et exempt de contaminants chimiques et microbiologiques. Et la nature de la fourniture de ces aliments en ce temps-ci signifie que c’est un problème international », dit-elle.

« Par exemple, le commerce mondial des produits alimentaires signifie que les aliments produits en Ouganda pourraient aller dans les supermarchés d’Europe ou d’Asie. Donc il doit y avoir des règlements et des procédures nationales et internationales rigoureuses », dit-elle.

La FAO affirme que les menaces liées à la sécurité des aliments doivent être prises avec le plus grand sérieux car elles peuvent causer de graves dommages économiques, ajouter un fardeau supplémentaire pour des systèmes de santé en difficulté et menacer la sécurité des aliments.

http://www.dreamstime.com/stock-photos-real-organic-food-italian-market-bio-leek-carrot-sale-italy-bio-vegan-green-eat-leafy-alkalin-diet-concept-what-image30543073Dans cet esprit, les principaux producteurs et exportateurs d’aliments, dont la Chine, sont en constante amélioration en termes de normes de sécurité sanitaire des aliments, a dit Kenny, ajoutant, cependant, qu’il n’est pas clair dans quelle mesure l’émergence des aliments bio impacte la sécurité des aliments en Chine ou ailleurs.

Selon Kenny, même des aliments bio peuvent présenter certains risques pour la sécurité des aliments. Par conséquent, il est essentiel de s’assurer que les bons systèmes soient en place et que la production et la distribution alimentaire soit sans risque autant que possible.

Elle a noté par exemple que, même si des fruits et légumes bio, pourraient avoir un risque plus faible de contamination chimique, les procédures correctes pour éviter la contamination microbiologique doivent être suivies. Comme pour la viande et les produits laitiers provenant d’animaux de façon bio, ils portent encore le risque inhérent de bactéries ou de parasites qui se produit naturellement dans les élevages.

« Donc, nous devons adopter la même perspective de la sécurité des aliments à l’alimentation bio que nous adoptons aux autres aliments », dit-elle.

La sagesse conventionnelle est que les aliments bio sont est plus sains et plus respectueux de l’environnement que d’autres aliments. Cependant, Kenny dit que cela ne signifie pas que les aliments conventionnels devraient être automatiquement rejetés comme ayant un risque plus élevé.

« La production alimentaire conventionnelle utilise certainement plus de produits chimiques, comme les pesticides », dit-elle. « Mais il y a des systèmes nationaux et internationaux très forts et robustes pour assurer une utilisation sécuritaire de ces produits chimiques et ceux-ci sont suivis dans le monde entier. »

La résistance aux antibiotiques est-elle une réaction de l’intestin ?

16
déc
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

fin_blog_7« La résistance aux antibiotiques est une réaction de l’intestin », source communiqué de l’Institute of Food Research du 16 Décembre 2014.

Des scientifiques de l’Institute of Food Research et de l’Université d’East Anglia ont découvert comment certaines bactéries intestinales peuvent se protéger et protéger autrui dans l’intestin des antibiotiques.

Les bactéries produisent des composés, appelés céphalosporinases, qui inactivent et détruisent certains antibiotiques tels que les dérivés de la pénicilline et les céphalosporines, se protéger elles-mêmes et les autres bactéries bénéfiques qui vivent à proximité. Cependant, elles peuvent aussi donner une protection de ces antibiotiques dirigés vers des bactéries dangereuses comme Salmonella.

B_thetaiotaomicron_300L’intestin est le foyer de centaines de milliards de milliards de bactéries, qui ont un rôle important dans le maintien de notre santé. Mais un effet secondaire de la prise d’antibiotiques est que ceux-ci peuvent également tuer certains de nos bactéries intestinales bénéfiques, permettant aux bactéries dangereuses de prendre pied et causer une infection. La sensibilité aux antibiotiques n’est pas uniforme chez les centaines d’espèces de bactéries qui colonisent notre intestin, et certaines des bactéries les plus courantes, Bacteroides, sont parmi les plus résistantes.

En scannant le génome des souches de Bacteroides qui vivent dans l’intestin, les chercheurs ont découvert des gènes qui produisent une enzyme appelée cephalospoprinase, qui détruit spécifiquement certains antibiotiques. Ils ont également montré que les céphalosporinases sont exportées hors des cellules bactériennes, attachées à la surface sous forme de bourgeons appelés vésicules de membrane externe (Outer Membrane Vesicles ou OMVs).

