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Le fumier de vaches héberge de nouveaux gènes divers de résistance aux antibiotiques

23
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

« Le fumier de vaches héberge de nouveaux gènes divers de résistance aux antibiotiques ». Source ASM News du 22 avril 2014.

Le fumier de vaches laitières, qui est couramment utilisé comme engrais, contient un nombre surprenant de gènes de résistance aux antibiotiques nouvellement identifiés chez des bactéries de l'intestin des vaches. Les résultats, publiés dans la revue en libre accès et en ligne mBio® de l'American Society for Microbiology, laisse entendre que le fumier de vaches est une source potentielle de nouveaux types de gènes de résistance aux antibiotiques qui se transfèrent aux bactéries du sol où des légumes sont cultivés.

applyingmanure.jp1Des milliers de gènes de résistance aux antibiotiques ont déjà été identifiés, mais la grande majorité d'entre eux ne pose pas de problème lorsqu'on les trouve dans des bactéries inoffensives. Le vrai souci, c'est quand ces gènes apparaissent chez des bactéries pathogènes qui causent des maladies infectieuses d'origine alimentaire ou des infections nosocomiales.

« Comme il existe un lien entre les gènes de résistance aux antibiotiques retrouvés dans les bactéries de l'environnement et les bactéries dans les hôpitaux, nous avons voulu savoir quel genre de bactéries sont libérées dans l'environnement par cette voie » qui est l'épandage du fumier, a dit Fabienne Wichmann, auteure principale de l'étude et ancien postdoc à l'université de Yale à New Haven, Connecticut.

Les agriculteurs aux Etats-Unis utilisent du fumier brut ou composté de vaches sur certaines cultures de légumes, ce qui pourrait conduire à un scénario où les bactéries résiduelles de fumier pourraient s'accrocher au produit et elles ou leurs gènes pourraient passer dans l'écosystème humain. « Est-ce une voie de passage de ces gènes de la grange à la table ? » demande Jo Handelsman, principal auteur de l'étude et microbiologiste à l'Université Yale.

La première étape pour apporter une réponse a été de voir quels gènes de résistance aux antibiotiques sont présents dans le fumier de vaches. L'équipe de Handelsman a utilisé une approche de screening et de séquençage pour identifier les 80 gènes de résistance aux antibiotiques uniques et fonctionnels. Les gènes ont rendu une souche de laboratoire, Escherichia coli, résistante à l'un des quatre types d'antibiotiques, les bêta-lactames (comme la pénicilline), les aminoglycosides (comme la kanamycine), les tétracyclines ou le chloramphénicol.

Environ 75% des 80 gènes de résistance aux antibiotiques avaient des séquences qui étaient seulement de parenté éloignée aux gènes de résistance aux antibiotiques déjà découverts. L'équipe a également découvert une toute nouvelle famille de gènes de résistance aux antibiotiques qui confèrent la résistance au chloramphénicol, qui est couramment utilisé pour traiter les infections des voies respiratoires du bétail.

« La diversité des gènes que nous avons trouvée est remarquable en soi compte tenu de la petite série de cinq échantillons de fumier », dit Handelsman, qui est également professeur au Howard Hughes Medical Institute. « Mais aussi, ils sont distants sur le plan de l’évolution des gènes que nous avons déjà dans les bases de données génétiques, qui représentent largement les gènes de résistance aux antibiotiques que nous voyons en clinique. »

Cela pourrait signifier de bonnes nouvelles, à savoir que les gènes de résistance aux antibiotiques des bactéries de l'intestin de vaches ne causent pas actuellement de problèmes pour les patients humains. Mais, Wichmann souligne qu’une autre possibilité est que « le fumier de vaches abrite un réservoir sans précédent de gènes de résistance aux antibiotiques » qui pourrait être le prochain à aller vers l'homme.

 « Ce n'est que la première étude d'une série, commençant à la grange, se déplaçant vers le sol et les aliments sur la table, pour se retrouver en clinique, afin de savoir si ces gènes ont le potentiel pour aller dans cette direction », dit Handelsman.

