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Les résultats préliminaires d’une éclosion à E. coli O26 en Roumanie sont publiés

19
mar
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Lait, Microbiologie, Rappel, Réglementation, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Union Européenne.

« Les résultats préliminaires d’une éclosion à E. coli en Roumanie sont publiés », source Food Safety Watch du 18 mars 2016.

nhsggc_news_Ecoli_largeL’agence de santé publique en Roumanie et des instituts dans d’autres pays de l’UE ont publié un rapport conjoint détaillant les premiers résultats d’une investigation sur une éclosion de syndrome hémolytique et urémique (SHU) causée par E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) dans le sud du pays.

En date du 29 février, 15 cas de SHU ont été rapprtés chez les enfants âgés de cinq à 38 mois, trois décès ont été enregistrés. La plupart des personnes touchées venaient du district d’Arges. Six des cas analysés étaient positif pour E. coli O26 par sérologie.

L’enquête sur l’éclosion a d’abord indiqué que des fruits et des légumes, de la viande et des produits laitiers étaient parmi les alimentaires courants responsables de l‘exposition possible. Puis le 4 mars, des prélèvements de fromage réalisés à partir d’une installation de transformation des produits laitiers à Arges au cours d’une investigation environnementale ont été retrouvés positif pour les gènes produisant les toxines shiga et E. coli O26 a été isolé à partir d’un prélèvement de fromage à pâte molle du même établissement.

Le 5 mars, l’installation a arrêté la production, a rappelé les produits suspects du marché et a fermé en attendant les résultats d’autres investigations. L’Autorité de la sécurité des aliments de Roumanie est en train de réaliser la traçabilité de la distribution des produits laitiers à partir du site et a découvert que certains ont pu être exportés vers d’autres pays européens. L’étude est publiée intégralement dans la revue en ligne Eurosurveillance.

NB : Une alerte a été notifiée au RASFF par l’Italie le 16 mars 206, référence 2016.0312, présence de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (présomption de O26 vtx1+, vtx2+, eae+) dans du fromage de vache de Roumanie. Distribution Italie, France, Allemagne, Roumanie. Le blog en avait déjà parlé ici.

A suivre …

Capacité des E. coli producteurs de shigatoxines isolés d’infection humaine à former des biofilms

28
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Nettoyage-Désinfection, Santé, Sécurité des aliments.

Iitm13_biofilmRésumé.

Former des biofilms peut être une stratégie de survie des Escherichia coli producteurs de shigatoxines afin de leur permettre de persister dans l’environnement et l’industrie alimentaire. Ici, nous évaluons et caractérisons la capacité de la formation de biofilm de 39 isolats de Escherichia coli producteurs de shigatoxines issus d’infection humaine et appartenant aux séropathotypes A, B ou C. La présence et/ou la production de facteurs permettant la formation de biofilm tels que curli, cellulose, autotransporteur et fimbriae ont été étudiés. La matrice polymérique de ces biofilms a été analysée par microscopie confocale et par digestion enzymatique. La viabilité des cellules et l’intégrité de la matrice ont été examinées après traitement par désinfection. Les isolats du séropathotype A (O157:H7 et O157:NM), qui ont l’incidence relative d’infection humaine la plus élevée, ont eu une plus grande capacité à former des biofilms que les isolats de séropathotype B ou C. Les isolats du séropathotype A étaient uniques dans leur capacité à produire de la cellulose et de la poly-N-acétylglucosamine. L’intégrité des biofilms était dépendante des protéines. Deux gènes autotransporteurs, EhaB et espP, et deux gènes fimbriaires, z1538 et Ipf2, ont été identifiés comme des déterminants génétiques potentiels pour la formation de biofilm. Fait intéressant, la capacité de plusieurs isolats provenant du séropathotype A à former des biofilms est associée à leur capacité à agglutiner des levures de façon indépendante du mannose. Nous considérons cela comme un facteur associé non identifié de formation de biofilm produit par ces isolats. Le traitement par un désinfectant a réduit la viabilité de Escherichia coli producteurs de shigatoxines, mais n’a pas enlever complètement la matrice du biofilm. Dans l’ensemble, nos données indiquent que la formation de biofilms pourrait contribuer à la persistance des Escherichia coli producteurs de shigatoxines et spécifiquement le seropathotype A isolé dans l’environnement.

Référence. Philippe Vogeleer, Yannick D. N. Tremblay, Grégory Jubelin, Mario Jacques and Josée Harel. Biofilm-Forming Abilities of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Isolates Associated with Human Infection. Appl. Environ. Microbiol. March 2016 vol. 82 no. 5 1448-1458.

