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EFSA : Évaluation du typage moléculaire pour les agents pathogènes d’origine alimentaire

1
août
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Classé dans Contamination, Curiosité, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

L’EFSA publie le 1er août un communiqué sur l’« Évaluation du typage moléculaire pour les agents pathogènes d’origine alimentaire ».

L’EFSA a évalué les critères de conception des activités de surveillance portant sur les agents pathogènes d’origine alimentaire chez les animaux et dans l’alimentation humaine et animale lorsque des méthodes de typage moléculaire sont appliquées. Les experts ont aussi passé en revue les conditions nécessaires à une collecte et une analyse harmonisées des données. L’utilisation de données comparables est importante pour pouvoir réaliser des analyses conjointes, par exemple pour comparer des tendances dans le temps et dans l’espace.
Les méthodes de typage moléculaire sont des techniques de laboratoire permettant  de classer et de comparer les bactéries d’origine alimentaire chez les animaux ainsi que dans l’alimentation humaine et animale.

Le document intégral, Evaluation of molecular typing methods for major food-borne pathogens (Part 2).

Résumé.

Les programmes de surveillance basés sur des prélèvements actifs et harmonisés sont considérés comme les plus appropriés pour les investigations des foyers de cas d’infection origine alimentaire, la formulation d’hypothèses, la détection précoce de nouveaux sous-types de pathogènes, les modèles d’attribution et les études génétiques des populations bactériennes. Actuellement, les bases de données moléculaires prototypes ne sont pas largement reliées et contiennent des données épidémiologiques limitées, donc le développement d’un mécanisme de liaison est une priorité. Une exigence technique clé est la détermination d’une valeur seuil convenue pour le niveau de variation génétique entre les isolats qui peuvent encore être considérés comme épidémiologiquement liés. Les données de typage moléculaire devraient être couplées à un ensemble de données et les ensembles de données doivent être comparables à faciliter les analyses conjointes avec un minimum de données épidémiologiques requises sur les cas humains. Des règles d’assemblage des collections de souches et des données associées doivent être convenues et mises en place comme des normes UE. Le processus de collecte des données et les caractéristiques du référentiel des données doit garantir la reproductibilité et optimiser la compatibilité et l’interopérabilité entre les différents ensembles de données. L’évolution de la caractérisation moléculaire des bactéries, en particulier le Whole Genome Sequencing (WGS ou séquençage du génome entier en français -aa), devrait être harmonisée avec les méthodes utilisées pour la surveillance de la population humaine et de l’industrie alimentaire. Les méthodes et les matériaux de référence, comprenant les données des séquences, devraient être adoptés pour le typage des pathogènes d’origine alimentaire. Le téléchargement de données moléculaires ne devrait être autorisée que pour les laboratoires agréés et devrait être soumis à une évaluation externe de la qualité. Une surveillance internationale en cours est nécessaire pour assurer l’approche consensuelle ‘une seule santé’. La mise en place d’un comité mixte de l’EFSA-ECDC-UE-RLs pour le soutien de la surveillance moléculaire intersectorielle, avec un équilibre santé publique et expertise vétérinaire et comprenant des épidémiologistes et des microbiologistes est fortement recommandée. La révision de la base juridique des programmes de réduction des pathogènes sur la base de la nomenclature de l’organisme historique peut être nécessaire suite à l’utilisation accrue du WGS et de l’identification ultérieure des groupements d’organismes biologiquement plus pertinents.

Traduction du résumé par les soins.

Un premier volet était : Scientific Opinion on the evaluation of molecular typing methods for major food-borne microbiological hazards and their use for attribution modelling, outbreak investigation and scanning surveillance: Part 1 (evaluation of methods and applications).

L’alimentation affecte différemment les microbes de l’intestin de l’homme et de la femme

30
juil
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Classé dans Curiosité, Nutrition, Santé.

« L’alimentation affecte différemment les microbes de l’intestin de l’homme et de la femme », source université du Texas à Austin.

