Visiter Processalimentaire.com
Contacter le magazine
S'abonner en ligne | S'inscrire à l'e-news


E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu !

10
fév
Aucun commentaire
Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Virus.

Chipotle fait l’objet aux Etats-Unis d’une couverture de presse très impressionnante, il faut dire qu’il y a de quoi, voici donc un nouvel article, non pas sur Chipotle, mais sur les pathogènes qui ont fortement ébranlés sa réputation.

« E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu ! », article paru dans mBiosphere.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd360970c-300wiLe lundi 8 février 2016, les restaurants Chipotle à travers le pays seront fermées afin que les employés discutent de la sécurité des aliments et de la manipulation sûre des aliments. Le restaurant a été présent dans les informations tout au long de la dernière moitié de 2015, avec une éclosion à E. coli à Seattle (qui a été gardée secrète !), suivie d’une autre éclosion à E. coli impliquant neuf Etats, et une éclosion à Salmonella centrée dans le Minnesota. Mais un plus grand nombre de clients de Chipotle ont été rendus malades par deux éclosions à norovirus, en Californie et à Boston, Massachusetts. De toute évidence, un atelier d’informations sur les meilleures pratiques semble le moins que puisse faire le restaurant pour mettre de l’ordre dans ses problèmes.

Tous ces trois microbes provoquent des symptômes similaires – les troubles gastro-intestinaux étant les plus importants – et ce serait difficile pour quiconque qui connaisse ces maladies de les différencier. Cependant, le mécanisme par lequel la maladie est conditionnée diffère entre les trois types microbiens. La souche de E. coli impliquée dans les foyers de cas chez Chipotle, O26, produit des shigatoxines, qui est une toxine A-B composée d’une sous-unité B qui facilite l’internalisation via le récepteur Gb3 et une sous-unité A qui bloque la synthèse des protéines. Salmonella enterica (dans les cas de chez Chipotle est le sérotype Newport) a non seulement un certain nombre de facteurs de virulence, mais comporte un certain nombre de gènes de résistance aux antibiotiques, et est si souvent isolé d’animaux qu’un article paru dans le Journal of Clinical Microbiology en 2003 a mis en garde contre la transmission dans la chaîne alimentaire. Ces deux bactéries gram-négatif ont été bien étudiées depuis des décennies, leurs multiples facteurs de virulence bien caractérisés – et, surtout, il y a des antibiotiques qui peuvent traiter les infections causées par ces bactéries. Toutefois, la façon norovirus rend malade son hôte n’est toujours pas bien compris, et ce manque de connaissances a laissé les médecins sans traitement pour les personnes souffrant de norovirus.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd148970c-300wiUn récent article publié dans le Journal of Virology fait état de quelques progrès vers la compréhension de la pathogénicité de norovirus. La recherche, menée dans le laboratoire du Dr Stephanie Karst par le premier auteur, Shu Zhu, a examiné le rôle de la protéine VP1 de capside virale dans la virulence. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que des substitutions d’acides aminés dans cette protéine pourraient avoir une incidence sur la virulence. La protéine VP1 a trois grands domaines : un domaine S, qui est le domaine le plus conservé qui constitue l’enveloppe du virion; le domaine (protruding) P1 ; et, le domaine hypervariable P2 exposé en surface (voir le virion assemblé, à gauche).

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd158970c-300wiPour rechercher les mutations affectant la maladie, les chercheurs ont mis en place un modèle de souris infectées de manière persistante par infectées des souris avec une souche de norovirus atténuée précédemment identifiée chez la souris. Ils ont prédit que cela conduirait à des mutations qui ont augmenté la virulence (une hypothèse raisonnable, étant donné que des souches microbiennes font des passages en série afin d’augmenter leur virulence dans ce modèle animal). Après des passages, les chercheurs ont séquencé le gène VP1 de norovirus pour identifier des mutations (voir figure, à droite).

6a0133ec8b9631970b01bb08b679e7970d-300wiLa souche atténuée avait été choisie en fonction de son inclusion de l’acide glutamique en position 296, qui avait été changé d’une lysine. Pour tester les effets de cette mutation unique, les chercheurs ont comparé l’effet de l’acide glutamique par rapport à une lysine en position 296 (voir la carte de la protéine VP1, à gauche). Le seul changement d’une lysine a été suffisant pour augmenter la virulence d’une souche atténuée du virus. La plupart des isolats naturels de norovirus de souris ont un acide glutamique en cette position, ce qui suggère que les symptômes de la maladie pourrait empirer si une souche mutée E296K devait circuler largement.