E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu !

10
fév
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Salmonella, Santé, Sécurité des aliments, TIAC, Virus.

Chipotle fait l’objet aux Etats-Unis d’une couverture de presse très impressionnante, il faut dire qu’il y a de quoi, voici donc un nouvel article, non pas sur Chipotle, mais sur les pathogènes qui ont fortement ébranlés sa réputation.

« E. coli, Salmonella et norovirus – Oh mon Dieu ! », article paru dans mBiosphere.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd360970c-300wiLe lundi 8 février 2016, les restaurants Chipotle à travers le pays seront fermées afin que les employés discutent de la sécurité des aliments et de la manipulation sûre des aliments. Le restaurant a été présent dans les informations tout au long de la dernière moitié de 2015, avec une éclosion à E. coli à Seattle (qui a été gardée secrète !), suivie d’une autre éclosion à E. coli impliquant neuf Etats, et une éclosion à Salmonella centrée dans le Minnesota. Mais un plus grand nombre de clients de Chipotle ont été rendus malades par deux éclosions à norovirus, en Californie et à Boston, Massachusetts. De toute évidence, un atelier d’informations sur les meilleures pratiques semble le moins que puisse faire le restaurant pour mettre de l’ordre dans ses problèmes.

Tous ces trois microbes provoquent des symptômes similaires – les troubles gastro-intestinaux étant les plus importants – et ce serait difficile pour quiconque qui connaisse ces maladies de les différencier. Cependant, le mécanisme par lequel la maladie est conditionnée diffère entre les trois types microbiens. La souche de E. coli impliquée dans les foyers de cas chez Chipotle, O26, produit des shigatoxines, qui est une toxine A-B composée d’une sous-unité B qui facilite l’internalisation via le récepteur Gb3 et une sous-unité A qui bloque la synthèse des protéines. Salmonella enterica (dans les cas de chez Chipotle est le sérotype Newport) a non seulement un certain nombre de facteurs de virulence, mais comporte un certain nombre de gènes de résistance aux antibiotiques, et est si souvent isolé d’animaux qu’un article paru dans le Journal of Clinical Microbiology en 2003 a mis en garde contre la transmission dans la chaîne alimentaire. Ces deux bactéries gram-négatif ont été bien étudiées depuis des décennies, leurs multiples facteurs de virulence bien caractérisés – et, surtout, il y a des antibiotiques qui peuvent traiter les infections causées par ces bactéries. Toutefois, la façon norovirus rend malade son hôte n’est toujours pas bien compris, et ce manque de connaissances a laissé les médecins sans traitement pour les personnes souffrant de norovirus.

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd148970c-300wiUn récent article publié dans le Journal of Virology fait état de quelques progrès vers la compréhension de la pathogénicité de norovirus. La recherche, menée dans le laboratoire du Dr Stephanie Karst par le premier auteur, Shu Zhu, a examiné le rôle de la protéine VP1 de capside virale dans la virulence. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que des substitutions d’acides aminés dans cette protéine pourraient avoir une incidence sur la virulence. La protéine VP1 a trois grands domaines : un domaine S, qui est le domaine le plus conservé qui constitue l’enveloppe du virion; le domaine (protruding) P1 ; et, le domaine hypervariable P2 exposé en surface (voir le virion assemblé, à gauche).

6a0133ec8b9631970b01b8d19bd158970c-300wiPour rechercher les mutations affectant la maladie, les chercheurs ont mis en place un modèle de souris infectées de manière persistante par infectées des souris avec une souche de norovirus atténuée précédemment identifiée chez la souris. Ils ont prédit que cela conduirait à des mutations qui ont augmenté la virulence (une hypothèse raisonnable, étant donné que des souches microbiennes font des passages en série afin d’augmenter leur virulence dans ce modèle animal). Après des passages, les chercheurs ont séquencé le gène VP1 de norovirus pour identifier des mutations (voir figure, à droite).

6a0133ec8b9631970b01bb08b679e7970d-300wiLa souche atténuée avait été choisie en fonction de son inclusion de l’acide glutamique en position 296, qui avait été changé d’une lysine. Pour tester les effets de cette mutation unique, les chercheurs ont comparé l’effet de l’acide glutamique par rapport à une lysine en position 296 (voir la carte de la protéine VP1, à gauche). Le seul changement d’une lysine a été suffisant pour augmenter la virulence d’une souche atténuée du virus. La plupart des isolats naturels de norovirus de souris ont un acide glutamique en cette position, ce qui suggère que les symptômes de la maladie pourrait empirer si une souche mutée E296K devait circuler largement.

