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La résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire, il est plus que temps d’agir

20
mai
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« La résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire, il est plus que temps d’agir », source article de Richard Lawley du 19 mai 2015 paru Food Safety Watch.

Richard Lawley tire une nouvelle fois la sonnette d’alarme, voir l’article de l’an dernier, Résistance aux antibiotiques, assez de paroles, des actes !, en prenant comme exemple la nouvelle étude autrichienne qui vient de paraître, voir Les phages et la propagation de la résistance aux antibiotiques.

Antibiotic-pill-300x200La question de la résistance antimicrobienne chez les bactéries pathogènes est enfin prise au sérieux à un niveau élevé, avec des appels à plus de financement pour le développement de nouveaux médicaments et des mesures pour prévenir la surutilisation des antibiotiques cliniquement importants. Ceci est un bon exemple de « mieux vaut tard que jamais », mais cela fait près de 45 ans que l’alarme a été sonnée pour la première fois, et l’être humain feint toujours d’ignorer une crise qui se développe jusqu’à ce qu’elle ne devienne vraiment sérieuse. Toute l’attention actuelle qui va se traduire par des financements nécessaires pour payer le progrès réel est ouvert à la discussion, mais au moins la science commence à répondre à certaines questions sur comment la résistance se propage et pourquoi elle est si difficile à aborder.

Un exemple important de cette meilleure compréhension est une étude récemment publiée par des chercheurs autrichiens, qui révèle que les phages présents dans la viande de volaille sont capables de transférer des gènes de résistance entre les bactéries. Les phages sont des virus qui infectent les cellules bactériennes et qui peuvent transférer du matériel génétique par un processus appelé transduction. L’équipe autrichienne de recherche a constaté que les phages sont capables de faire ce qui pourrait être retrouvé dans presque la moitié des prélèvements de viande de poulet qu’ils ont testés. D’autres résultats récents suggèrent que la transduction est un mécanisme beaucoup plus fréquent dans la diffusion de la résistance aux antimicrobiens qu’on ne le pensait et elle est désormais considérée comme un facteur important de l’évolution bactérienne. Le fait que les phages soient capables de transférer la résistance, pas seulement entre des cellules de la même espèce, mais entre les différentes espèces, est fréquent chez le poulet vendu au détail, ce qui suggère qu’il pourrait être un facteur important dans la propagation de la résistance aux antibiotiques dans la chaîne alimentaire.

En outre, les phages sont relativement résistants aux produits chimiques de désinfection et ils pourraient donc être assez persistants dans les milieux de transformation alimentaire. Les auteurs autrichiens de la nouvelle étude suggèrent que le transfert par phages pourrait être l’une des principales raisons pour lesquelles les initiatives visant à lutter contre la résistance aux antibiotiques ont obtenus jusqu’ici peu de succès.

Cela illustre très clairement la valeur de la recherche scientifique dans les mécanismes de la résistance aux antimicrobiens et de sa propagation. C’est bien de « connaître son ennemi », parce qu’il est très difficile de concevoir des stratégies efficaces de lutte contre quelque chose qui n’est pas bien compris. Des interventions qui sont fondées sur les connaissances existantes peuvent se révéler de peu de valeur ou voir même peuvent aggraver les choses. Il devient clair que la chaîne alimentaire joue un rôle dans le développement de la résistance aux antibiotiques cliniquement importants. Maintenant que nous commençons à en savoir plus sur comment la résistance peut se propager entre les espèces bactériennes dans les aliments, la surutilisation historique des antibiotiques dans la production de viande doit être regardée comme une erreur potentiellement catastrophique. Tout doit être abordé sur au moins deux fronts. Tout d’abord, des mesures assez draconiennes sont nécessaires pour passer outre les avantages acquis et réduire l’utilisation des antibiotiques dans l’agriculture de manière drastique. Deuxièmement, il nous faut comprendre la propagation de la résistance, si bien que nous devons concevoir des méthodes pour arrêter la propagation et pour commencer à débarrasser la chaîne alimentaire des pathogènes résistants aux antibiotiques, s’il n’est pas déjà trop tard.