6a0133ec8b9631970b01b7c811b2b9970b-300wiL’équipe de recherche a trouvé huit mutations supplémentaires chez des souris infectées de manière persistante, dont trois étaient dans le domaine S, mais n’avaient que peu d’effet sur la réplication virale. Les cinq changements d’acides aminés dans les domaines P (un dans P1 et quatre dans P2) ont tous changé la cinétique de la réplication du virus modifié la fois in vitro et in vivo. Fait intéressant, il n’y avait pas de changement dans la réplication du virus dans les macrophages, qui sont demeurés élevés dans tous les cas, mais il y avait une diminution de la réplication dans les cellules B, un tropisme cellulaire important pour les norovirus humain. Ces résultats démontrent que le domaine P régule la réplication dans les cellules B mais pas dans les macrophages.

Norovirus est un virus extrêmement contagieux, avec une dose infectieuse dont on pense qu’elle est aussi basse que 20 particules virales. Il dispose d’un simple brin d’ARN, entouré de sa protéine de capside VP1. La capacité du domaine variable exposé de la capside pour réguler la réplication peut être due à l’interaction de ce domaine avec son récepteur cible – ou bien elle peut être due à une fonction qui reste à être décrite. En identifiant les régions importantes pour la virulence, cette équipe de recherche a contribué à des objectifs antiviraux potentiels pour ce pathogène très courant et extrêmement désagréable. De futures études ciblant plus finement sur le mécanisme de régulation de la virulence de VP1 vont ajouter à notre compréhension de la pathogenèse de norovirus – et peut-être révéler un moyen de traiter ces malheureux qui ont mangé dans un mauvais Chipotle Mexican Grill.

Méthode d’analyse améliorée de E. coli pathogène grâce au projet IDESTEC

30
jan
Aucun commentaire
Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

Le service public fédéral de Belgique publie le 28/01/2016 un article sur une méthode d’analyse améliorée d’un E. coli pathogène grâce au projet IDESTEC.

Le projet IDESTEC, commandé par le SPF Santé publique, visait la recherche d’une meilleure méthode d’analyse des souches pathogènes de la bactérie intestinale Escherichia coli (E. coli). Cette bactérie est généralement inoffensive, mais quelques souches comme les E. coli productrices de shigatoxines (STEC) peuvent occasionner des problèmes de santé légers à très graves.

Ecoliarrows_320x175Comment contracte-t-on une infection par un E. coli pathogène ?

E. coli est une bactérie présente dans la flore intestinale saine de l’homme et de l’animal. Elle a normalement une action favorable puisqu’elle freine la croissance des bactéries nocives et participe à la production de vitamines. Il existe toutefois quelques types d’E. coli pathogènes, comme les E. coli productrices de shigatoxines ou STEC.

Chez nous, les bovins surtout sont porteurs de STEC. Les animaux infectés ne présentent pas de symptômes, mais sont souvent à l’origine d’épidémies de STEC chez l’homme. La contamination se fait par un contact direct (dans une ferme pédagogique par exemple) ou par la contamination de denrées alimentaires comme la viande hachée (américain par exemple), les préparations de viande (américain préparé par exemple) et les graines germées. Même une très faible quantité de STEC dans les denrées alimentaires peut rendre l’homme malade. Les symptômes les plus fréquents sont les vomissements et la diarrhée. Les enfants et les personnes moins résistantes peuvent également développer des problèmes rénaux aigus, voire permanents.

Recherche de la meilleure méthode d’analyse

Pour combattre les épidémies de STEC, il est essentiel de pouvoir détecter et analyser de petites concentrations de la bactérie dans des denrées alimentaires d’origine animale et végétale. Pour ce faire, la bactérie doit pouvoir être efficacement enrichie. Le projet IDESTEC a cherché la meilleure façon d’y parvenir.

Dans deux bouillons d’enrichissement sélectionnés, l’eau peptonée tamponnée (EPT) et le bouillon lactosé bilié au vert brillant (BLBVB), les bactéries STEC peuvent se développer jusqu’à atteindre un niveau détectable par criblage qPCR (méthode moléculaire permettant de détecter E. coli sur la base de son ADN).

Cependant, le développement dans certaines denrées alimentaires comme les graines germées reste parfois limité. Après extraction d’ADN – au moyen du Nucleospin Food Kit® de Macherey-Nagel – d’une fraction de l’échantillon enrichi, une détection sensible et exacte est possible grâce au CoSYPS Path E. coli (méthode d’identification des pathotypes d’E. coli, en ce compris STEC, basée sur un criblage qPCR).