Les gènes de résistance aux antibiotiques peuvent entrer l'écosystème humain par deux voies, soit les bactéries qui les contiennent colonisent l’homme ou soit les gènes sont transférés par un processus appelé transfert horizontal de gènes à d'autres bactéries qui colonisent l’homme. La recherche a déjà montré que les bactéries sont transférées des animaux d'élevage aux éleveurs. Le transfert de gènes permet aux gènes de sauter entre les micro-organismes et cela se produit dans la plupart des environnements qui hébergent des bactéries.

Certaines bactéries du fumier peuvent être pathogènes pour l'homme, si elles acquièrent une résistance aux antibiotiques, elles pourraient alors poser un problème. Sinon, les bactéries bénignes dans le fumier peuvent transférer des gènes de résistance aux pathogènes en tout point le long du parcours, dans le fumier, le sol, les aliments ou l’homme.

« Nous espérons que cette étude va ouvrir un champ plus large de la surveillance afin de commencer à regarder de nouveaux types de résistance avant qu'ils n’apparaissent en clinique », dit Handelsman.

L'article peut être consultée en ligne sur ce lien, http://bit.ly/asmtip0414e. L'étude a été financée par la Swiss National Science Foundation et l’US National Institutes of Health.

Cauchemar en cuisine et le rôle des planches à découper !

9
avr
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Lavage des mains, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments, Viande, Volaille.

« Les cuisines sont une source de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques », source Society for Healthcare Epidemiology of America.

Les planches à découper restent une source de bactéries après utilisation.

Après avoir manipulé de la volaille crue, les mains de préparateurs d'aliments et les planches à découper demeurent une source de transmission de bactéries multi-résistantes, telles que E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu (ESBL). L'étude sur les cuisines domestiques et hospitalières a été publié dans le numéro de mai de Infection Control and Hospital Epidemiology, le journal de la Society for Healthcare Epidemiology of America.

spatchcock-h_t-300x225« La propagation de bactéries résistantes à plusieurs antibiotiques a été associée à l'environnement hospitalier, mais ces résultats suggèrent que la transmission de souches résistantes de E. coli se produit à la fois à l'hôpital et dans les foyers domestiques », a déclaré Andreas Widmer, auteur principal de l'étude. « Nos résultats soulignent l'importance de l'hygiène des mains, non seulement après avoir manipulé de la volaille crue, mais aussi après contact avec une planche à découper utilisée dans la préparation de la volaille. »

Des chercheurs de l'hôpital universitaire de Bâle, en Suisse ont recueillis et examinés 298 planches à découper (154 de l'hôpital universitaire et 144 provenant de foyers domestiques) après préparation de différentes viandes (volaille, bœuf/veau, porc, agneau, gibier et poisson) et avant d'être nettoyées. Ils ont également recueilli 20 paires de gants des employés de la cuisine de l'hôpital après qu’ils aient manipulé de la volaille crue. Ces échantillons ont été analysés pour la recherche de Enterobacteriaceae producteurs de ß-lactamases à spectre étendu, une famille de bactéries Gram négatif qui comprend Salmonella, E. coli et Klebsiella.

En analysant les planches à découper, les chercheurs ont constaté que 6,5% des planches à découper de l’hôpital utilisés dans la préparation de volailles ont été contaminées par par E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu. Pour les planches utilisées dans les foyers domestiques, les chercheurs ont retrouvé E. coli producteurs de ß-lactamases à spectre étendu sur 3,5% de ces surfaces. Ils ont également constaté que 50% des gants portés dans la cuisine de l'hôpital étaient contaminés par E. coli résistants aux antibiotiques.

Les chercheurs ont constaté qu'aucune des planches à découper utilisées dans la préparation de boeuf/veau, porc, agneau, gibier ou poisson n’étaient contaminées par des bactéries productrices de ß-lactamases à spectre étendu. Ils ont également constaté que le pays d'origine de la viande n'a pas joué un rôle dans la présence de bactéries sur aucune des surfaces.

NB : On trouvera ici un précédent article sur le sujet. On peut penser qu’à la maison, les risques sont moins importants que dans une cuisine d’un hôpital, et on aura surtout noté le rôle joué par les gants dans le transfert de la contamination …

L’évolution d’une super bactérie menace de créer un tsunami d’infections

1
avr
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Classé dans Contamination, Curiosité, E. coli, Environnement, Santé.