Les microbes vivants dans l’intestin de l’homme et de la femme réagissent différemment à l’alimentation, même lorsque les régimes sont identiques, selon une étude réalisée par des scientifiques de l’université du Texas à Austin et de six autres institutions publiée cette semaine dans la revue Nature Communications. Ces résultats suggèrent que les thérapies visant à améliorer la santé humaine et traiter les maladies par l’alimentation pourraient devoir être adaptées selon le sexe.

gut_microbes-Square700Les chercheurs ont étudié les microbes intestinaux chez deux espèces de poissons et chez la souris,  ils ont également effectué une analyse en profondeur des données que d’autres chercheurs ont recueilli chez l’homme. Ils ont constaté que l’alimentation chez les poissons et l’homme ont affecté différemment le microbiote de l’homme et de la femme. Dans certains cas, les différentes espèces de microbes seraient dominantes, tandis que dans d’autres, la diversité des bactéries serait plus élevée dans un sexe que dans l’autre.

Ces résultats suggèrent que les thérapies visant à améliorer la santé humaine par l’alimentation devraient prendre en compte si le patient est un homme ou une femme.

C’est seulement au cours des dernières années que la science a commencé à apprécier complètement l’importance du microbiome humain, qui se compose de toutes les bactéries qui vivent dans et sur le corps de personnes. Il y a des centaines voire des milliers d’espèces de microbes dans le seul système digestif de l’homme, chacune variant en abondance.

La génétique et l’alimentation peuvent affecter la variété et le nombre de ces microbes dans l’intestin humain, ce qui peut à son tour avoir une profonde influence sur la santé humaine. L’obésité, le diabète et la maladie intestinale inflammatoire sont tous liés à une faible diversité de bactéries dans l’intestin humain.

Un concept pour le traitement de ces maladies est de manipuler les microbes dans l’intestin d’une personne par l’alimentation. Cette idée gagne du terrain en raison du fait qu’un changement alimentaire serait un traitement relativement pas cher et simple.

On a beaucoup à apprendre sur les espèces ou sur les combinaisons des espèces microbiennes pour savoir ce qui meilleur pour la santé humaine. Pour ce faire, la recherche doit nous éclairer sur la façon dont ces microbes réagissent à diverses combinaisons comprenant l’alimentation, la génétique et l’environnement. Malheureusement, à ce jour la plupart de ces études n’examinent qu’un facteur à la fois et ne prennent pas en compte la façon dont ces variables interagissent.

« Notre étude ne dit pas à quel régime influe sur le microbiome, mais il divise les hôtes en hommes et femmes et se demande, y a-t-il le même effet de l’alimentation chez l’homme que chez la femme ? » a dit Daniel Bolnick, professeur au College of Natural Sciences de l’université du Texas à Austin et principal auteur de l’étude.

Si les résultats de Bolnick identifient qu’il existe une différence significative dans le microbiote intestinal chez les hommes et chez les femmes, les données alimentaires utilisées dans l’analyse sont organisées en complexes groupés de facteurs disparates et ne se traduisent pas facilement en conseils diététiques spécifiques, comme consommer plus de légumes ou moins de viande.

« Pour guider le comportement des personnes, nous avons besoin de savoir ce que les microbes sont souhaitables pour les personnes », a déclaré Bolnick. « L’alimentation et le sexe interagissent pour influer sur les microbes, mais nous ne savons pas encore quel est l’objectif souhaitable pour les microbes. Maintenant, nous pourrons avancer les yeux ouverts lorsque nous travaillerons sur les thérapies de problèmes intestinaux liés aux microbes, car beaucoup de ces problèmes impliquent des changements alimentaires. Nous pouvons aller vers des études qui cherchent quelque chose que nous ne savions pas auparavant. Tout au long de la recherche, nous avons traité l’alimentation comme si elle fonctionnait de la même manière pour les hommes et pour les femmes. Maintenant, nous allons approcher les études de thérapies d’une manière différente. »

Pourquoi les hommes et les femmes réagiraient différemment aux changements de régime alimentaire n’est pas clair, mais il y a deux possibilités. Les hormones associées à chaque sexe pourraient influencer les microbes de l’intestin, favorisant une souche sur une autre. En outre, le sexe diffère souvent dans le fonctionnement de leur système immunitaire, ce qui pourrait affecter les microbes qui vivent et meurent dans le microbiome.

