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Les microbes intestinaux partent à la recherche d’un buffet de gènes

10
août
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Classé dans Curiosité, Environnement.

gut138« Les microbes intestinaux partent à la recherche d’un buffet de gènes ». Source Duke Today du 8 août 2014.

Dans la sombre et humide forêt tropicale microbienne de l’intestin, des centaines d’espèces de micro-organismes interagissent les unes avec les autres et avec les cellules de l’animal hôte pour obtenir des ressources dont elles ont besoin pour survivre et prospérer.

Bien qu’il y ait une nombreuse concurrence dans cet écosystème dynamique, une collaboration est aussi appréciée. Une nouvelle étude sur la diaphonie entre les microbes et les celludules qui tapissent l’intestin des souris montre à quel point cet environnement peut être coopératif.

L’un des principaux moyens qu’ont les hôtes pour gérer leurs interactions avec les microbes est de contrôler avec précaution les gènes utilisés par les cellules. Des chercheurs de l’université Duke, avec des collègues de l’UNC-Chapel Hill et de Stanford, ont constaté que les gènes de l’hôte dans l’intestin sont prêts à répondre aux microbes, et les microbes se signalent à l’hôte pour déterminer quels gènes répondent. L’étude paraît le 7 août dans la revue Genome Research.

Les arguments scientifiques de la France pour interdire le maïs MON 810 sont bidons, selon l’EFSA

2
août
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Classé dans Curiosité, Environnement, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, Union Européenne.

ogm-mais-206x300Résumé.

Suite à une demande de la Commission européenne, l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a évalué la documentation présentée par la France en vertu de l’article 34 du règlement (CE) 1829/2003 à l’appui de sa demande d’interdire la culture du maïs génétiquement modifié MON 810 dans le UE. Ni les publications scientifiques citées dans la documentation fournie par la France présentant un intérêt pour le maïs MON 810, ni les arguments avancés par la France ne révèlent aucune nouvelle information qui pourrait invalider les conclusions de l’évaluation des risques et des recommandations antérieures de gestion des risques faites par le groupe scientifique de l’EFSA. L’EFSA estime que les conclusions sur l’évaluation des risques et les recommandations antérieures de gestion des risques sur le maïs MON 810 par le groupe scientifique sur les OGM restent valables et applicables. Par conséquent, l’EFSA conclut que, sur la base de la documentation présentée par la France, il n’y a aucune preuve scientifique spécifique, en termes de risque pour la santé humaine et animale ou l’environnement, qui appuierait l’adoption d’une mesure d’urgence sur la culture du maïs MON 810 vertu de l’article 34 du règlement (CE) 1829/2003.

Voir le document en intégralité, Statement on a request from the European Commission related to an emergency measure notified by France under Article 34 of Regulation (EC) 1829/2003 to prohibit the cultivation of genetically modified maize MON 810. Traduction du résumé par mes soins.

Commentaires : On peut en penser ce que l’on veut, mais la France, via son ministre de l’agriculture, va devoir revoir sa copie, à moins comme cela est désormais autorisé, elle procède à une interdiction de circonstance.

En effet, on nous explique que « L’objectif est de donner plus de subsidiarité aux Etats Membres en leur donnant la possibilité de restreindre ou interdire la culture d’un OGM autorisé au niveau européen sur leur territoire ou partie de leur territoire (p.e. une région).

Même si l’évaluation des risques d’un OGM conclut à l’absence de risques pour l’environnement et la santé publique humaine et animale, un Etat Membre pourra choisir de restreindre ou interdire la mise en culture de cet OGM. Les critères utilisables pour restreindre la culture sont notamment les impacts socio-économiques, les objectifs de politique agricole ou la politique publique générale.

D’après le Conseil de l’Union Européenne du 12 juin 2014, « La proposition présentée par la Commission en juillet 2010 s’applique aux OGM ayant fait l’objet d’une autorisation ou en cours d’autorisation au niveau de l’UE. Les motifs que peuvent invoquer les États membres pour interdire ou restreindre les OGM comprennent notamment des raisons socioéconomiques, l’affectation des sols et l’aménagement du territoire, des objectifs de politique agricole et des considérations liées à l’action des pouvoirs publics. »

Donc, il n’est plus utile de présenter désormais des arguments scientifiques bidons comme, hélas, la France est coutumière … maintenant c’est prouvé !

Je conseille également aux lecteurs l’article paru le 28 avril 2014 sur le blog de Marcel Kuntz, OGM (organismes grandement médiatisés).

EFSA : Évaluation du typage moléculaire pour les agents pathogènes d’origine alimentaire

1
août
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Classé dans Contamination, Curiosité, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

L’EFSA publie le 1er août un communiqué sur l’« Évaluation du typage moléculaire pour les agents pathogènes d’origine alimentaire ».