Les phages et la propagation de la résistance aux antibiotiques

16
mai
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Les phages propagent la résistance aux antibiotiques », source Microbe World d’après ASM News.

Des chercheurs ont trouvé que près de la moitié des 50 prélèvements de viande de poulets achetés dans les supermarchés, les marchés de rue et les boucheries d’Autriche contenaient des virus (phages -aa) qui sont capables de transférer des gènes de résistance aux antibiotiques d’une bactérie à l’autre ou d’une espèce à une autre. « Notre travail suggère que ce transfert pourrait propager la résistance aux antibiotiques dans des environnements tels que les ateliers de production alimentaire, les hôpitaux et les cliniques », a dit l’auteur correspondant Friederike Hilbert. L’étude est publiée avant impression dans la revue scientifique Applied and Environmental Microbiology.

C’est la première démonstration qu’une forte proportion de phages isolés au hasard à partir de viandes étaient capable de transférer une résistance antimicrobienne chez des bactéries différentes, a dit Hilbert, professeur à l’institut d’hygiène de la viande, de la technologie de la viande et des sciences de l’alimentation, à l’université de médecine vétérinaire à Vienne, Autriche. Ces phages sont des virus qui infectent les bactéries.

« Un quart de tous les phages isolés étaient capables de transférer (transduction) une ou plusieurs des cinq résistances antimicrobiennes à l’étude », a dit Hilbert. Celles-ci comprenaient des résistances à la tétracycline, l’ampicilline, la kanamycine et au chloramphénicol ainsi que la résistance aux antibiotiques de type bêta-lactames à spectre élargi. Les résultats suggèrent que le nombre de phages qui peuvent réaliser une transduction de gènes de résistance aux antibiotiques doit être plus élevé, car les expériences ont été limités à la résistance à seulement cinq antibiotiques par l’intermédiaire de cinq de phages choisi au hasard dans des prélèvements de poulets, a dit Hilbert.

« Les stratégies pour combattre la résistance antimicrobienne ont eu un succès limité et il y a encore de nombreuses questions relatives sur comment et quand le transfert de résistance se produit », écrit Hilbert. « La présence de phages qui transfèrent la résistance antimicrobienne pourrait expliquer les échecs du combat contre la résistance antimicrobienne. »

Référence. Shousha A, Awaiwanont N, Sofka D, Smulders FJ, Paulsen P, Szostak MP, Humphrey T, Hilbert F. Bacteriophages isolated from chicken meat and the horizontal transfer of antimicrobial resistance genes. Appl Environ Microbiol. 2015 May 1. pii: AEM.00872-15. [Epub ahead of print].

La FDA est à la recherche plus de données sur la sécurité sanitaire des produits de lavage et de désinfection des mains

4
mai
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, Hygiène, Lavage des mains, Microbiologie, Non classé, Santé, Sécurité des aliments.

La FDA est à la recherche de plus de données sur la sécurité sanitaire des produits de lavage et de désinfection des mains, source ABC News d’après l’Asociated Press.

Pour combattre les infections, le personnel hospitalier utilise un désinfectant pour les mains cent fois ou plus par jour. Désormais, le gouvernement veut étudier davantage si cela est sécuritaire et la façon dont cela combat effectivement la propagation de germes.

germ-handLa Food and Drug Administration demande aux fabricants de lui soumettre des données supplémentaires sur les produits médicaux de lavage et de désinfection des mains, dont les effets à long terme sur la santé, en raison de leur utilisation quotidienne sur la peau.

En vertu d’un texte publié le 30 avril 2014, les entreprises devront soumettre de nouvelles études portant sur les principaux problèmes de sécurité, dont des effets hormonaux possibles et des contributions vis-à-vis des bactéries résistantes aux antibiotiques. Les produits qui n’auront montré leur sécurité et leur efficacité d’ici à 2018 devraient être reformulés ou retirés du marché.

Selon une estimation de la FDA, cela pourrait coûter aux entreprises de santé entre 64 et 90 millions de dollars afin de réaliser les études demandées et se conformer aux nouvelles exigences.