Une exception notable des résultats de Bolnick a eu lieu chez la souris. Bien qu’il y avait une petite différence entre les souris mâles et les souris femelles, pour la plupart, le microbiote de chaque sexe a réagi à l’alimentation de la même manière. Parce que la plupart des études alimentaires sont menées sur des souris, ce résultat pourrait avoir un effet énorme sur ces recherches, et il soulève des questions sur la façon dont les études sur les microbes intestinaux chez la souris de laboratoire peuvent être généralisées à d’autres espèces, en particulier l’homme.

« Cela signifie que la plupart des recherches qui se fait chez la souris de laboratoire, nous devons les prendre avec des pincettes », a déclaré Bolnick.

Cette recherche a été financée par le Howard Hughes Medical Institute, la David and Lucile Packard Foundation et le Swedish Research Council.

NB : Illustration de Marianna Grenadier et Jenna Luecke.

Le mystère de la construction de la paroi bactérienne révélé ?

30
juil
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Classé dans Curiosité, Environnement, Microbiologie.

e_coli« Le mystère de la construction de la paroi bactérienne révélé », source hms.harvard.edu. Extraits.

Une nouvelle compréhension de la façon dont les bactéries construisent leur paroi cellulaire protectrice résout un casse-tête qui dure depuis longtemps.

Grâce à une série d’astuces chimiques et génétiques pour interroger une étourdissante série d’éléments impliqués dans le processus de construction de la paroi de la cellule, des chercheurs pensent qu’ils ont découvert l’identité cachée d’une enzyme clé impliquée dans le transfert du précieux chargement de l’intérieur vers l’extérieur d’un cellule bactérienne.

Cela sonne comme le mystère d’un roman policier, mais ce sont les résultats d’une recherche publiés dans Science par une équipe dirigée par des microbiologistes de la Harvard Medical School et de l’université d’État de l’Ohio.

La membrane bactérienne est comme un ballon trop gonflé qui éclaterait sans la paroi cellulaire, une cage moléculaire qui entoure la membrane et qui donne l’intégrité à la membrane en regard de la pression osmotique élevée exercée sur les organismes unicellulaires vivants. Les blocs de construction de la paroi cellulaire sont faits à l’intérieur de la cellule et doivent être sécrétés par la membrane à l’extérieur pour construire ce mur où cela est nécessaire. Les clés des passages secrets qui exportent ces blocs de construction à travers la membrane sont restées mystérieuses, malgré des efforts répétés pour les découvrir.

Des bactéries contrôlent la cristallisation du sel pour construire un abri et hiberner en attendant des jours meilleurs

28
juil
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Classé dans Curiosité, E. coli, Environnement, Microbiologie.

ast.2014.14.issue-7.cover« Des bactéries contrôlent la cristallisation du sel pour construire un abri et hiberner », communiqué de la plate-forme espagnole d’information scientifique SINC.

Pour la première fois, des chercheurs espagnols ont détecté une interaction inconnue entre les micro-organismes et le sel. Lorsque des cellules de Escherichia coli sont introduits dans une goutte d’eau de sel et qu’on la laisse sécher, les bactéries contrôlent la cristallisation du chlorure de sodium pour créer une formation complexe biosaline et biominéralogique en trois dimensions. Ils ‘agit de formations morphologiquement complexes, où les bactéries hibernent. Ensuite, il suffit de réhydrater et les bactéries sont revivifiées. La découverte a été faite par hasard avec un microscope maison, mais elle a fait la couverture de la revue Astrobiology et peut nous aider à trouver des signes de vie sur d’autres planètes.

La bactérie Escherichia coli est l’une des formes les plus vivantes étudiées par les biologistes, mais aucun n’avait à ce jour remarqué ce que ce micro-organisme peut faire au sein d’une simple goutte d’eau salée : créer un profil impressionnant biominéralogique dans lequel il se cache quand il sèche.