6a0133ec8b9631970b01b7c811b2b9970b-300wiL’équipe de recherche a trouvé huit mutations supplémentaires chez des souris infectées de manière persistante, dont trois étaient dans le domaine S, mais n’avaient que peu d’effet sur la réplication virale. Les cinq changements d’acides aminés dans les domaines P (un dans P1 et quatre dans P2) ont tous changé la cinétique de la réplication du virus modifié la fois in vitro et in vivo. Fait intéressant, il n’y avait pas de changement dans la réplication du virus dans les macrophages, qui sont demeurés élevés dans tous les cas, mais il y avait une diminution de la réplication dans les cellules B, un tropisme cellulaire important pour les norovirus humain. Ces résultats démontrent que le domaine P régule la réplication dans les cellules B mais pas dans les macrophages.

Norovirus est un virus extrêmement contagieux, avec une dose infectieuse dont on pense qu’elle est aussi basse que 20 particules virales. Il dispose d’un simple brin d’ARN, entouré de sa protéine de capside VP1. La capacité du domaine variable exposé de la capside pour réguler la réplication peut être due à l’interaction de ce domaine avec son récepteur cible – ou bien elle peut être due à une fonction qui reste à être décrite. En identifiant les régions importantes pour la virulence, cette équipe de recherche a contribué à des objectifs antiviraux potentiels pour ce pathogène très courant et extrêmement désagréable. De futures études ciblant plus finement sur le mécanisme de régulation de la virulence de VP1 vont ajouter à notre compréhension de la pathogenèse de norovirus – et peut-être révéler un moyen de traiter ces malheureux qui ont mangé dans un mauvais Chipotle Mexican Grill.

Méthode d’analyse améliorée de E. coli pathogène grâce au projet IDESTEC

30
jan
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Le service public fédéral de Belgique publie le 28/01/2016 un article sur une méthode d’analyse améliorée d’un E. coli pathogène grâce au projet IDESTEC.

Le projet IDESTEC, commandé par le SPF Santé publique, visait la recherche d’une meilleure méthode d’analyse des souches pathogènes de la bactérie intestinale Escherichia coli (E. coli). Cette bactérie est généralement inoffensive, mais quelques souches comme les E. coli productrices de shigatoxines (STEC) peuvent occasionner des problèmes de santé légers à très graves.

Ecoliarrows_320x175Comment contracte-t-on une infection par un E. coli pathogène ?

E. coli est une bactérie présente dans la flore intestinale saine de l’homme et de l’animal. Elle a normalement une action favorable puisqu’elle freine la croissance des bactéries nocives et participe à la production de vitamines. Il existe toutefois quelques types d’E. coli pathogènes, comme les E. coli productrices de shigatoxines ou STEC.

Chez nous, les bovins surtout sont porteurs de STEC. Les animaux infectés ne présentent pas de symptômes, mais sont souvent à l’origine d’épidémies de STEC chez l’homme. La contamination se fait par un contact direct (dans une ferme pédagogique par exemple) ou par la contamination de denrées alimentaires comme la viande hachée (américain par exemple), les préparations de viande (américain préparé par exemple) et les graines germées. Même une très faible quantité de STEC dans les denrées alimentaires peut rendre l’homme malade. Les symptômes les plus fréquents sont les vomissements et la diarrhée. Les enfants et les personnes moins résistantes peuvent également développer des problèmes rénaux aigus, voire permanents.

Recherche de la meilleure méthode d’analyse

Pour combattre les épidémies de STEC, il est essentiel de pouvoir détecter et analyser de petites concentrations de la bactérie dans des denrées alimentaires d’origine animale et végétale. Pour ce faire, la bactérie doit pouvoir être efficacement enrichie. Le projet IDESTEC a cherché la meilleure façon d’y parvenir.

Dans deux bouillons d’enrichissement sélectionnés, l’eau peptonée tamponnée (EPT) et le bouillon lactosé bilié au vert brillant (BLBVB), les bactéries STEC peuvent se développer jusqu’à atteindre un niveau détectable par criblage qPCR (méthode moléculaire permettant de détecter E. coli sur la base de son ADN).

Cependant, le développement dans certaines denrées alimentaires comme les graines germées reste parfois limité. Après extraction d’ADN – au moyen du Nucleospin Food Kit® de Macherey-Nagel – d’une fraction de l’échantillon enrichi, une détection sensible et exacte est possible grâce au CoSYPS Path E. coli (méthode d’identification des pathotypes d’E. coli, en ce compris STEC, basée sur un criblage qPCR).