« L’évolution d’une super bactérie menace de créer un tsunami d'infections », source communiqué de l’Université du Queensland du 1er avril 2014.

Une étude internationale menée par l'Université du Queensland (UQ) a suivi une souche de E. coli multi-résistante aux antibiotiques, potentiellement dévastatrice, qui est à seulement un gène d'être résistant à presque tous les antibiotiques.

La scientifique du UQ Australian Infectious Diseases Research Centre, la Dr Nouri Ben Zakour, a dit que l'émergence et la propagation rapide de la bactérie E. coli ST131 dans les voies urinaires et les infections du sang pourraient devenir plus fréquente et difficile à traiter.

ecoli_420x257-2« Plus de 150 millions de cas d'infection des voies urinaires sont déclarés dans le monde chaque année, donc un E. coli résistant à tous les traitements antibiotiques actuellement efficaces pourrait être dévastateur pour la population », dit-elle.

L’étude a été publiée dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences.

La Dr Ben Zakour, de la UQ School of Chemistry and Molecular Biosciences, a dit que E. coli ST131 n'était pas considérée comme problématique il y a cinq ans.

« Cette étude nous permet de comprendre en détails l'évolution d'une bactérie pathogène de l'obscurité à la notoriété », a-t-elle dit.

« Il semble que E. coli ST131 provient d'un seul ancêtre il y a plus d'une décennie. »

L'équipe de recherche a utilisé les dernières techniques de séquençage de l'ADN pour identifier les différences génétiques entre les souches de E. coli ST131 prélevées dans six régions du monde.

« Nous avions eu besoin de développer un nouveau logiciel pour analyser toutes les données », a dit la Dr Ben Zakour.

Le chercheur principal, le Dr Scott Beatson, a déclaré qu'il était extrêmement important de comprendre E. coli ST131 en particulier, car il n’y a que peu de nouveaux médicaments anti- microbiens en développement.

« La gravité de ce problème est telle que E. coli ST131 est seulement à un gène pour être résistant à tous les antibiotiques qui peuvent être utilisés pour traiter efficacement les infections des voies urinaires », a-t-il dit.

NB : Photo de la super bactérie potentiellement dévastatrice, E. coli ST131. Sur le sujet, on lira ce diaporama de Marie-Hélène Nicolas-Chanoine de 2012.

Une résistance aux antimicrobiens est toujours communément observée dans les bactéries présentes chez l’homme, chez l’animal et dans les aliments

25
mar
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Classé dans Campylobacter, Curiosité, Environnement, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

Selon le rapport de l’EFSA et de l’ECDC, « une résistance aux antimicrobiens est toujours communément observée dans les bactéries présentes chez l’homme, chez l’animal et dans les aliments. »

AntibioticResistanceL’EFSA indique :

Les bactéries à l’origine des infections d'origine alimentaire les plus fréquentes, comme Salmonella et Campylobacter, présentent une résistance importante aux antimicrobiens courants ; c'est l’une des conclusions du rapport de synthèse de l'Union européenne sur la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries zoonotiques et indicatrices chez l’homme, l’animal et dans les aliments en 2012. Les données disponibles indiquent également que la résistance combinée (co-résistance) aux antimicrobiens d'importance critique demeure faible. Si cela signifie que des options de traitement pour des infections graves par ces bactéries zoonotiques sont disponibles dans la plupart des cas, le fait qu’une résistance aux antimicrobiens ait été couramment détectée est néanmoins préoccupant.

Parmi les résultats clés,

Le rapport conjoint indique que, chez les humains, une résistance clinique des isolats de Salmonella sppaux antimicrobiens communément utilisés est fréquemment détectée au niveau de l'UE; près la moitié des isolats se sont révélés résistants à au moins un antimicrobien, et 28,9% des isolats sont multirésistants. Les niveaux de résistance clinique et de co-résistance des isolats de Salmonella spp. aux antimicrobiens d'importance critique sont néanmoins faibles (0,2% de co-résistance au sein des 12 États membres ayant soumis des données).