Pour l’instant, la FDA a souligné que le personnel de santé devrait continuer à utiliser pour le lavage des mains, les désinfectants et les brossages chirurgicaux, qui sont les outils standard de prévention des infections liées aux soins.

« Nous ne demandons pas pour aucun de ces produits de quitter le marché, nous ne faisons que demander des données supplémentaires », a dit dans une interview à l’Associated Press, Theresa Michele, directrice de la Division of Nonprescription Drug Products du Center for Drug Evaluation and Research de la FDA. « Et nous ne disons pas aux gens d’arrêter d’utiliser ces produits. »

Traduction du texte par mes soins. -aa

NB : Sur ce sujet, on lira ces articles, Lobbying des savons antibactériens contre un projet de règlement de ces produits par la FDA et La FDA veut savoir si les savons antimicrobiens sont efficaces : L’industrie lui répond !

 Nul doute que cela aura des retombées dans les pays européens dont la France …

De la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques, une découverte de l’Unveristé Catholique de Louvain

19
déc
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Classé dans Curiosité, Environnement, Santé.

blog_fin_4Depuis 4 ans, des chercheurs de l’UCL tentaient de mieux comprendre comment les bactéries résistantes aux antibiotiques se défendent, pour pouvoir mieux les attaquer. Aujourd’hui, ces chercheurs ont compris ce mécanisme et le résultat de leurs recherches est publié dans Cell. Source communiqué de l’UCL

Explications, en images, de cette découverte exceptionnelle, par Jean-François Collet, professeur à l’Institut de Duve de l’UCL.

Il existe deux grandes familles de bactéries : celles qui sont entourées d’une seule membrane (ou d’un seul mur d’enceinte) et celles qui sont entourées de deux membranes (ou deux murs d’enceinte). C’est à ce deuxième type de bactéries que s’est intéressée l’équipe de Jean-François Collet, professeur à l’Institut de Duve de l’UCL.

Pour qu’une bactérie survive, elle doit parvenir à garder intacts ses deux murs d’enceinte. Si l’un de ses murs est abîmé, elle meurt. Il était donc crucial pour les chercheurs UCL d’analyser les mécanismes de protection de ces « murs » bactériens (de trouver leur faille) afin de pouvoir mieux lutter contre ces systèmes de défense, en mettant au point de nouveaux antibiotiques.

Les chercheurs se sont intéressés à une protéine présente entre ces deux murs de protection, RcsF. Quand tout va bien, cette protéine est continuellement envoyée sur le 2e mur d’enceinte. Par contre, en cas d’attaque (par un antibiotique par ex.), la machinerie qui envoie RcsF sur le mur extérieur ne fonctionne plus : au lieu de se retrouver sur le 2e mur d’enceinte, RcsF se trouve coincée entre les deux fortifications (membranes), d’où elle envoie un signal d’alarme. Grâce à cette alerte, la bactérie enclenche des systèmes de défense (en envoyant d’autres protéines en renfort) afin de résister à l’attaque antibiotique.

Ce que les chercheurs de l’UCL sont parvenus à découvrir dans ce processus, c’est la manière dont la protéine RcsF parvient à sonner l’alarme. Concrètement, en cas de stress, coincée entre les deux murs, RcsF entre en contact avec une autre protéine, IgaA. C’est l’interaction entre ces deux protéines qui permet de donner l’alerte.

Quel était l’intérêt de découvrir ce mécanisme d’alerte ?