L’EFSA a évalué les critères de conception des activités de surveillance portant sur les agents pathogènes d’origine alimentaire chez les animaux et dans l’alimentation humaine et animale lorsque des méthodes de typage moléculaire sont appliquées. Les experts ont aussi passé en revue les conditions nécessaires à une collecte et une analyse harmonisées des données. L’utilisation de données comparables est importante pour pouvoir réaliser des analyses conjointes, par exemple pour comparer des tendances dans le temps et dans l’espace.
Les méthodes de typage moléculaire sont des techniques de laboratoire permettant  de classer et de comparer les bactéries d’origine alimentaire chez les animaux ainsi que dans l’alimentation humaine et animale.

Le document intégral, Evaluation of molecular typing methods for major food-borne pathogens (Part 2).

Résumé.

Les programmes de surveillance basés sur des prélèvements actifs et harmonisés sont considérés comme les plus appropriés pour les investigations des foyers de cas d’infection origine alimentaire, la formulation d’hypothèses, la détection précoce de nouveaux sous-types de pathogènes, les modèles d’attribution et les études génétiques des populations bactériennes. Actuellement, les bases de données moléculaires prototypes ne sont pas largement reliées et contiennent des données épidémiologiques limitées, donc le développement d’un mécanisme de liaison est une priorité. Une exigence technique clé est la détermination d’une valeur seuil convenue pour le niveau de variation génétique entre les isolats qui peuvent encore être considérés comme épidémiologiquement liés. Les données de typage moléculaire devraient être couplées à un ensemble de données et les ensembles de données doivent être comparables à faciliter les analyses conjointes avec un minimum de données épidémiologiques requises sur les cas humains. Des règles d’assemblage des collections de souches et des données associées doivent être convenues et mises en place comme des normes UE. Le processus de collecte des données et les caractéristiques du référentiel des données doit garantir la reproductibilité et optimiser la compatibilité et l’interopérabilité entre les différents ensembles de données. L’évolution de la caractérisation moléculaire des bactéries, en particulier le Whole Genome Sequencing (WGS ou séquençage du génome entier en français -aa), devrait être harmonisée avec les méthodes utilisées pour la surveillance de la population humaine et de l’industrie alimentaire. Les méthodes et les matériaux de référence, comprenant les données des séquences, devraient être adoptés pour le typage des pathogènes d’origine alimentaire. Le téléchargement de données moléculaires ne devrait être autorisée que pour les laboratoires agréés et devrait être soumis à une évaluation externe de la qualité. Une surveillance internationale en cours est nécessaire pour assurer l’approche consensuelle ‘une seule santé’. La mise en place d’un comité mixte de l’EFSA-ECDC-UE-RLs pour le soutien de la surveillance moléculaire intersectorielle, avec un équilibre santé publique et expertise vétérinaire et comprenant des épidémiologistes et des microbiologistes est fortement recommandée. La révision de la base juridique des programmes de réduction des pathogènes sur la base de la nomenclature de l’organisme historique peut être nécessaire suite à l’utilisation accrue du WGS et de l’identification ultérieure des groupements d’organismes biologiquement plus pertinents.

Traduction du résumé par les soins.

Un premier volet était : Scientific Opinion on the evaluation of molecular typing methods for major food-borne microbiological hazards and their use for attribution modelling, outbreak investigation and scanning surveillance: Part 1 (evaluation of methods and applications).

L’alimentation affecte différemment les microbes de l’intestin de l’homme et de la femme

30
juil
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Classé dans Curiosité, Nutrition, Santé.

« L’alimentation affecte différemment les microbes de l’intestin de l’homme et de la femme », source université du Texas à Austin.

Les microbes vivants dans l’intestin de l’homme et de la femme réagissent différemment à l’alimentation, même lorsque les régimes sont identiques, selon une étude réalisée par des scientifiques de l’université du Texas à Austin et de six autres institutions publiée cette semaine dans la revue Nature Communications. Ces résultats suggèrent que les thérapies visant à améliorer la santé humaine et traiter les maladies par l’alimentation pourraient devoir être adaptées selon le sexe.

gut_microbes-Square700Les chercheurs ont étudié les microbes intestinaux chez deux espèces de poissons et chez la souris,  ils ont également effectué une analyse en profondeur des données que d’autres chercheurs ont recueilli chez l’homme. Ils ont constaté que l’alimentation chez les poissons et l’homme ont affecté différemment le microbiote de l’homme et de la femme. Dans certains cas, les différentes espèces de microbes seraient dominantes, tandis que dans d’autres, la diversité des bactéries serait plus élevée dans un sexe que dans l’autre.

Ces résultats suggèrent que les thérapies visant à améliorer la santé humaine par l’alimentation devraient prendre en compte si le patient est un homme ou une femme.

C’est seulement au cours des dernières années que la science a commencé à apprécier complètement l’importance du microbiome humain, qui se compose de toutes les bactéries qui vivent dans et sur le corps de personnes. Il y a des centaines voire des milliers d’espèces de microbes dans le seul système digestif de l’homme, chacune variant en abondance.

La génétique et l’alimentation peuvent affecter la variété et le nombre de ces microbes dans l’intestin humain, ce qui peut à son tour avoir une profonde influence sur la santé humaine. L’obésité, le diabète et la maladie intestinale inflammatoire sont tous liés à une faible diversité de bactéries dans l’intestin humain.