Les bactéries utilisent les OMVs pour distribuer des composés fabriqués à l’intérieur des cellules bactériennes pour le monde extérieur. Parmi ces composés qui sont dans les bourgeons, il y a les céphalosporinases qui peuvent aider à protéger d’autres bactéries qui sont dans le même environnement contre des antibiotiques tels que l’ampicilline. Ceci a été démontré par l’ajout d’OMVs contenant des céphalosporinases à des cultures contenant les bactéries de l’intestin sensibles à l’ampicilline, Bifidobacteria breve, qui les protégeait efficacement contre des concentrations élevées d’antibiotiques. Un test similaire a montré que Salmonella a été également protégé.

Référence. Cephalosporinases associated with outer membrane vesicles released by Bacteroides spp. protect gut pathogens and commensals against {beta}-lactam antibiotics, Regis Stentz et al, Journal of Antimicrobial Chemotherapy doi: 10.1093/jac/dku466.

NB : Photo de Bacteroides thetaiotamicron, des bactéries commensales de l’intestin.

Le séquençage du génome pour résoudre les investigations sur les éclosions de maladies d’origine alimentaires

16
déc
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

fin_blog_7« Le séquençage du génome pour résoudre les investigations sur les éclosions », source James Andrews dans Food Safety News du 16 décembre 2014.

Une mise en garde commune publiée par des responsables de la santé publique au milieu d’une investigation sur une éclosion de maladie d’origine alimentaire a dit à peu près ceci : « Nous faisons de notre mieux pour trouver la source alimentaire de l’éclosion, mais il est important de se rappeler que pour la majorité des foyers, nous ne retrouvons jamais la source. »

[En France, en 2012, selon les données publiées par l’InVS, mais très largement sous-estimées, « Aucun agent n’a pu être mis en évidence ni suspecté dans 21 % des foyers déclarés. »]

genomemapping-406En d’autres termes, la plupart des foyers reste sans solution parce que il est trop difficile d’identifier une source alimentaire étant donné les contraintes de la technologie et des ressources. Bien que cela puisse être encore le cas, plus d’organismes de santé publique commencent à adopter la technologie qui aidera à combler l’écart entre le nombre de foyers résolus et non résolus.

Cette technologie est le séquençage du génome entier (SGE), une méthode d’identification d’organismes tels que des bactéries et d’autres pathogènes par analyse de la séquence entière de l’ADN. Par comparaison, l’électrophorèse en champ pulsé (PFGE), la technique épidémiologique vieille de dix ans de l’industrie, s’intéresse à moins de 1% du génome d’un pathogène.

La précision supérieure du SGE permet avec beaucoup plus de certitude pour essayer de résoudre de relativement petites éclosions, ou mieux encore, des foyers qui ont déjà eu lieu et qui sont terminés.

Ces derniers mois, trois éclosions graves de maladies d’origine alimentaire, qui comprenaient au moins trois décès, ont été résolus de façon rétroactive, grâce au SGE.

En août 2014, la technologie a été créditée d’avoir déterminé la source alimentaire d’une éclosion qui avait tué deux personnes et hospitalisé trois autres personnes.

Des tests de routine par la Food and Drug Administration ont trouvé que Listeria monocytogenes sur un prélèvement de graines germées de soja de chez Wholesome Soy Products Inc. Grâce au SGE, ce prélèvement a été raccordé rétroactivement à cinq prélèvements de personnes malades dans l’Illinois et le Michigan, dont deux étaient décédées de leur maladie.

Jusqu’à ce que la technologie SGE soit présente, ces foyers n’étaient probablement pas été détectés, a déclaré Martin Wiedmann, professeur de science des aliments à l’université Cornell.

Avec le SGE, les enquêteurs de la santé sont en mesure d’identifier les organismes provoquant des maladies avec sa séquence complète de l’ADN. La PFGE, par comparaison, permet une plus grande incertitude, car il ne peut pas identifier l’organisme avec presque autant de précision.

Wiedmann utilise une analogie d’une enquête pour morsures de chien quand il illustre la précision du SGE par rapport aux autres technologies.

« C’est comme si trois personnes ont été séparément mordu par un berger allemand, et ils disent, ‘OK, c’est probablement le même chien qui a mordu à chacune des personnes, c’est comme utiliser la PFGE », a-t-il dit. « Mais avec le séquençage du génome entier, ce serait comme prendre un prélèvement de sang des victimes et analyser l’ADN pour voir si elles correspondent tous au même chien. »

Toujours en août 2014, Oasis Brands Inc. a rappelé plusieurs fromages et des produits laitiers en raison de la contamination par Listeria après que des analyses de routine de la FDA aient trouvé une contamination. Dans cette éclosion, le SGE a permis rétroactivement d’être connecté à un décès et quatre cas de maladies liés aux produits en Géorgie, New York, le Tennessee et au Texas.