« Ce fut une surprise totale, un résultat totalement inattendu, lorsque j’ai mis des cellules de E. coli dans l’eau salée et j’ai réalisé que les bactéries ont la capacité de se joindre à la cristallisation du sel et moduler le développement et la croissance des cristaux de chlorure de sodium », a dit le biologiste José María Gómez à SINC.

« Ainsi, en quatre heures environ, dans la goutte d’eau qui avait séché, un tapis impressionnant d’une structure biosaline a été créé avec une architecture complexe en trois dimensions », a ajouté le chercheur, qui a fait la découverte avec le microscope dans sa maison, mais il l’a confirmé plus tard avec l’aide de ses collègues du Laboratory of BioMineralogy and Astrobiological Research (LBMARS, université de Valladolid-CSIC), Espagne.

Références. José María Gómez Gómez, Jesús Medina, David Hochberg, Eva Mateo-Martí, Jesús Martínez-Frías, Fernando Rull « Drying Bacterial Biosaline Patterns Capable of Vital Reanimation upon Rehydration: Novel Hibernating Biomineralogical Life Formations ». Astrobiology 14 (7): 589-602, 2014. Doi: 10.1089/ast.2014.1162.

Photo de la couverture du numéro Astrology : Un collage de quatre images montre une structure biosaline de Escherichia coli séché formé à partir de la nucléation d’un cristal de NaCl. Crédit image : José María Gómez Gómez.

Les virus tout au long de la vie et du temps

24
juil
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Classé dans Environnement, Microbiologie, Non classé, Santé, Virus.

VirusesThroughoutLifeL’Américan Academy of Microbiology publie « Les virus tout au long de la vie & du temps : amis, ennemis, agents du changement (Viruses Throughout Life & Time: Friends, Foes, Change Agents) ».

Résumé.

Contrairement à leur réputation négative comme agents causal de maladies, certains virus peuvent exercer des fonctions biologiques et évolutives essentielles qui aident à façonner le monde dans lequel nous vivons aujourd’hui, selon un nouveau rapport de l’American Academy of Microbiology.

« Les virus participent aux processus essentiels de la Terre et influencent toutes les formes de vie sur la planète, de la contribution aux cycles biogéochimiques, façonnant la composition atmosphérique, et conduisant aux grands événements de la spéciation », déclare Marilyn Roossinck de l’université d’État de Pennsylvanie, une membre du comité de pilotage qui a contribué à l’organisation du colloque.

Le rapport, Viruses Throughout Life & Time: Friends, Foes, Change Agents, est basé sur la délibération d’un groupe d’experts scientifiques qui se sont réunis pendant deux jours à San Francisco, Californie en juillet 2013 pour répondre à une série de questions concernant la diversité des rôles que les virus jouent dans le monde naturel.

« L’inspiration de la tenue du colloque était que les études de métagénomique récentes sur les virus ont indiqué que nous savons très peu de choses sur le monde réel des virus. La quasi-totalité de la recherche publiée porte sur les virus qui causent des maladies chez l’homme et les plantes et les animaux domestiques. Cela ne représente certainement qu’une très petite fraction des virus qui existent vraiment », dit Roossinck. « Il est très important de comprendre le monde réel des virus, car cela peut éclairer notre compréhension de base de la vie et de ses origines, ainsi que les grands phénomènes de la terre comme le cycle du carbone. »

Au-delà de leur impact pathogène, le rapport examine en profondeur la taille de la virosphère, l’origine des virus, le rôle biologique et écologique des virus, et comment ces formes vivantes ont contribué à l’évolution. D’autres faits saillants du rapport expliquent comment certains virus sont des organismes commensaux ou symbiotes, leur fonctionnement dans les communautés microbiennes et leur rôle dans le maintien de la biosphère. L’éventail des responsabilités assumées par les virus est dû à leur diversité de séquence et leur plasticité génomique incroyables, dénommée « matière noire virale ».

Le rapport conclut en stimulant les lecteurs à réfléchir sur ces questions clés : « Que se passerait-t-il si les virus n’avaient jamais existé sur Terre ? La vie aurait-elle évolué très différemment ? »

La recherche continue sur les virus aidera à répondre à ces questions passionnantes.