L’isolement final des STEC reste le point délicat de toute la procédure en raison de l’absence de milieux d’isolement permettant une discrimination claire. En appliquant au préalable un procédé d’acidification à l’isolement, on inhibe la flore annexe et on facilite l’isolement des STEC. Il est conseillé d’utiliser en parallèle un milieu d’isolement sélectif et un milieu d’isolement moins sélectif.

Caractérisation des souches STEC belges

Pour la réalisation de ce projet IDESTEC, les chercheurs ont également créé et caractérisé une vaste collection de souches STEC. Pour ce faire, ils ont mis au point une méthode d’analyse multiplex (basée sur la technologie Luminex xMAP), qui permet de déterminer simultanément plus de 40 caractéristiques d’une bactérie E. coli. Ces caractérisations et les techniques de caractérisation facilitent la détection des voies de transmission des bactéries.

En outre, les chercheurs ont analysé la diversité génétique entre les souches STEC d’origine humaine et les souches STEC d’origine alimentaire, afin de pouvoir identifier les souches STEC « à haut risque » et celles « à bas risque ». L’allèle Tir s’est avéré être le marqueur de virulence le plus distinctif.

Conclusion

Grâce à la méthode d’analyse et aux données du projet IDESTEC, les laboratoires pourront détecter plus rapidement la présence de bactéries STEC, même en faible concentration, dans les denrées alimentaires. Les produits contaminés pourront être retirés du marché plus rapidement, et les épidémies pourront ainsi être endiguées.

Plus d’informations concernant le STEC

De la détection des STEC O157 et non-O157 dans les fèces de bovins

4
jan
Aucun commentaire
Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

Résumé.

french_dont_eat_poopLes Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) de sérotypes O26, O45, O103, O111, O121 et O145, appelés STEC non-O157, sont des pathogènes d’origine alimentaire importants. Les bovins, qui constituent un réservoir important, hébergent des organismes dans la partie postérieure de l’intestin et les excrètent dans leurs fèces. Bien que des données limitées existent sur l’excrétion fécale, les concentrations de STEC non-O157 dans les fèces n’ont pas été rapportées. Les objectifs de notre étude étaient (i) de développer et valider deux essais par PCR multiplex quantitative (mqPCR) ciblant les gènes de l’antigène O de O26, O103 et O111 (mqPCR-1) et O45, O121 et O145 (mqPCR-2 ) (ii) d’utiliser les deux essais, avec un quatre-plex qPCR précédemment développé (mqPCR-3) ciblant l’antigène O157 et trois gènes de virulence (stx1, stx2, et eae), pour quantifier sept sérotypes et trois gènes de virulence dans les fèces des bovins ; et (iii) de comparer les trois essais mqPCR à un 10-plexe PCR conventionnelle (PCRc) ciblant sept sérotypes et trois gènes de virulence et des méthodes de culture pour détecter sept sérotypes de E. coli dans les fèces de bovins. Les deux essais mqPCR (1 et 2) ont montré être spécifiques des gènes cibles et les limites de détection étaient respectivement de 4 et 2 log UFC/g de culture pure de prélèvement fécal, avant et après enrichissement. Un total de 576 échantillons de matières fécales collectées à partir d’un parc d’engraissement ont été enrichis dans un bouillon pour E. coli et ont été soumis à une quantification (avant enrichissement) et une détection (après enrichissement). Sur les 576 échantillons fécaux soumis, avant enrichissement, aux trois essais mqPCR pour la quantification, 175 (30,4%) étaient quantifiables (≥ 4 log UFC/g) pour au moins un des sept sérotypes, O157 étant le sérotype le plus courant. Les trois essais mqPCR ont détecté des proportions plus élevées des échantillons fécaux après enrichissement (P > 0,01) comme positifs pour un ou plusieurs sérotypes par rapport aux méthodes PCRc et à la culture. Cette étude est la première à évaluer l’applicabilité d’essais qPCR pour détecter et quantifier six sérotypes non-O157 dans les matières fécales de bovins et générer des données sur la concentration fécale des six sérotypes.

Référence. Shridhar, P. B.; Noll, L. W.; Shi, X.; An, B.; Cernicchiaro, N.; Renter, D. G.; Nagaraja, T. G.; Bai, J. Multiplex Quantitative PCR Assays for the Detection and Quantification of the Six Major Non-O157 Escherichia coli Serogroups in Cattle Feces Journal of Food Protection®, Number 1, January 2016, pp. 4-178, pp. 66-74(9).

Intermarché : Rappel de viande hachée Jean Rozé pour cause de présence de Escherichia coli O145:H28 et O26:H11

10
déc
2 commentaires
Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments.