Un concept pour le traitement de ces maladies est de manipuler les microbes dans l’intestin d’une personne par l’alimentation. Cette idée gagne du terrain en raison du fait qu’un changement alimentaire serait un traitement relativement pas cher et simple.

On a beaucoup à apprendre sur les espèces ou sur les combinaisons des espèces microbiennes pour savoir ce qui meilleur pour la santé humaine. Pour ce faire, la recherche doit nous éclairer sur la façon dont ces microbes réagissent à diverses combinaisons comprenant l’alimentation, la génétique et l’environnement. Malheureusement, à ce jour la plupart de ces études n’examinent qu’un facteur à la fois et ne prennent pas en compte la façon dont ces variables interagissent.

« Notre étude ne dit pas à quel régime influe sur le microbiome, mais il divise les hôtes en hommes et femmes et se demande, y a-t-il le même effet de l’alimentation chez l’homme que chez la femme ? » a dit Daniel Bolnick, professeur au College of Natural Sciences de l’université du Texas à Austin et principal auteur de l’étude.

Si les résultats de Bolnick identifient qu’il existe une différence significative dans le microbiote intestinal chez les hommes et chez les femmes, les données alimentaires utilisées dans l’analyse sont organisées en complexes groupés de facteurs disparates et ne se traduisent pas facilement en conseils diététiques spécifiques, comme consommer plus de légumes ou moins de viande.

« Pour guider le comportement des personnes, nous avons besoin de savoir ce que les microbes sont souhaitables pour les personnes », a déclaré Bolnick. « L’alimentation et le sexe interagissent pour influer sur les microbes, mais nous ne savons pas encore quel est l’objectif souhaitable pour les microbes. Maintenant, nous pourrons avancer les yeux ouverts lorsque nous travaillerons sur les thérapies de problèmes intestinaux liés aux microbes, car beaucoup de ces problèmes impliquent des changements alimentaires. Nous pouvons aller vers des études qui cherchent quelque chose que nous ne savions pas auparavant. Tout au long de la recherche, nous avons traité l’alimentation comme si elle fonctionnait de la même manière pour les hommes et pour les femmes. Maintenant, nous allons approcher les études de thérapies d’une manière différente. »

Pourquoi les hommes et les femmes réagiraient différemment aux changements de régime alimentaire n’est pas clair, mais il y a deux possibilités. Les hormones associées à chaque sexe pourraient influencer les microbes de l’intestin, favorisant une souche sur une autre. En outre, le sexe diffère souvent dans le fonctionnement de leur système immunitaire, ce qui pourrait affecter les microbes qui vivent et meurent dans le microbiome.

Une exception notable des résultats de Bolnick a eu lieu chez la souris. Bien qu’il y avait une petite différence entre les souris mâles et les souris femelles, pour la plupart, le microbiote de chaque sexe a réagi à l’alimentation de la même manière. Parce que la plupart des études alimentaires sont menées sur des souris, ce résultat pourrait avoir un effet énorme sur ces recherches, et il soulève des questions sur la façon dont les études sur les microbes intestinaux chez la souris de laboratoire peuvent être généralisées à d’autres espèces, en particulier l’homme.

« Cela signifie que la plupart des recherches qui se fait chez la souris de laboratoire, nous devons les prendre avec des pincettes », a déclaré Bolnick.

Cette recherche a été financée par le Howard Hughes Medical Institute, la David and Lucile Packard Foundation et le Swedish Research Council.

NB : Illustration de Marianna Grenadier et Jenna Luecke.

Le mystère de la construction de la paroi bactérienne révélé ?

30
juil
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie.

e_coli« Le mystère de la construction de la paroi bactérienne révélé », source hms.harvard.edu. Extraits.

Une nouvelle compréhension de la façon dont les bactéries construisent leur paroi cellulaire protectrice résout un casse-tête qui dure depuis longtemps.

Grâce à une série d’astuces chimiques et génétiques pour interroger une étourdissante série d’éléments impliqués dans le processus de construction de la paroi de la cellule, des chercheurs pensent qu’ils ont découvert l’identité cachée d’une enzyme clé impliquée dans le transfert du précieux chargement de l’intérieur vers l’extérieur d’un cellule bactérienne.

Cela sonne comme le mystère d’un roman policier, mais ce sont les résultats d’une recherche publiés dans Science par une équipe dirigée par des microbiologistes de la Harvard Medical School et de l’université d’État de l’Ohio.

La membrane bactérienne est comme un ballon trop gonflé qui éclaterait sans la paroi cellulaire, une cage moléculaire qui entoure la membrane et qui donne l’intégrité à la membrane en regard de la pression osmotique élevée exercée sur les organismes unicellulaires vivants. Les blocs de construction de la paroi cellulaire sont faits à l’intérieur de la cellule et doivent être sécrétés par la membrane à l’extérieur pour construire ce mur où cela est nécessaire. Les clés des passages secrets qui exportent ces blocs de construction à travers la membrane sont restées mystérieuses, malgré des efforts répétés pour les découvrir.