Le SGE a également permis de relier six cas de maladies à Salmonella liés à du beurre de noix produit par nSpired Natural Foods Inc. entre janvier et mai 2014.

La vérité est qu’au fil du temps, les transformateurs d’aliments sauront que si un pathogène se trouve dans leur établissement, le génome sera séquencé et vérifié grâce à une base de données pour voir cela est lié avec des cas de maladies, a dit Wiedmann.

Au bout du compte, dit-il, la connaissance sera une bonne chose pour les producteurs alimentaires et les consommateurs.

« Il est plus important que jamais que les producteurs aient des plans d’échantillonnage rigoureux en place pour s’assurer que les organismes sont là et qu’ils veillent sur eux », a dit Wiedmann. « Beaucoup d’entre eux le font déjà. Nous commençons à voir les transformateurs améliorer leur plan d’échantillonnage et prévenir plus d’éclosions. »

Commentaires : Comme en écho à cet article, l’Anses dans son avis relatif à « une demande d’appui technique et scientifique relatif à des épisodes de toxi-infections alimentaires collectives liés à la consommation de betteraves crues râpées », indique dans ses conclusions,

Par conséquent pour aller plus loin dans cette investigation, notamment si les pistes précédentes s’avéraient infructueuses, les actions suivantes pourraient être réalisées :

  • La mise en œuvre d’une méthode de recherche sans a priori de microorganismes potentiellement responsables de la production de composés toxiques. Cette démarche consisterait à comparer, notamment via un séquençage direct ou une étude métagénomique, les populations microbiennes dominantes dans les échantillons de betteraves crues râpées impliquées dans les TIAC à celle d’échantillons de betteraves standards.

C’est dire l’importance de cette technologie …

Pathogénicité des souches de Salmonella isolées à partir d’œufs et d’environnements d’élevages de poules pondeuses en Australie

15
déc
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Règlementation, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« Pathogénicité des souches de Salmonella isolées à partir d’œufs et d’environnements d’élevages de poules pondeuses en Australie », source Doug Powell du barfblog du 15 décembre 2014.

aioli-dressingEn Australie, l’industrie des œufs est périodiquement impliquée dans des éclosions d’intoxication alimentaire à Salmonella. Salmonella enterica sérotype Typhimurium et d’autres Salmonella non typhoïdique spp., en particulier, sont une préoccupation majeure de la santé publique en Australie.

Plusieurs souches de Salmonella Typhimurium classées comme types définitifs, mais surtout Salmonella Typhimurium type définitif ou lysotype 9 (definitive type 9 ou DT9), ont été fréquemment rapportés durant des éclosions d’intoxication alimentaire liées aux œufs en Australie. Le but de la présente étude était de générer un profil de pathogénicité des isolats de Salmonella non typhoïdiques provenant d’élevages de poules pondeuses d’œufs en Australie.

Pour ce faire, nous avons évalué la capacité des isolats de Salmonella à provoquer une maladie gastro-intestinale en utilisant des modèles à la fois in vitro et in vivo. Les données des expériences in vitro ont montré que la capacité d’invasion des sérotypes de Salmonella cultivés jusqu’à la phase stationnaire (en phase liquide) dans du milieu LB était de 90 et 300 fois plus élevée qu’avec des suspensions bactériennes dans une solution saline normale (culture en phase solide). Au cours de l’essai d’infection in vivo, les signes cliniques de l’infection et de mortalité ont été observées seulement pour des souris infectées avec soit avec 103 ou 105 UFC de S. Typhimurium DT9. Aucune mortalité n’a été observée chez les souris infectées avec des sérotypes de Salmonella avec une capacité invasive moyenne ou faible des cellules Caco-2.

Des profils des gènes de pathogénicité ont également été générés pour tous les sérotypes inclus dans cette étude. La majorité des sérotypes testés étaient positifs pour les gènes de virulence sélectionnés. Aucune relation entre la présence ou l’absence de gènes de virulence par PCR et la capacité invasive in vitro ou bien la pathogénicité in vivo n’a été détectée. Nos données élargissent les connaissances sur la variation entre les souches de la pathogénicité de Salmonella spp liés à l’industrie des œufs en Australie.