Etonnamment, on est sans nouvelle de nos autorités pour ce rappel de viande hachée

GroundBeefTrayMain1Intermarché publie sur son site Internet de rappel produits le 10 décembre 2015 l’information suivante :

Rappel de Saviel France

ZA de la Chauvelière, Rue du Roncerays, 35150 Janzé

  • La société Saviel France procède au rappel du produit suivant :
  • Marque commerciale : Jean Rozé
  • Nom : Viande Hachée Pur Boeuf 5% MG 350G / 500G
  • Type de conditionnement : Barquette sous atmosphère protectrice
    N° lot: 153310028
  • DLC: 05/12/2015
  • Numéro d’identification vétérinaire: FR-35.360.005-CE
  • Période de commercialisation : du 28/11/2015 au 05/12/2015

En effet un contrôle a mis en évidence de Escherichia coli O145:H28 et O26:H11, des bactéries susceptibles de provoquer des troubles chez toute personne consommant ce produit cru ou insuffisamment cuit.

Malgré la DLC dépassée, il est demandé aux personnes aux personnes qui les auraient surgelés, donc qui détiendraient encore ces produits de ne pas les consommer et de les rapporter au point de vente où ils ont été achetés, contre remboursement, ou de les jeter.

Les Escherichia coli peuvent entraîner, dans la semaine qui suit leur ingestion, des diarrhées parfois sanglantes, des douleurs abdominales et des vomissements, accompagnés ou non de fièvre et. Ces symptômes peuvent être suivis de complications rénales sévères chez les enfants.

 : Photo d’illustration à titre d’exemple.

Témoignage d’une personne contaminée par E. coli O26 chez Chipotle, c’est comme si j’avais esquivé une balle …

6
nov
Aucun commentaire
Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC.

« J’ai esquivé une balle a dit une victime contaminée par E. coli O26 chez Chipotle, qui dit vouloir peut-être devenir végétarien, mais cela ne peut pas l’aider », source un article de Doug Powell du barfblog du 6 novembre 2015.

Alors le nombre de victimes à E. coli O26 a grimpé à 40 personnes, Chris Collins a dit qu’il a toujours été sélectif sur l’endroit où il va manger. Il a dit qu’il respectait Chipotle pour sa démarche d’intégrité sur les aliments et le bien-être animal.

info_chipotleMais une semaine après avoir été traité dans un hôpital pour de graves troubles intestinaux, le résident de Lake Oswego dans l’Oregon ne considère plus le restaurant mexicain occasionnel comme un choix sûr.

Collins a été l’une parmi au moins 39 (désormais 40) personnes dans l’Oregon et l’État de Washington à avoir été rendues malades par E. coli dans une éclosion liée de cette chaîne populaire.

« La réalité est qu’il y avait des déchets dans mes aliments. Quelque chose dont je ne suis pas capable de dire ce que c’est, à moins tomber malade », a-t-il dit. « Pour moi, cela ne semble pas avoir de sens que de prendre de nouveau ce risque. »

Collins a décidé de parler de son expérience après avoir lu les commentaires dans la presse et les médias sociaux et il a conclu que les personnes ne comprennent pas la gravité de E. coli.

Il a aussi voulu que les personnes comprennent que les choses pouvaient aller mal dans un restaurant et faire en sorte que des clients puissent tomber malades.

« Je me sens comme si j’avais esquivé une balle. Je suis chanceux, je suis en bonne santé », dit Collins.

chipotle1Collins est allé aux urgences en premier. Ils l’ont examiné et l’ont envoyé dans une salle d’urgence. Et c’est comme ça que cela a commencé à devenir vraiment effrayant. Il n’a pas relié sa maladie à Chipotle jusqu’à ce que le médecin des urgences l’ait appelé le lendemain.

Maintenant, il n’est pas prêt du tout à manger dehors, et avec son épouse, ils ont sérieusement envisagé de devenir végétariens.

Sauf que E. coli, et les producteurs de shigatoxines en particulier sont partout. Et les enquêteurs se concentrent sur des produits.

« Ce n’est un problème de viande. J’ai vu des infections à E. coli chez des végétariens très stricts », dit Niket Sonpal, professeur adjoint en gastro-entérologie au Touro College of Medicine.

E. coli est une bactérie intestinale retrouvée chez l’homme et l’animal, elle se propage par les fèces. Si du fumier ou des déchets contaminés pénètre l’eau d’irrigation utilisée pour les cultures, les bactéries se propagent aux produits. Les animaux infectés peuvent même contaminer des cultures en laissant des crottes dans un champ de tomates et de laitue normalement saines.