Chez les animaux, une résistance microbiologique des isolats de Salmonella spp. aux antimicrobiens couramment utilisés a fréquemment été détectée dans les espèces animales étudiées, en particulier chez les poulets de chair, les porcs et les dindes. Une résistance microbiologique à la ciprofloxacine – un antimicrobien d'importance critique – a fréquemment été observée chez les poulets de chair et les dindes. Une co-résistance aux antimicrobiens d'importance critique ciprofloxacine et cefotaxime n'a pas été observée ou a été signalée à des niveaux très bas dans les États membres ayant soumis un rapport [1].

Dans les isolats de Campylobacter spp. issus de cas humains, une résistance clinique aux antimicrobiens couramment utilisés a fréquemment été détectée. Des proportions très élevées d’isolats (47,4% de la moyenne de l'UE) se sont révélés résistants à un antimicrobien d'importance critique, la ciprofloxacine, avec des tendances à la hausse observées dans plusieurs États membres.

Une résistance microbiologique des isolats de Campylobacter spp. aux antimicrobiens couramment utilisés a fréquemment été détectée chez les poulets de chair. Une co-résistance à des antimicrobiens d'importance critique, la ciprofloxacine et l'érythromycine, développée par C. jejuni chez les poulets de chair, n'a pas été observée ou a été signalée à des niveaux bas.

Une résistance microbiologique dans des isolats d'E. coli à des antimicrobiens couramment utilisés a fréquemment été signalée chez les poulets de chair et les porcs. Une co-résistance à des antimicrobiens d'importance critique chez ces espèces animales n'a généralement pas été observée ou a été enregistrée à des niveaux très bas parmi les États membres ayant présenté un rapport.

1] La co-résistance à des antimicrobiens d'importance critique chez les animaux et dans les aliments a été établie à l'aide des critères d'interprétation applicables à la fois à la résistance clinique et à la résistance microbiologique. Ce communiqué de presse fait référence aux niveaux de co-résistance établis à l'aide des critères applicables à la résistance clinique.

Bactéries résistantes aux antibiotiques dans du poulet fourni aux hôpitaux : Une évaluation des risques

14
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Santé, Sécurité des aliments, Volaille.

« Bactéries résistantes aux antibiotiques dans du poulet fourni aux hôpitaux », source Food Safety Watch du 13 mars 2014.

Une équipe de chercheurs suisses a effectué une évaluation des risques de la résistance aux antibiotiques des Enterobacteriaceae producteurs de ß-lactamases à spectre étendu (ESBL-PE) dans des aliments crus et préparés dans une cuisine de l'hôpital afin de déterminer la menace pour les patients à partir des aliments contaminés.

http://www.dreamstime.com/stock-images-chickens-thighs-image15498794L'équipe de l'hôpital universitaire de Genève et de l'Autorité de sécurité des aliments de Genève a analysé des échantillons d'aliments crus et préparés à partir d’échantillons de la cuisine de l'hôpital et les ont comparé avec des prélèvements réalisés dans des supermarchés locaux. Ils ont constaté que 92% des échantillons de poulet cru étaient contaminés par BLSE-PE, dont 86% des échantillons provenaient de hôpital et tous provenaient des échantillons achetés en distribution. Six des 93 manipulateurs de denrées alimentaires de l'hôpital ont également été retrouvés être porteurs de la bactérie. Cependant, aucun des échantillons de poulet cuits n’a été contaminé et l'étude a révélé de nettes différences entre les souches BLSE-PE isolé du poulet et les isolats humains à l'hôpital.

Les chercheurs concluent que, bien que la viande crue de poulet livré à l'hôpital soit une source importante de contamination par BLSE-PE, le risque pour les patients et le personnel est réduit par les mesures de prévention actuellement mises en place. D'autre part, ils mettent en garde sur le fait que le risque peut être beaucoup plus élevé dans les cuisines domestiques et d'autres cuisines où les règles de sécurité des aliments sont plus faibles.

L'étude est publiée dans Infection Control and Hospital Epidemiology et le texte en intégralité peut être retrouvé ici.