En termes de recherche fondamentale, les chercheurs voulaient comprendre comment le système d’alerte fonctionnait. Ils ont fait une double découverte inattendue : le fait que la protéine RcsF se place sur le deuxième mur d’enceinte (à la surface de la bactérie) et qu’elle entre en interaction avec une 2e protéine, IgaA. Cette découverte débouche sur d’autres questions intéressantes car elle suggère que d’autres protéines peuvent emprunter le même chemin ;

En termes de recherche appliquée, sachant que ce mécanisme d’alerte contribue à la défense des bactéries contre les antibiotiques, le but des chercheurs de l’UCL était de mieux comprendre le fonctionnement de ces protéines afin de pouvoir développer de nouveaux antibiotiques, qui by passeraient ce système d’alerte, et donc, in fine, de mieux lutter contre les infections bactériennes (comme les infections urinaires, liées à la bactérie Escherichia coli, par ex.). En l’occurrence, les chercheurs pensent pouvoir utiliser les protéines de ce système comme cible pour casser la défense des bactéries et créer de nouveaux antibiotiques.

Actuellement, la résistance de certaines bactéries aux antibiotiques est un problème de santé majeur. De plus en plus de bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques disponibles, parce qu’elles acquièrent de nouveaux mécanismes de défense. En ce sens, cette découverte UCL pourrait répondre à cette problématique grandissante.

Cette recherche, publiée par la prestigieuse revue scientifique Cell, a été menée à l’Institut de Duve de l’UCL, par une équipe internationale (Corée, Pologne, Liban, France, Belgique) d’une dizaine de microbiologistes et biochimistes, en collaboration avec un groupe du European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Allemagne).

La résistance aux antibiotiques est-elle une réaction de l’intestin ?

16
déc
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie, Santé.

fin_blog_7« La résistance aux antibiotiques est une réaction de l’intestin », source communiqué de l’Institute of Food Research du 16 Décembre 2014.

Des scientifiques de l’Institute of Food Research et de l’Université d’East Anglia ont découvert comment certaines bactéries intestinales peuvent se protéger et protéger autrui dans l’intestin des antibiotiques.

Les bactéries produisent des composés, appelés céphalosporinases, qui inactivent et détruisent certains antibiotiques tels que les dérivés de la pénicilline et les céphalosporines, se protéger elles-mêmes et les autres bactéries bénéfiques qui vivent à proximité. Cependant, elles peuvent aussi donner une protection de ces antibiotiques dirigés vers des bactéries dangereuses comme Salmonella.

B_thetaiotaomicron_300L’intestin est le foyer de centaines de milliards de milliards de bactéries, qui ont un rôle important dans le maintien de notre santé. Mais un effet secondaire de la prise d’antibiotiques est que ceux-ci peuvent également tuer certains de nos bactéries intestinales bénéfiques, permettant aux bactéries dangereuses de prendre pied et causer une infection. La sensibilité aux antibiotiques n’est pas uniforme chez les centaines d’espèces de bactéries qui colonisent notre intestin, et certaines des bactéries les plus courantes, Bacteroides, sont parmi les plus résistantes.

En scannant le génome des souches de Bacteroides qui vivent dans l’intestin, les chercheurs ont découvert des gènes qui produisent une enzyme appelée cephalospoprinase, qui détruit spécifiquement certains antibiotiques. Ils ont également montré que les céphalosporinases sont exportées hors des cellules bactériennes, attachées à la surface sous forme de bourgeons appelés vésicules de membrane externe (Outer Membrane Vesicles ou OMVs).

Les bactéries utilisent les OMVs pour distribuer des composés fabriqués à l’intérieur des cellules bactériennes pour le monde extérieur. Parmi ces composés qui sont dans les bourgeons, il y a les céphalosporinases qui peuvent aider à protéger d’autres bactéries qui sont dans le même environnement contre des antibiotiques tels que l’ampicilline. Ceci a été démontré par l’ajout d’OMVs contenant des céphalosporinases à des cultures contenant les bactéries de l’intestin sensibles à l’ampicilline, Bifidobacteria breve, qui les protégeait efficacement contre des concentrations élevées d’antibiotiques. Un test similaire a montré que Salmonella a été également protégé.

Référence. Cephalosporinases associated with outer membrane vesicles released by Bacteroides spp. protect gut pathogens and commensals against {beta}-lactam antibiotics, Regis Stentz et al, Journal of Antimicrobial Chemotherapy doi: 10.1093/jac/dku466.

NB : Photo de Bacteroides thetaiotamicron, des bactéries commensales de l’intestin.