L’isolement final des STEC reste le point délicat de toute la procédure en raison de l’absence de milieux d’isolement permettant une discrimination claire. En appliquant au préalable un procédé d’acidification à l’isolement, on inhibe la flore annexe et on facilite l’isolement des STEC. Il est conseillé d’utiliser en parallèle un milieu d’isolement sélectif et un milieu d’isolement moins sélectif.

Caractérisation des souches STEC belges

Pour la réalisation de ce projet IDESTEC, les chercheurs ont également créé et caractérisé une vaste collection de souches STEC. Pour ce faire, ils ont mis au point une méthode d’analyse multiplex (basée sur la technologie Luminex xMAP), qui permet de déterminer simultanément plus de 40 caractéristiques d’une bactérie E. coli. Ces caractérisations et les techniques de caractérisation facilitent la détection des voies de transmission des bactéries.

En outre, les chercheurs ont analysé la diversité génétique entre les souches STEC d’origine humaine et les souches STEC d’origine alimentaire, afin de pouvoir identifier les souches STEC « à haut risque » et celles « à bas risque ». L’allèle Tir s’est avéré être le marqueur de virulence le plus distinctif.

Conclusion

Grâce à la méthode d’analyse et aux données du projet IDESTEC, les laboratoires pourront détecter plus rapidement la présence de bactéries STEC, même en faible concentration, dans les denrées alimentaires. Les produits contaminés pourront être retirés du marché plus rapidement, et les épidémies pourront ainsi être endiguées.

Plus d’informations concernant le STEC

De la détection des STEC O157 et non-O157 dans les fèces de bovins

4
jan
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Classé dans Contamination, Contamination croisée, Curiosité, E. coli, Environnement, Hygiène, Microbiologie, Santé, Sécurité des aliments.

Résumé.

french_dont_eat_poopLes Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) de sérotypes O26, O45, O103, O111, O121 et O145, appelés STEC non-O157, sont des pathogènes d’origine alimentaire importants. Les bovins, qui constituent un réservoir important, hébergent des organismes dans la partie postérieure de l’intestin et les excrètent dans leurs fèces. Bien que des données limitées existent sur l’excrétion fécale, les concentrations de STEC non-O157 dans les fèces n’ont pas été rapportées. Les objectifs de notre étude étaient (i) de développer et valider deux essais par PCR multiplex quantitative (mqPCR) ciblant les gènes de l’antigène O de O26, O103 et O111 (mqPCR-1) et O45, O121 et O145 (mqPCR-2 ) (ii) d’utiliser les deux essais, avec un quatre-plex qPCR précédemment développé (mqPCR-3) ciblant l’antigène O157 et trois gènes de virulence (stx1, stx2, et eae), pour quantifier sept sérotypes et trois gènes de virulence dans les fèces des bovins ; et (iii) de comparer les trois essais mqPCR à un 10-plexe PCR conventionnelle (PCRc) ciblant sept sérotypes et trois gènes de virulence et des méthodes de culture pour détecter sept sérotypes de E. coli dans les fèces de bovins. Les deux essais mqPCR (1 et 2) ont montré être spécifiques des gènes cibles et les limites de détection étaient respectivement de 4 et 2 log UFC/g de culture pure de prélèvement fécal, avant et après enrichissement. Un total de 576 échantillons de matières fécales collectées à partir d’un parc d’engraissement ont été enrichis dans un bouillon pour E. coli et ont été soumis à une quantification (avant enrichissement) et une détection (après enrichissement). Sur les 576 échantillons fécaux soumis, avant enrichissement, aux trois essais mqPCR pour la quantification, 175 (30,4%) étaient quantifiables (≥ 4 log UFC/g) pour au moins un des sept sérotypes, O157 étant le sérotype le plus courant. Les trois essais mqPCR ont détecté des proportions plus élevées des échantillons fécaux après enrichissement (P > 0,01) comme positifs pour un ou plusieurs sérotypes par rapport aux méthodes PCRc et à la culture. Cette étude est la première à évaluer l’applicabilité d’essais qPCR pour détecter et quantifier six sérotypes non-O157 dans les matières fécales de bovins et générer des données sur la concentration fécale des six sérotypes.

Référence. Shridhar, P. B.; Noll, L. W.; Shi, X.; An, B.; Cernicchiaro, N.; Renter, D. G.; Nagaraja, T. G.; Bai, J. Multiplex Quantitative PCR Assays for the Detection and Quantification of the Six Major Non-O157 Escherichia coli Serogroups in Cattle Feces Journal of Food Protection®, Number 1, January 2016, pp. 4-178, pp. 66-74(9).